genome.fa.s8111.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008111.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110647_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1666726

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
644832--644998	36	4.6	36	79	8	124	45	6	2	44	1.45
644814--645015	37	5.4	37	79	9	207	44	6	3	44	1.49
644875--645037	74	2.2	71	82	7	184	47	7	3	41	1.49
644912--645038	37	3.5	34	77	11	101	47	7	3	41	1.48
651164--651234	6	11.5	6	82	14	83	60	0	0	39	0.97
651166--651242	9	9.5	8	80	19	81	62	0	0	37	0.96
651574--651948	113	3.3	111	82	8	450	29	18	15	36	1.91
651855--652018	73	2.2	73	83	0	193	34	15	17	32	1.91
651744--652135	185	2.1	186	85	1	520	31	16	14	37	1.89
651574--652362	411	1.9	412	85	1	1091	29	17	15	37	1.90
651629--652248	298	2.1	297	85	2	823	30	16	15	37	1.90
651928--652513	227	2.6	227	98	0	1131	28	17	14	39	1.89
651928--652513	113	5.2	113	97	0	1102	28	17	14	39	1.89
652948--653024	22	3.5	22	90	0	127	38	12	12	35	1.82
653384--653549	54	3.1	54	93	0	287	25	22	13	38	1.90
655611--655878	92	2.9	91	87	2	385	35	22	13	29	1.92
658165--658200	10	3.5	11	88	11	58	0	13	0	86	0.58
658159--658212	17	3.1	17	79	12	56	0	18	0	81	0.69
661491--661544	14	3.8	14	80	2	54	50	9	14	25	1.73
665142--665216	3	25.0	3	86	10	109	62	0	0	37	0.95
665142--665228	9	9.3	10	80	14	82	64	0	0	35	0.94
667798--667825	3	9.3	3	100	0	56	32	0	0	67	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
668204--668549	80	4.2	80	77	10	324	32	15	17	34	1.91
669670--669729	31	1.9	31	89	0	93	30	8	6	55	1.55
670485--670623	42	3.4	41	71	15	99	34	15	15	33	1.90
673167--673227	23	2.7	23	87	7	88	18	26	26	29	1.98
678857--678927	23	3.0	24	79	8	83	23	22	22	30	1.99
682167--682235	21	3.3	21	85	4	95	21	4	21	52	1.64
684955--685173	115	1.9	111	87	6	314	27	11	21	39	1.88
692644--692680	18	2.1	18	100	0	74	27	10	16	45	1.80
696741--696843	38	2.8	36	77	7	93	44	3	9	41	1.55
696815--696958	38	3.8	38	81	4	155	40	5	6	46	1.54
697009--697040	9	3.4	9	95	4	55	12	3	0	84	0.74
697003--697040	18	2.1	19	85	5	51	10	7	0	81	0.87
697037--697089	18	3.0	18	88	2	81	28	28	11	32	1.91
700878--700929	21	2.5	21	93	0	86	28	38	11	21	1.88
706371--706863	199	2.5	201	81	4	559	32	19	22	25	1.97
707239--707487	37	6.7	37	87	8	346	46	4	7	41	1.51
707423--707476	28	1.9	28	84	0	72	48	1	5	44	1.37
707435--707526	46	2.0	46	81	8	107	47	2	5	44	1.38
707570--707598	14	2.1	14	100	0	58	41	6	6	44	1.58
707506--707666	40	4.2	37	81	5	171	42	4	8	44	1.53
707483--707666	37	4.9	36	77	9	156	43	3	8	44	1.52
724709--724744	13	2.8	13	95	0	63	41	8	16	33	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
726998--727037	21	1.9	21	94	0	71	12	25	37	25	1.91
730881--730920	21	1.9	21	85	10	55	35	10	2	52	1.48
736502--736566	8	8.1	8	76	6	69	47	4	0	47	1.22
736489--736550	32	1.9	32	96	0	115	41	8	0	50	1.32
741904--741986	30	2.7	30	77	1	94	18	32	18	31	1.94
743397--743444	24	2.0	24	100	0	96	33	4	37	25	1.75
744963--745000	3	12.7	3	100	0	76	34	0	0	65	0.93
747127--747215	23	3.8	24	77	12	96	20	24	25	29	1.99
752011--752072	31	2.0	32	87	3	90	40	1	22	35	1.64
752853--752886	11	3.1	11	91	0	50	35	11	20	32	1.89
752858--752887	11	2.7	11	94	0	51	30	10	26	33	1.89
752880--752923	21	2.0	22	86	4	63	20	25	27	27	1.99
755542--755629	17	5.1	18	70	21	55	38	0	2	59	1.10
755548--755636	34	2.7	33	77	10	85	39	0	2	58	1.11
755779--755832	17	3.2	17	72	0	54	31	0	3	64	1.11
757352--757398	21	2.3	21	85	3	60	25	40	12	21	1.89
757402--757474	21	3.5	21	85	7	94	19	32	27	20	1.97
757990--758085	33	2.9	32	85	3	120	55	4	2	38	1.31
758485--759737	126	9.9	127	94	2	2104	32	19	24	23	1.97
758485--759737	253	4.9	256	94	2	2169	32	19	24	23	1.97
758485--759737	379	3.3	381	93	2	2159	32	19	24	23	1.97
759807--759846	8	5.1	8	81	6	55	37	27	0	35	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
760937--761726	400	2.0	390	92	5	1331	31	20	21	26	1.97
768678--769459	105	7.5	105	96	1	1410	22	18	25	33	1.96
779695--779728	10	3.4	10	87	0	50	73	0	5	20	1.04
783286--783323	19	2.0	19	100	0	76	36	5	21	36	1.76
786135--786178	3	14.7	3	100	0	88	34	0	0	65	0.93
787395--787424	4	7.5	4	100	0	60	23	0	0	76	0.78
788438--788497	30	2.0	29	84	9	77	26	1	16	55	1.51
801203--801250	23	2.1	22	84	3	60	14	12	4	68	1.34
801937--802105	83	2.0	84	97	1	322	23	7	7	62	1.45
802237--802277	21	1.9	22	85	5	57	19	7	7	65	1.41
802270--802305	14	2.6	14	90	0	54	25	13	2	58	1.49
803830--803854	13	1.9	13	100	0	50	40	8	8	44	1.63
818063--818096	17	1.9	18	88	5	52	58	8	2	29	1.43
819879--819942	26	2.4	25	82	7	65	37	10	10	40	1.76
819898--819947	26	2.0	26	92	4	84	40	10	12	38	1.76
820042--820106	25	2.6	25	95	0	121	50	15	0	33	1.44
820235--820272	20	1.9	20	88	0	58	36	2	0	60	1.11
820327--820371	22	2.1	22	87	4	65	35	26	0	37	1.57
836142--836173	16	2.0	16	93	0	55	65	18	9	6	1.42
836234--836273	13	3.3	13	76	20	50	62	12	7	17	1.52
836234--836280	23	2.0	23	91	0	76	63	12	8	14	1.50
842762--842842	25	3.2	25	65	16	67	40	11	14	33	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
842762--842866	51	2.1	51	94	0	183	40	9	14	35	1.78
847014--847098	26	3.3	26	68	21	79	41	8	12	37	1.74
846989--847093	51	2.1	51	98	0	201	42	7	14	35	1.74
846989--847069	25	3.2	24	68	22	67	43	8	14	33	1.76
847001--847080	25	3.2	24	67	22	65	42	7	16	33	1.76
853215--853265	24	2.1	24	88	0	75	56	19	11	11	1.65
853235--853266	14	2.3	14	94	0	55	50	25	15	9	1.74
853277--853377	40	2.4	40	79	11	105	38	15	11	33	1.85
865330--865362	11	3.1	11	91	4	50	45	0	0	54	0.99
867649--867812	29	5.7	29	81	4	161	33	2	14	50	1.56
867649--867718	28	2.4	28	95	4	122	38	2	14	44	1.60
867701--867842	29	4.9	29	82	7	137	28	2	14	53	1.55
867653--867842	57	3.3	57	80	5	186	33	3	13	49	1.58
867625--867841	86	2.5	84	76	7	202	32	3	13	50	1.58
869013--869051	19	2.0	20	90	5	62	56	0	35	7	1.28
872196--872250	21	2.4	23	82	17	62	41	1	10	45	1.50
872196--872250	24	2.4	25	79	14	64	41	1	10	45	1.50
872188--872407	60	3.6	61	82	11	265	47	1	12	38	1.52
872256--872302	24	1.9	25	86	4	69	48	2	8	40	1.45
872262--872316	26	2.2	24	77	6	56	56	3	5	34	1.40
872320--872369	24	2.1	23	85	10	66	46	0	8	46	1.32
872331--872376	23	2.0	23	91	4	76	47	0	10	41	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
872326--872377	23	2.2	23	83	13	70	51	0	9	38	1.35
873650--873694	18	2.5	18	82	7	56	37	13	24	24	1.91
873833--873858	11	2.4	11	100	0	52	38	15	0	46	1.46
879540--879584	20	2.2	20	88	0	63	17	11	8	62	1.53
885639--885699	23	2.7	23	81	0	77	26	26	26	21	1.99
887212--887279	34	2.0	34	97	0	127	41	25	0	33	1.56
889689--889734	8	5.5	8	83	16	58	73	0	15	10	1.08
889680--889723	22	1.9	23	81	9	54	70	0	15	13	1.17
889689--889731	17	2.5	18	92	7	72	72	0	16	11	1.13
889689--889735	9	5.4	9	77	7	53	74	0	14	10	1.07

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9