genome.fa.s8011.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008011.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110474_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1648842

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81--162	19	4.6	19	78	18	104	42	18	24	14	1.87
191--433	19	13.7	19	83	15	333	14	22	16	46	1.83
169--433	52	5.0	52	90	7	419	14	22	16	46	1.84
2710--2734	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
3622--4011	20	19.5	20	84	5	457	20	18	25	35	1.95
14976--15043	3	23.0	3	79	8	77	27	2	1	67	1.13
14981--15043	20	3.3	19	80	6	74	28	3	1	66	1.16
15085--15159	37	2.0	37	100	0	150	36	42	18	2	1.65
15197--15294	25	3.9	25	93	5	171	37	20	15	26	1.92
29588--29742	43	3.5	43	76	8	177	26	30	19	23	1.98
29624--29763	46	3.1	47	71	11	157	24	30	20	25	1.99
29591--29788	89	2.3	87	91	1	315	26	27	20	25	1.99
30122--30185	3	22.0	3	78	12	71	28	3	1	67	1.15
30120--30183	32	2.0	32	90	6	103	26	4	3	65	1.27
30227--30301	37	2.0	37	100	0	150	36	42	18	2	1.65
30339--30436	25	3.9	25	93	5	171	37	20	15	26	1.92
30789--30829	18	2.4	17	87	4	55	78	7	14	0	0.96
34166--34229	29	2.2	30	82	2	76	39	6	21	32	1.79
34795--34866	30	2.4	31	92	2	119	37	4	2	55	1.34
41135--41170	13	2.8	13	91	0	54	66	0	5	27	1.13
48319--48358	15	2.6	16	84	15	57	70	0	0	30	0.88
48327--48356	11	2.8	11	95	5	53	73	0	0	26	0.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
55247--55317	30	2.3	30	97	2	133	14	36	38	11	1.81
59632--59740	24	4.5	24	70	8	69	22	11	13	51	1.74
62178--62244	33	2.0	33	82	5	82	31	8	10	49	1.68
63698--63753	20	2.7	20	83	5	76	67	0	1	30	1.01
69062--69137	35	2.2	35	87	0	107	39	21	1	38	1.62
69534--69781	130	1.9	130	92	0	415	36	15	12	35	1.86
69548--69812	130	2.0	129	81	4	300	39	13	12	33	1.83
83267--83313	19	2.4	20	89	3	78	25	21	19	34	1.96
86775--86808	17	1.9	18	88	5	52	44	0	5	50	1.26
90531--90572	22	1.9	22	85	9	59	30	9	11	47	1.72
95848--95919	31	2.3	31	88	4	101	29	11	11	48	1.73
96006--96087	31	2.6	31	84	0	92	43	10	2	42	1.53
105752--105793	22	1.9	22	95	0	75	9	11	14	64	1.50
125336--125370	18	1.9	18	94	0	61	60	2	2	34	1.26
125817--125856	21	1.9	21	85	10	55	30	5	15	50	1.65
137786--137858	7	11.0	6	76	21	51	46	4	1	47	1.30
146598--146699	44	2.3	44	88	3	152	15	18	33	32	1.93
148177--148261	45	1.9	45	92	2	145	37	2	9	50	1.48
148191--148295	45	2.3	45	83	1	120	34	4	7	53	1.51
157626--157696	33	2.1	34	84	2	90	33	16	15	33	1.91
158717--158769	23	2.2	26	77	16	60	26	5	3	64	1.33
161074--161148	2	37.5	2	100	0	150	49	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
162208--162237	9	3.3	9	95	0	51	50	13	3	33	1.58
162321--162385	24	2.6	25	72	18	64	29	21	24	24	1.99
162634--162692	30	2.0	30	93	0	100	32	23	5	38	1.77
167226--167285	31	1.9	31	93	0	102	48	13	13	25	1.78
172129--172179	24	2.1	24	85	7	68	49	1	1	47	1.24
176898--176922	12	2.1	12	100	0	50	32	0	28	40	1.57
178648--178699	9	5.6	9	78	17	61	65	1	0	32	1.04
178651--178700	17	2.9	17	91	5	75	62	4	0	34	1.14
178648--178711	17	3.1	21	74	21	73	65	3	0	31	1.08
180258--180287	14	2.2	14	94	5	53	53	13	3	30	1.56
181753--181808	15	3.6	15	79	9	67	42	12	12	32	1.80
181756--181806	17	3.1	17	77	11	61	43	11	9	35	1.75
182203--182257	13	4.2	13	75	13	58	49	10	3	36	1.56
182243--182374	33	4.0	33	96	1	230	45	15	6	31	1.73
182369--182408	21	1.9	21	94	0	71	47	7	15	30	1.72
184714--184759	12	3.6	12	81	16	56	17	19	17	45	1.85
184713--184752	15	2.9	14	85	14	57	20	17	15	47	1.83
191356--191700	177	2.0	174	80	9	396	50	14	10	24	1.75
196011--196083	25	3.1	23	84	11	103	65	0	28	5	1.14
196036--196080	10	4.3	10	81	10	54	66	0	26	6	1.16
197466--197513	25	2.0	24	95	4	87	37	12	8	41	1.73
207759--207806	2	24.0	2	100	0	96	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
208048--208120	24	3.0	24	88	4	67	10	15	24	49	1.76
208058--208113	14	4.3	14	82	17	75	8	14	25	51	1.70
208059--208133	24	3.1	23	90	3	96	12	12	21	54	1.69
208862--208936	10	7.7	10	69	21	61	9	12	21	57	1.62
208868--208932	16	4.1	16	95	0	121	7	12	23	56	1.61
209002--209034	16	2.1	16	100	0	66	6	12	24	57	1.57
210730--210781	3	17.7	3	92	4	88	63	0	0	36	0.95
210907--211138	105	2.2	105	78	7	238	25	16	17	40	1.90
212416--212493	7	11.6	7	80	19	87	10	12	0	76	1.01
212416--212519	8	13.5	8	75	15	87	9	13	0	75	1.08
212407--212484	14	6.0	13	79	18	58	8	15	0	75	1.03
212443--212525	25	3.3	24	83	11	105	8	13	1	77	1.05
223882--223947	30	2.2	30	78	5	71	65	9	7	18	1.45
224045--224127	30	2.8	30	78	10	89	63	14	7	14	1.49
226566--226605	3	13.7	3	84	5	55	60	2	0	37	1.11
228962--229207	37	6.6	36	76	12	133	43	4	6	44	1.51
229004--229253	36	6.7	38	79	11	221	45	3	6	45	1.44
229144--229248	40	2.6	40	82	7	133	46	3	2	46	1.35
235022--235306	147	1.9	147	90	0	453	23	34	10	31	1.89
238360--238453	20	4.7	20	80	7	91	31	25	19	23	1.98
238972--239019	19	2.5	19	77	12	53	45	27	16	10	1.80
239015--239146	19	7.1	19	80	11	130	12	24	20	42	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
241269--241441	42	4.1	42	79	3	188	22	36	19	21	1.95
241375--241441	21	3.2	21	65	21	50	23	34	20	20	1.97
241237--241411	84	2.1	84	96	0	323	21	36	17	25	1.94
241237--241441	84	2.4	84	90	1	268	21	35	18	24	1.95
242792--242827	14	2.6	14	95	0	63	30	0	25	44	1.54
242934--243023	33	2.7	33	91	0	135	43	18	22	15	1.88
242934--242994	19	3.5	19	70	21	60	44	19	22	13	1.85
243019--243169	19	8.7	19	64	21	80	15	22	20	41	1.89
243023--243149	33	3.9	32	87	8	193	14	22	19	42	1.88
243016--243148	66	2.0	66	97	0	248	16	22	19	41	1.90
245440--245464	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
246660--246728	20	3.5	20	92	5	115	30	27	26	15	1.96
246759--246812	14	3.5	14	75	22	54	11	22	20	46	1.82
246741--246811	33	2.2	33	81	0	79	19	21	21	38	1.94
246805--246843	20	2.0	20	100	0	78	10	10	30	48	1.70
246926--246962	14	2.6	14	86	0	56	48	21	0	29	1.50
248829--248882	20	2.7	20	83	11	74	38	24	22	14	1.91
248885--248942	14	3.9	14	79	16	71	48	24	17	10	1.78
248869--248958	32	2.8	32	89	3	135	46	24	16	12	1.81
248976--249033	14	3.9	14	75	16	62	12	17	22	48	1.80
248962--249049	32	2.7	33	91	3	151	13	19	20	46	1.83
249034--249088	20	2.8	19	83	8	65	16	23	23	36	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
249570--249614	18	2.5	18	92	0	72	15	15	42	26	1.87
250934--250992	20	3.0	20	87	0	73	42	22	18	16	1.89
251255--251298	22	2.0	22	95	0	79	18	15	45	20	1.85
251487--251538	20	2.6	20	90	0	77	25	21	26	26	1.99
251547--251600	20	2.7	20	97	0	99	25	18	24	31	1.97
251466--251603	61	2.3	61	84	0	186	23	17	23	35	1.95
251466--251621	61	2.6	61	81	2	152	23	19	23	34	1.96
268636--268791	81	1.9	81	83	8	201	38	21	14	26	1.91
268797--269012	82	2.7	80	79	8	267	44	22	13	19	1.86
277436--277487	2	26.0	2	100	0	104	50	0	0	50	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7