genome.fa.s8078.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008078.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110580_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1434613

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

This is table  1  of  7  ( 813 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1367--1826	92	5.0	92	96	2	849	22	13	18	45	1.84
1858--1987	19	7.3	19	73	18	118	46	28	16	8	1.77
1894--1987	34	2.8	32	89	7	143	46	27	18	7	1.75
1983--2117	19	7.6	19	75	16	128	11	19	23	45	1.82
2005--2061	14	3.7	14	77	20	60	10	21	22	45	1.82
1988--2080	33	2.8	33	95	0	168	10	20	21	47	1.80
2570--2629	20	3.0	20	70	4	57	25	36	18	20	1.94
4161--4262	19	5.6	19	84	13	151	44	17	23	14	1.86
4269--4592	33	9.5	33	70	21	172	13	20	18	46	1.83
4291--4592	19	17.4	19	76	19	322	13	20	18	47	1.82
4269--4564	52	5.6	52	90	3	246	14	21	17	46	1.83
4269--4506	85	2.8	85	88	6	342	14	20	18	47	1.83
6860--6884	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
7058--7103	24	2.0	23	87	12	67	36	21	15	26	1.93
7783--8151	20	18.5	20	85	4	449	20	18	26	34	1.95
8445--8499	25	2.3	24	84	12	69	61	1	5	30	1.29
10901--10989	32	2.8	32	85	0	133	44	30	4	20	1.71
14656--14686	15	2.0	16	93	6	55	32	12	12	41	1.81
25857--25902	24	1.9	24	95	0	83	41	26	17	15	1.88
25909--25982	23	3.2	23	80	3	69	35	21	22	20	1.96
25932--25992	23	2.7	23	84	0	77	36	21	22	19	1.95
26331--26540	65	3.2	64	81	9	223	30	23	19	27	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27359--27541	64	2.9	64	83	6	205	31	20	21	26	1.98
27405--27527	64	1.9	64	93	3	212	32	21	21	24	1.98
27405--27578	64	2.7	64	84	5	208	31	21	20	25	1.98
27889--27922	12	2.8	12	90	0	59	32	5	23	38	1.79
27940--28013	29	2.6	29	95	2	132	41	16	22	18	1.89
27940--28026	29	3.0	29	89	1	104	44	14	20	19	1.86
36093--36145	2	26.5	2	100	0	106	50	0	0	49	1.00
50665--50718	21	2.6	21	96	0	99	20	33	22	24	1.97
52342--52550	64	3.3	64	82	5	219	32	21	19	26	1.97
52859--52893	12	2.9	12	100	0	70	34	0	25	40	1.56
52912--52982	29	2.5	29	95	2	126	43	16	22	16	1.87
54610--54683	15	4.8	16	73	16	50	33	22	6	36	1.81
54659--54691	14	2.3	15	89	5	50	24	18	0	57	1.40
56224--56345	31	3.7	31	68	18	86	53	10	10	25	1.67
56199--56363	68	2.4	68	97	0	312	48	12	12	26	1.77
58819--58880	29	2.1	29	82	5	72	40	14	22	22	1.90
61263--61314	23	2.3	23	89	0	77	25	26	38	9	1.86
61270--61326	23	2.5	24	88	8	91	28	24	36	10	1.88
61444--61500	29	2.0	29	96	0	105	19	29	35	15	1.93
62330--62900	285	2.0	278	93	3	973	43	8	4	43	1.55
62695--62737	21	2.0	22	86	4	61	55	6	6	30	1.53
62695--62738	22	2.0	22	82	8	54	56	6	6	29	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63446--63605	65	2.5	66	85	5	202	31	23	17	26	1.97
64902--64949	19	2.5	20	89	3	71	54	6	10	29	1.59
66180--66239	30	2.0	30	90	6	95	35	6	15	43	1.72
66417--66479	21	3.0	21	75	9	67	20	25	28	25	1.99
66519--66579	13	5.5	13	65	34	52	27	29	22	19	1.98
66516--66590	21	3.6	21	100	0	150	28	29	24	18	1.98
68303--68342	21	1.9	21	90	10	64	55	0	7	37	1.29
72160--72239	24	3.5	24	69	20	73	22	25	22	30	1.99
75673--75849	64	2.8	64	81	5	187	32	22	19	25	1.97
76157--76216	12	5.0	12	87	0	93	31	5	25	38	1.77
76157--76216	24	2.5	24	94	0	111	31	5	25	38	1.77
76232--76305	29	2.6	29	93	2	123	43	16	21	18	1.88
76232--76318	29	3.0	29	88	1	86	45	14	19	19	1.85
78803--79348	269	2.0	269	98	0	1058	32	12	25	29	1.92
82922--83106	64	2.9	64	83	4	214	32	20	20	26	1.97
83454--83489	12	3.0	12	91	0	63	33	5	25	36	1.79
83505--83578	29	2.6	29	91	2	123	43	16	21	18	1.88
87503--87679	64	2.8	64	81	5	205	32	22	19	25	1.97
87988--88022	12	2.9	12	100	0	70	34	0	25	40	1.56
88003--88055	23	2.2	26	86	10	76	37	5	24	32	1.79
89008--89217	65	3.3	63	77	13	205	31	23	18	26	1.98
94272--94335	12	5.2	12	71	17	51	76	3	3	17	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
94327--94369	18	2.4	18	88	11	63	58	0	6	34	1.25
99635--99717	29	2.8	29	92	1	139	43	9	14	32	1.78
104269--104351	29	2.8	29	92	1	139	43	9	14	32	1.78
105619--105665	20	2.4	21	82	10	55	31	8	2	57	1.41
107486--107536	22	2.4	21	86	3	66	56	0	0	43	0.99
107909--107946	17	2.3	16	90	4	58	39	0	2	57	1.12
109002--109078	29	2.7	29	85	4	102	35	15	7	41	1.76
110693--110732	20	2.1	19	90	4	62	42	0	22	35	1.54
114275--114326	23	2.3	23	93	0	86	48	1	1	48	1.24
120670--120727	30	1.9	31	89	10	93	53	6	6	32	1.54
120699--120738	19	2.0	20	85	4	55	57	5	5	32	1.42
127299--127368	19	3.7	19	87	12	101	27	15	34	22	1.95
127382--127421	21	1.9	21	94	0	71	22	15	30	32	1.94
129865--129941	24	3.4	23	73	21	81	28	23	24	23	1.99
135710--135747	19	2.0	19	89	0	58	28	18	28	23	1.98
135710--135888	64	2.8	61	79	11	184	27	16	26	30	1.97
135836--135872	19	1.9	19	94	0	65	24	16	37	21	1.93
135728--135888	65	2.5	64	82	8	188	27	15	26	31	1.96
135899--135938	21	1.9	21	94	0	71	25	15	27	32	1.95
137068--137119	8	6.1	9	73	13	56	63	1	1	32	1.16
137065--137117	16	3.2	17	84	10	65	66	1	1	30	1.13
137071--137120	17	3.0	17	91	2	75	60	4	2	34	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
137172--137196	9	2.8	9	100	0	50	40	0	36	24	1.55
147437--147467	15	2.1	15	93	0	53	54	0	0	45	0.99
152159--152184	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
154027--154077	15	3.4	15	71	7	50	45	1	0	52	1.12
157986--158046	23	2.6	24	84	7	81	31	26	21	21	1.98
158070--158287	103	2.1	103	96	0	400	36	23	13	26	1.92
163941--164018	23	3.3	23	77	8	86	33	23	19	24	1.97
164025--164242	103	2.1	103	95	0	391	36	22	13	26	1.92
164968--165129	64	2.5	64	81	6	168	26	18	21	33	1.96
167993--168023	15	2.1	15	93	0	53	45	0	0	54	0.99
168108--168203	35	2.7	35	93	0	156	39	29	6	25	1.80
169864--169902	19	2.1	19	100	0	78	41	5	15	38	1.69
174822--174858	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
185034--185078	2	23.0	2	90	4	74	48	2	0	48	1.13
192299--192350	20	2.6	20	96	0	95	38	26	13	21	1.90
192425--192598	20	8.6	20	83	5	217	34	26	19	19	1.96
192405--192596	60	3.2	60	84	0	249	35	25	19	19	1.95
193139--193212	14	4.7	14	71	22	58	40	22	27	9	1.85
193158--193228	33	2.2	33	92	0	115	42	25	23	8	1.82
193246--193334	14	5.7	14	76	21	88	8	25	23	41	1.83
193229--193340	32	3.4	32	93	3	197	9	24	21	44	1.82
193237--193335	14	6.2	18	71	28	82	9	25	22	43	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
194994--195458	183	2.5	186	96	3	858	22	12	19	45	1.84
194994--195458	92	5.1	93	96	3	858	22	12	19	45	1.84
195502--195636	19	7.6	19	74	16	110	45	26	18	9	1.80
195538--195631	33	2.9	32	88	4	152	46	25	19	8	1.77
195502--195636	52	2.6	51	74	15	141	45	26	18	9	1.80
195632--195760	19	7.3	19	75	17	125	10	18	24	46	1.81
195648--195704	14	3.7	14	77	20	60	10	21	22	45	1.82
195632--195723	33	2.8	33	94	0	166	10	20	21	46	1.81
197616--197651	14	2.6	14	95	0	63	33	0	22	44	1.53
197750--197850	19	5.6	19	82	15	142	43	17	23	14	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7