genome.fa.s8182.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008182.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110782_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1042344

Tables:   1   2   3   4   5   6   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
238--363	52	2.4	53	90	6	197	33	4	13	48	1.63
321--358	20	1.9	20	94	0	67	36	5	13	44	1.66
3027--3160	59	2.3	59	82	6	157	33	14	14	36	1.88
10931--11019	45	2.0	45	84	4	117	17	28	15	38	1.91
10943--11188	87	2.9	86	80	4	266	17	29	12	40	1.87
10943--11198	45	5.9	44	73	12	154	17	28	13	40	1.87
11109--11209	45	2.3	45	79	10	118	14	24	13	46	1.82
16761--16807	23	2.1	23	84	7	62	51	0	0	48	1.00
16761--16823	23	2.8	22	77	13	58	47	0	3	49	1.17
16952--17013	26	2.4	26	81	10	74	48	0	6	45	1.28
21815--21868	21	2.6	21	87	0	81	11	31	38	18	1.86
21877--21931	22	2.5	22	90	0	92	25	25	29	20	1.99
31641--31695	24	2.3	24	93	0	92	50	7	0	41	1.30
34588--34650	33	1.9	32	90	3	99	23	9	0	66	1.21
35336--35410	38	2.0	37	84	5	98	48	4	1	46	1.29
38536--38577	16	2.8	15	82	10	50	45	7	4	42	1.52
41428--41462	18	1.9	18	88	0	52	28	17	0	54	1.43
46711--46824	23	5.0	23	95	0	201	27	16	25	30	1.97
47230--47272	21	2.0	21	100	0	86	37	20	32	9	1.85
47712--47782	31	2.3	29	77	13	70	46	4	5	43	1.46
51655--51683	6	4.8	6	100	0	58	65	0	0	34	0.93
52818--52873	15	3.6	15	79	9	67	42	12	12	32	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52821--52871	17	3.1	17	77	11	61	43	11	9	35	1.75
53270--53324	13	4.2	13	75	13	58	49	12	3	34	1.59
53310--53408	33	3.0	33	94	1	164	45	15	7	32	1.73
53403--53442	21	1.9	21	94	0	71	47	7	15	30	1.72
55723--55768	12	3.6	12	81	16	56	17	19	17	45	1.85
55722--55761	15	2.9	14	85	14	57	20	17	15	47	1.83
55813--55851	19	2.0	20	90	5	62	43	20	15	20	1.88
55851--55908	27	2.1	28	84	9	75	22	17	15	44	1.86
61848--61881	15	2.1	17	89	10	54	44	2	14	38	1.61
63755--63798	21	2.1	21	86	0	61	29	27	27	15	1.96
63826--63870	22	2.0	22	82	4	54	31	31	26	11	1.91
64237--64274	20	2.0	20	89	5	60	50	2	10	36	1.51
65475--65535	23	2.7	23	84	0	86	19	27	26	26	1.99
66684--66803	31	3.9	30	80	11	111	33	19	18	29	1.95
66684--66803	32	3.9	30	83	7	125	33	19	18	29	1.95
66684--66803	63	1.9	62	83	5	152	33	19	18	29	1.95
67119--67172	2	27.0	2	100	0	108	50	0	0	50	1.00
71110--71161	21	2.7	18	75	16	50	34	15	0	50	1.45
71397--71458	30	2.0	31	87	6	90	37	20	16	25	1.93
71397--71474	32	2.5	30	85	4	93	39	17	16	25	1.91
73819--73943	31	4.0	31	93	2	198	20	18	23	37	1.94
79378--79502	31	4.0	31	94	2	207	20	19	23	37	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80548--80580	16	2.2	15	89	10	50	48	0	3	48	1.17
88519--88684	60	2.8	60	80	4	165	31	21	4	42	1.72
90637--90704	20	3.4	20	100	0	136	25	10	25	39	1.87
90833--90990	21	7.8	20	71	7	77	37	25	17	19	1.93
90957--91207	20	12.6	20	85	7	140	36	25	18	19	1.95
90957--91226	40	6.8	39	89	2	263	37	25	17	20	1.94
90957--91226	60	4.5	60	82	4	287	37	25	17	20	1.94
90996--91226	20	11.6	20	85	8	258	35	25	17	21	1.95
91910--91956	24	2.0	24	87	8	69	25	14	21	38	1.92
92724--92780	14	3.7	14	77	20	60	45	22	21	10	1.82
92705--92797	33	2.8	33	95	0	168	47	21	20	10	1.80
92668--92802	19	7.6	19	76	16	128	45	23	19	11	1.82
92798--92926	19	7.3	19	73	17	116	9	17	27	45	1.78
92798--92889	33	2.8	33	90	3	132	8	18	27	45	1.78
92974--93441	93	5.1	93	98	0	913	46	19	12	21	1.83
95144--95233	14	5.7	14	72	23	72	44	22	24	8	1.81
95136--95250	33	3.5	33	100	0	230	46	20	23	9	1.79
95158--95255	19	5.7	19	71	22	99	44	21	23	10	1.82
95267--95323	14	3.7	14	72	20	51	10	22	22	43	1.84
95251--95368	33	3.4	33	81	11	130	11	22	21	45	1.82
95262--95381	33	3.4	36	83	11	126	11	24	20	44	1.84
95460--95530	33	2.2	33	92	0	115	47	18	22	11	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95712--95765	22	2.5	22	81	0	72	20	16	38	24	1.92
95913--96066	20	7.7	20	79	7	159	18	18	25	37	1.94
95912--96066	40	3.8	40	80	4	177	18	18	25	37	1.93
96053--96135	21	4.0	21	73	6	78	25	16	24	33	1.96
96033--96131	42	2.4	43	77	11	100	21	18	23	37	1.94
98816--99547	171	4.3	172	85	5	858	50	17	11	20	1.76
98897--99554	171	3.8	172	87	3	866	50	16	11	20	1.76
98897--99599	341	2.1	335	84	5	898	50	16	12	20	1.77
100579--100619	20	2.0	20	85	4	55	19	17	7	56	1.64
101445--102002	278	2.0	279	99	0	1109	26	24	17	30	1.98
103570--103721	64	2.4	63	89	5	218	30	18	21	29	1.97
103675--103742	18	3.8	18	70	16	61	27	14	27	29	1.95
103726--103763	20	1.9	20	94	0	67	23	21	28	26	1.99
111283--111325	20	2.2	20	83	8	52	37	2	2	58	1.24
113100--113163	30	2.1	30	85	0	83	34	28	18	18	1.95
114586--114615	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
114995--115022	3	9.3	3	100	0	56	32	0	0	67	0.91
118014--118077	30	2.1	30	85	0	83	34	28	18	18	1.95
119498--119535	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
119919--119958	3	13.3	3	100	0	80	32	0	0	67	0.91
122953--123016	30	2.1	30	85	0	83	34	28	18	18	1.95
125551--125623	36	2.0	36	100	0	146	36	16	13	32	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
125623--125690	18	3.8	18	70	16	61	26	16	29	27	1.97
125674--125711	20	1.9	20	94	0	67	23	21	28	26	1.99
129862--130331	120	3.9	120	84	4	572	35	26	18	18	1.95
129864--130313	123	3.7	121	85	5	552	35	26	18	18	1.94
129859--130364	61	8.3	59	78	7	469	35	26	18	18	1.94
129859--130364	243	2.1	242	82	4	608	35	26	18	18	1.94
132737--132807	27	2.6	27	100	0	142	33	9	18	38	1.84
132803--132848	21	2.2	21	88	7	67	26	13	21	39	1.90
132927--133312	183	2.1	183	90	3	609	45	7	3	43	1.47
133431--133459	15	1.9	15	100	0	58	17	6	27	48	1.72
134003--134058	27	2.1	27	86	0	76	33	23	14	28	1.94
137204--137268	21	3.1	21	93	0	112	24	26	23	26	2.00
140150--140219	34	2.1	34	97	0	131	30	18	17	34	1.94
146922--146967	17	2.7	17	100	0	92	34	23	23	17	1.96
149213--149279	9	7.3	9	77	14	57	77	1	8	11	1.05
149228--149291	8	7.9	8	78	15	51	79	0	6	14	0.91
149230--149285	19	3.1	19	82	5	62	78	0	7	14	0.95
149254--149292	4	10.0	4	83	5	53	76	0	0	23	0.78
150059--150089	16	2.0	15	93	6	53	12	25	41	19	1.87
150230--150256	10	2.7	10	100	0	54	88	0	0	11	0.50
150255--150294	3	13.0	3	89	5	62	65	0	2	32	1.06
150259--150318	19	3.2	20	79	15	74	60	1	3	35	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
150371--150694	36	8.9	35	79	11	234	45	5	3	45	1.43
150428--150707	74	3.8	74	82	9	286	45	6	3	44	1.46
150428--150748	74	4.3	70	81	11	270	45	7	3	43	1.48
151376--152507	413	2.7	412	89	2	1675	24	19	25	30	1.98
151514--152524	248	4.1	249	89	2	1277	24	19	25	30	1.98
155948--155992	19	2.4	19	96	3	83	68	8	11	11	1.39
156602--156634	17	1.9	17	93	0	57	72	9	12	6	1.26
157564--157614	20	2.5	20	87	6	68	80	0	7	11	0.90
157537--157601	29	2.3	29	81	7	71	75	1	10	12	1.12
161500--161572	30	2.4	30	97	0	137	31	24	19	24	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6