genome.fa.s8065.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008065.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110562_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  676718

Tables:   1   2   3   

This is table  1  of  3  ( 282 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6025--6063	15	2.7	15	92	4	62	33	15	7	43	1.75
27953--28008	15	3.9	15	68	27	50	60	5	0	33	1.19
28073--28119	19	2.5	19	100	0	94	57	0	14	27	1.38
30824--30850	14	1.9	14	100	0	54	29	18	22	29	1.97
46166--46199	16	2.1	16	94	0	59	29	20	32	17	1.96
52354--52411	21	2.8	21	83	0	80	22	3	25	48	1.66
52354--52435	42	2.0	42	82	4	103	23	6	26	43	1.77
52693--52749	24	2.4	24	85	5	71	35	0	3	61	1.13
61921--61954	16	2.1	17	88	5	52	58	0	2	38	1.13
62861--62885	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
65147--65184	20	1.9	20	88	0	58	21	26	26	26	1.99
68018--68060	22	2.0	21	86	4	59	34	2	11	51	1.51
76371--76406	7	5.0	7	86	6	54	66	0	0	33	0.92
76370--76406	15	2.6	14	91	4	56	64	0	0	35	0.94
86987--87083	3	31.7	3	78	8	97	58	0	2	39	1.10
87333--88434	113	9.7	113	97	0	2053	29	20	12	37	1.89
88848--88902	22	2.5	22	87	0	83	38	16	12	32	1.86
91395--91735	114	3.0	114	94	0	574	31	20	15	33	1.94
93989--94019	11	2.8	11	90	0	53	0	12	0	87	0.55
100313--100405	3	30.3	3	79	8	98	59	0	2	38	1.10
104187--104293	7	15.3	7	74	13	51	42	31	0	25	1.55
104187--104290	28	3.4	30	79	15	92	44	30	0	25	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
104187--104287	14	7.2	14	71	0	76	43	31	0	24	1.55
104231--104303	35	2.1	35	84	5	94	46	27	0	26	1.53
112027--112164	69	2.0	69	82	0	168	20	34	23	22	1.97
125992--126027	12	3.1	11	88	11	54	11	2	0	86	0.68
134044--134105	23	2.7	23	97	0	115	43	3	0	53	1.17
146624--146648	13	1.9	13	100	0	50	32	4	0	64	1.12
147404--147455	26	2.0	26	96	0	95	42	11	1	44	1.51
147535--147560	9	2.9	9	100	0	52	30	0	0	69	0.89
147644--147681	20	1.9	20	84	10	51	73	0	0	26	0.83
153821--153883	27	2.3	26	89	7	99	39	9	34	15	1.80
155627--155653	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
155963--155996	16	2.1	16	100	0	68	67	0	0	32	0.91
161357--161397	8	5.2	8	82	5	57	34	0	29	36	1.58
162103--162203	34	3.0	34	85	0	139	38	2	3	54	1.34
162780--162827	21	2.3	21	88	0	69	22	12	39	25	1.89
164557--164641	32	2.6	32	79	5	89	58	2	0	38	1.11
164557--164632	35	2.3	34	81	6	93	60	1	0	38	1.05
164585--164662	34	2.3	34	80	10	88	64	5	0	30	1.15
167714--167747	17	2.0	17	94	0	59	55	0	0	44	0.99
168096--168253	21	7.8	20	70	7	77	37	24	17	19	1.93
168221--168414	20	9.6	20	76	8	76	35	25	19	19	1.95
168221--168414	40	4.8	39	82	3	199	35	25	19	19	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
168221--168413	60	3.2	60	83	0	251	35	25	19	19	1.95
168795--168865	33	2.2	33	92	0	115	11	22	18	47	1.80
168986--169040	14	3.6	14	73	21	56	41	23	25	9	1.83
168986--169056	33	2.2	33	94	0	124	43	25	22	8	1.81
169052--169149	19	5.7	19	70	22	81	10	24	22	42	1.84
169074--169163	14	5.7	14	74	23	81	8	25	23	42	1.83
169057--169171	33	3.5	33	95	0	212	9	24	20	45	1.81
170870--171247	92	4.1	93	98	1	726	22	12	18	46	1.83
171291--171419	19	7.3	19	75	17	125	45	28	17	8	1.77
171327--171419	33	2.8	32	91	4	150	46	27	18	7	1.76
171291--171419	52	2.5	52	74	14	140	45	28	17	8	1.77
171415--171549	19	7.6	19	75	16	128	11	18	23	45	1.82
171437--171493	14	3.7	14	75	20	51	12	19	22	45	1.83
171420--171512	33	2.8	33	93	0	159	11	19	21	47	1.81
173443--173478	14	2.6	14	95	0	63	33	0	22	44	1.53
173585--173662	19	4.4	19	81	15	112	46	17	21	14	1.84
173585--173684	52	1.9	52	97	0	191	45	18	22	15	1.85
173691--173808	20	6.6	19	75	20	121	13	22	19	44	1.85
173715--173808	34	2.8	33	88	6	136	12	20	20	46	1.82
173695--173814	53	2.3	53	85	7	147	13	20	19	47	1.82
176089--176113	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
176288--176334	24	2.0	24	87	8	69	38	21	14	25	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
177011--177400	20	19.5	20	84	5	457	20	18	25	35	1.95
178286--178669	192	2.0	192	99	0	759	26	22	24	25	2.00
180029--180081	26	2.0	26	85	0	70	28	1	18	50	1.57
196983--197305	161	2.0	161	98	0	628	19	23	19	37	1.94
202388--202437	26	1.9	26	95	0	91	34	4	18	44	1.68
202387--202447	26	2.3	27	86	8	90	36	4	14	44	1.67
205276--205609	150	2.2	148	85	4	456	32	12	18	36	1.88
209394--209419	2	13.0	2	100	0	52	50	0	50	0	1.00
209759--209807	19	2.4	21	80	13	66	48	4	0	46	1.20
209867--209891	9	2.8	9	100	0	50	76	0	0	24	0.80
216814--216851	20	2.0	19	90	10	60	47	10	23	18	1.79
216813--216857	20	2.6	16	80	19	54	44	11	22	22	1.84
220048--220077	15	1.9	16	93	6	53	56	20	0	23	1.42
221879--222291	186	2.2	188	84	7	523	39	12	10	38	1.77
222337--222372	18	1.9	19	88	5	56	55	2	5	36	1.38
222687--222714	12	2.3	12	100	0	56	50	0	25	25	1.50
224171--224214	20	2.3	19	84	4	52	63	4	2	29	1.26
225043--225092	23	2.2	23	88	0	73	62	2	22	14	1.42
245674--245746	20	3.6	20	75	15	69	32	26	20	20	1.97
245781--246090	20	15.4	20	76	8	161	37	23	19	19	1.94
245838--246049	41	5.2	41	90	1	320	38	24	18	19	1.93
246022--246092	19	3.7	19	94	1	115	30	29	19	19	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
246946--246999	24	2.2	24	93	0	90	20	18	20	40	1.91
248932--249139	20	10.2	20	78	6	213	19	18	24	37	1.94
248932--249165	41	5.8	41	87	5	316	20	18	24	37	1.94
249152--249204	20	2.7	20	85	5	72	13	16	24	45	1.83
259884--259934	18	2.8	18	81	3	66	41	0	0	58	0.98
260888--260920	2	16.5	2	93	0	57	51	3	0	45	1.16
261938--261995	19	3.1	18	77	5	62	10	18	29	41	1.84
262240--262389	33	4.5	31	71	20	99	45	4	4	45	1.45
262234--262389	32	4.7	32	71	17	113	43	4	4	47	1.43
262234--262346	31	3.5	31	74	12	104	43	5	5	46	1.49
262222--262496	37	7.8	37	77	13	226	44	4	4	46	1.44
262207--262517	37	8.8	35	74	16	164	43	5	4	46	1.47
263172--264423	165	7.6	165	98	0	2429	22	21	26	28	1.99
267795--267839	19	2.4	19	92	3	74	66	8	13	11	1.44
269596--269638	2	21.5	2	100	0	86	51	0	0	48	1.00
270637--270694	19	3.1	18	77	5	62	10	18	29	41	1.84
270849--270880	14	2.3	14	94	0	55	75	0	9	15	1.05
270997--271075	38	2.1	38	88	2	115	44	3	5	46	1.43
270930--271201	71	4.1	67	75	15	203	43	5	5	46	1.49
270930--271178	34	7.5	32	76	13	154	44	4	5	46	1.46
270939--271178	103	2.4	101	80	10	242	44	4	5	45	1.45
270902--271195	34	8.6	34	70	22	97	44	5	4	45	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
271966--272133	84	2.0	84	98	0	327	27	27	20	23	1.99
272600--272646	21	2.2	20	79	17	51	68	2	8	21	1.27
274495--274536	22	1.9	22	90	9	68	35	0	16	47	1.47
274494--274542	22	2.2	21	83	16	64	32	0	20	46	1.51
276787--277024	87	2.7	85	80	10	225	25	17	6	50	1.70
276760--277110	43	8.2	42	75	11	241	25	14	6	53	1.66
282994--283061	2	34.5	2	94	2	120	51	0	0	48	1.00
285146--285174	12	2.4	12	100	0	58	34	0	10	55	1.34
287168--287216	21	2.3	21	82	0	62	46	12	36	4	1.60
295083--295432	112	3.1	111	90	2	533	45	13	13	27	1.81

Tables:   1   2   3