genome.fa.s8195.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008195.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110814_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1119982

Tables:   1   2   3   4   5   6   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18988--19012	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
26610--26636	12	2.2	12	100	0	54	33	7	22	37	1.82
33814--33900	19	4.4	19	72	17	61	74	5	4	14	1.17
33859--33900	10	4.4	10	82	8	52	78	2	2	16	0.96
33945--33992	18	2.8	17	78	12	53	70	2	14	12	1.25
34095--34150	16	3.2	17	77	10	60	73	0	3	23	0.99
34106--34191	17	5.3	16	71	19	63	70	0	3	25	1.02
34256--34312	2	29.0	2	87	10	82	50	0	3	45	1.18
34308--34381	14	5.4	14	72	4	53	67	0	4	28	1.09
34304--34367	23	2.9	22	76	4	58	67	0	4	28	1.11
34306--34365	21	2.9	20	76	18	61	68	0	5	26	1.10
34831--34885	23	2.4	23	96	0	101	3	7	40	49	1.48
40674--40708	13	2.7	13	90	0	61	48	5	22	22	1.72
46515--46546	13	2.4	14	94	5	57	84	0	0	15	0.63
47605--47650	18	2.6	17	80	12	58	71	0	13	15	1.14
47677--47780	36	2.9	36	77	9	113	66	3	4	25	1.28
47745--47778	18	1.9	18	88	5	52	70	0	5	23	1.09
47743--47866	16	7.2	17	69	17	69	65	2	4	27	1.25
47918--47957	14	2.7	14	92	7	62	62	0	2	35	1.09
47929--48004	17	4.3	17	73	20	59	65	0	2	31	1.06
48978--49038	28	2.2	28	85	8	81	55	6	6	31	1.51
52051--52286	113	2.1	113	99	0	463	22	27	9	39	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54503--54556	18	2.9	19	83	8	67	24	7	0	68	1.15
56132--56172	21	2.0	21	90	0	64	39	9	2	48	1.49
57903--58185	36	7.6	37	72	17	130	42	3	10	42	1.58
57978--58184	36	5.6	39	74	14	147	44	4	10	41	1.58
57941--58148	36	5.5	38	79	7	183	42	4	10	42	1.60
58159--58212	28	2.0	27	86	13	76	48	1	3	46	1.30
58182--58232	22	2.3	23	79	3	59	43	1	7	47	1.43
58243--58294	3	16.7	3	78	21	54	30	0	3	65	1.10
58243--58298	10	5.2	10	80	17	60	30	0	3	66	1.09
59376--59408	16	2.1	16	100	0	66	27	18	0	54	1.44
63256--63415	58	2.7	59	76	8	164	32	21	3	41	1.71
65228--65383	20	7.8	19	71	14	66	33	27	17	21	1.95
65249--65385	20	6.8	19	67	14	69	32	28	17	21	1.96
65309--65383	21	3.6	21	78	10	100	38	26	17	17	1.92
65290--65395	41	2.6	41	98	0	203	33	27	17	21	1.96
65365--65445	31	2.6	31	98	0	153	34	27	16	22	1.95
65427--65466	21	1.9	21	94	0	71	45	22	15	17	1.85
65872--65958	19	4.0	21	72	19	65	34	27	5	32	1.81
65916--65953	19	2.0	19	94	0	67	34	28	5	31	1.80
65865--65963	20	4.8	20	75	16	76	32	27	6	34	1.81
71730--71776	16	3.0	15	81	9	58	55	19	6	19	1.64
73143--73238	31	3.1	31	80	3	113	32	20	18	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73534--73577	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
75194--75262	13	5.3	13	70	19	54	44	11	15	27	1.81
75193--75262	26	2.7	26	82	8	97	44	11	17	27	1.82
77006--77122	45	2.6	45	91	0	189	17	17	18	45	1.86
77015--77166	15	10.5	15	68	18	99	17	15	19	48	1.82
77063--77191	69	1.9	69	85	0	177	18	13	18	48	1.80
77756--77794	17	2.3	17	100	0	78	30	23	12	33	1.92
78399--78465	24	2.8	24	90	0	107	23	11	32	31	1.91
78423--78750	98	3.5	96	85	8	474	28	13	29	27	1.94
84763--84842	24	3.5	22	75	14	83	23	26	21	28	1.99
85205--85242	18	2.1	19	85	5	51	55	13	0	31	1.38
87210--87249	21	1.9	21	94	0	71	32	30	15	22	1.94
87275--87313	19	2.1	19	95	0	69	20	38	15	25	1.92
87210--87439	64	3.5	65	78	9	195	30	26	15	26	1.96
87391--87439	19	2.6	19	84	9	57	24	30	18	26	1.98
91868--92010	71	2.0	72	97	1	270	34	27	18	18	1.95
93189--93259	31	2.3	31	82	4	81	43	11	2	42	1.55
95733--96248	159	3.2	160	88	5	725	38	8	14	38	1.77
96036--96203	74	2.4	71	85	7	211	34	8	17	39	1.79
96176--96306	26	4.9	27	72	11	99	38	9	16	36	1.80
96159--96330	81	2.2	79	93	2	290	38	8	15	37	1.77
98330--98507	64	2.8	64	82	2	169	26	16	25	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98455--98505	19	2.7	19	82	8	61	25	13	35	25	1.93
98348--98507	65	2.5	64	86	1	212	27	15	26	30	1.96
98349--98556	64	3.2	66	81	9	216	27	16	25	30	1.97
98722--98761	20	2.0	21	85	14	57	45	7	5	42	1.54
99520--99563	21	2.1	21	91	0	70	40	15	36	6	1.74
100707--100822	58	2.0	57	98	1	223	34	8	17	39	1.80
101156--101212	22	2.7	21	81	13	64	29	17	22	29	1.97
106917--106967	19	2.7	19	85	8	70	25	15	35	23	1.94
106811--107018	65	3.2	63	81	12	226	26	16	25	30	1.97
107186--107225	20	2.0	21	85	14	57	45	7	5	42	1.54
108893--108938	17	2.8	17	75	15	51	71	4	2	21	1.14
110092--110442	175	2.0	175	100	0	702	29	23	19	27	1.99
110625--110738	36	3.1	36	91	1	174	37	11	21	29	1.88
111892--111919	12	2.3	12	100	0	56	0	21	7	71	1.09
115110--115175	2	33.0	2	100	0	132	50	0	0	50	1.00
116096--116159	2	33.5	2	84	9	89	50	3	0	46	1.17
123464--123587	60	2.0	61	86	4	171	31	21	4	41	1.74
123718--123897	60	3.0	60	82	8	195	41	2	21	34	1.67
135764--135841	19	3.8	20	76	14	61	24	32	25	17	1.97
135805--135847	19	2.3	19	84	8	52	20	32	32	13	1.92
141078--141148	3	23.7	3	94	0	124	32	1	0	66	1.01
141147--141181	14	2.4	15	95	4	63	62	0	0	37	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
141610--141664	17	3.3	16	75	9	56	63	10	25	0	1.27
154282--154326	16	2.8	16	83	10	56	28	8	6	55	1.56
155106--155905	83	9.7	82	90	5	1174	26	13	23	36	1.91
155106--155905	165	4.8	165	93	2	1254	26	13	23	36	1.91
156565--157170	115	5.4	114	87	7	766	36	13	21	28	1.91
157307--157363	3	20.0	3	85	10	84	35	1	0	63	1.05
157359--157394	11	3.2	11	92	4	54	61	0	0	38	0.96
157810--157856	17	2.9	16	78	9	60	65	10	23	0	1.23
162509--162629	58	2.1	59	87	1	172	36	20	10	32	1.87
167309--167348	17	2.4	17	91	0	62	27	15	12	45	1.82
167991--168023	5	6.6	5	92	0	57	36	3	0	60	1.12
167979--168023	15	2.9	15	90	3	63	35	4	2	57	1.31
170525--170663	70	2.0	69	98	1	269	46	20	11	21	1.81
173731--173762	5	6.4	5	100	0	64	0	0	78	21	0.76
173979--174050	29	2.4	30	90	2	110	45	15	9	29	1.78
173955--174306	139	2.5	141	85	3	471	41	11	10	36	1.75
174117--174194	29	2.7	29	85	2	102	48	12	5	33	1.63
174148--174393	107	2.3	109	84	5	311	40	11	9	38	1.74
174962--175007	21	2.2	21	88	3	67	54	6	2	36	1.39
180256--180294	20	2.0	20	85	10	53	35	0	10	53	1.35
196929--196980	26	2.0	26	92	0	86	25	17	19	38	1.93
209895--209940	19	2.4	19	96	0	83	28	32	17	21	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
219576--219605	13	2.3	13	100	0	60	63	0	23	13	1.29
224883--224933	20	2.5	20	100	0	102	39	3	33	23	1.73
230082--230137	21	2.7	21	91	0	94	25	23	19	32	1.98
243510--243561	22	2.4	22	80	0	59	38	15	23	23	1.92
244848--244889	20	2.1	20	100	0	84	26	33	14	26	1.94
244854--244897	20	2.2	20	91	0	70	27	36	13	22	1.92
247311--247379	34	2.0	34	100	0	138	24	23	14	37	1.92
248187--248230	21	2.1	21	91	0	70	25	29	22	22	1.99
250767--250880	36	3.2	35	82	6	149	39	19	22	18	1.92
253365--253451	14	6.2	14	71	10	61	39	6	5	48	1.54

Tables:   1   2   3   4   5   6