genome.fa.s8078.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008078.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110580_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1434613

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

This is table  4  of  7  ( 813 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
670111--670158	22	2.2	22	100	0	96	70	0	0	29	0.87
670966--671009	21	2.1	21	82	0	52	25	22	13	38	1.91
671003--671067	20	3.2	20	95	0	112	38	24	15	21	1.92
673505--673546	4	10.5	4	84	0	57	28	2	0	69	1.01
673686--673730	21	2.1	21	88	8	65	28	35	13	22	1.92
675509--675595	39	2.2	39	97	0	165	17	14	20	47	1.83
676285--676334	25	2.0	25	92	0	82	46	20	8	26	1.78
676400--676470	20	3.5	20	88	0	106	40	23	15	19	1.90
676789--676824	18	2.0	18	94	0	63	19	2	22	55	1.56
679087--679140	24	2.2	24	86	0	72	40	16	18	24	1.90
680035--680085	19	2.6	20	87	3	68	21	13	25	39	1.90
680077--680116	21	1.9	21	94	0	71	35	17	25	22	1.95
680124--680196	20	3.7	20	73	14	71	26	15	28	30	1.96
689293--689378	16	5.4	16	95	0	64	47	1	1	50	1.16
689306--689378	2	36.5	2	100	0	146	49	0	0	50	1.00
695693--695740	23	2.3	22	76	16	57	41	4	2	52	1.32
696194--696271	2	39.0	2	100	0	156	50	0	0	50	1.00
698095--698131	3	12.3	3	94	0	65	67	0	2	29	1.04
702310--702346	18	2.1	18	100	0	74	35	10	16	37	1.83
702313--702355	18	2.3	18	88	4	59	32	13	18	34	1.90
708546--708593	17	3.1	15	75	19	53	45	6	0	47	1.27
713361--713413	27	2.0	26	88	3	79	33	5	47	13	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
713369--713423	27	2.0	27	85	0	74	30	7	47	14	1.71
715009--715038	12	2.5	12	100	0	60	60	20	0	20	1.37
716255--716279	3	8.3	3	100	0	50	36	32	0	32	1.58
723284--723313	15	2.0	15	93	0	51	20	0	23	56	1.42
727002--727060	24	2.5	25	72	10	61	16	5	22	55	1.60
732283--732315	15	2.1	17	88	11	52	60	0	0	39	0.97
733467--733529	11	5.9	11	73	14	60	57	1	1	39	1.18
733556--733596	15	2.6	16	88	3	57	41	4	0	53	1.22
733730--733781	7	7.4	7	82	0	50	50	30	0	19	1.48
735338--735394	24	2.4	23	85	8	71	26	5	22	45	1.73
735376--735413	19	2.0	19	89	0	58	21	0	18	60	1.36
736862--736912	25	2.1	24	82	10	59	17	17	0	64	1.29
737437--737474	20	2.0	20	90	10	62	44	5	21	28	1.73
737625--737699	38	2.0	37	84	5	98	48	4	1	46	1.29
740160--740237	29	2.7	29	80	7	88	47	8	12	30	1.73
742336--742453	48	2.5	48	85	0	146	24	18	24	32	1.97
742663--742722	30	2.1	27	81	9	66	45	8	23	23	1.80
745425--745460	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
750955--751034	39	2.1	39	100	0	160	22	10	26	41	1.85
751514--751570	21	2.7	21	86	0	78	35	29	19	15	1.93
751615--751671	21	2.7	21	78	5	62	38	22	14	24	1.91
754331--754378	24	2.0	24	84	11	64	50	2	2	45	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
766616--766648	12	2.8	12	95	0	57	54	15	12	18	1.71
767080--767863	182	4.4	182	85	6	1037	41	14	15	28	1.87
767283--767810	171	3.0	171	85	8	727	41	14	15	28	1.87
767104--767809	353	2.0	353	89	2	1087	41	14	16	28	1.87
770243--770307	21	3.1	21	97	0	121	38	10	36	13	1.80
770341--770440	33	3.0	33	91	0	164	30	0	44	26	1.55
772198--772246	19	2.6	19	96	0	89	30	2	12	55	1.48
772582--773733	399	2.9	397	84	5	1361	37	13	16	32	1.87
772578--773727	200	5.8	200	84	4	1368	37	13	16	32	1.87
774959--775006	24	2.0	24	87	0	69	31	6	14	47	1.69
774893--775008	60	1.9	60	82	6	146	29	10	14	45	1.78
775311--776277	198	4.9	197	84	5	1140	38	12	16	32	1.86
777776--777824	19	2.6	19	83	0	71	34	4	8	53	1.50
780677--780729	21	2.5	21	93	0	88	41	7	13	37	1.72
781011--781067	23	2.4	23	76	2	69	36	17	10	35	1.84
781020--781182	87	1.9	87	98	0	317	32	15	11	39	1.84
781104--781148	23	2.0	23	90	0	72	40	20	6	33	1.78
792519--792856	111	3.0	111	97	0	631	44	10	7	36	1.69
792912--792952	18	2.3	18	91	4	66	63	2	4	29	1.28
792992--793032	10	4.1	10	84	12	57	39	0	29	31	1.57
793155--793262	50	2.2	48	83	9	144	24	26	31	17	1.97
793171--793265	50	1.9	50	91	0	154	22	29	32	15	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
797935--798034	42	2.3	43	81	8	116	39	19	16	26	1.91
802878--802957	36	2.2	37	90	2	126	13	11	35	40	1.81
802949--803305	179	2.0	181	90	3	569	27	12	23	36	1.91
803841--803873	15	2.2	15	89	10	50	69	3	0	27	1.03
804588--804640	2	26.5	2	92	0	88	45	1	1	50	1.23
805218--805251	3	11.7	3	87	6	52	61	0	0	38	0.96
806087--806171	39	2.2	39	87	4	118	42	15	5	36	1.71
806153--806182	14	2.1	14	93	0	51	43	10	6	40	1.64
806114--806233	53	2.3	53	92	0	195	42	15	5	37	1.68
807073--807112	3	13.7	3	89	5	64	62	0	0	37	0.95
808433--808496	13	4.6	14	74	16	62	9	15	0	75	1.05
808444--808530	16	5.2	16	73	20	63	9	13	1	75	1.09
808451--808514	33	1.9	33	87	9	94	9	14	0	76	1.01
808433--808506	23	3.5	21	71	16	64	9	16	0	74	1.07
808433--808503	15	4.5	15	73	20	56	9	15	0	74	1.06
808436--808530	25	4.2	23	74	21	76	8	14	1	75	1.08
808482--808532	26	2.0	26	84	7	68	7	15	1	74	1.13
820683--820715	15	2.2	15	89	10	50	69	3	0	27	1.03
821430--821512	2	41.5	2	95	0	148	46	1	1	50	1.16
822088--822136	3	16.7	3	91	4	82	63	0	0	36	0.95
822974--823058	39	2.2	39	87	4	118	42	15	5	36	1.71
823040--823069	14	2.1	14	93	0	51	43	10	6	40	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
823001--823120	53	2.3	53	91	0	186	42	14	5	38	1.67
823169--823590	147	2.9	145	83	4	497	42	19	5	32	1.75
829076--829180	38	2.6	41	80	15	130	46	5	4	42	1.48
829178--829343	36	4.6	34	77	12	93	42	4	12	40	1.62
829172--829341	71	2.4	72	80	8	188	43	4	12	40	1.61
829216--829345	36	3.6	37	85	9	178	42	4	12	40	1.63
830523--830582	20	3.0	20	80	11	77	28	1	0	70	0.97
831204--831245	13	3.2	13	78	18	50	35	0	0	64	0.94
831620--831929	20	15.5	20	87	3	428	33	27	19	20	1.96
831920--832009	14	5.7	14	74	23	81	42	23	25	8	1.83
831919--832031	19	6.8	18	72	23	88	43	22	24	9	1.83
831919--832026	33	3.3	33	96	0	198	44	22	24	9	1.81
832043--832097	14	3.6	14	73	21	56	9	25	23	41	1.83
832027--832097	33	2.2	33	94	0	124	8	22	25	43	1.81
832038--832119	33	2.5	33	89	2	119	9	25	21	42	1.84
832050--832138	20	4.8	20	72	19	75	12	24	19	43	1.85
832218--832288	33	2.2	33	92	0	115	47	18	22	11	1.80
832470--832524	22	2.5	22	81	0	74	20	16	40	23	1.91
832670--832863	20	9.6	20	82	5	221	19	19	25	35	1.95
832670--832863	60	3.2	60	83	0	253	19	19	25	35	1.95
832830--832928	21	4.8	20	72	6	72	21	19	22	37	1.94
832918--832969	20	2.6	20	96	0	95	21	13	26	38	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
837489--837552	32	2.0	32	100	0	128	31	15	12	40	1.85
843300--843352	21	2.5	21	81	6	72	20	24	18	35	1.95
843342--843393	21	2.5	21	87	3	70	38	17	23	21	1.93
843379--843516	41	3.4	42	84	6	160	34	24	17	23	1.96
843382--843496	20	5.7	20	82	6	124	32	26	18	23	1.97
843684--843727	22	2.0	22	86	0	61	22	36	15	25	1.94
843932--843979	19	2.5	19	96	0	87	45	22	18	12	1.83
844008--844066	20	3.0	20	87	0	73	15	18	22	44	1.87
844203--844257	25	2.2	24	78	15	58	20	9	18	52	1.71
845386--845430	18	2.5	18	88	0	72	28	42	13	15	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7