genome.fa.s8182.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008182.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110782_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1042344

Tables:   1   2   3   4   5   6   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
659399--659437	21	1.9	20	84	5	51	41	0	0	58	0.98
669487--669549	33	1.9	33	90	0	99	20	22	34	22	1.96
681026--681388	191	1.9	191	92	0	609	34	9	15	40	1.80
682323--682391	24	2.9	24	75	0	75	55	18	10	15	1.68
682323--682392	12	5.8	12	75	6	52	54	18	11	15	1.71
704140--704222	30	2.8	30	82	10	107	34	10	18	36	1.85
709754--709807	28	2.0	26	89	7	81	35	16	11	37	1.84
713262--713300	19	2.1	19	95	0	69	17	17	5	58	1.56
714916--714968	5	9.8	5	76	15	52	7	22	50	18	1.72
714910--714969	17	3.2	17	79	20	75	11	23	46	18	1.81
714916--714968	22	2.4	22	100	0	106	7	22	50	18	1.72
714965--715042	9	8.3	9	80	5	75	28	28	26	16	1.97
714967--715043	19	4.1	19	79	12	86	28	28	24	18	1.98
722163--722192	7	4.4	7	91	8	53	26	30	26	16	1.97
722163--722192	13	2.2	14	94	5	53	26	30	26	16	1.97
722183--722238	22	2.5	22	94	0	94	12	23	44	19	1.84
722242--722340	9	10.3	9	76	14	74	28	26	29	16	1.97
722240--722313	20	3.8	19	76	15	80	25	29	29	14	1.95
722243--722340	29	3.4	28	82	10	92	28	26	28	16	1.97
722248--722340	38	2.4	37	81	15	100	29	26	27	16	1.97
723551--723591	21	2.0	21	95	0	73	2	29	43	24	1.67
724192--724227	18	2.0	18	100	0	72	44	11	11	33	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
724671--724803	64	2.1	64	100	0	266	36	15	9	39	1.80
725967--726017	27	2.0	25	84	7	66	19	3	15	60	1.50
729928--730036	57	1.9	57	96	0	200	19	18	20	42	1.90
732044--732136	45	2.1	45	100	0	186	13	19	18	48	1.81
732554--732582	14	2.1	14	93	6	51	41	0	6	51	1.28
738228--738348	53	2.3	53	82	1	145	38	20	13	27	1.90
738256--738370	53	2.2	53	90	0	176	39	19	15	26	1.91
744602--744705	52	2.0	53	90	5	167	39	17	16	26	1.90
744639--744922	156	1.8	153	85	2	397	40	17	15	26	1.89
745893--745941	11	4.2	12	80	19	59	81	0	16	2	0.78
745893--745935	18	2.4	18	96	0	77	81	0	16	2	0.79
750328--750366	20	2.0	20	84	0	51	58	15	15	10	1.62
750362--750437	12	6.5	11	79	8	71	78	5	13	2	1.02
750362--750434	23	3.1	23	80	9	69	79	5	12	2	1.01
750389--750435	16	3.3	15	74	20	55	78	8	10	2	1.04
751550--751621	37	2.0	36	83	8	92	29	19	9	41	1.83
751634--751732	50	2.0	51	85	2	137	24	18	16	41	1.89
751741--751870	36	3.6	37	85	4	167	23	23	16	36	1.94
751684--752009	137	2.4	137	83	3	386	26	20	14	38	1.91
751944--752070	36	3.5	36	73	2	128	25	19	14	39	1.91
751929--752070	73	1.9	73	88	2	214	28	18	14	38	1.90
751963--752117	73	2.1	72	81	9	172	31	19	12	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
752377--752931	91	6.0	91	85	7	733	38	16	21	24	1.92
752686--752885	103	1.9	103	90	2	321	39	18	19	24	1.92
753074--753397	44	7.4	44	70	3	150	31	21	18	28	1.97
753062--753421	131	2.7	132	89	3	555	30	20	18	29	1.97
759093--759131	20	2.0	20	89	0	60	35	28	12	23	1.91
775462--775496	13	2.8	13	91	4	54	77	0	17	5	0.96
776307--776390	42	2.0	42	86	6	116	33	20	19	27	1.96
776956--776989	7	4.9	7	88	0	50	44	14	2	38	1.61
777007--777061	19	3.2	19	73	26	68	43	7	10	38	1.68
777102--777140	20	2.1	19	90	9	62	33	2	10	53	1.48
778926--778964	21	2.0	20	85	10	53	35	10	10	43	1.73
779841--780971	185	6.1	186	77	5	916	36	10	16	36	1.84
779841--780971	275	4.1	276	77	4	958	36	10	16	36	1.84
779841--780971	93	12.3	93	77	3	976	36	10	16	36	1.84
781007--782517	93	16.3	92	74	7	1052	37	10	15	36	1.83
780766--781214	243	1.8	243	84	4	620	38	12	15	33	1.85
780671--781307	336	1.9	336	82	4	793	37	11	15	34	1.85
781007--782517	185	8.2	184	74	7	828	37	10	15	36	1.83
781007--782279	278	4.6	275	75	8	765	37	10	16	35	1.83
782525--783260	93	8.0	91	72	7	455	36	9	16	37	1.82
782552--783259	185	3.8	184	75	7	598	36	9	16	37	1.82
789457--789506	20	2.5	20	90	0	73	30	14	16	40	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
789606--789645	20	2.0	21	95	5	73	32	22	20	25	1.98
794939--795040	24	4.3	24	69	10	84	20	11	16	50	1.76
794939--795040	48	2.1	48	83	5	127	20	11	16	50	1.76
798145--798297	39	3.9	39	77	3	155	20	18	20	40	1.92
801501--801543	16	2.7	16	81	0	59	34	20	6	37	1.80
809321--809377	27	2.1	27	86	0	78	15	21	12	50	1.76
814700--815063	90	4.0	90	92	0	584	25	18	20	35	1.95
814700--815063	181	2.0	180	91	1	586	25	18	20	35	1.95
815200--815776	137	4.2	135	89	3	879	33	17	22	26	1.96
815759--815840	32	2.6	32	98	0	155	40	13	24	21	1.89
815886--816053	91	1.9	90	89	3	266	38	14	21	26	1.91
816228--816276	23	2.1	23	84	0	62	40	2	0	57	1.10
816202--816261	3	20.7	3	83	6	79	36	1	1	60	1.17
816520--816546	8	3.4	8	100	0	54	37	51	11	0	1.37
817043--817072	2	15.0	2	92	0	51	0	53	0	46	1.00
820460--820510	26	1.9	27	88	4	77	50	29	1	17	1.57
821586--821699	39	2.9	39	75	7	115	20	19	20	40	1.92
823722--824093	185	2.0	184	92	1	620	45	8	3	42	1.51
827034--827185	39	3.9	39	79	0	151	19	17	21	41	1.90
827035--827185	78	1.9	78	83	2	196	18	17	21	41	1.90
829405--829447	20	2.2	20	87	8	61	25	16	4	53	1.62
829853--829890	6	6.3	6	96	0	67	13	34	0	52	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
829859--829900	18	2.3	18	87	0	57	16	38	0	45	1.48
837779--837819	20	2.0	20	100	0	82	26	14	19	39	1.90
841418--841476	31	2.0	31	93	6	104	20	32	10	37	1.86
850676--850713	14	2.6	14	84	15	51	52	0	2	44	1.14
850683--850729	23	2.0	25	83	8	62	53	2	2	42	1.25
851475--851514	17	2.3	18	91	8	66	47	0	0	52	1.00
851478--851519	18	2.4	17	88	8	57	52	0	0	47	1.00
851907--851976	24	2.8	25	78	6	88	54	2	0	42	1.15
851913--851989	12	6.5	11	73	17	66	59	2	0	37	1.11
853662--853703	19	2.3	18	84	12	50	78	2	11	7	1.04
859878--859938	32	1.9	32	86	6	88	24	11	29	34	1.91
860104--860188	38	2.2	39	81	8	102	32	10	20	36	1.87
860188--860405	97	2.2	98	89	2	332	35	12	16	34	1.87
860191--860405	98	2.2	97	89	2	324	34	13	16	35	1.88
860400--860521	42	3.0	41	86	4	158	25	22	22	30	1.99
860415--860527	20	5.5	20	67	8	66	24	24	21	29	1.99
860856--860961	31	3.3	31	74	18	99	33	15	13	37	1.86
860791--860960	33	5.2	33	71	17	113	31	17	13	38	1.88
860895--860983	33	2.7	32	75	14	83	31	14	12	41	1.83
861032--861092	20	3.2	20	63	25	51	18	18	19	44	1.87
861017--861103	36	2.4	37	88	3	140	22	20	16	40	1.91
861146--861331	73	2.5	71	83	6	237	30	21	12	34	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
861599--862153	91	6.0	91	86	6	767	37	16	21	25	1.93
861599--862149	181	3.0	181	88	5	782	37	15	21	24	1.93
861908--862106	103	1.9	103	90	2	319	37	17	20	25	1.94
862404--862759	44	8.1	44	73	8	267	31	21	19	27	1.97
862293--862778	132	3.7	132	89	1	715	31	20	18	29	1.96
863267--863304	17	2.2	17	90	9	60	78	2	13	5	1.02
866242--866281	6	6.5	6	83	16	55	0	15	0	85	0.61
866242--866286	19	2.3	20	85	14	67	2	15	0	82	0.77
878083--878166	2	42.0	2	89	4	125	51	2	0	46	1.14
878163--878199	17	2.2	17	100	0	74	54	16	0	29	1.43

Tables:   1   2   3   4   5   6