genome.fa.s8111.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008111.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110647_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1666726

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
200--235	18	2.0	18	88	0	54	52	0	16	30	1.44
1345--1453	24	4.5	24	74	4	94	21	14	16	47	1.82
3441--3528	13	6.2	13	80	17	70	15	43	21	19	1.88
3419--3494	18	4.6	18	79	15	92	18	50	19	11	1.78
3423--3500	31	2.5	31	91	2	131	17	47	20	14	1.82
3492--3529	7	5.4	7	87	12	60	13	34	26	26	1.93
3445--3529	28	2.9	28	84	8	91	15	41	23	20	1.90
4822--4857	18	2.0	18	88	0	54	52	0	16	30	1.44
5972--6075	24	4.4	23	69	11	77	22	14	17	46	1.84
9993--10025	17	1.9	17	88	11	50	24	3	0	72	0.98
12811--12854	23	2.0	23	86	4	63	56	2	13	27	1.49
12876--12985	30	3.7	30	72	11	91	56	9	13	20	1.64
14424--14630	3	68.0	3	90	6	328	65	1	0	32	1.03
14814--15132	130	2.4	135	86	6	440	23	18	31	25	1.97
15046--15150	40	2.6	41	80	6	115	23	20	33	22	1.97
14814--15168	130	2.7	131	83	7	357	23	18	31	25	1.98
15255--15315	32	1.9	31	84	15	81	39	14	14	31	1.87
17502--17703	40	5.1	40	96	0	368	24	17	26	32	1.97
18693--18763	26	2.6	26	77	6	79	46	11	15	26	1.79
18979--19077	36	2.8	36	88	0	135	40	10	22	27	1.86
19139--19235	37	2.6	37	79	9	90	41	11	17	29	1.84
19391--19459	33	2.1	33	91	0	111	28	21	15	33	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20483--20602	29	4.1	28	73	17	84	1	13	8	76	1.08
20481--20626	44	3.3	42	74	22	113	1	15	7	76	1.08
20492--20656	15	11.0	14	76	13	127	1	13	7	77	1.04
20550--20636	34	2.6	34	82	8	92	1	13	8	77	1.05
20534--20656	47	2.7	47	85	9	148	0	14	8	76	1.05
20574--20656	23	3.4	25	77	14	93	1	15	7	75	1.07
24267--24385	30	4.0	29	77	6	94	57	11	11	18	1.63
25785--25842	3	20.0	3	76	13	59	63	1	0	34	1.04
25790--25844	19	2.9	18	81	5	65	65	1	0	32	1.03
26826--26871	21	2.2	21	100	0	92	32	10	23	32	1.90
32719--32762	23	1.9	23	85	0	61	29	22	20	27	1.99
38334--38383	21	2.4	21	96	0	91	22	22	14	42	1.88
39691--39743	23	2.3	23	96	0	97	30	28	20	20	1.98
53501--53544	23	1.9	23	86	9	63	43	0	2	54	1.12
53512--53858	130	2.6	130	82	11	411	45	8	7	38	1.63
54904--55049	72	2.0	73	98	1	285	19	19	33	28	1.96
55332--55418	3	30.0	3	75	11	83	63	0	3	33	1.11
55784--56216	122	3.6	122	86	7	572	24	19	14	40	1.90
57036--57109	22	3.4	22	92	0	121	36	12	14	36	1.84
63802--63884	42	2.0	41	83	2	103	16	21	13	48	1.81
64814--64882	36	1.9	36	84	0	93	28	13	15	42	1.85
66283--66324	21	1.9	21	85	9	57	42	2	4	50	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66594--66677	3	29.0	3	76	11	86	64	0	2	33	1.07
72057--72095	21	1.9	20	84	5	51	15	15	20	48	1.81
76026--76056	12	2.5	12	94	5	53	41	3	0	54	1.16
102608--102699	13	7.4	12	77	17	73	76	1	14	8	1.08
102617--102698	13	6.4	13	82	14	91	75	0	15	8	1.03
102643--102716	26	2.9	26	72	20	66	74	0	17	8	1.05
102617--102747	6	20.7	6	69	21	56	74	0	18	7	1.05
102695--102747	25	2.2	25	82	3	63	73	0	20	5	1.03
102613--102740	64	2.0	63	81	14	149	74	0	17	7	1.05
104022--104131	37	2.9	37	87	4	141	40	18	18	23	1.91
104156--104785	55	11.5	55	80	7	536	29	16	24	29	1.97
104154--104786	110	5.8	109	81	7	606	29	16	24	29	1.97
104156--104786	221	2.9	219	84	4	779	29	16	24	29	1.97
106050--106133	28	3.1	28	64	19	70	33	4	14	47	1.65
110392--110437	3	15.3	3	100	0	92	32	0	0	67	0.91
111092--111184	20	4.7	20	84	0	132	31	23	25	19	1.98
111211--111260	21	2.4	21	89	0	73	24	18	38	20	1.93
116864--116917	21	2.7	19	83	13	72	79	0	20	0	0.73
116863--116918	9	5.6	11	77	14	52	78	0	21	0	0.75
121900--121937	18	2.1	18	95	0	67	26	7	23	42	1.81
123668--123733	21	3.1	21	82	6	80	16	30	30	22	1.96
128657--128704	17	2.9	17	78	3	53	81	2	10	6	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
130293--130585	113	2.6	112	86	2	410	38	14	18	28	1.90
130498--130831	122	2.7	122	83	3	413	41	13	17	26	1.88
131049--131103	3	19.0	3	85	7	78	36	0	0	63	0.95
131624--131679	27	2.1	27	96	0	103	37	16	30	16	1.90
132594--132623	2	15.0	2	92	0	51	50	0	3	46	1.18
134416--134537	60	2.0	60	100	0	244	40	13	27	19	1.88
142541--142664	3	41.3	3	100	0	248	33	0	0	66	0.92
143629--143671	2	22.5	2	90	9	72	51	0	0	48	1.00
143827--143905	11	6.5	12	72	22	58	45	5	2	46	1.38
143839--143909	36	2.0	36	88	5	108	45	4	4	46	1.42
143985--144070	19	4.5	19	76	14	61	46	4	5	43	1.48
144001--144099	12	8.5	12	70	12	57	47	4	6	42	1.47
144051--144098	14	3.4	14	75	11	53	45	2	10	41	1.50
151476--151515	9	4.1	9	84	15	53	57	0	0	42	0.98
157385--157428	21	2.1	21	82	0	52	9	43	15	31	1.79
158571--158658	45	1.9	46	88	2	133	27	22	19	30	1.98
159414--159456	3	15.0	3	80	9	54	60	0	0	39	0.97
159430--159454	8	3.1	8	100	0	50	64	0	0	36	0.94
159419--159456	11	3.4	11	89	10	51	60	0	0	39	0.97
159642--159715	37	2.0	36	94	2	130	18	17	27	36	1.94
159760--159896	42	3.3	41	81	10	163	34	20	17	27	1.95
159886--159910	13	1.9	13	100	0	50	24	20	24	32	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
163178--163256	19	4.2	19	88	4	115	15	29	34	21	1.94
163182--163279	20	5.0	20	85	7	105	15	25	33	25	1.95
163183--163276	39	2.4	39	85	3	136	14	25	35	24	1.94
163183--163276	19	4.8	20	84	9	113	14	25	35	24	1.94
169508--169569	22	3.0	22	68	17	60	30	25	19	24	1.98
169456--169707	128	2.0	130	91	1	409	29	22	19	29	1.98
169499--169712	42	5.0	42	73	10	184	30	21	19	28	1.98
169835--169937	44	2.4	41	78	9	125	29	22	22	26	1.99
176657--176826	46	3.6	46	82	2	205	37	20	11	31	1.88
178282--178308	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
179881--179912	3	11.0	3	93	6	57	65	0	0	34	0.93
181776--181833	28	2.1	28	93	3	100	13	8	29	48	1.73
182379--182428	16	3.0	16	85	5	55	28	28	4	40	1.74
186241--186289	21	2.3	20	80	10	53	24	4	4	67	1.26
193988--194091	30	3.5	30	87	0	136	50	24	23	2	1.63
193994--194116	30	4.1	30	85	4	115	49	21	24	4	1.67
193988--194103	60	1.9	60	81	6	137	49	24	23	3	1.66
202754--202818	27	2.4	27	92	0	112	38	29	6	26	1.80
203081--203123	14	3.1	14	80	6	52	67	0	2	30	1.03
203081--203134	27	1.9	29	85	7	76	62	1	1	33	1.16
202882--203155	151	1.9	147	81	10	335	57	4	3	35	1.35
202907--203166	74	3.5	71	73	19	196	58	3	3	35	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
213329--213359	16	1.9	16	93	0	53	54	22	9	12	1.67
213365--213408	11	3.8	11	77	11	52	36	22	18	22	1.95
213366--213432	24	2.8	24	93	0	107	34	23	19	22	1.97
216332--216392	11	5.7	11	72	14	56	39	1	1	57	1.18
217315--217339	1	25.0	1	100	0	50	100	0	0	0	0.00
220972--221030	26	2.3	26	82	11	77	69	0	25	5	1.09
224270--224311	22	1.9	22	90	0	66	47	21	4	26	1.70
225904--226034	62	2.1	62	79	12	144	28	20	24	26	1.99
227928--227982	26	2.1	26	96	0	101	43	10	14	30	1.80
233338--233385	21	2.3	21	82	13	55	33	29	14	22	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9