genome.fa.s7995.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01007995.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110445_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  866869

Tables:   1   2   3   4   

This is table  4  of  4  ( 462 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
695238--695277	20	2.0	20	85	9	55	60	5	2	32	1.32
695326--695365	17	2.3	18	87	12	57	62	17	5	15	1.49
700102--700177	30	2.5	30	80	4	82	39	3	15	40	1.66
700643--700697	20	2.7	20	80	2	65	20	16	20	43	1.88
703210--703255	18	2.6	18	100	0	92	43	15	6	34	1.72
707667--707859	41	4.7	42	68	17	125	33	19	16	31	1.94
707600--707859	82	3.1	81	80	9	292	31	20	16	31	1.95
708478--708541	21	2.9	22	77	9	76	56	0	25	18	1.42
708478--708540	23	2.8	23	80	7	76	55	0	25	19	1.43
708978--709038	22	2.7	23	77	10	63	21	14	9	54	1.69
709920--709968	25	2.0	25	95	0	89	61	10	4	24	1.45
711013--711071	30	2.0	30	86	3	84	38	18	3	38	1.68
716624--716705	35	2.4	35	93	6	141	37	15	20	25	1.93
717309--717342	2	17.0	2	93	0	59	52	0	0	47	1.00
719421--719453	2	16.5	2	93	0	57	48	3	0	48	1.17
719821--719967	39	3.8	39	74	4	145	30	21	27	21	1.98
723764--723858	24	4.0	24	77	2	93	21	12	16	49	1.79
724474--724530	22	2.6	22	100	0	114	14	45	22	17	1.84
730210--730255	22	2.1	23	84	8	60	47	4	4	43	1.42
731794--731827	17	2.0	17	88	0	50	14	2	29	52	1.56
732100--732132	7	4.4	8	92	7	52	39	0	21	39	1.53
736608--736678	24	3.0	24	82	0	97	19	11	18	50	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
738227--738277	2	25.5	2	100	0	102	50	0	0	49	1.00
739106--739358	15	16.9	15	76	19	86	40	1	4	53	1.30
739131--739348	2	118.5	2	69	26	137	41	0	3	54	1.23
739131--739359	44	5.5	41	74	21	194	41	0	3	54	1.23
739657--739698	15	3.2	13	90	10	59	19	0	0	80	0.70
739655--739692	20	1.9	20	88	0	58	18	0	0	81	0.69
739656--739714	18	3.2	18	73	22	52	18	3	0	77	0.90
739627--739727	37	2.9	35	73	14	93	24	6	0	67	1.22
740531--740572	9	4.3	9	83	16	57	19	0	0	80	0.70
740537--740563	12	2.2	12	100	0	54	14	0	0	85	0.61
740526--740572	21	2.2	21	96	0	85	17	0	2	80	0.80
742330--742358	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
747521--747569	21	2.3	21	75	6	55	40	10	24	24	1.86
747590--747628	20	2.0	20	90	5	62	46	17	12	23	1.83
754950--754993	21	2.1	21	100	0	88	31	0	50	18	1.47
764005--764080	40	1.9	39	89	2	116	36	14	17	31	1.90
767099--767179	36	2.3	36	89	2	119	43	23	1	32	1.62
767991--768070	35	2.3	35	91	0	124	32	2	25	40	1.69
772139--773144	148	6.8	149	92	0	1660	46	10	7	35	1.67
772139--773144	297	3.4	297	96	0	1787	46	10	7	35	1.67
773327--773406	35	2.3	35	93	4	135	36	0	21	42	1.53
777852--777919	29	2.3	29	84	0	91	45	11	17	25	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
780064--780110	24	2.0	24	83	8	60	2	27	2	68	1.13
780173--780270	18	5.1	18	66	22	56	3	32	2	62	1.22
780149--780242	30	3.0	33	84	10	117	2	35	3	59	1.25
780176--780249	30	2.5	30	89	8	123	1	33	2	62	1.18
780185--780260	18	4.6	18	75	18	83	2	34	2	60	1.24
780311--780348	18	2.1	18	85	9	51	0	26	0	73	0.83
780330--780444	27	4.4	26	68	20	78	4	36	1	57	1.29
780333--780494	75	2.1	77	95	3	292	4	37	1	56	1.29
780333--780522	75	2.5	75	89	5	245	5	36	1	56	1.32
780583--780653	27	2.6	27	78	13	65	2	32	1	63	1.18
780545--780835	90	3.2	91	76	12	287	5	34	4	56	1.42
781695--781948	80	3.2	80	91	1	411	41	23	10	24	1.86
781817--782269	251	1.8	249	94	2	800	39	21	12	26	1.88
783812--783888	35	2.2	35	97	0	145	29	3	9	57	1.48
784088--784121	12	2.7	13	90	4	52	61	8	0	29	1.26
784204--784305	17	5.6	17	72	14	71	44	0	3	51	1.19
784374--784419	23	2.0	22	87	4	65	34	2	4	58	1.30
784695--784810	58	2.0	58	100	0	232	27	3	22	46	1.68
786451--786502	24	2.0	27	85	10	74	69	0	5	25	1.10
786496--786524	12	2.5	12	94	5	51	51	6	0	41	1.28
786820--786895	36	2.1	37	97	2	145	28	13	17	40	1.87
797992--798091	31	3.3	30	91	2	155	37	12	19	32	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
804277--804611	80	4.2	80	92	1	537	42	22	10	25	1.85
806099--806178	35	2.2	36	79	14	94	35	1	10	53	1.42
806902--806955	18	3.1	18	74	12	58	29	1	9	59	1.39
807295--807350	17	3.2	17	80	9	69	44	0	3	51	1.18
809717--809772	20	2.8	20	81	8	69	71	0	1	26	0.96
809713--809764	19	2.9	18	82	5	52	71	0	1	26	0.97
809719--809796	28	2.8	28	80	7	79	69	0	2	28	1.02
809735--809782	15	3.3	15	71	11	55	75	0	4	20	0.97
809721--809788	20	3.4	19	81	8	64	70	0	2	26	1.01
811256--811310	27	2.0	27	100	0	110	29	36	16	18	1.92
822381--822480	31	3.3	30	88	2	146	38	12	19	31	1.88
823267--823332	22	3.0	22	86	0	96	30	27	18	24	1.98
823603--823648	20	2.3	20	96	0	83	58	21	10	8	1.58
825531--825713	87	2.1	86	94	2	323	41	10	8	39	1.70
828955--828989	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
829701--829765	31	2.1	31	85	0	85	40	4	10	44	1.60
829744--829802	31	1.9	31	86	3	84	40	5	8	45	1.56
839734--839778	6	7.5	6	89	0	72	31	2	31	35	1.70
841518--841576	21	2.8	21	72	10	57	32	25	20	22	1.98
841564--841747	20	9.5	20	80	8	184	39	21	20	18	1.93
841564--841705	74	1.9	74	88	0	212	40	21	20	17	1.92
845163--845230	14	4.5	14	72	16	55	44	19	23	13	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
845205--845281	32	2.4	32	85	12	106	46	18	22	12	1.82
845281--845343	19	3.3	19	90	0	90	15	14	23	46	1.83
845298--845375	19	4.4	19	75	18	78	14	19	20	46	1.84
845481--845515	14	2.6	14	95	4	63	42	22	0	34	1.54
846853--846919	21	3.2	21	68	4	55	19	20	35	23	1.95
848133--848175	20	2.2	20	86	0	59	32	30	20	16	1.95
849833--849899	22	3.0	22	95	2	116	19	26	28	25	1.99
852073--852116	17	2.8	15	77	12	52	38	0	25	36	1.56
852985--853029	21	2.1	21	87	0	63	31	28	24	15	1.96
854690--854752	22	2.9	22	95	2	110	19	28	26	25	1.98
856360--856458	33	3.1	33	92	2	157	38	23	14	24	1.91
857775--857851	39	2.0	39	84	0	100	9	25	19	45	1.80
861810--861886	31	2.5	31	82	4	102	14	27	29	28	1.95
863315--863390	36	2.2	34	83	9	91	51	7	1	39	1.39

Tables:   1   2   3   4

The End!