genome.fa.s8193.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008193.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110812_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1025831

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
586866--586923	29	2.0	29	89	0	89	22	25	36	15	1.94
591680--591727	17	2.9	17	93	3	80	20	18	12	47	1.81
600523--600584	23	2.7	22	80	9	72	79	6	14	0	0.93
600523--600592	20	3.3	20	82	9	68	78	5	14	1	1.00
602067--602171	36	2.9	36	91	2	165	24	23	13	38	1.91
602067--602176	37	3.0	37	90	2	168	26	23	12	37	1.91
602276--602371	35	2.7	35	85	6	113	22	19	16	40	1.91
602348--602487	68	2.1	65	84	7	176	32	20	10	37	1.86
602369--602502	68	2.0	67	84	7	175	33	20	8	36	1.84
603104--604220	105	10.9	104	87	6	1520	33	25	18	21	1.96
603104--604259	411	2.8	408	86	8	1570	33	25	18	22	1.97
605252--605286	17	2.1	17	88	0	52	42	5	0	51	1.25
605331--605360	2	15.5	2	93	6	53	50	0	0	50	1.00
606143--606197	2	27.5	2	100	0	110	49	0	50	0	1.00
607380--607448	34	2.0	34	100	0	138	39	20	8	31	1.83
607878--607910	16	2.1	16	94	0	57	27	18	9	45	1.79
610439--610478	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
613285--613309	13	1.9	13	100	0	50	32	8	32	28	1.86
614655--614707	24	2.2	24	86	0	70	35	20	22	20	1.96
614699--614769	23	3.1	23	85	0	97	30	26	19	22	1.98
614851--614965	57	2.0	59	84	6	155	35	19	6	38	1.78
615773--615811	19	2.0	20	90	5	62	46	17	2	33	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
620454--620514	25	2.5	24	83	2	68	49	8	3	39	1.49
638230--638279	12	4.3	12	80	10	68	38	20	22	20	1.94
638229--638272	22	2.0	22	95	0	79	40	18	20	20	1.91
638895--638929	18	1.9	18	100	0	70	25	34	17	22	1.96
640801--640854	14	4.1	14	81	18	80	7	14	27	50	1.70
640802--640863	24	2.6	24	94	0	106	8	14	25	51	1.69
641957--642021	16	4.1	16	85	0	85	10	9	20	60	1.57
641957--642018	32	1.9	32	93	0	106	11	8	19	61	1.54
644311--645849	774	2.0	765	96	3	2819	29	23	14	31	1.95
648120--648189	22	3.1	23	87	4	81	31	27	17	24	1.97
648131--648214	22	4.0	22	78	12	104	29	27	17	25	1.98
649698--649739	14	3.1	14	79	6	50	42	0	0	57	0.99
665410--665463	20	2.7	20	88	0	81	27	27	22	22	1.99
665651--665694	22	2.0	22	95	0	79	20	45	15	18	1.85
665938--665981	20	2.2	20	87	0	61	11	18	20	50	1.77
667301--667345	18	2.5	18	88	0	72	26	44	15	13	1.83
667821--667866	20	2.3	20	84	0	56	36	23	21	17	1.94
667832--667886	20	2.8	19	78	10	58	40	20	21	18	1.92
667860--667923	19	3.6	19	74	20	75	45	21	20	12	1.84
667938--668025	14	5.6	14	73	21	77	11	17	22	48	1.78
667938--668041	33	3.2	33	97	1	192	12	17	22	48	1.80
668035--668081	20	2.3	20	92	0	76	14	23	25	36	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
669949--669982	14	2.4	14	90	0	50	32	0	20	47	1.51
670123--670195	20	3.8	20	87	5	89	38	21	23	16	1.93
670577--670670	20	4.7	20	80	7	100	23	19	25	31	1.98
670720--670760	21	2.0	21	85	0	55	34	31	17	17	1.93
670995--671035	21	1.9	22	85	5	57	58	4	12	24	1.53
673053--673198	75	1.9	75	85	0	202	26	4	17	52	1.62
673201--673244	20	2.3	19	81	11	54	34	4	0	61	1.16
680197--680298	50	2.0	50	100	0	204	37	16	15	30	1.90
684246--684320	31	2.4	31	88	0	114	48	18	2	30	1.62
692844--692920	38	2.0	38	97	0	145	27	14	15	42	1.85
696698--696756	24	2.5	24	80	0	73	47	0	0	52	1.00
700875--700934	19	3.0	21	78	11	63	38	0	1	60	1.07
700883--700942	30	2.1	29	87	6	86	41	1	1	55	1.20
700939--700968	14	2.1	14	93	0	51	43	0	10	46	1.37
701063--701095	16	2.1	16	94	0	57	24	24	33	18	1.97
702241--702348	21	5.1	21	86	2	128	25	10	35	29	1.89
702241--702368	63	2.0	63	80	3	141	25	10	36	27	1.89
702334--702386	21	2.5	21	84	0	61	24	9	43	22	1.83
702373--702515	21	6.8	21	82	0	169	20	6	49	23	1.71
702352--702515	63	2.6	63	82	0	193	21	6	48	23	1.72
702373--702515	42	3.4	42	91	0	205	20	6	49	23	1.71
702352--702578	21	10.8	21	82	0	148	22	7	46	23	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
702487--702602	42	2.8	42	85	2	135	20	10	43	25	1.83
702352--702536	63	2.9	62	80	0	172	22	7	47	23	1.75
702527--702611	21	4.0	21	87	3	91	18	10	45	24	1.81
702687--702773	21	4.1	21	80	0	84	21	17	43	17	1.88
702700--702786	21	4.1	21	78	0	75	22	18	40	18	1.91
702736--702811	21	3.3	22	74	17	66	26	14	39	19	1.90
709224--709277	27	2.0	27	100	0	108	37	3	29	29	1.75
724979--725009	2	15.5	2	100	0	62	0	48	0	51	1.00
731255--731293	19	2.0	20	85	5	53	17	5	7	69	1.32
739074--739150	38	2.0	39	95	5	140	24	15	25	33	1.95
751570--751596	2	13.5	2	100	0	54	0	48	0	51	1.00
757925--757963	19	2.0	20	85	5	53	17	5	7	69	1.32
770535--770793	87	3.0	88	77	7	251	27	20	5	46	1.73
770494--770699	45	4.7	43	77	11	150	27	18	6	48	1.72
770444--770742	132	2.3	131	80	8	299	26	19	7	46	1.75
770376--770783	43	9.4	45	71	11	199	26	18	5	48	1.71
776451--776485	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
776668--776768	31	3.3	29	78	10	112	39	3	15	40	1.66
780272--780341	18	3.7	18	76	14	77	22	31	25	20	1.98
781848--782004	64	2.5	62	80	10	156	28	17	20	33	1.95
783840--783889	25	2.0	24	81	11	57	40	14	2	44	1.56
784699--784793	21	4.5	21	87	0	127	1	32	23	43	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
784699--784809	42	2.6	42	80	10	113	0	32	21	45	1.58
786832--786929	20	4.6	20	65	18	54	55	0	1	43	1.06
786858--786892	18	1.9	18	94	0	61	54	0	2	42	1.15
786844--786918	38	2.0	38	81	5	89	54	0	1	44	1.08
786866--786919	18	2.9	18	76	10	54	57	0	1	40	1.09
786845--787234	185	2.1	184	90	3	610	43	2	7	45	1.46
792052--792084	16	2.1	16	94	0	57	60	24	9	6	1.49
792148--792186	16	2.4	16	91	0	69	56	20	12	10	1.65
793277--793308	14	2.3	14	94	0	55	50	25	15	9	1.74
796481--796541	9	6.9	9	77	17	65	65	1	31	1	1.12
803547--803745	20	9.9	20	78	4	114	33	17	19	30	1.94
803570--803636	21	3.2	21	79	12	84	20	17	16	44	1.86
803570--803644	21	3.7	20	80	10	71	22	17	17	42	1.89
803553--803651	41	2.5	40	81	3	135	24	17	18	40	1.91
803638--803747	20	5.4	21	81	7	120	41	16	20	21	1.90
803634--803747	41	2.8	41	80	6	142	40	16	20	22	1.91
804294--804360	19	3.5	19	83	2	80	46	26	17	8	1.78
804361--804414	14	3.5	14	73	22	54	9	22	22	46	1.80
804356--804463	33	3.1	33	80	10	117	11	24	19	45	1.82
804400--804463	20	3.1	21	82	8	78	10	25	17	46	1.80
806138--806415	94	3.1	91	87	8	397	21	12	18	47	1.82
806504--806594	19	5.0	19	69	15	75	48	18	19	13	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
806533--806627	33	2.8	33	84	4	111	47	24	17	10	1.79
806656--806707	21	2.6	20	78	6	61	13	19	21	46	1.84
807160--807226	21	3.2	21	66	6	55	23	35	20	19	1.95
807108--807226	42	2.8	42	81	5	107	22	36	18	22	1.95
808705--808766	19	3.3	19	90	4	90	43	24	17	14	1.86
808762--808912	19	8.7	19	65	21	89	12	23	19	44	1.85
808766--808892	33	3.8	33	96	0	227	12	24	18	44	1.84
808820--808874	14	3.6	14	73	21	56	10	23	20	45	1.82
808879--808919	20	2.0	20	90	0	64	19	19	21	39	1.93
808886--808958	20	3.6	20	70	17	60	23	17	24	34	1.96

Tables:   1   2   3   4   5