genome.fa.s8192.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008192.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110809_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1702141

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
165870--165899	12	2.6	11	94	5	51	63	6	6	23	1.43
165915--165947	14	2.4	14	90	5	50	75	0	0	24	0.80
165917--165964	22	2.1	22	85	11	62	70	2	0	27	0.98
165942--166023	13	6.5	13	71	22	59	63	1	7	28	1.28
165927--166014	11	8.1	11	70	18	51	65	1	5	27	1.22
166593--166697	37	2.8	36	81	2	111	31	15	13	40	1.85
167179--167352	91	1.9	88	85	5	233	27	13	3	55	1.54
167179--167420	41	5.6	42	77	8	173	28	14	4	53	1.59
167102--167420	42	7.4	43	75	10	208	26	12	5	55	1.58
168921--168958	19	2.1	19	90	5	60	68	5	0	26	1.11
169775--169830	28	2.0	29	85	3	78	3	21	5	69	1.24
170342--170457	3	38.7	3	87	3	171	61	0	3	35	1.13
170774--171182	113	3.6	113	95	1	716	28	19	14	37	1.91
170774--171182	225	1.8	224	93	1	712	28	19	14	37	1.91
171943--172407	84	5.6	84	97	1	857	36	21	14	27	1.93
171943--172407	166	2.8	167	97	1	871	36	21	14	27	1.93
173538--173610	1	73.0	1	86	0	101	0	6	0	93	0.36
173538--173614	22	3.4	23	89	5	113	0	7	0	92	0.39
184415--184450	19	1.9	19	94	5	65	72	5	0	22	1.05
185503--185562	20	3.2	19	81	6	59	33	0	1	65	1.03
185513--185568	29	2.0	30	83	13	75	37	0	1	60	1.07
185561--185664	3	34.7	3	92	0	172	62	0	2	34	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
187222--187246	5	5.0	5	100	0	50	40	0	0	60	0.97
192772--192823	21	2.5	21	81	3	61	38	19	25	17	1.93
192834--192886	20	2.7	20	84	0	79	26	26	20	26	1.99
193040--193073	12	2.9	12	86	4	52	17	41	5	35	1.74
193628--193681	24	2.2	24	90	0	81	22	16	20	40	1.91
193856--193880	12	2.1	12	100	0	50	72	0	28	0	0.86
196172--196298	33	3.8	33	89	4	202	43	19	22	14	1.87
196173--196305	66	2.0	66	97	0	248	42	19	22	15	1.89
196172--196302	19	7.7	19	66	23	94	43	19	22	13	1.87
196313--196369	14	3.7	14	75	20	60	8	24	22	43	1.81
196298--196387	33	2.7	33	94	0	153	13	22	21	43	1.87
196327--196387	19	3.5	19	72	21	69	11	22	21	44	1.84
196494--196530	14	2.6	14	91	0	65	45	24	0	29	1.53
197879--197945	21	3.2	21	68	4	55	19	20	35	23	1.95
197879--198001	42	2.9	41	79	7	113	22	18	36	21	1.95
198219--198403	91	2.0	93	91	6	306	47	18	11	21	1.81
200087--200217	19	7.1	19	79	10	146	44	19	23	12	1.85
200213--200279	19	3.5	19	85	2	89	10	16	25	47	1.78
200799--200848	20	2.5	20	93	0	82	26	20	28	26	1.99
200860--200913	20	2.7	20	97	0	99	25	18	24	31	1.97
200800--200916	61	1.9	61	83	0	153	24	17	24	33	1.96
200800--200934	61	2.2	61	80	2	146	23	19	24	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
203351--203401	21	2.4	21	83	9	59	33	25	17	23	1.96
205058--205280	111	2.0	111	95	1	403	34	17	20	26	1.95
212730--212795	13	5.1	13	75	0	69	37	7	15	39	1.75
212730--212796	26	2.6	26	95	0	116	37	7	16	38	1.77
213608--213640	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
213808--213839	3	11.3	3	87	12	50	34	0	0	65	0.93
214506--214560	20	2.8	20	91	5	76	25	30	12	30	1.93
214899--215173	146	1.9	146	81	1	336	32	20	25	21	1.97
221530--221561	3	10.3	3	93	6	55	62	0	34	3	1.11
222676--222802	10	13.1	9	70	18	69	80	0	10	8	0.95
222684--222755	9	8.8	8	79	15	53	76	0	12	11	1.02
222676--222775	19	6.3	15	72	23	57	79	0	11	10	0.95
222687--222765	41	2.0	40	87	7	115	77	0	11	11	1.00
222676--222802	8	15.2	8	72	21	61	80	0	10	8	0.95
222675--222802	41	3.1	41	77	10	113	79	0	10	9	0.97
222758--222797	11	3.5	11	83	6	53	87	2	10	0	0.63
224082--224364	108	2.6	110	92	2	489	28	14	28	27	1.95
224082--224353	55	5.0	55	91	1	467	28	15	28	27	1.96
224357--224805	52	8.6	52	94	1	783	28	16	26	29	1.97
224466--224876	52	7.8	53	91	1	165	29	17	25	27	1.97
225063--225097	3	12.3	3	88	11	56	34	0	0	65	0.93
225766--225820	20	2.8	20	91	5	76	25	30	12	30	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
226158--226432	146	1.9	146	82	1	345	32	20	26	21	1.97
228652--228705	26	2.1	26	85	0	72	33	7	11	48	1.67
230275--230678	37	11.2	37	80	11	373	44	3	8	43	1.51
230434--230505	32	2.3	32	85	4	94	45	4	6	43	1.50
230538--230641	31	3.4	31	93	2	174	42	2	8	46	1.49
242322--242384	20	2.9	21	79	9	65	15	25	34	23	1.95
246192--246231	21	1.9	21	85	10	55	35	10	2	52	1.48
254467--254521	23	2.4	23	84	6	67	12	12	9	65	1.47
254486--254538	23	2.3	22	75	15	54	11	11	11	66	1.46
256288--256335	18	2.6	17	81	12	51	18	2	10	68	1.28
256346--256408	25	2.4	28	74	17	71	49	0	0	50	1.00
261454--261490	12	3.0	12	92	4	56	16	54	16	13	1.72
261506--261569	2	32.5	2	93	3	112	50	1	0	48	1.10
270037--270231	96	2.0	96	87	2	275	33	16	24	25	1.96
271461--271695	36	6.5	36	82	8	194	37	23	20	19	1.95
271457--271695	72	3.3	72	77	8	252	36	23	20	19	1.95
271448--271695	108	2.3	108	83	6	313	37	23	20	19	1.95
272066--272416	51	6.8	51	90	3	508	32	19	24	23	1.97
272189--272954	55	14.3	55	84	9	505	31	16	25	26	1.96
272066--272442	155	2.4	153	88	5	494	32	19	24	24	1.98
272363--272835	55	8.7	55	87	6	616	29	14	27	28	1.95
272364--272835	161	2.9	162	87	7	640	29	14	27	27	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
272393--272859	216	2.2	215	87	6	710	30	14	27	27	1.95
277898--277955	20	2.9	20	80	7	64	44	6	18	29	1.76
278735--278796	31	2.0	31	83	0	79	51	11	16	20	1.74
279463--279496	18	1.9	18	88	5	52	29	0	11	58	1.33
280292--280333	10	3.9	10	87	12	57	64	2	2	30	1.19
284610--284658	24	2.0	26	84	8	66	32	34	0	32	1.58
284744--284786	14	3.1	14	80	6	52	51	4	2	41	1.35
287474--287560	20	4.2	21	82	1	61	31	16	18	34	1.93
287508--287633	20	6.3	20	86	1	112	32	19	19	28	1.96
287547--287646	40	2.5	40	88	0	146	27	21	20	32	1.97
287547--287633	20	4.3	20	88	0	129	28	21	19	29	1.98
290770--290804	18	1.9	18	94	0	61	54	25	2	17	1.57
290975--291119	20	7.8	20	68	17	89	35	21	17	24	1.95
290983--291153	34	4.9	34	79	8	162	36	22	18	22	1.95
291125--291168	20	2.2	20	84	4	54	29	25	20	25	1.99
292752--292863	42	2.7	41	72	8	100	22	17	36	23	1.95
293353--293395	20	2.3	19	88	8	61	34	27	18	18	1.95
293438--293503	20	3.3	20	78	0	78	21	18	21	39	1.93
293653--293720	18	3.8	18	92	0	118	42	5	19	32	1.75
295446--295541	20	4.8	20	81	2	104	46	21	16	14	1.83
295938--295980	22	2.0	22	90	0	68	18	13	41	25	1.88
296155--296227	20	3.7	20	92	0	119	26	20	28	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
296320--296367	19	2.5	19	96	0	87	20	22	31	25	1.98
296675--296730	15	3.6	15	74	9	58	41	12	12	33	1.81
297404--297458	13	4.2	13	75	13	58	49	12	3	34	1.59
297444--297542	33	3.0	33	92	1	155	44	15	8	32	1.75
297537--297578	21	2.0	21	95	0	75	47	7	14	30	1.71
299834--299858	13	1.9	13	100	0	50	48	16	16	20	1.82
303002--303039	2	20.0	2	89	10	62	50	0	0	50	1.00
303186--303244	26	2.2	26	82	11	66	23	6	5	64	1.38
304524--304577	2	27.0	2	100	0	108	50	0	0	50	1.00
305832--305863	2	17.0	2	87	12	50	50	0	0	50	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9