genome.fa.s8011.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008011.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110474_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1648842

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
805227--805300	26	2.8	26	97	0	139	4	29	0	66	1.10
813885--813923	20	2.0	20	100	0	78	51	0	5	43	1.24
823332--823908	113	5.1	113	94	1	955	25	15	14	45	1.83
824643--824749	34	3.1	33	78	14	85	34	0	3	61	1.14
824676--824754	34	2.4	34	85	8	101	37	0	1	60	1.05
826482--826529	21	2.3	21	85	0	60	25	39	12	22	1.89
826533--826626	21	4.5	21	89	5	120	18	34	26	21	1.96
827146--827242	33	2.9	34	85	3	133	55	4	3	37	1.35
827144--827249	34	3.2	33	82	8	133	54	4	2	37	1.36
827629--828230	126	4.8	126	98	0	1147	32	19	25	21	1.97
827629--828230	251	2.4	251	98	0	1145	32	19	25	21	1.97
828298--828338	8	5.2	8	82	5	57	36	29	0	34	1.58
831330--831369	13	3.2	13	89	7	64	45	0	0	55	0.99
840257--840303	21	2.2	21	81	7	51	38	0	6	55	1.26
843357--843431	30	2.6	29	81	8	80	40	26	6	26	1.81
844781--844837	30	1.9	30	85	3	80	33	5	19	42	1.74
844781--844845	29	2.2	30	83	2	78	35	4	18	41	1.71
846005--846045	21	2.0	21	100	0	82	24	17	9	48	1.76
852294--852325	16	2.0	16	93	0	55	34	25	6	34	1.81
855294--855319	7	3.7	7	100	0	52	26	15	30	26	1.96
859012--859079	23	3.1	22	72	18	61	51	0	7	41	1.30
860298--860349	21	2.5	21	81	3	61	38	19	25	17	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
860338--860472	20	6.7	20	78	4	110	34	23	17	24	1.95
860335--860466	61	2.2	61	84	0	165	37	23	15	23	1.93
860640--860683	22	2.0	22	95	0	79	20	45	15	18	1.85
860947--860984	20	1.9	20	88	0	58	13	15	21	50	1.78
862304--862348	18	2.5	18	88	0	72	26	44	15	13	1.83
862821--862887	20	3.4	20	81	2	73	38	23	22	14	1.92
862876--862933	14	3.9	14	79	16	71	48	24	17	10	1.78
862860--862950	32	2.8	33	94	3	166	47	21	18	12	1.81
862967--863024	14	3.9	14	75	16	62	8	15	25	50	1.73
862962--863040	32	2.4	33	93	2	133	10	17	24	48	1.78
863013--863079	19	3.5	19	83	4	89	14	23	23	37	1.93
863025--863079	20	2.8	19	89	5	83	16	25	23	34	1.95
865099--865212	33	3.5	32	89	7	133	46	18	21	14	1.83
865112--865212	19	5.8	19	80	19	132	46	17	21	13	1.83
865099--865162	14	4.2	14	81	18	83	46	18	20	14	1.83
865112--865212	52	1.9	52	95	0	184	46	17	21	13	1.83
865231--865288	20	2.9	20	94	0	98	17	22	22	37	1.93
866348--866401	24	2.2	24	90	0	81	27	16	16	38	1.90
866575--866599	12	2.1	12	100	0	50	72	0	28	0	0.86
868892--868950	19	3.4	19	68	22	65	47	16	20	15	1.83
868872--868953	33	2.3	35	79	16	96	42	20	20	15	1.89
869077--869127	14	3.6	14	91	0	75	45	25	0	29	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
869068--869139	14	5.4	13	82	8	56	48	22	0	29	1.51
870485--870551	21	3.2	21	68	4	55	19	20	35	23	1.95
870485--870607	42	2.9	41	80	7	113	22	17	36	22	1.95
872638--872715	33	2.3	33	91	2	120	38	26	23	11	1.89
872700--872769	19	3.7	19	96	0	122	47	21	20	11	1.81
873344--873437	20	4.7	20	77	2	80	23	18	23	35	1.96
873363--873440	41	1.9	41	83	0	102	21	16	20	41	1.91
873426--873518	20	4.5	21	78	4	100	17	24	18	39	1.91
873426--873518	41	2.3	41	100	0	150	17	24	18	39	1.91
873768--873832	31	2.1	31	85	0	85	24	20	12	43	1.86
892860--893308	229	2.0	227	94	1	783	45	8	7	39	1.61
893375--893420	20	2.3	19	89	10	74	54	10	17	17	1.70
893542--893589	20	2.4	20	83	13	71	52	10	16	20	1.73
895821--895885	21	3.1	21	80	6	69	40	15	29	15	1.88
895919--895984	33	2.0	33	90	0	105	28	0	48	22	1.51
897778--897826	19	2.6	19	93	0	80	30	2	10	57	1.43
897945--899899	198	9.9	198	99	0	3804	36	16	15	30	1.91
901339--901410	3	24.0	3	78	0	72	34	5	34	25	1.79
902608--903485	183	4.8	183	97	0	1571	35	14	16	33	1.89
903481--903523	22	1.9	23	90	4	70	30	11	13	44	1.80
906650--906712	23	2.7	23	90	0	90	36	7	17	38	1.79
906650--906722	23	3.2	23	86	3	85	34	6	19	39	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
907081--907144	23	2.8	23	87	0	92	35	6	20	37	1.78
907081--907153	23	3.2	23	82	7	85	34	5	20	39	1.76
907513--907576	23	2.8	23	87	0	92	35	6	20	37	1.78
907513--907585	23	3.2	23	82	7	85	34	5	20	39	1.76
906551--907822	431	2.9	431	98	0	2472	39	8	12	39	1.74
907854--907904	25	2.0	25	92	0	84	33	7	19	39	1.81
908153--908189	18	2.1	18	89	0	56	32	5	10	51	1.60
908145--908191	24	2.0	24	86	0	67	34	4	14	46	1.64
908448--908573	39	3.2	39	97	0	234	48	20	13	17	1.81
908975--909038	23	2.8	23	87	0	92	35	6	20	37	1.78
908975--909047	23	3.2	23	82	7	85	34	5	20	39	1.76
914923--914968	15	3.1	15	78	6	58	43	8	17	30	1.79
914970--915010	14	2.9	14	85	0	55	29	14	19	36	1.92
915313--915374	23	2.7	23	80	7	63	45	1	1	51	1.20
915350--915402	20	2.7	20	75	16	56	49	1	0	49	1.12
915658--915711	14	3.4	16	72	20	51	48	0	1	50	1.11
919072--919185	42	2.7	41	87	4	156	57	13	7	21	1.60
930052--930076	2	12.5	2	100	0	50	0	52	0	48	1.00
932308--932463	31	5.0	31	96	1	269	37	23	19	19	1.94
933394--933438	21	2.1	21	87	0	63	15	24	28	31	1.96
953881--953920	20	2.0	21	90	5	64	35	5	15	45	1.68
953848--953977	53	2.5	52	96	3	244	33	6	12	48	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
953934--953973	20	2.0	20	95	0	71	37	5	12	45	1.64
960892--960931	20	2.0	21	90	5	64	35	5	15	45	1.68
970256--970416	80	2.0	80	97	0	304	40	19	16	23	1.91
982741--982801	20	3.1	19	75	15	61	50	3	1	44	1.28
987633--987670	19	2.0	19	85	10	51	52	0	0	47	1.00
987615--987665	20	2.5	21	78	15	54	50	0	1	47	1.12
1004821--1005022	98	2.0	101	88	5	302	30	18	17	32	1.95
1021524--1021647	62	2.0	62	93	0	212	16	19	24	40	1.91
1023076--1023456	2	195.5	2	64	19	112	46	3	3	45	1.40
1023076--1023139	15	4.2	15	75	20	53	51	3	0	45	1.17
1023076--1023131	17	3.4	16	81	16	53	51	1	0	46	1.11
1023163--1023341	13	13.8	13	70	13	66	45	6	5	43	1.50
1023081--1023278	18	10.6	18	73	17	131	48	5	2	44	1.36
1023076--1023322	98	2.5	100	82	9	289	47	4	3	44	1.42
1023298--1023341	15	3.1	15	80	12	56	45	6	6	40	1.57
1023675--1023712	6	6.0	6	90	9	58	47	47	0	5	1.24
1023675--1023736	7	9.4	7	77	8	60	45	40	1	12	1.52
1023675--1023712	13	3.0	13	96	3	69	47	47	0	5	1.24
1023797--1023861	2	31.5	2	87	6	94	47	1	3	47	1.27
1024502--1024544	21	1.9	23	86	13	63	48	2	4	44	1.36
1024542--1024620	14	5.7	13	75	19	63	20	0	29	50	1.48
1024542--1024592	21	2.4	21	96	0	93	19	0	29	50	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1024545--1024626	28	3.0	27	82	10	94	20	0	28	51	1.48
1024542--1024620	21	3.8	21	78	9	81	20	0	29	50	1.48
1024667--1024733	33	2.1	32	85	2	89	38	4	2	53	1.36
1024705--1024832	38	3.3	37	75	15	132	42	8	4	43	1.56
1024717--1024827	18	5.7	18	72	19	89	42	9	5	43	1.59
1024823--1024985	2	76.0	2	68	19	80	42	6	4	46	1.50
1024868--1024978	49	2.3	49	90	3	170	41	8	3	46	1.51
1024939--1025007	34	2.0	36	85	5	97	46	7	2	43	1.46
1024791--1025007	49	4.4	49	72	15	123	42	7	4	44	1.54
1025022--1025131	33	3.3	33	88	5	157	42	8	6	42	1.60

Tables:   1   2   3   4   5   6   7