genome.fa.s8193.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008193.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110812_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1025831

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6293--6355	17	3.6	17	82	4	81	42	7	14	34	1.75
6298--6344	18	2.7	18	86	3	69	42	8	14	34	1.77
11097--11127	15	2.1	15	93	0	53	12	9	25	51	1.70
16226--16253	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
16311--16348	20	1.9	20	88	0	58	68	5	5	21	1.29
17516--17574	31	1.9	31	86	6	84	59	1	0	38	1.08
17516--17556	3	13.3	3	90	10	57	63	0	0	36	0.95
17678--17793	21	5.6	21	69	10	60	32	27	18	21	1.96
17781--17973	20	9.6	20	84	5	246	34	27	19	18	1.95
18353--18423	33	2.2	33	94	0	124	11	23	16	47	1.79
18503--18576	21	3.5	20	80	8	94	47	17	20	14	1.83
18564--18601	14	2.7	14	91	0	67	42	21	26	10	1.85
18635--18691	14	3.7	14	75	20	60	8	24	22	43	1.81
18618--18740	33	3.5	33	90	8	165	11	23	18	46	1.81
18676--18740	21	3.1	21	77	4	87	12	24	15	47	1.79
20419--20734	93	3.4	93	99	0	623	22	13	18	45	1.85
20936--21092	19	8.8	19	75	13	100	12	20	20	47	1.82
20958--21014	14	3.7	14	75	20	51	10	22	22	43	1.84
20945--21033	33	2.7	33	92	0	151	12	21	20	46	1.83
20939--21092	33	4.3	38	80	7	112	12	20	20	47	1.81
23031--23066	14	2.6	14	95	0	63	33	0	22	44	1.53
23157--23244	19	4.8	19	79	14	114	48	14	22	13	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23157--23263	53	2.0	52	96	1	196	46	15	24	13	1.81
23253--23509	19	14.5	19	77	18	277	13	22	17	46	1.83
23259--23527	52	5.1	52	87	9	379	13	22	17	46	1.82
23310--23502	72	2.7	71	88	7	275	12	21	17	48	1.80
23259--23546	53	5.5	52	85	9	343	13	21	18	46	1.83
25809--25833	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
26008--26054	24	2.0	24	87	8	69	38	21	14	25	1.92
26746--26975	20	11.5	20	85	1	237	18	17	25	37	1.93
26948--27018	34	2.1	35	92	7	119	19	18	23	38	1.93
30764--30809	22	2.1	22	84	8	58	76	2	2	19	1.00
30760--30806	11	4.3	11	81	10	51	76	2	2	19	0.99
30760--30812	17	3.2	16	81	13	63	75	1	1	20	0.99
30778--30833	13	3.8	14	76	17	51	67	0	3	28	1.07
41885--41924	14	3.1	13	82	10	55	60	0	0	40	0.97
41898--41946	17	2.8	17	84	3	53	46	0	0	53	1.00
43358--43391	15	2.3	15	90	5	52	38	0	2	58	1.13
43390--43441	3	17.3	3	95	0	95	63	0	1	34	1.06
43578--44334	114	6.6	113	91	3	1022	29	20	13	37	1.91
44982--45373	83	4.7	83	94	1	655	36	22	13	26	1.92
46476--46512	14	2.6	14	100	0	74	5	5	0	89	0.60
57804--57843	14	3.1	13	82	10	55	60	0	0	40	0.97
59302--59373	3	23.3	3	91	5	117	62	0	1	36	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62200--62231	16	2.0	16	100	0	64	50	12	25	12	1.75
66289--66336	25	1.9	25	83	8	62	33	8	6	52	1.57
72855--73088	116	2.0	117	96	3	436	35	14	24	25	1.93
73252--73318	21	3.2	21	66	6	55	23	35	20	19	1.95
74653--74688	14	2.6	14	95	0	63	30	0	25	44	1.54
74793--74839	19	2.5	19	96	0	85	44	21	21	12	1.85
74863--74991	33	4.1	31	83	9	179	15	21	20	42	1.89
74870--74991	19	7.4	18	64	26	58	15	21	19	43	1.88
74861--74990	63	2.0	65	92	4	219	16	21	20	41	1.90
77259--77283	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
77457--77510	24	2.2	24	90	0	81	38	20	16	24	1.92
78484--78561	20	3.9	20	96	0	138	35	24	24	15	1.94
78486--78573	40	2.4	36	83	11	99	37	23	25	13	1.92
78585--78638	14	3.5	14	77	22	63	11	20	20	48	1.80
78567--78637	33	2.2	33	84	0	88	19	19	21	39	1.93
78580--78657	33	2.4	33	93	0	129	14	23	20	42	1.88
78744--78780	14	2.6	14	86	0	56	48	21	0	29	1.50
81191--81253	18	3.5	18	93	0	99	14	15	44	25	1.84
82569--82609	20	2.0	20	85	0	55	48	21	17	12	1.79
82577--82625	20	2.5	20	89	0	71	36	26	18	18	1.94
82887--82930	22	2.0	22	90	0	70	20	15	43	20	1.88
83113--83227	20	5.7	20	76	6	97	24	16	26	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83157--83248	41	2.2	41	80	3	105	19	19	25	35	1.95
83216--83270	20	2.7	20	85	2	65	14	23	20	41	1.89
92878--92967	8	11.2	8	71	13	60	28	1	2	67	1.09
92922--92966	16	2.8	17	83	10	67	26	0	0	73	0.84
102752--102777	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
117307--117362	27	2.1	27	100	0	112	25	3	25	46	1.69
119252--119385	18	7.4	18	72	9	103	33	22	2	41	1.69
119244--119384	36	3.9	36	85	3	187	34	21	2	40	1.68
119303--119361	30	2.0	30	83	12	77	33	22	3	40	1.70
119655--119734	31	2.6	31	81	0	97	36	23	16	23	1.94
120300--120345	22	2.1	22	84	11	60	30	17	2	50	1.58
123395--123437	21	2.0	22	86	4	61	41	16	18	23	1.89
124943--124980	18	2.1	19	95	5	69	78	0	10	10	0.95
124947--125006	18	3.4	17	80	11	68	78	3	6	11	1.06
125926--125950	13	1.9	13	100	0	50	16	16	4	64	1.44
131025--131087	32	2.0	32	100	0	126	44	19	6	30	1.75
132035--132104	34	2.1	33	89	2	104	50	17	7	25	1.71
132157--132202	19	2.3	20	81	7	58	28	28	17	26	1.98
132298--132392	20	4.7	20	75	7	93	34	24	18	22	1.96
132898--132976	20	4.0	20	96	0	140	37	24	24	13	1.92
132879--132985	40	3.0	34	72	15	88	38	21	25	14	1.92
132992--133056	19	3.7	19	86	13	95	13	21	18	46	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
134613--134729	42	2.8	40	83	7	101	21	16	38	23	1.93
134652--134729	42	1.9	40	92	5	129	20	15	41	23	1.90
135071--135123	20	2.7	20	87	0	70	33	28	13	24	1.93
135077--135183	20	5.4	20	86	1	108	35	25	22	16	1.95
135172--135267	14	6.3	14	75	20	86	50	22	16	10	1.76
135156--135260	33	3.2	33	98	1	203	47	21	18	12	1.81
135156--135278	65	1.9	66	89	5	196	47	23	17	11	1.79
135279--135335	14	3.7	14	75	20	60	10	15	22	50	1.74
135274--135351	33	2.4	33	100	0	156	12	19	21	46	1.83
135293--135351	19	3.4	19	73	22	74	13	18	20	47	1.82
135336--135390	20	2.8	19	83	8	65	16	23	23	36	1.94
135447--135477	6	5.0	6	96	4	53	80	16	3	0	0.83
135930--135977	18	2.7	18	90	0	78	12	14	45	27	1.81
136855--137080	64	3.5	64	83	4	233	31	20	20	26	1.98
137389--137435	12	3.9	12	91	0	67	29	6	25	38	1.81
137580--137687	15	7.2	15	90	0	162	14	21	32	31	1.94
137580--137687	30	3.6	30	94	0	180	14	21	32	31	1.94
143868--144093	64	3.5	64	83	4	233	31	20	20	26	1.98
144402--144448	12	3.9	12	91	0	67	29	6	25	38	1.81
144460--144537	29	2.7	29	98	2	149	44	15	21	17	1.86
144622--144774	15	10.2	15	98	0	288	13	24	33	28	1.94
146653--146710	20	2.9	20	86	0	71	46	20	15	17	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
147204--147317	20	5.7	20	82	6	131	23	18	26	31	1.97
147184--147319	41	3.3	41	84	6	195	23	17	25	33	1.96
147184--147339	41	3.8	41	80	5	129	23	17	23	34	1.96
147307--147358	20	2.5	21	81	3	61	21	21	17	40	1.91
147348--147400	21	2.5	22	81	6	74	33	18	26	20	1.96
147749--147795	21	2.3	20	96	3	85	23	27	19	29	1.98
147945--147996	16	3.1	17	72	13	54	59	1	0	38	1.08
148259--148304	22	2.1	22	87	0	65	19	8	8	63	1.49
148551--148632	20	4.0	21	95	3	141	29	23	26	20	1.99
148551--148632	41	2.0	41	92	4	139	29	23	26	20	1.99

Tables:   1   2   3   4   5