genome.fa.s8177.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008177.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110773_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1003138

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
642602--642645	12	3.7	11	80	14	52	13	13	15	56	1.67
644131--644182	18	2.7	19	88	8	79	40	0	7	51	1.30
648193--648266	30	2.5	31	80	6	89	44	10	5	39	1.62
648914--648984	30	2.3	30	83	7	81	42	8	8	40	1.66
652157--652293	2	66.5	2	72	16	93	45	4	2	46	1.37
652157--652293	11	13.3	10	72	15	93	45	4	2	46	1.37
652162--653180	20	50.3	20	65	22	168	44	6	5	43	1.52
652345--652386	22	1.9	22	90	0	66	45	4	4	45	1.45
652443--652523	33	2.5	32	78	6	81	48	3	4	43	1.42
652628--652741	22	5.4	22	74	15	96	45	8	6	39	1.60
652712--652783	24	3.1	23	82	15	94	40	5	9	44	1.61
652712--652783	22	3.2	22	88	7	92	40	5	9	44	1.61
652626--652988	64	5.8	62	70	18	184	44	7	5	42	1.55
652726--652784	22	2.6	23	89	8	93	42	5	10	42	1.60
652779--652988	18	11.0	18	65	20	54	45	7	3	43	1.47
652816--652875	27	2.2	27	90	0	93	38	8	5	48	1.55
652853--652926	34	2.1	34	82	7	87	47	5	2	44	1.40
652959--653039	24	3.2	24	78	13	76	41	6	7	44	1.57
652783--653180	216	1.8	216	91	4	652	44	7	3	43	1.51
653016--653120	7	16.0	6	73	13	50	42	8	2	45	1.49
653016--653120	9	12.0	8	69	17	50	42	8	2	45	1.49
653005--653039	18	1.9	18	88	0	52	45	5	2	45	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
653076--653180	34	2.9	34	77	11	86	47	8	2	40	1.49
652682--653185	225	2.3	225	83	12	673	44	7	4	43	1.53
653150--653254	54	2.0	53	84	3	140	42	4	5	46	1.48
653146--653254	27	4.0	27	84	4	123	43	5	5	45	1.50
653235--653269	15	2.4	14	90	4	52	42	5	0	51	1.25
653149--653266	54	2.2	52	81	3	137	42	5	5	47	1.47
653946--654014	23	2.9	24	82	4	95	31	24	17	26	1.97
653938--654012	23	3.3	23	80	7	91	33	26	14	25	1.94
654134--654212	36	2.2	36	97	0	149	27	18	12	40	1.87
660872--660922	23	2.3	22	80	9	59	31	25	23	19	1.98
660879--660946	23	2.9	24	86	2	93	29	23	25	22	1.99
660879--660946	24	2.9	23	82	6	84	29	23	25	22	1.99
662995--663027	16	2.1	16	94	0	57	78	0	6	15	0.93
663504--663553	24	2.1	24	85	7	66	58	12	2	28	1.45
670444--670613	29	5.9	29	86	2	209	42	18	1	37	1.61
676722--676761	18	2.1	20	86	9	57	40	7	5	47	1.54
676818--676899	39	2.2	38	85	12	107	46	2	4	46	1.37
676771--676898	67	1.9	67	85	9	181	47	3	5	42	1.45
676846--676990	51	3.0	49	88	6	204	44	6	5	44	1.52
676889--676953	33	1.9	35	90	6	107	43	6	7	43	1.58
676859--676990	49	2.6	50	90	2	194	43	6	6	43	1.55
676784--676964	2	87.0	2	67	24	74	45	4	6	44	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
677050--677182	61	2.2	61	86	0	185	51	6	9	33	1.60
678043--678155	31	3.8	31	87	4	153	38	18	19	23	1.93
681476--681602	31	4.1	31	84	4	166	37	20	14	26	1.92
683266--683579	103	3.1	102	81	6	341	32	28	5	34	1.81
683266--683591	102	3.2	102	80	5	354	30	28	6	34	1.82
683779--683853	6	12.5	6	72	10	55	46	41	4	8	1.52
683771--683808	18	2.1	18	85	9	51	42	44	2	10	1.52
683779--683850	18	4.1	17	75	10	63	45	41	4	8	1.53
683780--683862	30	2.8	29	82	10	96	44	40	4	9	1.58
683889--683952	12	5.2	12	84	1	56	46	37	3	12	1.57
683902--683951	18	2.8	18	87	0	73	50	38	2	10	1.48
686672--686726	23	2.4	23	93	0	92	23	9	27	40	1.85
687337--687411	38	1.9	39	86	2	107	60	5	2	32	1.33
690636--690691	15	3.6	15	79	9	67	42	12	12	32	1.80
690639--690689	17	3.1	17	77	11	61	43	11	9	35	1.75
691081--691135	13	4.2	13	75	13	58	49	10	3	36	1.56
691121--691227	33	3.3	33	92	2	164	45	14	7	32	1.72
693501--693541	13	3.1	13	86	6	64	26	17	12	43	1.84
696111--696175	23	2.8	23	78	0	76	40	23	23	13	1.90
697726--697863	15	9.2	15	99	0	267	13	25	33	27	1.94
698709--698757	21	2.4	19	78	18	53	36	22	12	28	1.90
699358--699429	35	2.1	34	82	7	83	23	23	18	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
702042--702078	2	19.0	2	94	5	67	48	0	0	51	1.00
718115--718154	3	13.0	3	94	5	71	0	32	0	67	0.91
718106--718154	22	2.2	22	96	0	89	0	34	0	65	0.93
718118--718154	19	1.9	19	100	0	74	0	32	0	67	0.91
718674--718899	64	3.5	64	82	4	260	33	19	19	27	1.96
722607--722767	64	2.5	63	82	6	184	31	19	21	27	1.97
722736--722786	19	2.7	19	100	0	102	29	21	25	23	1.99
722671--722850	83	2.2	83	82	8	215	33	21	20	24	1.97
723576--723893	100	3.2	100	92	7	547	26	13	24	36	1.92
723904--723966	22	2.8	23	87	4	101	19	26	26	26	1.99
728345--728564	63	3.5	62	81	9	225	31	20	20	27	1.97
728392--728564	62	2.8	62	81	9	199	32	21	19	26	1.97
729294--729614	100	3.2	103	94	4	589	25	13	24	36	1.92
729625--729685	20	2.8	22	82	12	81	19	27	24	27	1.99
731076--731108	15	2.2	15	94	0	57	42	0	3	54	1.15
731461--731534	37	2.0	37	82	7	89	51	4	0	44	1.20
739578--739737	43	3.7	43	85	6	180	5	28	10	55	1.56
739599--739729	43	3.1	42	88	3	190	5	28	11	54	1.57
739624--739694	24	3.2	23	73	15	69	4	23	11	60	1.48
740122--740367	53	4.6	53	84	1	287	24	23	19	32	1.98
740122--740367	106	2.3	106	84	4	316	24	23	19	32	1.98
740742--740870	42	3.1	42	87	2	172	32	22	16	28	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
740764--741010	42	5.7	42	70	16	171	31	22	17	29	1.96
740941--741004	20	3.0	21	65	24	53	32	25	15	26	1.95
741000--741024	13	1.9	13	100	0	50	24	20	24	32	1.98
741063--741155	42	2.2	42	88	0	132	33	22	19	24	1.97
740782--741139	135	2.7	135	88	0	545	30	22	17	30	1.97
750978--751137	43	3.7	43	87	6	198	5	28	11	54	1.58
750998--751125	43	3.0	42	91	3	202	5	26	12	55	1.58
751005--751070	19	3.3	19	74	14	69	4	25	10	59	1.50
751005--751071	21	3.2	20	70	14	64	4	25	10	59	1.49
754904--754943	4	10.0	4	88	0	62	22	2	2	72	1.09
757588--757618	4	7.8	4	100	0	62	77	0	0	22	0.77
758372--758414	21	2.0	21	86	0	59	32	30	23	13	1.93
758443--758487	22	2.0	22	86	4	63	31	31	26	11	1.91
760025--760092	23	3.0	23	88	0	91	20	26	26	26	1.99
762038--762099	6	9.5	6	77	18	54	75	1	1	20	0.97
762023--762099	12	6.8	11	72	15	59	75	2	1	20	1.00
762121--762157	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
763542--763594	26	2.0	26	96	0	97	30	9	22	37	1.86
764150--764190	3	14.0	3	84	5	57	65	2	0	31	1.05
774165--774198	17	2.1	16	88	5	50	38	0	5	55	1.24
784574--784625	21	2.5	21	96	0	95	21	13	38	26	1.90
810828--810991	32	5.2	32	64	21	114	41	15	14	29	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
810810--810996	62	3.0	62	100	0	374	42	16	12	28	1.85
810860--810959	30	3.3	30	66	20	89	40	17	13	30	1.87
817967--818005	17	2.3	17	95	0	69	25	30	2	41	1.69
819823--819854	16	1.9	16	93	6	55	12	18	9	59	1.59
834045--834116	33	2.2	33	92	0	117	36	6	1	55	1.35
834180--834368	97	1.9	97	97	0	360	27	26	14	31	1.95
839765--839845	28	2.9	28	75	10	76	39	18	7	34	1.79
840932--840971	19	2.1	19	100	0	80	27	35	10	27	1.89
845849--845929	42	2.0	42	92	2	137	41	2	17	38	1.63
847027--847081	26	2.1	26	83	6	67	32	20	7	40	1.80

Tables:   1   2   3   4   5