genome.fa.s8195.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008195.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110814_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1119982

Tables:   1   2   3   4   5   6   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
749709--749845	37	3.8	36	77	7	143	43	3	4	48	1.40
749830--749893	27	2.3	27	78	7	67	26	4	0	68	1.09
749844--749897	17	3.3	16	80	10	56	22	3	0	74	0.98
749842--749894	11	4.6	11	77	15	54	22	3	0	73	0.99
751121--751160	17	2.4	17	87	4	55	22	2	2	72	1.09
751190--751231	22	2.0	21	85	4	57	23	0	2	73	0.94
751189--751251	23	2.6	23	85	14	74	22	1	1	74	0.99
755358--755417	31	2.0	30	87	9	86	36	1	25	36	1.66
755642--755702	23	2.7	23	86	0	95	19	27	26	26	1.99
759730--759772	21	2.0	21	95	0	77	25	0	20	53	1.46
760942--761080	45	3.1	45	90	2	224	38	7	24	30	1.82
761795--763755	165	11.8	164	82	4	2128	31	24	19	24	1.98
761795--763756	84	23.6	83	78	5	1757	31	24	19	24	1.98
761782--763756	249	7.9	246	81	4	1986	31	24	19	25	1.98
764406--764513	37	2.8	38	78	12	105	42	3	10	43	1.56
764516--764547	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
764395--764663	130	2.1	127	81	12	302	42	3	7	46	1.49
764601--764654	27	2.0	28	81	3	65	38	3	7	50	1.48
764535--764887	77	4.6	72	79	12	305	45	4	5	45	1.46
764533--764910	36	9.8	37	77	11	320	43	3	5	46	1.46
764443--764911	195	2.3	201	80	10	516	43	3	6	46	1.47
764929--764984	6	9.2	6	74	18	53	21	3	0	75	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
764916--764983	20	3.4	20	82	8	75	23	5	0	70	1.09
764909--764984	34	2.3	33	86	11	102	22	5	0	72	1.04
766222--766261	17	2.4	17	87	4	55	22	2	2	72	1.09
766287--766375	18	5.1	17	74	20	69	15	5	1	77	1.01
766287--766351	23	2.9	21	80	17	69	18	3	1	76	0.99
766332--766371	17	2.3	18	91	4	64	7	12	0	80	0.91
766504--766534	13	2.4	13	94	0	53	32	0	0	67	0.91
768369--768502	60	2.2	60	80	10	141	32	14	17	35	1.90
772001--772594	55	10.8	55	90	4	880	28	24	16	30	1.97
772001--772594	276	2.2	275	90	3	921	28	24	16	30	1.97
773617--773644	8	3.5	8	100	0	56	10	0	0	89	0.49
773617--773653	16	2.3	16	90	0	56	10	5	0	83	0.79
783630--783667	16	2.3	16	95	4	67	36	28	7	26	1.84
788017--788057	16	2.6	16	88	0	64	46	19	19	14	1.84
797830--797872	13	3.3	13	75	12	52	81	0	9	9	0.88
809828--809922	30	3.2	30	89	1	129	34	25	30	9	1.88
810705--810729	8	3.1	8	100	0	50	36	24	24	16	1.94
811059--811106	21	2.4	20	77	19	55	41	0	2	56	1.11
811403--811434	16	2.0	16	93	0	55	34	18	21	25	1.96
815827--815964	42	3.5	41	73	13	135	36	18	23	21	1.95
815866--815934	35	2.0	35	88	0	102	40	14	23	21	1.90
815847--816013	77	2.2	77	88	0	253	35	17	20	26	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
831626--831669	14	3.2	14	87	6	63	63	0	0	36	0.95
831832--832581	36	20.4	37	85	6	806	21	22	20	35	1.96
831832--832586	72	10.3	72	85	3	911	21	22	20	35	1.96
831832--832590	108	6.9	108	85	4	955	21	22	20	35	1.96
832733--833014	62	4.6	63	77	4	193	34	15	21	28	1.94
832794--833014	62	3.6	62	78	4	198	33	15	23	28	1.95
834623--834779	64	2.4	65	86	4	203	33	19	24	22	1.97
835622--835726	31	3.4	31	76	9	97	30	19	20	29	1.97
836348--836469	61	2.0	61	98	0	235	39	12	11	36	1.79
839252--839309	20	2.7	20	78	10	62	32	17	24	25	1.96
840096--840202	31	3.4	31	73	15	94	30	15	17	35	1.92
840129--840220	31	3.0	30	75	12	87	29	18	19	32	1.96
840097--840220	63	2.0	62	85	4	169	30	16	19	33	1.94
840144--840222	31	2.5	31	78	8	88	30	16	21	31	1.95
841251--841348	40	2.4	42	88	6	139	24	20	21	33	1.97
844855--844908	22	2.5	22	87	0	81	24	24	27	24	2.00
845240--845282	14	3.1	14	86	6	61	62	0	0	37	0.95
846835--846873	16	2.4	16	91	0	60	17	35	25	20	1.95
847071--847136	32	2.1	32	85	0	87	28	31	19	19	1.97
847162--847213	15	3.2	16	78	8	61	42	26	11	19	1.85
848474--848839	179	2.0	184	97	2	697	41	6	6	45	1.56
849178--849228	26	1.9	27	88	4	77	37	0	0	62	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
855751--855801	18	2.9	18	97	2	95	33	11	27	27	1.92
856282--856340	15	4.1	14	72	16	50	27	8	22	42	1.82
856278--856343	27	2.4	27	82	2	69	27	7	24	40	1.82
856553--856650	23	4.3	23	82	2	117	29	18	20	31	1.96
856554--856695	46	3.1	45	81	8	142	30	16	20	32	1.95
856600--856689	23	3.9	23	86	0	117	30	17	21	31	1.96
856554--856695	23	6.2	22	81	3	95	30	16	20	32	1.95
861847--861907	27	2.2	27	82	2	68	29	8	22	39	1.83
865120--865982	433	2.0	433	93	0	1458	34	10	22	32	1.88
881470--881606	23	6.0	23	89	0	184	24	20	24	29	1.99
881471--881612	69	2.1	69	90	2	223	25	19	24	30	1.98
884561--884589	13	2.2	13	100	0	58	24	13	6	55	1.63
885624--885664	18	2.3	18	91	4	66	19	17	34	29	1.94
889028--889483	134	3.4	133	78	7	349	32	20	14	31	1.93
888936--889483	135	4.1	134	79	6	405	32	20	13	32	1.92
889159--889511	134	2.6	133	83	4	381	34	20	14	30	1.93
889609--889646	19	2.0	19	100	0	76	5	26	15	52	1.64
890122--890167	20	2.3	19	85	14	58	50	8	15	26	1.73
891736--891777	19	2.2	19	100	0	84	40	21	14	23	1.90
900851--900884	3	11.7	3	90	6	52	29	0	0	70	0.87
903918--903981	33	1.9	33	87	6	94	26	10	9	53	1.66
918179--918236	21	2.8	21	86	2	82	31	17	18	32	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
923297--923336	7	5.7	7	96	0	71	15	40	2	42	1.60
923730--923760	16	1.9	16	93	0	53	51	3	3	41	1.34
932165--932212	22	2.1	23	88	3	71	37	14	6	41	1.71
936436--936706	118	2.3	117	81	6	287	51	5	5	37	1.50
937962--938064	45	2.3	45	83	5	120	33	18	21	27	1.96
938071--938128	20	2.6	22	89	10	84	31	20	22	25	1.98
942133--942273	64	2.2	63	81	7	160	32	19	23	24	1.97
942965--943047	42	2.0	41	80	4	94	31	12	19	37	1.88
944110--944898	137	5.8	137	90	0	1157	24	14	25	34	1.94
949997--950045	20	2.5	20	82	0	62	48	8	20	22	1.75
950870--950955	45	1.9	45	85	0	118	53	13	4	27	1.60
951682--951951	118	2.3	116	81	8	287	51	6	5	36	1.51
952237--952267	11	2.8	11	90	0	53	19	54	25	0	1.44
952237--952296	23	2.7	22	78	2	66	21	50	20	8	1.74
952293--952338	19	2.4	19	92	0	74	17	32	17	32	1.93
953022--953086	34	1.9	34	87	0	94	30	1	4	63	1.24
953921--954011	2	46.0	2	73	18	66	46	2	5	46	1.38
957609--957653	22	2.0	22	100	0	90	40	24	13	22	1.90
958997--959089	41	2.3	41	96	0	177	39	6	20	33	1.78
965528--965556	3	9.7	3	100	0	58	31	0	0	68	0.89
971807--971833	6	4.5	6	100	0	54	66	14	0	18	1.25
974384--974410	13	2.1	13	100	0	54	55	22	7	14	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
974449--974484	18	2.0	19	89	10	58	52	0	2	44	1.15
974651--974684	5	6.8	5	93	0	59	2	20	35	41	1.68
980503--980527	10	2.5	10	100	0	50	40	0	8	52	1.31
981857--981925	23	3.0	22	80	6	57	43	1	1	53	1.18
982079--982125	22	2.1	23	88	4	69	53	0	2	44	1.12
982087--982157	23	3.2	21	75	15	54	52	0	1	46	1.09
982035--982196	55	3.1	54	74	15	126	48	0	1	48	1.16
984174--984218	20	2.1	22	84	8	58	66	13	0	20	1.24
989227--989282	28	1.9	28	85	7	76	46	1	21	30	1.62
989242--989295	28	1.9	27	82	14	65	44	0	22	33	1.53

Tables:   1   2   3   4   5   6