genome.fa.s8177.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008177.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110773_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1003138

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3510--4244	372	2.0	369	94	4	1313	37	28	11	21	1.89
11432--11489	20	2.9	20	68	0	53	34	29	12	24	1.91
11647--11690	22	2.1	22	87	8	65	38	6	18	36	1.77
13366--13483	24	4.9	24	85	9	141	40	20	15	23	1.90
13366--13480	48	2.4	48	89	2	169	40	20	15	23	1.90
13342--13497	48	3.2	48	81	7	147	44	19	12	23	1.85
15983--16027	13	3.5	13	90	0	72	15	22	44	17	1.86
16005--16051	18	2.6	18	89	0	76	14	19	48	17	1.81
15983--16044	13	4.4	13	75	18	52	16	19	46	17	1.84
17161--17227	35	1.9	35	96	0	125	32	28	29	8	1.88
17316--17406	24	3.8	24	86	5	139	40	18	16	24	1.90
25868--25946	33	2.4	33	97	0	149	21	13	24	40	1.90
25868--25962	33	3.0	32	90	4	122	21	13	24	41	1.89
43430--43489	19	3.4	18	77	8	61	66	6	11	15	1.42
43444--43489	19	2.4	19	88	0	65	67	8	10	13	1.42
50247--50313	33	2.1	32	89	10	109	22	14	20	41	1.89
53087--53124	15	2.3	17	78	21	53	28	34	26	10	1.90
53093--53127	15	2.3	15	100	0	70	28	34	22	14	1.93
53769--53809	20	2.0	20	95	0	73	24	29	26	19	1.98
59989--60022	15	2.3	15	89	0	50	32	26	23	17	1.97
96310--96337	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
96597--96730	33	4.2	32	76	19	131	79	0	19	0	0.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96600--96695	6	15.8	6	77	12	90	80	0	19	0	0.72
102991--103042	23	2.3	23	96	0	95	25	25	23	26	2.00
103520--103544	13	1.9	13	100	0	50	40	16	0	44	1.47
106112--106141	7	4.4	7	91	8	53	23	30	30	16	1.96
106116--106141	13	2.0	13	100	0	52	23	30	30	15	1.95
106170--106251	10	8.4	9	73	15	65	30	29	24	15	1.96
106170--106219	19	2.6	19	90	9	75	26	32	26	16	1.96
109201--109277	28	2.8	28	81	0	100	36	31	6	25	1.82
110568--111732	104	10.7	108	80	8	752	33	9	16	40	1.81
110607--111687	55	20.0	53	79	9	762	33	9	16	40	1.81
111108--111737	53	11.8	53	79	9	448	33	10	16	39	1.83
112168--112549	73	5.2	73	87	1	525	32	19	11	37	1.87
112634--112702	36	1.9	36	82	8	88	31	21	8	37	1.84
113265--113316	22	2.4	22	100	0	104	40	11	32	15	1.83
113118--113437	159	2.0	160	88	6	471	35	17	22	24	1.95
113287--113900	139	4.4	139	86	1	856	37	16	20	25	1.93
119015--119045	12	2.6	12	100	0	62	77	6	6	9	1.12
121523--121568	22	2.1	22	95	0	83	45	4	6	43	1.49
123535--123650	36	3.2	36	96	0	205	32	19	17	30	1.95
123566--123626	19	3.3	19	66	25	58	31	19	19	29	1.97
123539--123633	19	5.2	19	61	10	54	35	20	15	28	1.93
130576--130872	104	2.9	103	84	4	364	31	15	13	39	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
131014--131089	27	2.7	27	73	18	66	30	10	15	43	1.81
131076--131226	62	2.4	63	88	2	225	32	11	14	41	1.82
131043--131390	152	2.2	154	81	6	391	31	12	14	41	1.83
131195--131264	27	2.5	28	88	6	99	32	10	15	41	1.81
131136--131319	90	2.1	87	82	7	217	31	12	13	42	1.82
131135--131328	89	2.1	88	83	6	228	31	12	13	42	1.81
131215--131337	65	1.9	64	84	1	165	27	15	12	44	1.82
132084--132178	28	3.3	28	84	11	113	26	15	13	44	1.84
132285--132530	86	2.9	84	91	4	386	27	30	17	23	1.97
132288--132513	40	5.2	42	64	15	113	29	30	17	23	1.97
132685--132738	14	3.9	14	79	13	51	31	0	1	66	1.02
132680--132739	17	3.5	17	78	15	61	31	0	1	66	1.01
132670--132741	17	4.4	16	73	14	58	31	0	1	66	1.00
134131--134187	27	2.1	27	86	0	78	14	21	8	56	1.65
135579--135694	36	3.2	36	95	0	196	33	19	17	29	1.95
149983--150049	32	2.1	32	85	0	89	23	28	28	19	1.98
156875--156901	12	2.2	12	100	0	54	14	14	0	70	1.17
160678--160777	2	49.0	2	80	4	92	40	49	8	3	1.48
160683--160779	14	6.9	14	85	0	131	38	49	9	3	1.51
160678--160779	28	3.6	28	88	6	145	39	49	8	2	1.49
162462--162716	138	1.8	138	89	3	406	28	12	17	41	1.86
164986--165052	29	2.4	28	80	9	73	50	5	13	29	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
170345--170392	2	24.0	2	100	0	96	50	0	0	50	1.00
173979--174028	11	4.5	11	78	9	57	18	4	2	76	1.04
173981--174018	12	3.2	12	81	7	51	15	2	2	78	0.97
174534--174564	10	3.1	10	90	0	53	54	12	0	32	1.38
180859--180920	3	19.7	3	83	9	79	35	1	1	61	1.16
180859--180919	13	4.8	13	89	4	81	36	1	1	60	1.16
180859--180919	16	3.8	16	85	8	79	36	1	1	60	1.16
182850--182914	5	13.0	5	79	6	69	21	4	1	72	1.11
183411--183440	10	3.0	10	90	0	51	56	13	0	30	1.37
194965--195010	3	15.3	3	100	0	92	32	0	0	67	0.91
198617--198646	15	2.0	15	93	0	51	33	10	0	56	1.32
199596--199621	5	5.2	5	100	0	52	38	0	0	61	0.96
206697--206974	82	3.4	82	78	6	249	29	17	19	33	1.95
212994--213142	65	2.3	64	87	5	212	30	16	20	32	1.95
212994--213184	65	3.0	63	82	11	183	29	16	21	31	1.95
215890--215971	23	3.6	23	70	17	73	26	20	25	26	1.99
221934--222038	45	2.3	44	84	7	131	30	16	20	32	1.95
223879--223949	35	2.0	35	97	0	133	50	16	7	25	1.70
223879--223931	17	3.0	18	73	15	65	52	18	3	24	1.62
224592--224678	44	2.0	43	84	6	115	47	11	4	36	1.61
232346--232382	18	2.1	17	95	5	65	56	0	2	40	1.13
232519--232547	15	1.9	15	100	0	58	58	13	0	27	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
235589--235616	14	2.0	14	100	0	56	50	7	0	42	1.30
238715--238814	51	2.0	51	95	0	182	38	6	16	40	1.73
239520--239582	31	2.0	31	100	0	126	41	12	9	36	1.76
241329--241404	37	2.0	39	85	10	104	35	2	3	57	1.31
241376--241421	19	2.5	20	82	13	62	32	6	0	60	1.22
241376--241422	18	2.6	18	86	10	60	31	6	0	61	1.21
241401--241437	13	2.7	14	84	15	51	37	2	0	59	1.12
241889--241926	20	1.9	20	94	0	67	26	28	21	23	1.99
247735--247833	45	2.2	44	82	8	112	31	22	19	27	1.98
251670--251703	15	2.3	15	94	0	59	44	23	11	20	1.84
253776--253825	19	2.6	19	100	0	100	28	28	16	28	1.97
253868--253909	21	2.0	21	100	0	84	42	14	14	28	1.84
253919--254008	40	2.2	40	84	4	108	27	24	11	36	1.89
253941--254049	40	2.7	40	82	2	112	28	22	11	37	1.89
253974--254110	60	2.3	60	78	6	143	27	19	13	39	1.89
254094--254131	20	1.9	20	94	0	67	31	21	5	42	1.75
254266--254303	16	2.5	15	84	12	51	28	5	0	65	1.14
254897--254930	12	2.8	12	90	0	50	55	29	0	14	1.40
255060--255109	24	2.1	24	84	0	64	26	18	18	38	1.93
257992--258047	27	2.1	27	89	0	85	41	21	16	21	1.90
258019--258070	20	2.6	20	84	6	70	42	23	13	21	1.88
258073--258152	20	4.0	21	79	8	85	21	12	21	45	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
258109--258213	34	3.1	34	97	0	192	22	11	23	41	1.86
258115--258217	20	5.8	20	70	25	104	23	10	23	42	1.85
258445--258530	24	3.6	24	96	0	163	34	9	18	37	1.83
260492--260621	21	6.2	21	76	5	120	29	13	36	20	1.91
260513--260643	21	6.2	21	76	6	104	29	12	35	22	1.91
260511--260643	42	3.2	41	75	10	135	29	12	36	21	1.91
260939--261079	63	2.2	63	87	0	192	36	33	9	20	1.86
260939--261079	21	6.7	21	76	9	135	36	33	9	20	1.86
261179--261303	42	3.0	42	88	2	162	25	13	34	26	1.93
261552--261582	12	2.6	12	94	0	53	9	19	48	22	1.78

Tables:   1   2   3   4   5