genome.fa.s8117.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008117.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110656_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1567030

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
740106--740144	13	2.9	13	80	3	51	41	0	0	58	0.98
740077--740144	27	2.6	27	78	15	72	41	0	0	58	0.98
744087--744174	45	1.9	46	93	2	151	28	19	25	27	1.99
745329--745372	21	2.1	21	82	0	52	31	15	43	9	1.79
746906--746987	23	3.6	22	76	14	87	29	23	25	21	1.99
746907--746987	24	3.6	23	76	17	89	29	23	24	22	1.99
748245--748314	24	2.9	24	82	0	86	51	15	15	17	1.77
748258--748310	12	4.5	11	77	15	52	50	15	16	16	1.78
749251--749287	20	1.9	19	89	10	58	45	10	24	18	1.81
751384--751408	13	1.9	13	100	0	50	16	24	44	16	1.86
757545--757632	45	1.9	46	88	2	133	27	19	25	28	1.99
759995--760032	19	2.0	20	89	5	60	42	2	0	55	1.14
763509--763694	65	2.9	65	92	0	300	30	13	27	28	1.95
764250--764325	25	3.1	25	77	9	75	43	0	2	53	1.14
765970--766126	64	2.5	64	81	12	171	34	19	22	23	1.96
766502--766529	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
766920--766988	23	3.0	23	75	8	77	20	26	23	30	1.98
770405--770561	64	2.4	65	82	6	185	34	19	22	23	1.96
771348--771415	23	3.0	23	82	0	82	19	25	25	30	1.98
784738--784777	21	2.0	21	85	5	55	35	2	5	57	1.34
788269--788305	8	4.8	8	96	3	67	27	0	35	37	1.57
790478--790586	43	2.6	43	89	2	168	32	16	9	42	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
797589--797799	111	1.9	108	83	4	271	36	15	13	34	1.87
814564--814610	21	2.2	21	92	0	76	27	0	27	44	1.55
814574--814680	42	2.5	41	80	8	126	30	0	26	42	1.62
815731--815772	20	2.2	19	86	4	57	23	7	7	61	1.47
822324--822403	35	2.3	35	88	0	124	37	23	10	28	1.87
827397--827435	20	2.0	20	85	10	53	46	2	23	28	1.65
829278--829360	40	2.1	40	84	4	105	33	21	16	27	1.95
829484--829514	12	2.6	12	94	0	53	38	16	9	35	1.81
829504--829539	17	2.1	17	89	0	54	30	22	22	25	1.99
830157--830196	15	2.7	15	88	7	55	62	0	27	10	1.27
832828--832864	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
835092--835134	22	2.0	22	86	4	61	69	2	2	25	1.12
837213--837332	46	2.6	46	83	0	159	20	12	25	42	1.86
837485--837567	16	5.1	16	72	18	57	12	10	26	50	1.72
837527--837574	16	2.9	16	79	14	53	10	8	31	50	1.66
838067--838096	3	10.0	3	100	0	60	66	0	0	33	0.92
838461--838497	18	2.0	19	94	5	67	37	29	10	21	1.88
839659--839711	21	2.5	21	84	9	63	30	15	28	26	1.96
841374--841404	16	1.9	16	93	0	53	29	0	3	67	1.06
841789--841913	49	2.5	50	85	2	171	16	36	28	19	1.93
842025--842064	10	4.0	10	84	12	55	32	27	0	40	1.57
842187--842509	105	3.0	108	91	6	532	36	8	11	43	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
844347--844403	6	9.5	6	78	0	51	33	15	33	17	1.92
844353--844403	24	2.1	24	85	0	66	33	13	33	19	1.91
848298--848425	50	2.6	50	79	2	141	21	27	33	17	1.96
853773--853909	38	3.6	39	80	9	126	41	2	9	45	1.51
853779--854166	36	10.4	37	77	11	226	45	3	6	44	1.47
853818--854166	74	4.7	73	84	5	378	45	3	6	44	1.46
854198--854246	14	3.5	13	89	10	71	36	2	2	59	1.21
854198--854277	3	27.7	3	71	16	53	40	2	2	55	1.27
861408--861445	3	12.3	3	88	5	58	65	0	31	2	1.06
862562--862643	8	8.8	9	71	27	57	78	0	10	10	0.98
862559--862684	9	13.7	9	70	15	62	79	0	11	8	0.98
862582--862660	39	2.0	39	83	9	99	78	0	12	8	0.96
862639--862686	24	2.0	24	84	8	62	81	2	14	2	0.88
863837--864227	55	7.2	55	90	2	610	29	14	28	27	1.96
863851--864227	108	3.5	108	96	0	682	28	15	28	27	1.96
863837--864225	163	2.4	163	90	2	620	29	14	28	27	1.96
864220--864824	52	11.6	52	94	0	1021	28	16	25	29	1.97
864270--864354	28	3.2	28	63	13	79	27	15	24	32	1.95
864225--864360	28	5.1	28	60	22	78	27	16	25	30	1.96
865081--865123	5	8.4	5	80	14	52	37	2	2	58	1.24
867561--867608	9	5.1	10	85	14	59	25	0	0	75	0.81
868779--868816	11	3.4	11	83	16	51	23	0	2	73	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
868730--868874	62	2.3	62	77	13	154	15	6	4	73	1.18
868861--868943	36	2.3	36	78	11	91	18	7	3	71	1.24
868969--869001	17	1.9	17	100	0	66	9	6	6	78	1.08
870591--870675	42	2.1	41	81	12	97	40	2	4	52	1.35
872219--872270	15	3.5	15	81	5	61	36	1	0	61	1.07
872219--872271	7	7.1	7	81	12	52	35	1	0	62	1.06
873794--873841	2	24.0	2	100	0	96	50	0	0	50	1.00
875884--876021	73	1.9	73	83	8	183	43	12	15	28	1.83
877242--877649	105	3.9	104	92	1	656	23	20	17	39	1.92
877242--877649	209	2.0	209	91	1	665	23	20	17	39	1.92
878573--878709	7	19.7	7	78	19	121	10	16	0	73	1.08
882061--882142	40	2.0	40	97	0	155	25	29	13	31	1.94
890617--890649	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
893577--893634	31	1.9	30	85	3	80	24	8	17	50	1.74
893890--893955	29	2.3	30	84	5	82	16	12	16	54	1.71
905925--905956	16	1.9	17	93	6	57	37	0	0	62	0.95
906353--906385	2	16.5	2	100	0	66	51	0	48	0	1.00
906504--906528	13	1.9	13	100	0	50	56	12	16	16	1.68
915259--915289	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
917208--917259	25	2.1	25	100	0	104	32	15	19	32	1.93
920248--920328	30	2.8	29	94	1	128	38	6	2	53	1.40
921384--921427	14	3.2	14	77	6	54	45	6	0	47	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
922212--922292	30	2.7	30	96	1	146	37	6	3	53	1.44
923103--923133	16	1.9	16	93	0	53	25	19	16	38	1.92
923350--923393	14	3.2	14	77	6	54	45	6	0	47	1.29
924054--924084	15	2.1	15	93	0	53	54	0	0	45	0.99
924174--924198	11	2.3	11	100	0	50	64	0	0	36	0.94
948499--948534	18	1.9	19	88	5	56	38	0	0	61	0.96
951072--951180	31	3.5	31	96	2	193	40	21	19	19	1.92
954895--954947	23	2.3	24	78	15	58	20	3	15	60	1.50
955262--955318	3	18.7	3	85	10	80	63	0	1	35	1.05
955502--955650	80	1.9	80	84	2	201	21	20	34	23	1.96
955810--956093	65	4.4	65	84	1	372	42	13	19	24	1.87
956240--956365	36	3.4	36	81	9	139	38	14	16	30	1.88
962775--962817	3	14.0	3	82	4	50	62	0	2	34	1.08
963463--963495	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
969103--969166	33	1.9	33	96	0	119	42	3	20	34	1.68
969108--969163	19	3.2	19	61	23	50	44	3	19	32	1.68
969667--969723	30	1.9	30	85	0	78	31	3	47	17	1.65
969659--969804	66	2.2	66	87	0	202	26	4	50	19	1.65
969777--969825	24	2.0	24	92	0	80	14	6	51	28	1.66
971409--971610	101	2.0	102	98	0	388	31	8	14	45	1.74
983259--983303	21	2.1	21	87	0	63	37	13	8	40	1.76
989213--989371	31	5.2	31	93	1	275	34	15	11	38	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
989880--990103	64	3.5	65	81	3	222	28	18	20	32	1.96
999957--1000053	50	2.0	50	83	6	126	44	15	21	18	1.87
1001761--1001809	22	2.2	22	92	7	82	48	0	6	44	1.27
1001813--1001861	22	2.2	22	85	10	64	34	6	10	48	1.62
1001830--1001894	19	3.3	19	82	10	60	49	1	6	43	1.37
1001914--1001980	3	24.0	3	72	24	58	37	0	0	62	0.95
1001917--1001987	5	14.8	5	81	12	87	36	0	0	63	0.95
1001908--1001987	29	2.8	29	83	14	96	37	0	0	62	0.95
1003009--1003038	13	2.3	13	94	0	51	40	3	0	56	1.16
1003213--1003265	26	2.0	26	100	0	106	43	30	11	15	1.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7