genome.fa.s7995.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007995.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110445_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  866869

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2592--2633	17	2.4	17	88	11	59	19	28	26	26	1.98
5472--5724	80	3.0	81	83	9	328	21	20	24	32	1.98
5553--5762	89	2.4	89	91	0	332	20	22	24	32	1.98
14173--14209	8	4.6	8	100	0	74	37	0	0	62	0.96
14208--14233	11	2.4	11	100	0	52	30	7	7	53	1.57
22220--22251	15	2.1	16	88	11	50	50	0	6	43	1.27
22297--22375	23	3.2	24	73	18	65	77	2	6	13	1.07
22442--22498	29	1.9	30	89	3	89	57	14	10	17	1.64
31071--31237	65	2.6	66	83	8	191	28	23	17	30	1.97
31117--31281	65	2.6	66	83	8	198	29	21	18	30	1.97
31540--31630	28	3.2	28	98	0	173	27	18	3	50	1.62
31566--31616	17	3.4	17	65	30	51	25	17	3	52	1.61
39316--39479	65	2.5	65	87	6	219	28	21	20	29	1.98
39760--39822	28	2.2	28	97	0	117	26	19	3	50	1.62
41323--41369	14	3.5	13	81	16	51	42	0	0	57	0.98
41322--41362	15	2.7	15	85	14	57	43	0	0	56	0.99
42686--42761	7	10.9	7	81	18	72	69	1	28	0	0.96
42686--42761	17	4.6	17	93	3	129	69	1	28	0	0.96
42688--42749	10	5.8	10	82	14	79	69	1	29	0	0.98
47429--47476	11	4.5	11	78	19	57	56	4	0	39	1.19
47429--47476	21	2.3	21	83	16	64	56	4	0	39	1.19
47426--47480	22	2.5	21	82	11	67	54	3	0	41	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59167--59209	17	2.6	16	88	7	59	23	9	0	67	1.19
63005--63047	17	2.6	16	88	7	59	23	9	0	67	1.19
66405--66757	186	1.9	185	92	1	591	34	16	7	41	1.76
70007--70031	6	4.2	6	100	0	50	20	0	0	80	0.72
84921--84952	4	8.0	4	92	0	55	0	71	0	28	0.86
89248--89302	2	27.5	2	100	0	110	49	0	0	50	1.00
89721--89755	16	2.2	16	90	5	54	48	2	2	45	1.32
93453--93501	3	17.0	3	79	8	57	65	2	4	28	1.22
93674--93910	40	5.6	41	70	12	115	28	17	28	25	1.98
93964--94163	40	4.8	41	70	13	149	25	18	31	25	1.98
93701--94163	134	3.5	128	86	6	604	26	18	29	25	1.98
94212--94273	28	2.2	28	91	0	97	53	12	9	24	1.69
95229--95292	30	2.1	30	91	5	103	39	14	10	35	1.81
95280--95380	50	2.0	51	90	5	159	35	18	12	32	1.89
95376--95501	28	4.5	28	80	5	128	47	15	9	27	1.76
95391--95487	29	3.4	28	83	6	124	46	15	9	28	1.77
95801--95904	36	3.0	36	81	4	124	35	11	20	32	1.88
95803--95920	36	3.3	36	80	4	98	37	12	19	30	1.89
95872--96103	105	2.2	101	84	9	283	37	12	20	30	1.89
95639--96249	272	2.3	267	84	6	757	39	11	17	31	1.85
96261--96378	36	3.3	35	82	9	148	36	12	16	34	1.86
96923--96960	4	10.0	4	83	11	53	26	0	23	50	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101267--101328	32	2.0	32	93	3	108	59	9	16	14	1.60
104769--104827	3	20.0	3	83	10	77	66	1	1	30	1.12
104777--104833	9	6.6	9	84	6	55	66	3	3	26	1.24
106665--106958	147	2.0	147	100	0	588	38	13	10	36	1.80
117752--117885	45	3.0	43	78	17	141	26	16	3	53	1.59
117750--117903	42	3.6	44	80	11	153	25	18	3	53	1.59
118172--118495	43	7.4	44	78	11	229	26	15	6	51	1.68
118300--118362	21	3.0	21	63	9	56	30	11	3	55	1.50
118172--118495	86	3.7	84	77	12	278	26	15	6	51	1.68
118280--118456	92	1.9	93	84	3	241	25	16	7	49	1.73
118373--118509	42	3.2	43	80	5	118	27	16	5	50	1.68
118612--118654	21	2.0	21	86	0	59	32	20	23	23	1.98
123766--123848	29	2.8	29	92	1	139	43	9	14	32	1.78
126857--127209	186	1.9	185	92	1	591	34	16	7	41	1.76
130468--130492	6	4.2	6	100	0	50	20	0	0	80	0.72
142886--142959	36	2.1	36	100	0	148	41	8	22	27	1.82
146022--146057	4	9.0	4	93	0	63	0	72	0	27	0.85
150814--150858	23	2.0	23	82	8	56	35	0	2	62	1.08
154554--154587	17	2.0	17	94	0	59	38	5	11	44	1.65
164518--164728	42	4.8	43	75	13	162	27	10	4	57	1.51
164534--164643	43	2.5	45	81	11	138	28	7	5	59	1.47
164534--164655	44	2.8	44	80	10	142	27	9	4	59	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
164603--164775	42	4.0	42	80	13	158	26	18	5	49	1.68
164440--165399	507	1.9	504	85	8	1329	28	13	8	50	1.70
165125--165186	20	3.0	21	65	21	58	30	11	3	54	1.51
165041--165311	42	6.4	42	83	6	273	27	13	5	52	1.63
166613--166694	29	2.8	29	88	1	110	32	12	10	43	1.77
170769--170850	29	2.8	29	92	1	128	32	14	10	41	1.81
173163--173274	35	3.2	35	83	0	125	35	0	23	40	1.61
182844--182878	18	1.9	18	88	11	54	62	22	0	14	1.31
184056--184089	18	1.9	17	88	5	50	47	20	8	23	1.78
184302--184866	182	3.1	181	90	2	893	42	14	16	27	1.86
187169--187216	19	2.5	19	90	6	71	52	10	8	29	1.65
189149--190136	199	5.0	199	87	2	1331	30	15	13	40	1.86
189149--190136	397	2.5	396	87	2	1363	30	15	13	40	1.86
192861--192899	3	13.0	3	94	0	69	30	33	0	35	1.58
193462--193506	23	2.0	23	95	0	81	37	20	8	33	1.83
195709--196696	199	5.0	199	88	2	1391	30	15	14	40	1.86
195709--196696	397	2.5	396	88	2	1428	30	15	14	40	1.86
199997--200055	23	2.6	23	86	0	82	35	18	5	40	1.73
205407--205466	29	2.0	31	90	6	97	35	6	16	41	1.75
206412--206471	29	2.0	31	90	6	97	35	6	16	41	1.75
206536--206572	19	1.9	19	88	0	56	40	8	10	40	1.70
206955--207024	34	2.1	32	92	5	113	31	14	31	22	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
218444--218499	25	2.3	23	76	11	58	67	0	7	25	1.15
220392--220444	25	2.2	24	82	3	61	37	18	5	37	1.75
221936--221982	21	2.2	21	84	0	58	34	21	2	42	1.65
227415--227482	2	34.0	2	85	5	93	47	0	5	47	1.26
230381--230444	7	8.7	7	90	10	101	28	14	43	14	1.83
234250--234521	143	1.9	145	93	1	476	40	17	12	29	1.87
239277--239307	2	16.0	2	93	6	55	48	0	0	51	1.00
240631--240669	3	13.0	3	83	0	51	0	58	0	41	0.98
240913--241051	72	1.9	72	100	0	278	15	42	17	23	1.88
241761--242045	143	2.0	145	92	1	475	39	17	12	29	1.88
249706--249812	52	2.0	53	89	3	162	41	14	23	21	1.89
262894--262953	18	3.3	18	76	4	59	46	10	3	40	1.54
263001--263126	24	5.2	23	72	21	89	42	3	2	50	1.33
263032--263061	15	2.0	15	93	0	51	40	3	0	56	1.16
263017--263119	53	2.0	52	81	11	122	43	3	1	50	1.31
262977--263128	74	2.0	75	91	3	245	44	3	1	49	1.32
263041--263093	27	2.0	27	81	7	63	49	1	0	49	1.12
263101--263148	13	3.5	13	85	5	60	35	4	8	52	1.51
263451--263908	29	15.8	29	91	0	693	23	18	32	25	1.97
264379--264408	10	3.0	10	100	0	60	40	10	10	40	1.72
265083--265198	58	2.0	58	91	0	187	27	28	25	18	1.98
265083--265198	18	5.9	21	74	16	97	27	28	25	18	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
268181--268233	24	2.1	26	86	6	74	26	26	11	35	1.90
271399--271443	2	22.5	2	100	0	90	51	0	0	48	1.00
271608--271673	24	2.8	23	86	6	87	50	12	13	24	1.76
271614--271673	12	5.0	12	76	15	70	48	11	15	25	1.78
271602--271710	48	2.3	48	80	3	121	47	13	14	23	1.80
274267--274294	13	2.2	13	100	0	56	28	14	14	42	1.84
274721--274825	24	4.4	24	74	11	81	51	14	12	21	1.75
274719--274825	48	2.2	48	81	0	124	51	14	12	22	1.74
279355--279443	18	4.7	18	75	20	74	29	29	23	17	1.97
279350--279487	22	6.8	22	79	9	129	28	28	23	18	1.98

Tables:   1   2   3   4