genome.fa.s8182.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008182.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110782_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1042344

Tables:   1   2   3   4   5   6   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
161500--161599	30	3.3	30	90	1	119	34	25	18	23	1.96
161558--161650	31	3.0	31	79	3	98	34	21	17	26	1.95
161823--161847	4	6.2	4	100	0	50	48	24	0	28	1.52
162606--162643	20	1.9	20	88	0	58	10	31	34	23	1.89
163167--163200	3	11.3	3	93	0	59	67	0	32	0	0.91
163750--163809	2	30.0	2	100	0	120	50	0	0	50	1.00
165380--165414	13	2.7	13	91	8	54	45	2	14	37	1.59
165886--165935	23	2.2	23	85	3	66	22	24	32	22	1.98
180593--180683	31	3.0	31	91	3	150	35	5	16	42	1.71
182839--182867	15	2.0	15	93	6	51	34	0	24	41	1.55
183304--183366	32	2.0	32	87	0	90	25	19	22	33	1.97
183765--184207	4	111.2	4	99	0	872	25	0	24	49	1.50
187470--187737	42	6.2	43	77	10	226	35	17	24	22	1.95
187488--187725	88	2.7	88	81	10	260	34	15	25	23	1.95
187470--187735	131	2.1	128	82	7	315	35	17	24	22	1.95
192898--193076	83	2.2	81	86	4	243	30	20	21	27	1.98
192857--193115	41	6.3	41	70	17	139	31	21	19	27	1.97
194333--194464	66	2.0	66	100	0	264	46	7	10	34	1.67
196954--197012	4	14.5	4	80	16	68	71	0	3	25	1.02
197054--197099	17	2.8	16	83	9	56	80	0	2	17	0.81
198851--198938	33	2.7	33	89	3	133	29	9	19	42	1.82
198897--199049	67	2.2	69	83	6	186	37	10	20	32	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
198998--199082	37	2.3	36	91	2	143	38	11	21	28	1.88
199012--199089	21	4.0	21	71	20	78	41	12	20	25	1.88
199012--199137	58	2.2	58	86	0	171	38	14	19	26	1.90
199070--199454	101	3.7	101	84	6	423	40	12	20	27	1.88
199156--199482	36	9.2	36	81	7	391	38	12	20	28	1.89
201143--201213	14	5.4	13	74	17	58	1	15	4	78	0.97
204995--205105	36	3.4	35	68	24	107	43	0	0	54	1.12
204979--205067	24	3.8	23	76	16	76	39	1	1	58	1.13
205023--205108	38	2.3	37	82	11	106	44	0	1	54	1.07
204996--205125	61	2.1	63	90	8	205	43	0	1	54	1.15
205298--205350	27	2.0	27	84	0	70	54	0	3	41	1.18
205420--205462	14	3.1	14	76	6	52	62	0	2	34	1.08
205634--205693	31	1.9	31	89	0	93	45	8	6	40	1.61
205784--205837	27	2.0	27	100	0	108	14	33	14	37	1.88
206656--206699	3	14.7	3	90	9	72	68	0	0	31	0.90
215053--215230	92	1.9	93	87	1	259	32	17	15	35	1.91
219591--219644	21	2.5	20	88	11	81	25	0	31	42	1.55
219591--219648	22	2.7	21	89	7	82	24	0	31	44	1.54
219591--219648	7	8.1	7	76	3	53	24	0	31	44	1.54
219671--219797	2	71.5	2	74	22	106	55	0	0	44	0.99
219654--219762	9	12.8	9	69	23	60	58	0	0	41	0.98
219668--219785	34	3.5	33	90	5	184	56	0	0	43	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
219653--219797	34	4.9	29	79	14	140	56	0	0	43	0.99
220788--220851	30	2.1	30	100	0	128	35	15	29	18	1.92
225365--225442	23	3.3	23	80	1	84	33	21	20	24	1.97
225449--225666	103	2.1	103	95	0	391	37	22	13	26	1.92
226451--226613	64	2.6	63	74	12	152	27	21	20	30	1.98
231230--231447	103	2.1	103	95	0	391	36	22	13	26	1.92
237479--237604	31	4.1	31	81	5	76	31	19	18	30	1.96
237511--237598	31	2.8	31	91	0	131	30	15	18	35	1.92
237576--237694	32	3.8	32	83	7	154	34	19	15	31	1.92
237510--237711	32	6.4	32	75	11	152	33	18	16	31	1.93
237510--237711	64	3.2	64	73	12	168	33	18	16	31	1.93
238096--238172	9	8.5	10	83	11	80	33	0	0	66	0.92
238108--238173	3	22.0	3	90	6	107	36	0	0	63	0.95
238140--238185	21	2.2	21	84	0	56	47	0	0	52	1.00
239373--239465	3	32.0	3	73	14	79	32	2	2	63	1.18
239334--239411	21	3.5	21	71	23	70	32	2	1	64	1.15
239656--239697	20	2.2	19	86	4	57	33	0	2	64	1.07
239560--239789	120	1.9	120	82	4	286	37	7	8	46	1.63
241898--241937	15	2.7	15	88	3	55	22	15	12	50	1.77
245465--245524	12	5.1	12	82	11	79	83	0	16	0	0.65
245469--245530	9	7.0	9	77	12	58	83	0	16	0	0.64
245469--245528	22	2.7	22	92	5	95	83	0	16	0	0.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
245465--245531	13	5.3	12	85	7	80	82	0	17	0	0.68
248911--249105	76	2.6	76	94	1	338	36	17	17	28	1.93
250498--250552	22	2.5	22	85	5	76	34	12	14	38	1.84
250938--251604	113	5.8	113	85	3	861	39	14	18	28	1.89
251547--251645	42	2.4	42	89	3	157	50	9	22	18	1.74
251433--251809	155	2.5	154	91	4	615	40	12	20	26	1.88
251736--251794	17	3.4	17	70	25	59	49	10	23	16	1.77
251702--251794	36	2.4	38	89	7	136	48	10	22	18	1.79
251433--251881	155	2.9	150	85	7	440	40	12	20	26	1.89
252040--252123	3	28.0	3	85	9	118	38	0	0	61	0.96
253283--253355	20	3.5	20	73	17	69	32	2	1	63	1.17
253370--253413	3	14.3	3	80	4	52	25	4	0	70	1.06
253313--253414	12	8.5	12	71	14	59	28	2	2	65	1.21
253617--253658	20	2.2	19	86	4	57	33	0	2	64	1.07
254417--254560	74	1.9	74	97	0	270	43	13	9	33	1.77
254826--254937	19	5.8	19	89	4	170	25	32	16	25	1.96
254826--254937	39	2.9	39	95	1	199	25	32	16	25	1.96
261616--261657	16	2.6	16	88	0	57	54	23	0	21	1.44
262575--263147	195	2.9	194	84	4	713	32	26	13	27	1.94
263411--263453	20	2.2	20	91	0	68	30	37	9	23	1.86
264657--264692	17	2.1	17	89	0	54	36	0	27	36	1.57
280434--280559	66	1.9	66	86	3	182	38	12	14	34	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
285692--285754	31	2.0	31	82	11	76	49	7	0	42	1.32
288374--288442	36	1.9	36	100	0	138	42	28	10	18	1.83
292192--292290	21	4.8	20	75	6	81	37	23	18	21	1.94
292257--292411	40	3.8	40	82	4	186	37	26	18	18	1.93
292257--292410	20	7.7	20	80	7	168	37	26	18	18	1.93
292793--292863	33	2.2	33	92	0	115	11	22	18	47	1.80
292943--293032	21	4.4	20	80	5	110	45	18	23	12	1.83
292942--293020	41	2.0	40	92	2	131	44	17	25	12	1.84
293057--293121	19	3.7	19	74	19	77	10	23	21	44	1.83
293079--293135	14	3.7	14	75	20	60	8	24	22	43	1.81
293062--293143	33	2.5	33	100	0	164	9	23	19	47	1.79
294842--295682	93	9.1	93	99	0	1666	21	12	19	46	1.83
295730--295858	19	7.3	19	75	17	125	45	28	17	8	1.77
295766--295858	33	2.8	32	91	4	150	46	27	18	7	1.76
295730--295858	52	2.5	52	74	14	140	45	28	17	8	1.77
295854--295988	19	7.6	19	75	16	128	11	19	23	45	1.82
295876--295932	14	3.7	14	77	20	60	10	21	22	45	1.82
295859--295951	33	2.8	33	95	0	168	10	20	21	47	1.80
297911--297947	14	2.6	14	86	0	56	32	0	18	48	1.49
298054--298150	19	5.4	19	82	15	134	45	17	22	14	1.85
298054--298169	51	2.2	53	95	3	209	43	18	25	13	1.86
298159--298361	19	11.7	19	74	20	203	15	21	18	45	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
298159--298333	52	3.3	52	95	0	314	15	22	17	45	1.85
298165--298375	33	6.2	33	76	14	223	14	21	18	45	1.84
300856--300902	24	2.0	24	87	8	69	38	21	14	25	1.92
301585--301854	20	13.5	20	87	1	290	20	17	25	37	1.94
301841--301923	21	4.0	21	75	0	85	26	16	22	33	1.96
301821--301919	42	2.4	43	78	8	107	22	18	22	37	1.94
305028--305127	45	2.2	46	96	3	193	51	6	2	41	1.38
305800--306157	174	2.1	174	90	1	565	29	23	23	24	1.99
313698--313739	22	1.9	22	95	0	75	11	23	40	23	1.88
316404--316447	23	1.9	23	100	0	88	22	27	27	22	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6