genome.fa.s8075.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008075.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110577_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1947163

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2377--3046	180	3.7	181	94	3	1169	32	17	14	35	1.90
4986--5028	20	2.3	18	85	14	61	20	16	11	51	1.75
4991--5037	20	2.4	19	82	10	67	19	17	10	53	1.72
5157--5202	20	2.3	20	89	10	76	17	17	10	54	1.70
5266--5709	226	2.0	223	94	2	773	39	7	8	45	1.62
6270--6307	19	2.0	19	94	0	67	31	10	7	50	1.66
7466--7548	29	2.8	29	92	1	139	43	9	14	32	1.78
12228--12310	29	2.8	29	92	1	139	43	9	14	32	1.78
13096--13160	32	2.0	32	88	5	96	32	3	21	43	1.68
15771--15797	7	3.9	7	100	0	54	14	55	0	29	1.40
18312--18342	12	2.7	12	95	5	55	64	6	0	29	1.18
20385--20413	15	1.9	15	100	0	58	41	0	0	58	0.98
27818--28081	132	2.0	131	96	0	492	27	11	16	44	1.82
36103--36164	29	2.1	31	90	6	101	51	12	11	24	1.72
38463--38971	250	2.0	257	96	3	944	29	23	15	31	1.95
40994--41052	29	2.0	29	100	0	118	49	13	13	23	1.78
45186--45241	28	2.0	28	83	13	71	51	0	0	48	1.00
45187--45255	34	2.0	34	81	18	81	50	0	0	49	1.00
49040--49091	23	2.3	23	86	6	70	17	19	9	53	1.70
50993--51027	17	2.1	17	94	0	61	31	11	5	51	1.61
55207--55262	28	2.0	29	82	10	71	51	0	1	46	1.11
55311--55352	20	2.2	19	86	4	57	64	2	0	33	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
55480--55538	21	2.8	20	76	18	57	52	0	0	47	1.00
55544--55573	3	10.0	3	100	0	60	66	0	0	33	0.92
56226--56271	20	2.3	20	81	11	58	6	43	39	10	1.66
56426--56473	17	2.8	17	72	12	53	4	18	18	58	1.55
56996--57061	3	22.3	3	84	3	89	62	0	0	37	0.96
57218--58009	76	10.4	76	94	0	1386	34	21	19	24	1.96
58673--58749	22	3.5	22	96	0	145	40	14	11	33	1.82
61279--61498	114	1.9	114	90	0	350	30	20	14	34	1.93
63756--63838	10	8.2	10	73	16	64	3	13	1	81	0.87
63757--63830	29	2.6	28	85	10	96	2	13	1	82	0.84
63773--63838	21	3.2	20	82	6	69	4	13	0	81	0.83
64158--64199	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
69472--69513	20	2.2	19	86	4	57	64	2	0	33	1.07
69392--69617	113	2.0	116	83	7	291	46	7	7	37	1.62
70380--70418	20	2.0	19	85	5	51	12	46	28	12	1.79
70579--70624	17	2.8	16	78	18	58	2	19	21	56	1.52
71144--71219	9	8.7	9	76	13	61	55	0	1	43	1.08
71149--71208	3	20.3	3	76	10	61	58	0	0	41	0.98
71149--71208	23	2.5	24	89	2	86	58	0	0	41	0.98
71149--71224	26	3.0	26	79	7	68	57	0	2	39	1.12
75588--75997	206	2.0	205	85	4	549	32	17	16	33	1.92
85970--86033	29	2.2	31	80	11	80	40	9	15	34	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91496--91520	5	5.0	5	100	0	50	40	0	40	20	1.52
92151--92209	27	2.2	26	81	6	64	55	0	0	44	0.99
92010--92339	173	1.9	170	92	3	554	40	2	9	46	1.51
92426--92469	21	2.0	22	86	4	63	34	22	15	27	1.95
93474--93532	30	2.0	30	83	3	75	38	5	6	49	1.52
93741--93769	14	2.1	14	93	6	51	68	0	0	31	0.89
95409--95457	14	3.4	14	75	10	53	8	8	26	57	1.56
105084--105133	25	2.0	26	84	4	66	50	0	0	50	1.00
105978--106006	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
108768--108836	34	2.0	35	91	8	115	34	10	26	28	1.89
109901--109996	42	2.3	40	77	11	95	28	17	18	35	1.94
113916--114001	21	4.1	21	81	3	93	36	17	43	3	1.66
113924--114016	21	4.4	21	79	4	80	39	18	39	2	1.63
114355--114440	43	2.0	43	84	4	111	32	22	20	24	1.98
114434--114556	43	2.9	42	82	3	138	34	21	21	23	1.97
114442--114666	43	5.3	43	77	3	132	29	22	20	27	1.98
115099--115129	15	2.1	15	93	0	53	19	38	6	35	1.77
123561--123637	29	2.6	30	85	6	113	23	0	16	59	1.37
124787--124911	65	1.9	65	88	6	191	29	20	20	29	1.98
130679--130735	23	2.6	22	78	8	71	19	31	24	24	1.98
132338--132387	15	3.3	15	100	0	100	14	24	34	28	1.93
138162--138190	15	2.0	15	93	6	51	58	13	13	13	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
138466--138500	15	2.3	15	95	0	61	14	20	34	31	1.92
141645--141769	65	1.9	65	88	6	191	29	22	20	28	1.98
141829--141884	21	2.7	21	100	0	112	28	28	16	26	1.97
142320--142570	43	5.9	43	83	1	281	29	19	22	28	1.98
142742--142800	21	2.8	21	84	0	73	55	20	5	18	1.61
144330--144549	111	2.0	111	94	0	386	42	16	20	20	1.89
146950--147384	42	10.6	41	74	7	222	32	18	19	29	1.96
147023--147386	41	8.9	39	73	10	194	33	18	18	29	1.95
147082--147387	122	2.5	121	78	5	278	31	18	19	30	1.96
147023--147365	164	2.1	162	80	4	377	34	18	18	28	1.94
149241--149323	29	2.8	29	94	1	148	40	13	14	31	1.84
154010--154086	29	2.7	29	91	0	127	40	14	15	29	1.87
160904--160933	14	2.1	14	93	0	51	56	6	13	23	1.60
161144--161170	12	2.2	12	100	0	54	18	14	11	55	1.68
162053--162099	23	2.0	23	87	0	67	40	6	8	44	1.60
166945--167154	83	2.5	80	84	8	244	45	11	4	38	1.60
173973--173998	4	6.5	4	100	0	52	23	0	0	76	0.78
191518--191640	45	2.7	46	85	2	158	36	16	9	37	1.82
197944--198016	36	2.0	37	81	5	87	52	4	0	43	1.20
199680--199732	20	2.7	20	90	0	79	16	18	26	37	1.93
201617--201665	20	2.5	20	96	0	89	36	26	22	14	1.92
201670--201722	20	2.7	20	88	2	72	50	18	16	13	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
201723--201761	19	2.0	20	85	5	53	12	12	20	53	1.71
201767--201832	20	3.3	20	83	8	89	16	21	25	36	1.94
201821--201864	20	2.2	20	91	0	70	11	13	25	50	1.75
202345--202422	21	3.7	21	75	0	84	23	37	16	23	1.94
202344--202451	42	2.6	41	79	5	117	23	35	15	25	1.94
203831--203893	31	2.2	28	86	11	83	30	0	17	52	1.45
203945--204013	20	3.5	20	76	11	61	42	27	15	14	1.86
204063--204211	20	7.8	20	77	8	148	26	16	20	36	1.94
204026--204205	40	4.9	36	72	14	127	23	17	21	36	1.95
204021--204211	54	3.4	54	77	9	186	25	17	20	36	1.94
204182--204464	140	2.0	140	94	0	494	44	13	12	30	1.80
204522--204556	18	1.9	18	94	0	61	20	2	22	54	1.58
206805--206858	24	2.2	24	93	0	90	40	20	18	20	1.91
206805--206872	24	2.8	24	84	0	64	38	20	17	23	1.93
207657--207826	41	4.2	40	75	12	141	25	15	24	34	1.95
207841--207901	19	3.2	19	85	2	68	21	14	31	32	1.93
207850--207907	19	3.1	19	87	0	80	20	12	31	36	1.89
212459--212717	143	1.8	142	85	8	364	47	7	6	38	1.56
212772--212894	41	2.9	40	71	17	106	57	2	1	38	1.22
214254--214391	39	3.6	38	87	3	188	19	22	9	48	1.77
214291--214355	20	3.3	20	70	20	55	18	20	7	53	1.68
214572--214854	124	2.3	123	90	1	424	26	19	14	39	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
214858--215441	113	5.1	113	83	8	712	26	19	15	38	1.91
214832--215441	236	2.7	226	82	8	757	26	19	14	38	1.91
215368--215412	23	1.9	23	82	13	56	15	26	6	51	1.68
215439--215664	76	3.0	76	93	0	380	34	21	19	23	1.96
215673--215998	164	2.0	165	91	0	537	38	13	13	34	1.84
216506--216560	22	2.5	22	87	0	83	41	12	9	36	1.75
218399--218470	22	3.3	22	88	5	110	27	20	25	26	1.99
218407--218469	21	3.0	21	92	2	99	23	23	26	25	2.00
219845--219969	64	1.9	66	88	3	191	29	19	16	35	1.93
219845--220005	64	2.5	63	82	5	189	28	19	17	34	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10