genome.fa.s8193.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008193.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110812_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1025831

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
148622--148671	21	2.4	21	93	0	82	30	30	18	22	1.97
148724--148760	19	1.9	19	94	0	65	21	16	29	32	1.95
150549--150598	22	2.3	22	85	0	64	44	20	6	30	1.75
156419--156472	22	2.5	22	78	0	63	38	22	9	29	1.85
162638--162695	24	2.4	24	80	13	73	32	3	5	58	1.37
171711--171790	3	25.7	3	70	25	51	36	0	0	63	0.94
171711--171790	7	11.7	7	78	16	62	36	0	0	63	0.94
171727--171791	16	4.1	16	73	15	64	36	0	0	63	0.95
171858--171939	16	5.6	16	72	21	72	40	1	0	58	1.06
172373--172418	2	24.0	2	91	8	78	47	0	52	0	1.00
172373--172418	21	2.2	21	100	0	92	47	0	52	0	1.00
174625--174733	57	1.9	56	88	5	166	63	0	2	33	1.15
174628--174733	56	1.9	55	88	5	160	63	0	2	33	1.16
174697--174733	14	2.6	15	83	12	51	67	2	5	24	1.25
175091--175229	37	3.8	37	83	9	169	30	13	12	43	1.82
175122--175225	34	3.0	34	87	9	147	29	14	11	44	1.80
175775--176391	105	5.9	105	91	3	924	22	17	26	33	1.96
177093--177333	36	6.9	35	74	15	176	42	14	18	24	1.88
177231--177367	36	3.8	36	82	6	127	40	16	20	22	1.91
178262--178316	22	2.5	22	100	0	110	23	12	27	36	1.91
178992--179021	10	3.0	10	95	0	51	0	3	10	86	0.67
180146--180184	8	5.0	8	84	6	53	58	12	17	10	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
180146--180184	15	2.5	15	87	4	51	58	12	17	10	1.61
183234--183323	2	46.5	2	82	10	89	57	0	1	41	1.06
183712--183850	37	3.8	37	82	9	160	31	12	13	42	1.81
184608--184766	36	5.0	30	93	6	196	30	26	15	27	1.96
184666--184808	36	4.0	36	96	0	250	31	25	16	25	1.97
198139--198163	12	2.1	12	100	0	50	24	8	20	48	1.76
203942--203983	20	2.1	20	86	0	57	30	26	9	33	1.88
203980--204066	21	4.2	21	77	14	83	27	22	13	35	1.92
204092--204177	20	4.3	20	72	8	68	34	22	9	33	1.86
203989--204175	40	4.7	40	72	8	132	29	23	11	35	1.90
205110--205163	24	2.2	24	90	0	81	20	16	20	42	1.89
207433--207496	6	10.7	6	80	6	76	60	18	3	17	1.48
207433--207504	18	4.0	18	94	0	117	59	19	4	16	1.53
207792--207886	49	1.9	49	86	0	136	26	22	18	32	1.97
207851--207896	20	2.3	20	80	0	56	23	15	19	41	1.89
209404--209557	21	7.3	21	81	2	139	25	16	37	21	1.93
209874--210019	63	2.3	64	80	2	179	32	34	13	19	1.91
209854--209948	42	2.3	42	81	3	120	32	33	12	21	1.91
209965--210035	21	3.4	21	88	0	97	32	33	15	18	1.92
209917--210030	42	2.7	40	74	6	102	29	36	14	18	1.91
210150--210248	42	2.4	42	91	0	153	18	19	33	29	1.95
211819--211851	14	2.3	15	89	5	50	15	15	21	48	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
212363--212422	20	3.0	20	71	11	61	36	18	20	25	1.94
212416--212462	20	2.4	19	82	10	58	25	12	29	31	1.93
212428--212469	20	2.1	20	90	0	66	30	9	30	28	1.89
213633--213873	41	5.8	42	72	12	183	30	17	21	29	1.97
213695--213949	41	6.3	39	69	13	133	30	17	21	30	1.96
213639--213912	83	3.3	81	84	3	309	31	17	21	29	1.96
213695--213895	82	2.4	82	85	2	269	29	17	22	30	1.97
217900--217968	19	3.7	19	94	3	115	21	28	17	31	1.96
230644--230780	45	3.1	44	78	7	120	29	26	16	28	1.96
230604--230780	45	4.0	44	71	10	119	30	24	17	27	1.97
230753--230871	43	2.8	40	75	12	112	38	19	14	27	1.90
230804--230959	43	3.6	43	78	5	136	29	21	19	30	1.97
231488--231746	94	2.7	94	88	2	369	31	18	16	33	1.94
260279--260342	21	3.1	20	82	6	83	12	31	32	23	1.92
261538--261623	44	1.9	45	95	2	156	39	18	2	39	1.64
267390--267763	187	2.0	187	100	0	748	28	22	14	33	1.94
268063--268176	42	2.7	42	88	0	174	25	22	36	14	1.93
270125--270248	30	4.1	30	83	4	115	62	14	11	12	1.55
270125--270248	60	2.1	60	81	6	144	62	14	11	12	1.55
273269--273321	20	2.7	20	96	0	97	24	24	7	43	1.80
274085--274126	3	14.3	3	85	14	61	66	0	0	33	0.92
277680--277745	13	5.2	13	71	14	57	50	0	1	48	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
277763--277800	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
285208--285237	15	2.0	15	93	0	51	30	33	23	13	1.93
285326--285493	29	5.8	29	97	1	311	17	20	16	45	1.86
292296--292427	29	4.5	29	95	0	237	16	20	16	46	1.84
294194--294257	30	2.1	30	85	0	83	34	28	18	18	1.95
294936--295142	64	3.2	62	79	13	199	28	18	18	34	1.95
299112--299149	20	1.9	20	84	10	51	63	0	7	28	1.23
299319--299444	37	3.2	41	65	10	109	30	9	20	38	1.85
299296--299703	77	5.3	77	82	5	448	36	11	17	34	1.86
300254--300292	20	2.0	20	94	0	69	38	12	7	41	1.72
300858--300890	15	2.2	15	94	0	57	39	0	9	51	1.34
302109--302841	227	3.2	228	81	6	760	23	24	21	30	1.99
302192--302895	223	3.1	224	82	5	699	23	24	21	30	1.99
303875--303914	14	2.9	14	84	0	62	15	15	15	55	1.71
304104--304167	24	2.7	24	87	0	92	10	10	18	59	1.60
310950--311001	24	2.2	24	82	6	61	15	38	9	36	1.80
312923--312974	14	3.7	14	82	10	70	26	5	7	59	1.48
312923--312976	28	1.9	28	92	0	90	27	7	7	57	1.53
313421--313452	3	10.7	3	100	0	64	65	0	0	34	0.93
314579--314608	11	2.8	11	95	5	53	40	0	0	60	0.97
314883--314975	29	3.1	29	79	4	87	51	2	8	37	1.45
315055--315145	31	3.0	30	87	7	105	64	4	2	28	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
315055--315145	30	3.0	31	84	10	100	64	4	2	28	1.24
315074--315145	31	2.4	31	92	2	119	68	5	2	23	1.24
321950--322028	20	3.9	20	74	12	63	26	31	25	16	1.96
322174--322711	265	2.0	272	96	3	1002	38	13	9	37	1.79
330362--330399	16	2.2	18	86	9	53	15	0	34	50	1.45
339440--339772	165	2.0	167	98	1	652	24	12	24	39	1.89
341244--341336	45	2.1	45	100	0	186	24	9	17	48	1.77
349094--349404	54	5.7	54	80	2	226	28	12	43	15	1.83
349091--349404	27	11.5	27	74	2	198	28	12	43	15	1.83
350489--350792	152	2.0	152	100	0	608	38	14	20	26	1.91
351502--351560	30	2.0	30	96	0	109	22	16	42	18	1.89
356780--356816	19	1.9	19	94	0	65	32	29	16	21	1.95
356842--356895	21	2.6	21	90	0	81	44	22	14	18	1.86
357478--357575	20	4.9	20	84	2	99	14	17	20	47	1.82
357539--357582	20	2.2	20	87	0	61	11	13	18	56	1.66
359435--359503	20	3.5	20	87	0	102	36	26	20	17	1.94
359495--359570	33	2.3	34	88	2	109	46	19	19	14	1.84
359619--359686	20	3.4	20	85	4	84	19	19	25	36	1.94
359673--359716	20	2.2	20	95	0	79	13	13	22	50	1.77
360224--360318	42	2.3	42	88	3	138	24	38	16	20	1.92
360199--360318	21	5.7	21	75	0	114	24	37	16	21	1.93
361664--361700	14	2.6	14	100	0	74	29	0	21	48	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
361820--361897	20	3.9	20	83	6	95	43	25	17	12	1.85
361820--361897	40	2.0	40	87	5	113	43	25	17	12	1.85
361936--362052	20	5.8	20	86	0	162	28	17	20	33	1.96
364244--364275	13	2.5	13	95	5	57	6	21	25	46	1.74
364457--364509	24	2.2	24	90	3	81	39	20	18	20	1.92
364959--364993	17	2.1	17	100	0	70	25	5	34	34	1.80
365176--365230	21	2.7	21	88	2	85	38	18	21	21	1.94
365265--365310	19	2.4	19	85	3	56	21	17	30	30	1.96
365276--365312	19	1.9	19	94	0	65	21	16	29	32	1.95
365676--365882	105	2.0	104	92	6	350	39	11	11	37	1.78

Tables:   1   2   3   4   5