genome.fa.s8117.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008117.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110656_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1567030

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
55--90	18	2.0	18	89	10	56	41	33	11	13	1.80
1646--1680	17	2.1	17	94	0	61	25	17	22	34	1.96
9276--9339	25	2.6	25	78	7	60	50	0	6	43	1.27
10524--10605	37	2.2	37	77	14	89	41	7	7	43	1.60
13362--13410	19	2.6	19	96	0	89	20	28	6	44	1.75
18683--18714	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
19936--19993	3	20.0	3	83	13	77	31	1	0	67	1.01
19945--20001	26	2.2	25	81	9	62	31	3	0	64	1.10
20071--20269	25	7.9	25	97	1	371	32	20	16	31	1.94
22197--22230	15	2.2	16	89	5	52	17	0	5	76	0.98
35003--35145	46	3.2	43	70	12	128	27	28	18	25	1.98
34993--35208	90	2.4	90	86	6	292	27	29	18	24	1.98
35412--35472	3	21.0	3	83	12	83	31	1	0	67	1.01
35550--35723	25	6.9	25	98	1	330	32	20	15	31	1.94
37648--37681	15	2.2	16	89	5	52	17	0	5	76	0.98
39568--39642	34	2.2	34	87	0	105	38	4	45	12	1.60
44532--44595	30	2.1	30	91	0	101	42	23	14	20	1.88
45884--45909	12	2.2	12	100	0	52	53	23	0	23	1.46
46622--46646	12	2.1	12	100	0	50	32	0	0	68	0.90
58061--58107	21	2.2	21	85	7	60	19	6	8	65	1.41
59015--59387	132	2.8	132	86	3	494	24	22	17	35	1.95
61739--61795	29	1.9	30	92	3	98	17	8	14	59	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61911--61939	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
62316--62346	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
67066--67145	33	2.4	33	81	8	99	55	6	2	36	1.39
71754--71816	27	2.3	27	83	5	74	22	4	34	38	1.75
72556--72936	205	1.9	204	83	4	500	22	17	20	39	1.93
79124--79163	21	1.9	21	94	0	71	30	15	7	47	1.72
79158--79256	33	3.0	33	92	1	155	33	7	14	45	1.71
79242--79296	13	4.2	13	75	13	58	34	3	12	49	1.59
79692--79744	15	3.4	15	72	10	52	35	7	9	47	1.64
79838--79869	16	2.0	17	88	11	50	46	21	18	12	1.82
88909--88942	16	2.1	17	88	5	52	64	0	0	35	0.94
90756--90798	2	21.5	2	100	0	86	48	0	0	51	1.00
90906--90964	25	2.3	26	97	2	111	38	6	3	50	1.45
91283--91490	75	2.8	75	86	2	265	24	31	23	21	1.98
97290--97329	21	1.9	21	89	0	62	25	40	25	10	1.86
98144--98317	74	2.3	75	86	2	226	22	32	24	20	1.98
99481--99714	120	2.0	119	84	4	310	41	19	11	27	1.87
101288--101332	20	2.3	20	84	3	56	40	24	0	35	1.56
101363--101807	222	2.0	223	99	0	883	31	21	11	36	1.88
104799--104844	23	2.0	23	100	0	92	30	17	17	34	1.93
109321--109425	21	5.1	21	67	4	79	19	19	23	38	1.93
109325--109425	41	2.5	41	93	0	166	19	19	22	37	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
109414--109466	22	2.4	22	93	0	97	16	16	28	37	1.91
109565--109589	6	4.2	6	100	0	50	36	48	16	0	1.46
119212--119346	51	2.6	51	82	3	146	18	32	25	22	1.97
119494--119520	12	2.2	12	100	0	54	7	51	7	33	1.58
122825--122911	35	2.5	34	78	12	88	54	9	9	27	1.63
123490--123526	18	2.1	18	100	0	74	21	16	29	32	1.95
125037--125375	111	3.1	111	94	0	588	45	11	7	35	1.68
129203--129259	19	3.0	19	81	0	69	36	7	22	33	1.81
131613--131637	12	2.1	12	100	0	50	84	0	0	16	0.63
131929--131959	15	2.1	15	93	0	53	48	0	0	51	1.00
132125--132155	16	1.9	16	93	0	53	35	9	6	48	1.62
133982--134064	37	2.2	37	91	4	132	43	16	8	31	1.78
140185--140223	10	3.9	10	79	0	51	58	7	12	20	1.58
140116--140199	23	3.6	23	81	9	98	60	15	10	13	1.58
140186--140223	20	1.9	20	94	0	67	57	7	13	21	1.60
147510--147538	15	1.9	15	100	0	58	31	34	13	20	1.92
150411--150468	29	1.9	29	82	6	71	31	5	12	51	1.61
153153--153246	40	2.3	41	82	8	113	37	17	17	28	1.92
159916--160001	21	4.1	21	80	0	91	34	17	44	3	1.66
160348--160513	43	3.8	45	84	6	157	31	20	22	25	1.98
160412--160538	43	3.0	42	88	3	164	31	21	22	25	1.98
165132--165273	49	2.8	50	79	9	139	19	4	2	73	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
165143--165313	10	17.1	10	70	16	97	21	4	1	73	1.09
165352--165398	14	3.4	14	88	11	78	0	12	0	87	0.55
165353--165404	6	7.7	7	87	12	74	0	13	0	86	0.57
165482--165539	27	2.1	27	87	6	82	12	25	0	62	1.30
165477--165565	9	10.1	9	69	20	55	20	23	0	56	1.43
167202--167327	14	8.8	14	71	20	57	16	3	5	74	1.14
167251--167322	26	2.8	26	77	12	85	13	1	6	77	1.03
167221--167334	29	4.2	27	74	18	94	13	3	6	77	1.09
167251--167347	26	3.8	25	75	15	74	14	2	8	75	1.12
176062--176086	13	1.9	13	100	0	50	32	20	16	32	1.94
178889--178948	23	2.8	21	82	5	66	30	30	21	18	1.97
185929--185954	11	2.4	11	100	0	52	92	0	7	0	0.39
186181--186271	13	7.0	13	98	0	164	15	20	7	56	1.64
190185--190230	23	2.0	23	100	0	92	34	0	13	52	1.40
190787--190818	16	1.9	16	93	6	55	31	0	0	68	0.90
191084--191170	43	2.0	44	95	2	158	41	4	2	51	1.35
196072--196116	13	3.5	13	96	0	81	66	0	0	33	0.92
197360--197402	22	1.9	23	85	4	61	37	9	11	41	1.74
197410--197457	23	2.1	23	84	0	60	37	12	16	33	1.86
197839--197890	23	2.3	22	90	6	77	44	19	1	34	1.62
197849--197911	23	2.7	23	90	0	90	38	19	6	36	1.77
198310--198396	39	2.2	39	93	0	147	17	14	20	47	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
198652--198688	18	2.1	18	89	0	56	51	10	5	32	1.60
198938--198988	25	2.0	25	92	0	84	39	19	7	33	1.81
199251--199322	23	3.2	23	82	9	85	38	20	5	34	1.76
199665--199716	23	2.3	22	90	6	77	44	19	1	34	1.62
199675--199737	23	2.7	23	90	0	90	38	19	6	36	1.77
201589--201681	3	31.0	3	78	0	96	24	34	5	35	1.79
201589--201696	12	9.0	12	84	0	99	23	34	6	36	1.80
201589--201693	18	5.8	18	80	0	111	23	34	6	35	1.81
201605--201693	42	2.1	42	91	0	142	22	34	7	34	1.83
203149--205082	197	9.9	198	94	4	3367	31	16	15	36	1.90
203149--205082	392	4.9	395	93	4	3329	31	16	15	36	1.90
205202--205246	19	2.4	19	92	0	72	57	8	2	31	1.41
207022--207087	33	2.0	33	87	0	96	24	45	1	28	1.62
209350--209392	20	2.3	18	85	14	61	20	16	11	51	1.75
209355--209401	20	2.4	19	82	10	67	19	17	10	53	1.72
209523--209567	19	2.3	19	85	14	65	17	17	11	53	1.72
209524--209582	20	3.0	19	80	14	66	16	15	15	52	1.75
210581--210616	18	2.0	18	89	10	56	66	0	0	33	0.92
210561--210620	23	2.7	23	76	10	61	60	0	0	40	0.97
211003--211039	15	2.5	14	87	12	56	51	2	0	45	1.15
213159--213211	24	2.2	24	86	3	70	62	5	13	18	1.50
213167--213223	24	2.4	24	96	0	105	57	7	14	21	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
215730--215767	16	2.4	16	90	0	58	18	23	34	23	1.96
216007--216062	24	2.4	24	91	5	89	53	3	0	42	1.18
232656--232688	17	2.0	17	88	5	50	48	0	0	51	1.00
235134--235158	13	1.9	13	100	0	50	56	0	0	44	0.99
236349--236415	31	2.1	32	83	2	82	26	14	7	50	1.70
239456--239527	31	2.3	31	82	0	90	58	1	6	33	1.33
239520--239570	21	2.3	22	80	10	59	49	0	3	47	1.20
240905--240996	47	2.0	47	100	0	184	28	16	9	45	1.79
246965--247001	20	1.9	19	89	10	58	18	18	10	51	1.75
258864--258923	14	4.4	14	73	12	52	65	8	1	25	1.30

Tables:   1   2   3   4   5   6   7