genome.fa.s8192.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008192.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110809_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1702141

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
710862--710906	20	2.2	20	100	0	90	15	26	53	4	1.61
712252--712335	43	2.0	43	86	6	118	29	23	7	39	1.81
712786--712820	18	1.9	18	88	0	52	37	0	5	57	1.23
718049--718080	3	10.3	3	93	6	55	65	0	0	34	0.93
718050--718080	16	1.9	16	100	0	62	67	0	0	32	0.91
729550--729599	21	2.4	20	81	15	57	54	12	2	32	1.49
732469--732574	35	2.9	36	94	4	187	29	4	20	45	1.71
737090--737195	35	2.9	36	91	4	178	29	4	19	46	1.70
739741--739811	37	1.9	37	94	2	126	29	4	21	45	1.70
742326--742364	19	2.1	19	95	0	69	33	28	15	23	1.95
742386--742476	40	2.2	41	81	11	107	34	21	15	28	1.94
742591--742642	17	2.6	22	68	28	60	28	38	5	26	1.79
742601--742638	17	2.2	17	100	0	76	31	36	5	26	1.79
744261--744361	31	3.3	31	91	2	152	31	25	21	20	1.98
744285--744411	31	4.1	31	86	2	94	34	22	20	22	1.97
744907--744939	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
745496--745540	21	2.1	21	87	0	63	15	24	28	31	1.96
746254--746311	24	2.4	24	88	0	80	25	18	18	36	1.95
746270--746323	24	2.2	24	90	0	81	22	18	18	40	1.91
747412--747481	20	3.5	20	88	1	106	50	22	15	11	1.76
748204--748240	19	1.9	19	88	0	56	21	13	29	35	1.92
757133--757527	216	1.8	216	93	1	684	49	8	12	30	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
757562--757658	42	2.3	41	87	7	133	47	2	4	46	1.33
757551--757642	2	45.5	2	78	10	98	48	1	4	45	1.29
757562--757663	22	4.8	22	80	13	99	47	2	3	46	1.36
757557--757882	20	16.4	20	68	18	105	45	4	5	44	1.47
757796--757888	17	5.2	17	75	16	66	45	0	4	50	1.21
757758--757895	24	5.6	24	72	19	90	46	1	5	47	1.33
757796--757902	17	6.5	16	70	17	60	43	0	5	50	1.25
757933--758005	20	3.4	20	74	17	65	39	6	1	52	1.37
757956--758048	33	2.9	32	84	6	118	41	6	4	47	1.49
758004--758168	65	2.5	65	99	0	321	43	6	8	41	1.61
758067--758279	18	11.9	18	68	23	96	42	8	7	41	1.63
758129--758251	38	3.1	39	81	13	160	42	8	6	42	1.62
758125--758279	80	2.0	75	87	6	220	41	9	7	41	1.65
758217--758285	33	2.2	33	92	5	115	46	8	5	39	1.59
758132--758281	18	7.9	20	72	22	112	42	9	6	41	1.63
758256--758305	24	2.1	24	88	7	75	40	6	10	44	1.63
758313--758408	2	44.0	2	73	19	59	45	7	2	44	1.43
758313--758408	7	13.6	7	75	16	65	45	7	2	44	1.43
758300--758408	20	5.3	20	76	15	91	44	8	1	44	1.44
758320--758430	35	3.2	36	79	7	104	45	7	2	44	1.45
758473--758603	33	3.8	32	81	14	138	43	7	8	40	1.63
758530--758587	17	3.5	17	67	21	50	41	8	6	43	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
758473--758720	18	14.1	18	71	16	173	44	6	7	41	1.59
758548--758744	106	1.9	107	88	5	301	47	5	5	42	1.49
761890--761921	17	2.0	17	88	11	50	53	6	0	40	1.26
764789--764841	21	2.7	20	78	21	58	32	5	0	62	1.19
767025--767110	43	2.0	43	90	0	136	30	10	24	34	1.89
767367--767405	15	2.7	15	88	4	53	20	15	12	51	1.76
770592--770635	22	2.0	22	95	0	79	65	13	15	4	1.41
770630--770694	9	7.3	9	77	13	55	81	1	15	1	0.84
770625--770694	17	4.0	17	82	12	88	80	1	17	1	0.87
775709--775830	22	5.6	22	94	0	210	32	14	13	38	1.86
776227--777119	112	7.9	112	90	1	1302	37	14	18	28	1.91
778771--778823	21	2.7	20	78	21	58	32	5	0	62	1.19
778934--779381	144	3.2	144	78	14	527	37	8	7	45	1.65
780137--780564	214	2.0	214	100	0	856	39	20	21	18	1.93
784897--784951	21	2.6	20	83	11	65	3	3	7	85	0.82
784896--784951	26	2.2	25	83	6	67	3	3	7	85	0.81
786563--786619	30	1.9	29	89	3	87	17	28	22	31	1.97
786647--786690	22	2.0	22	100	0	88	18	50	22	9	1.75
793845--793892	9	5.1	9	85	7	60	12	25	31	31	1.92
793853--793881	10	3.0	10	95	5	51	17	20	31	31	1.96
793889--793924	5	7.4	5	93	6	65	22	55	22	0	1.44
793892--793921	9	3.2	9	90	9	51	20	60	20	0	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
793926--793953	7	4.0	7	100	0	56	14	28	28	28	1.95
795901--795942	22	1.9	22	95	0	75	26	19	7	47	1.74
797389--797446	29	2.0	29	82	3	71	72	5	1	20	1.13
798619--798775	65	2.4	64	78	13	169	31	24	19	24	1.98
798660--798820	65	2.5	65	81	10	179	29	24	19	26	1.99
803826--803867	22	1.9	22	95	0	75	23	21	9	45	1.81
804075--804110	17	2.1	17	100	0	72	41	19	16	22	1.90
806100--806245	71	2.1	71	100	0	292	32	5	17	43	1.72
806887--806913	14	1.9	14	100	0	54	0	14	0	85	0.61
808505--808541	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
808601--808691	20	4.7	19	74	12	71	34	4	1	60	1.24
808590--808648	17	3.5	17	72	20	52	35	3	0	61	1.13
808675--808818	5	28.2	5	67	21	52	18	5	3	72	1.18
808590--808786	16	12.1	16	69	21	69	26	4	2	66	1.22
808667--808785	14	8.5	14	70	18	54	21	4	3	71	1.18
808657--808820	9	17.7	9	66	17	52	20	4	3	71	1.20
819340--819544	110	1.9	110	91	0	338	36	23	19	20	1.95
821061--821134	19	4.3	18	70	26	63	36	2	1	59	1.20
821081--821134	20	2.7	19	80	11	56	35	1	1	61	1.18
821140--821193	21	2.6	20	80	13	56	14	5	5	74	1.19
821061--821238	15	11.3	15	71	19	57	26	4	2	66	1.25
821166--821242	32	2.4	32	79	14	88	19	2	6	71	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
822023--822057	3	11.7	3	100	0	70	34	0	0	65	0.93
827136--827170	3	11.7	3	93	0	61	0	31	0	68	0.90
829804--829896	21	4.6	20	78	4	96	38	18	24	18	1.92
829801--829896	41	2.3	41	98	0	183	39	17	23	18	1.92
829804--829896	20	4.6	20	78	4	96	38	18	24	18	1.92
829823--829957	41	3.3	41	81	6	123	37	20	21	20	1.94
829885--829979	20	4.7	20	80	2	91	34	24	17	23	1.96
830168--830211	22	2.0	22	95	0	79	20	45	15	18	1.85
830456--830493	20	1.9	20	88	0	58	13	15	21	50	1.78
831814--831858	18	2.5	18	85	0	63	26	42	15	15	1.87
832331--832397	20	3.4	20	81	2	73	38	23	22	14	1.92
832386--832441	14	3.7	14	78	17	67	50	25	16	8	1.74
832370--832446	32	2.4	33	93	2	138	45	23	19	11	1.83
832472--832576	20	5.4	19	82	4	95	14	20	23	41	1.88
834430--834465	14	2.6	14	90	0	54	30	0	22	47	1.52
834572--834648	14	4.7	15	74	22	59	45	19	22	12	1.84
834582--834648	18	3.8	19	81	18	92	46	17	22	13	1.83
834655--834710	20	2.8	20	94	0	94	19	23	21	35	1.96
835057--835092	14	2.6	14	90	0	54	30	0	22	47	1.52
835199--835275	14	4.7	15	74	22	59	45	19	22	12	1.84
835209--835275	18	3.8	19	81	18	92	46	17	22	13	1.83
835282--835337	20	2.8	20	94	0	94	19	23	21	35	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
835685--835720	14	2.6	14	90	0	54	30	0	22	47	1.52
834180--836480	628	3.7	628	99	0	4568	32	11	20	35	1.89
835837--835903	18	3.8	19	81	18	92	46	17	22	13	1.83
835910--835965	20	2.8	20	94	0	94	19	23	21	35	1.96
836313--836348	14	2.6	14	90	0	54	30	0	22	47	1.52
837570--837628	24	2.5	24	82	0	73	28	16	18	35	1.93
837803--837827	12	2.1	12	100	0	50	72	0	28	0	0.86
840120--840217	19	5.7	19	69	22	90	43	19	24	12	1.85
840120--840213	33	2.8	33	98	0	179	43	19	24	12	1.85
840213--840255	20	2.2	20	87	4	61	16	18	23	41	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9