genome.fa.s8152.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008152.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110718_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  877984

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8372--8455	15	5.2	15	75	19	71	77	0	13	9	0.99
8359--8455	32	2.9	33	83	10	128	78	1	11	9	1.02
8355--8421	25	2.7	25	80	15	77	79	1	10	8	1.01
9611--9695	35	2.4	35	100	0	170	43	12	22	21	1.86
9642--9876	105	2.2	105	97	0	445	40	16	19	24	1.91
10044--10086	3	14.7	3	85	4	61	37	0	2	60	1.10
11417--11449	15	2.2	16	89	10	52	27	0	3	69	1.03
11990--12018	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
12011--12222	47	4.4	47	92	3	334	28	8	11	51	1.67
12009--12222	96	2.2	96	93	1	358	28	7	11	51	1.66
12288--12398	48	2.3	48	92	6	179	29	5	9	54	1.55
12581--12626	24	1.9	24	100	0	92	39	4	6	50	1.48
14721--16282	791	2.0	798	93	2	2673	37	12	15	34	1.85
17738--17782	20	2.2	20	84	7	56	15	8	0	75	1.03
21564--22719	106	10.9	106	93	0	1900	33	25	18	22	1.96
23003--23388	84	4.7	83	83	2	420	29	25	19	24	1.99
23014--23415	167	2.4	167	82	4	454	29	26	20	23	1.99
25256--25284	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
28147--28180	15	2.3	15	89	0	50	23	2	47	26	1.66
28590--28687	20	4.8	20	77	3	88	36	23	18	21	1.95
28532--28687	41	3.9	41	69	11	124	38	25	17	18	1.93
28674--28844	20	8.6	20	84	5	107	35	26	18	20	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28654--28858	60	3.4	58	80	7	207	36	24	18	20	1.94
28708--28858	20	7.6	20	87	4	173	34	25	17	22	1.96
28674--28858	40	4.6	40	86	5	207	35	25	17	21	1.95
29545--29591	24	2.0	24	87	8	69	25	14	21	38	1.92
32048--32095	19	2.5	20	79	3	53	45	27	14	12	1.81
32644--32733	14	5.7	14	72	23	72	43	23	24	8	1.82
32636--32750	33	3.5	33	96	0	212	46	20	22	9	1.79
32658--32755	19	5.7	19	70	22	81	44	22	22	10	1.82
32767--32823	14	3.7	14	75	20	60	8	24	22	43	1.81
32781--32869	19	4.9	19	72	15	80	11	23	21	43	1.84
32751--32869	33	3.4	33	88	6	157	10	22	22	44	1.82
32961--33031	33	2.2	33	94	0	124	47	16	23	11	1.79
33225--33268	22	2.0	22	86	0	61	22	15	36	25	1.94
33413--33529	20	5.8	20	72	10	76	21	18	23	35	1.95
33438--33530	21	4.6	20	75	4	78	22	17	22	37	1.94
33434--33589	41	3.9	41	70	14	108	18	17	25	37	1.93
37527--37621	47	2.0	47	100	0	190	22	25	10	42	1.85
38336--38394	31	1.9	31	89	0	91	50	10	11	27	1.71
42977--43013	20	1.9	19	89	10	58	45	10	24	18	1.81
43160--43227	35	1.9	36	88	8	104	47	4	0	48	1.22
53059--53099	20	2.0	20	95	0	73	43	9	29	17	1.80
53135--53175	20	2.0	20	90	9	66	43	9	26	19	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53050--53202	76	2.0	76	98	0	297	31	14	21	32	1.93
55666--55711	22	2.1	22	87	0	65	32	13	15	39	1.85
55666--55741	21	3.6	21	67	24	52	36	10	15	36	1.82
56058--56084	13	2.1	13	100	0	54	44	33	0	22	1.53
59265--59341	21	3.6	21	79	10	75	37	15	15	31	1.89
66998--67022	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
71937--71993	12	4.3	13	76	15	55	7	28	1	63	1.30
71958--71998	15	2.7	15	96	0	73	7	34	2	56	1.40
74247--74379	66	2.0	66	98	0	257	36	18	10	33	1.85
75515--75545	5	6.2	5	100	0	62	19	38	19	22	1.93
81680--81731	20	2.7	19	77	11	52	48	1	5	44	1.38
81994--82088	21	4.6	21	67	8	52	32	27	16	23	1.96
82117--82347	20	11.5	19	81	7	194	37	22	19	21	1.95
82117--82347	40	5.7	40	89	1	293	37	22	19	21	1.95
82117--82347	60	3.8	60	80	4	232	37	22	19	21	1.95
82076--82355	60	4.6	60	74	10	212	37	22	18	21	1.95
84601--84650	20	2.5	20	87	6	66	40	20	20	20	1.92
84624--84719	33	2.8	33	82	3	102	42	19	21	15	1.88
84729--84853	19	6.7	19	85	10	170	13	22	18	45	1.84
86358--86432	21	3.6	21	68	10	55	24	24	29	22	1.99
88420--88492	20	3.7	20	80	8	87	46	19	20	13	1.83
88542--88598	14	3.7	14	72	20	51	10	22	22	43	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88526--88606	33	2.5	33	93	0	135	9	20	22	46	1.80
88583--88682	21	4.9	21	87	3	127	11	19	17	53	1.73
89232--89399	20	8.4	20	76	3	167	19	17	25	37	1.93
89234--89399	40	4.1	40	87	2	235	19	17	25	37	1.93
89411--89525	42	2.8	40	71	9	90	23	19	20	36	1.95
89410--89527	21	5.8	20	73	10	78	23	18	20	37	1.94
92039--92083	23	2.0	23	86	0	63	13	20	13	53	1.72
93160--93191	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
96928--96969	21	2.0	21	95	0	75	50	4	40	4	1.45
102085--102127	21	2.0	21	90	0	68	51	4	37	6	1.50
103494--103541	2	24.0	2	100	0	96	50	0	0	50	1.00
110971--111209	121	2.0	120	93	2	408	43	12	9	33	1.76
117756--117828	20	3.7	20	81	5	78	38	13	19	28	1.90
127750--127818	25	2.7	25	72	14	61	66	7	4	21	1.34
127802--127861	22	2.8	22	75	12	61	73	1	1	23	1.01
127868--127893	13	2.0	13	100	0	52	76	0	0	23	0.78
128001--128053	3	17.7	3	84	0	70	32	35	1	30	1.69
128001--128053	18	2.9	18	91	0	79	32	35	1	30	1.69
128001--128073	24	3.0	24	85	0	83	34	32	2	30	1.72
129924--129971	17	2.8	17	96	0	87	20	4	37	37	1.72
131320--131358	14	2.8	14	81	14	53	25	0	0	74	0.82
134180--134298	35	3.3	36	90	5	179	31	5	19	43	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
135481--135512	15	2.1	15	94	0	55	53	15	25	6	1.65
138774--138857	37	2.3	36	89	6	125	30	5	20	42	1.76
141320--141367	24	2.0	23	84	4	60	20	2	2	75	1.02
141474--141509	13	2.7	13	86	4	54	19	8	8	63	1.47
163017--163048	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
164334--164366	18	1.9	18	88	11	52	9	36	18	36	1.82
164692--164789	21	4.6	21	70	17	58	37	0	9	53	1.33
164684--164760	23	3.5	22	71	16	61	31	0	11	57	1.35
168605--168647	20	2.2	20	91	0	68	34	20	11	32	1.89
173921--173960	17	2.5	15	88	8	53	45	0	2	52	1.14
176488--176603	42	2.8	39	71	16	99	48	11	0	39	1.45
176497--176603	38	2.6	40	79	14	119	48	10	0	40	1.43
176615--176654	21	1.9	21	89	0	62	52	17	0	30	1.45
179674--179707	3	11.7	3	87	6	52	32	0	2	64	1.08
180411--180487	22	3.5	22	90	0	118	19	24	38	16	1.92
184356--184397	18	2.3	19	84	12	52	71	2	2	23	1.10
185336--185377	19	2.2	19	95	0	75	26	28	11	33	1.92
190972--191009	19	2.0	19	85	10	51	36	0	2	60	1.11
191328--191381	21	2.5	22	82	5	67	22	24	18	35	1.96
191364--191414	21	2.5	20	75	9	50	35	17	17	29	1.93
192517--192552	14	2.5	14	90	4	54	58	22	13	5	1.56
194741--194834	20	4.7	21	84	5	124	35	23	21	20	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
194806--194899	33	2.8	33	90	3	134	42	20	23	13	1.88
194839--194904	20	3.7	19	73	22	79	43	18	22	15	1.87
194894--194961	33	2.1	33	91	0	109	17	25	19	38	1.93
195114--195209	33	2.9	34	88	3	140	13	23	20	41	1.88
198838--198877	21	1.9	21	94	0	71	12	25	37	25	1.91
206292--206400	42	2.6	42	76	5	114	22	19	36	21	1.95
206880--207006	20	6.3	20	91	0	200	39	18	19	22	1.93
207053--207156	20	5.5	20	81	13	139	18	20	21	40	1.92
207015--207153	54	2.6	54	93	1	226	17	22	20	40	1.91
209035--209089	20	2.8	20	91	0	83	49	23	16	10	1.77

Tables:   1   2   3   4   5