genome.fa.s8075.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008075.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110577_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1947163

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   

This is table  5  of  10  ( 1176 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
846245--846303	29	2.1	29	84	12	79	59	3	1	35	1.24
847700--847768	33	2.1	33	91	0	111	42	4	5	47	1.47
853676--853705	2	15.0	2	92	0	51	46	0	50	3	1.18
853674--853702	14	2.1	14	100	0	58	41	0	51	6	1.28
863231--864014	388	2.0	387	92	0	1300	27	13	14	44	1.83
867779--867870	46	2.0	46	97	0	175	25	10	18	45	1.81
870389--870449	24	2.6	24	89	2	97	19	22	24	32	1.97
877001--877049	23	2.1	24	84	3	64	14	4	2	79	0.97
894908--895176	110	2.5	108	77	7	269	34	22	18	24	1.96
897675--897740	15	4.4	15	90	0	105	34	6	21	37	1.78
897675--897756	30	2.8	30	90	1	121	37	7	19	35	1.80
897669--897756	15	5.9	15	82	2	97	39	6	20	32	1.79
897739--897788	20	2.5	20	90	3	82	42	10	14	34	1.78
897986--898087	30	3.5	28	78	17	93	51	1	0	45	1.19
897985--898131	28	4.9	28	70	15	82	51	1	1	46	1.18
898072--898135	19	3.8	16	70	22	58	50	0	1	48	1.10
897989--898150	31	5.4	30	74	16	99	52	1	1	45	1.16
898104--898149	10	4.5	10	78	21	51	58	0	0	41	0.98
898105--898161	22	2.6	22	84	10	73	54	0	0	45	0.99
898112--898161	21	2.3	21	86	10	66	54	0	0	46	1.00
898350--898469	42	2.9	42	96	0	213	45	19	19	16	1.86
899881--900069	57	3.2	57	81	10	238	58	3	4	34	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
899884--900065	91	2.0	91	87	8	257	57	3	4	34	1.35
899881--900067	29	6.4	29	79	10	211	57	3	4	34	1.34
900048--900092	24	2.0	22	84	16	58	55	0	8	35	1.31
900459--900526	30	2.2	30	84	7	84	45	14	2	36	1.60
916820--916847	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
918590--918667	23	3.4	23	94	0	129	38	7	20	33	1.81
918707--918754	23	2.1	23	88	0	69	39	8	18	33	1.81
918782--918841	23	2.6	23	83	0	66	40	10	16	33	1.82
918617--918847	87	2.7	87	94	0	408	42	11	13	32	1.80
919120--919238	26	4.6	26	69	19	72	45	1	1	51	1.21
919197--919260	30	2.2	29	86	8	85	48	0	1	50	1.10
919776--919851	24	2.7	29	67	23	72	57	3	5	32	1.39
919944--920029	14	6.1	14	68	9	50	50	1	1	47	1.16
919936--920015	25	3.0	25	75	20	65	45	2	2	50	1.28
919944--920032	28	3.2	28	71	7	76	49	1	1	48	1.16
919972--920040	30	2.3	31	82	9	81	49	0	1	49	1.09
920143--920805	197	3.4	196	87	4	890	38	14	14	31	1.87
920818--921054	85	2.8	86	84	4	309	33	13	8	44	1.74
920984--921036	23	2.4	21	78	12	61	33	11	5	49	1.62
933831--933861	15	2.1	15	100	0	62	19	19	25	35	1.95
934156--934231	16	4.8	15	70	16	55	55	2	2	39	1.28
934082--934438	136	2.6	132	80	9	409	47	8	7	36	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
934433--934474	14	3.0	14	86	10	59	57	0	2	40	1.12
934637--934671	16	2.1	17	89	5	54	60	2	5	31	1.35
935944--935986	21	2.0	21	86	8	61	46	0	2	51	1.13
937067--937515	229	2.0	227	94	0	781	45	7	6	39	1.59
937745--937793	20	2.7	17	82	17	71	51	10	18	20	1.75
937748--937785	20	1.9	20	100	0	76	52	13	15	18	1.74
938979--939610	199	3.2	199	96	0	1131	31	15	15	37	1.90
939729--939777	19	2.6	19	93	0	80	57	10	2	30	1.43
942177--942241	25	2.6	25	80	0	85	35	9	13	41	1.77
942525--942583	22	2.7	22	97	0	109	40	10	8	40	1.69
942610--942682	23	3.2	23	88	0	101	34	4	21	39	1.73
943041--943113	23	3.2	23	88	0	101	34	4	21	39	1.73
943258--943324	30	2.2	29	82	10	73	52	4	0	43	1.21
944342--944391	21	2.5	20	81	9	50	46	2	2	50	1.24
944895--944933	16	2.5	16	91	4	62	38	20	2	38	1.66
944906--945114	104	2.0	104	95	0	373	39	13	10	36	1.79
951719--951779	29	2.1	29	84	6	79	49	6	1	42	1.38
951846--951910	32	2.0	32	82	11	80	56	0	6	36	1.24
951892--951990	28	3.9	25	72	17	87	56	3	4	36	1.34
951927--951976	23	2.3	21	78	18	57	50	4	4	42	1.40
951907--951977	22	3.1	22	77	15	63	53	4	2	39	1.35
951955--952082	31	4.2	31	81	7	138	53	1	6	38	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
951948--952082	63	2.2	59	81	9	155	54	1	5	37	1.34
953601--953657	28	2.0	27	80	12	62	29	17	0	52	1.45
953961--954042	23	3.6	23	89	0	119	30	25	20	23	1.99
955263--955357	44	2.2	44	87	7	133	27	26	22	24	2.00
955263--955357	23	4.4	21	77	9	86	27	26	22	24	2.00
955282--955362	23	3.7	23	77	8	96	25	25	24	23	2.00
955281--955380	43	2.3	42	80	8	112	27	26	25	22	2.00
956903--956946	21	2.1	21	86	0	61	9	36	15	38	1.80
957748--957788	21	2.0	21	85	9	57	36	4	9	48	1.58
958002--958091	45	2.0	45	93	4	155	28	26	17	26	1.98
958012--958089	19	3.7	19	73	23	68	29	28	19	23	1.98
958389--959281	463	1.9	462	88	4	1356	29	16	17	36	1.92
971318--971398	21	3.9	21	75	0	81	24	16	25	33	1.96
971326--971415	42	2.1	42	84	8	112	26	16	26	30	1.97
971685--971749	30	2.2	30	83	5	78	36	6	21	35	1.79
972928--973036	21	5.2	21	73	8	105	26	19	26	27	1.99
972928--973036	42	2.6	42	85	8	150	26	19	26	27	1.99
973275--973329	28	2.0	28	96	0	101	45	10	16	27	1.80
973416--973470	28	2.0	28	96	0	101	45	10	16	27	1.80
973239--973519	141	2.0	141	99	0	553	38	6	21	34	1.78
981863--981891	3	9.7	3	100	0	58	0	31	0	68	0.89
1000317--1000478	63	2.5	64	83	4	177	33	20	19	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1001118--1001186	23	3.0	23	77	6	59	21	21	24	31	1.98
1007451--1007499	20	2.5	20	100	0	98	24	16	28	30	1.96
1008115--1008169	23	2.4	23	81	0	65	25	21	21	30	1.98
1011291--1011339	15	3.0	17	73	11	57	57	0	0	42	0.99
1011291--1011363	32	2.3	32	81	9	87	57	0	0	42	0.98
1011336--1011385	24	2.1	24	81	7	57	58	4	0	38	1.17
1014159--1014264	53	2.0	53	96	0	194	35	1	22	39	1.65
1014162--1014244	26	3.2	26	66	27	75	37	2	20	39	1.66
1019044--1019068	12	2.1	12	100	0	50	16	36	24	24	1.94
1019415--1019508	20	4.7	20	80	7	100	34	25	18	22	1.96
1020065--1020106	19	2.2	19	91	0	66	52	26	16	4	1.63
1020102--1020191	19	4.7	19	88	2	135	11	21	21	46	1.81
1020102--1020191	39	2.3	38	90	1	135	11	21	21	46	1.81
1020121--1020202	39	2.1	39	82	6	96	8	21	25	43	1.81
1020243--1020300	20	2.9	20	80	10	64	13	24	18	43	1.87
1022287--1022362	39	1.9	39	83	0	98	25	35	18	21	1.95
1023743--1023775	14	2.4	14	94	0	57	33	0	24	42	1.55
1023956--1024084	19	7.7	19	64	25	76	14	21	20	43	1.87
1023960--1024084	32	3.9	32	86	8	182	15	21	20	43	1.88
1023953--1024083	65	2.0	65	94	2	228	16	21	19	41	1.90
1026354--1026378	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
1026551--1026604	24	2.2	24	86	0	72	40	20	14	24	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1027654--1027711	20	2.9	20	94	0	98	37	22	22	17	1.93
1027752--1027797	19	2.4	19	96	0	83	17	21	13	47	1.81
1027914--1027950	14	2.6	14	86	0	56	48	21	0	29	1.50
1029804--1029854	20	2.7	18	77	11	57	35	23	23	17	1.95
1029820--1029857	20	1.9	19	89	5	58	31	23	26	18	1.97
1029858--1029915	14	3.9	14	79	16	71	48	25	17	8	1.75
1029842--1029920	32	2.4	33	95	2	142	46	24	18	10	1.80
1029949--1030006	14	3.9	13	76	24	53	10	18	22	48	1.78
1029932--1030022	32	2.8	33	91	6	150	12	19	20	47	1.81
1030007--1030061	20	2.8	19	83	8	65	16	23	23	36	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10