genome.fa.s8192.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008192.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110809_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1702141

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
840396--840432	14	2.6	14	91	0	65	45	24	0	29	1.53
841790--841856	21	3.2	21	68	4	55	19	20	35	23	1.95
841790--841912	42	2.9	41	80	7	113	22	17	36	22	1.95
843915--844113	19	10.8	19	77	13	166	44	21	22	12	1.84
843940--844038	33	3.0	33	89	1	144	40	25	23	11	1.87
844007--844118	19	5.8	19	96	2	197	46	20	21	11	1.82
844114--844157	19	2.3	19	88	0	61	11	15	25	47	1.79
844125--844184	19	3.1	19	82	2	66	13	21	20	45	1.85
844702--844753	20	2.6	20	93	0	86	25	19	28	26	1.98
844721--844798	41	1.9	41	83	0	102	21	16	20	41	1.91
844784--844879	41	2.3	41	98	0	165	18	23	17	39	1.92
844784--844876	20	4.6	20	78	4	96	18	24	18	38	1.92
846926--846967	20	2.0	21	86	13	61	61	9	7	21	1.50
848934--849001	32	2.2	31	82	7	84	48	5	22	23	1.72
850964--850995	16	2.0	16	93	0	55	46	25	15	12	1.81
851026--851081	23	2.4	23	84	0	67	26	19	19	33	1.96
851044--851117	12	6.2	12	82	3	96	20	17	21	40	1.91
852685--852731	7	6.7	7	87	0	67	17	0	34	48	1.47
852692--852737	21	2.2	21	92	0	74	21	0	30	47	1.51
852789--852827	14	2.8	13	85	11	51	20	0	35	43	1.52
853255--853345	31	3.1	30	80	13	100	42	6	10	39	1.66
853296--853355	28	2.1	28	81	6	68	36	11	11	40	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
856111--856144	16	2.1	17	88	5	52	35	5	8	50	1.58
856612--856838	108	2.1	108	99	0	445	48	6	13	31	1.67
857810--857857	25	2.0	25	84	12	64	77	4	4	14	1.08
857916--858015	25	3.8	25	79	15	94	76	1	8	15	1.07
857924--858011	4	22.8	4	72	19	55	76	1	6	15	1.06
857959--858018	31	1.9	31	86	6	86	78	0	6	15	0.95
858055--858113	22	2.6	24	81	7	70	71	0	5	23	1.06
859691--860784	84	13.1	83	77	5	1022	24	20	26	29	1.99
860155--860783	248	2.5	248	92	1	1039	24	20	25	29	1.99
865768--865904	48	2.8	49	84	3	136	27	11	20	40	1.87
865771--865886	24	4.8	24	89	4	162	26	13	19	39	1.89
868984--869158	5	34.6	5	69	23	84	57	4	0	38	1.18
868992--869245	7	37.1	7	71	20	166	53	5	1	39	1.32
868995--869245	2	131.5	2	66	25	109	53	5	1	39	1.32
880471--880681	43	4.9	43	76	8	171	44	13	20	21	1.85
880479--880681	42	4.8	42	75	8	160	43	12	21	22	1.86
883457--883551	47	2.0	47	95	0	172	49	12	4	33	1.60
883725--883774	25	2.1	22	85	10	64	44	0	2	54	1.11
884019--884107	24	3.7	24	89	0	115	11	13	21	53	1.70
884032--884087	14	4.3	14	82	17	84	7	14	26	51	1.67
885190--885256	16	4.3	16	92	3	102	10	10	19	59	1.58
885188--885248	32	1.9	32	96	0	113	8	13	22	55	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
898940--898995	18	3.4	18	62	23	50	48	7	12	32	1.68
898932--898994	31	2.0	31	96	0	117	44	7	12	34	1.72
899688--899719	14	2.3	14	94	0	55	12	15	18	53	1.73
903469--903504	18	1.9	19	88	5	56	41	8	11	38	1.71
909576--909601	13	2.0	13	100	0	52	46	7	15	30	1.74
909636--909668	6	5.7	6	92	3	50	18	0	0	81	0.68
914165--914205	18	2.2	20	82	8	50	34	9	7	48	1.64
914995--915068	23	3.3	22	81	7	78	12	18	16	52	1.74
918035--918109	36	2.0	36	85	10	98	48	2	1	48	1.24
918922--918959	20	1.9	20	94	0	67	26	23	5	44	1.74
919192--919230	20	2.1	18	85	9	51	25	2	5	66	1.25
919320--919383	32	2.0	32	90	0	101	35	6	10	46	1.64
919808--919886	2	39.5	2	100	0	158	49	0	0	50	1.00
932838--932905	3	22.7	3	96	0	127	33	1	0	64	1.02
945731--945782	13	4.2	12	78	7	59	82	0	17	0	0.66
945734--945786	15	3.6	14	80	10	61	81	0	18	0	0.70
945742--945784	10	4.1	10	88	11	68	86	0	13	0	0.58
945731--945786	22	2.4	25	77	22	77	80	0	19	0	0.71
946878--947045	83	2.0	83	95	0	300	26	13	25	35	1.92
946988--947100	58	1.9	58	92	3	192	25	14	23	36	1.93
946906--947183	141	2.0	141	92	2	461	27	13	23	35	1.92
947046--947277	83	2.8	83	98	1	439	31	13	20	34	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
947965--948968	113	8.9	112	91	3	1565	38	14	19	27	1.90
947967--948968	225	4.4	225	94	2	1719	38	14	19	27	1.90
947965--948968	338	3.0	338	93	2	1678	38	14	19	27	1.90
949286--949380	3	31.7	3	95	0	172	33	2	0	64	1.06
953161--953230	24	2.8	24	80	6	68	51	2	2	42	1.31
957164--957214	20	2.6	19	81	6	57	19	25	17	37	1.94
957307--957360	6	9.0	6	97	0	81	22	50	16	11	1.77
957991--958134	22	6.7	22	81	7	131	38	25	18	16	1.92
957985--958210	20	10.9	20	75	10	116	39	24	19	15	1.91
958159--958253	21	4.6	21	80	2	120	31	26	18	23	1.98
958139--958232	41	2.3	41	96	0	170	36	25	20	18	1.95
958116--958257	62	2.3	61	87	1	194	36	24	19	19	1.95
958601--958647	23	2.0	24	84	12	62	23	12	19	44	1.85
958857--958886	11	2.7	11	94	0	51	63	23	3	10	1.40
959463--959527	23	2.8	25	70	13	66	38	20	18	23	1.93
959525--959611	26	3.3	25	68	17	68	57	17	6	18	1.61
959522--959621	30	3.5	30	73	15	113	59	16	6	19	1.57
959528--959649	54	2.3	54	92	0	199	57	15	6	20	1.60
959572--959649	24	3.0	25	67	20	68	58	14	5	21	1.55
964921--964952	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
965696--965742	21	2.2	22	88	11	71	29	0	2	68	1.02
965751--965796	11	4.2	11	86	8	58	21	6	4	67	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
967572--967609	19	2.0	20	89	5	60	7	23	0	68	1.16
971036--971109	23	3.2	22	76	14	62	77	8	13	1	1.06
971061--971085	13	1.9	13	100	0	50	80	8	12	0	0.92
971700--971776	22	3.5	22	80	0	91	35	25	12	25	1.92
972488--974378	106	17.9	106	90	0	2790	34	23	18	23	1.96
974825--975202	188	2.0	189	98	1	733	33	22	20	23	1.97
975297--975401	37	2.8	37	88	0	156	40	15	15	29	1.88
975943--976039	23	4.2	23	74	18	85	27	6	1	64	1.23
975999--976047	23	2.1	23	88	7	73	28	0	2	69	1.00
976056--976090	11	3.2	11	87	0	52	20	8	5	65	1.40
976099--976140	21	1.9	23	90	9	70	33	0	4	61	1.17
976092--976142	25	2.0	25	81	7	59	35	0	3	60	1.15
976556--976622	30	2.3	30	80	15	77	29	4	2	62	1.29
976610--976644	13	2.6	13	90	4	52	14	2	5	77	1.07
976617--976694	13	6.0	12	73	18	52	16	5	2	75	1.09
978542--978612	20	3.6	19	74	12	63	32	32	12	22	1.92
978601--978650	20	2.5	20	83	0	64	36	20	18	26	1.95
978643--978685	20	2.2	20	95	0	77	41	25	11	20	1.86
981103--981178	21	3.6	21	81	11	93	23	31	18	26	1.97
981101--981185	21	4.0	21	79	11	75	22	31	18	27	1.97
982551--982583	13	2.4	14	95	5	59	30	0	21	48	1.50
982562--982712	64	2.4	64	92	1	241	29	0	17	52	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
982835--982885	20	2.5	20	90	0	75	41	23	17	17	1.90
983108--983143	18	2.0	18	94	0	63	19	2	22	55	1.56
984798--984844	24	2.0	24	91	0	76	34	19	19	27	1.96
984964--984997	12	2.8	12	90	0	50	14	0	29	55	1.40
985587--985624	16	2.5	15	84	12	51	65	0	5	28	1.14
985788--985911	20	6.2	20	73	11	92	33	12	20	32	1.91
985793--985954	40	4.0	39	75	10	121	32	11	24	32	1.91
985861--985920	21	2.8	21	92	2	93	30	6	25	38	1.81
991666--991705	21	1.9	21	84	0	53	37	27	5	30	1.78
993942--993982	13	3.3	13	78	21	52	65	0	0	34	0.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9