genome.fa.s8240.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008240.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110888_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  893855

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5286--5310	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
5429--5476	21	2.3	22	92	7	82	31	12	12	43	1.80
5604--5818	31	6.9	30	75	11	157	30	17	19	33	1.94
5601--5756	32	5.0	32	76	14	146	32	17	17	33	1.93
5601--5820	63	3.5	63	86	3	286	30	16	19	33	1.94
6541--6583	12	3.8	12	87	6	63	18	16	18	46	1.84
6573--6624	21	2.6	19	82	14	61	21	15	13	50	1.78
11060--11102	17	2.5	17	92	0	68	62	6	13	16	1.51
12984--13114	65	2.0	65	96	0	244	36	21	6	35	1.80
13268--13343	30	2.5	30	84	0	89	30	17	25	27	1.97
13703--13740	17	2.2	18	85	4	51	44	2	0	52	1.14
13776--13923	17	8.9	16	67	26	69	50	4	0	45	1.20
13784--13917	41	3.2	40	83	14	169	50	3	0	45	1.19
13797--13860	20	3.2	20	70	16	69	50	4	0	45	1.22
13784--13927	47	3.2	47	88	8	205	51	4	0	44	1.20
13827--13957	17	8.6	16	65	26	54	51	3	0	45	1.16
13784--14093	47	6.8	45	80	15	170	49	2	1	46	1.25
13858--14065	24	8.8	24	64	23	77	48	1	1	48	1.21
13938--14093	43	3.4	43	91	7	222	47	0	3	48	1.20
14527--14586	30	2.0	30	96	0	111	26	26	15	31	1.95
14528--14600	30	2.4	30	88	4	94	27	27	16	28	1.97
17160--17212	14	3.5	14	72	18	52	56	5	0	37	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17159--17337	32	6.0	32	80	11	195	54	12	0	32	1.39
17205--17314	26	4.0	26	71	17	71	55	15	0	29	1.41
17319--17367	22	2.2	22	85	3	62	55	12	0	32	1.37
17339--17485	32	4.6	32	94	0	260	53	11	0	35	1.38
17169--17485	86	3.6	85	85	12	389	53	12	0	34	1.39
17508--17662	15	9.5	15	76	18	141	51	1	0	45	1.17
17580--17662	30	2.8	30	98	0	157	53	0	0	46	1.00
28914--28975	23	2.9	21	85	7	81	20	35	25	17	1.95
28957--28996	21	1.9	21	89	0	62	25	40	25	10	1.86
33049--33080	15	2.1	15	94	0	55	6	25	15	53	1.65
34275--34377	35	2.9	36	94	4	181	44	20	4	30	1.72
34315--34375	21	3.2	21	65	29	64	42	21	4	31	1.74
46263--46312	25	2.0	25	96	0	91	16	26	20	38	1.92
56438--56480	20	2.1	21	83	12	54	44	18	0	37	1.50
61684--61746	25	2.5	25	72	10	65	23	4	33	38	1.76
65723--65771	18	2.8	17	84	3	62	22	2	26	48	1.61
68667--68972	45	6.8	45	85	4	370	30	18	9	41	1.81
68708--68972	89	3.0	90	88	2	392	30	18	9	41	1.81
68712--68972	134	1.9	134	88	3	391	30	18	9	42	1.81
68961--69001	17	2.4	17	95	0	73	31	21	9	36	1.86
69434--69475	20	2.1	20	86	8	59	30	23	11	33	1.91
72182--72402	45	4.9	45	87	1	300	31	16	9	42	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72163--72402	89	2.7	90	84	1	304	31	17	9	42	1.81
72182--72435	134	1.9	135	85	2	359	31	18	10	40	1.84
76747--77038	85	3.4	83	78	3	280	37	20	17	24	1.94
76747--77038	42	6.9	42	80	3	282	37	20	17	24	1.94
77135--77196	21	3.0	21	90	0	88	50	19	6	24	1.71
81437--81667	82	2.8	81	80	2	230	35	21	15	27	1.94
81561--81697	41	3.3	41	80	8	136	33	24	18	23	1.97
82641--82908	46	5.9	46	95	1	470	31	24	7	36	1.83
87427--87749	45	7.2	45	86	2	380	31	18	10	40	1.84
87437--87749	90	3.5	90	86	0	419	31	18	10	39	1.84
87437--87749	135	2.3	135	85	4	434	31	18	10	39	1.84
88342--88387	20	2.3	20	96	0	83	23	23	15	36	1.93
88734--89082	173	2.0	172	97	2	666	36	23	3	36	1.72
96032--96081	20	2.5	20	90	0	73	30	20	18	32	1.96
107694--107744	15	3.2	16	78	10	61	47	1	15	35	1.57
108984--109142	74	2.2	74	98	1	311	33	8	13	43	1.76
109195--109239	3	15.7	3	78	17	51	66	0	2	31	1.04
109195--109276	20	4.3	19	74	11	60	70	1	3	24	1.10
109173--109270	22	4.5	21	72	17	60	71	1	5	22	1.12
116229--116267	9	4.3	9	90	0	51	71	0	0	28	0.86
116241--116266	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
117213--117241	15	1.9	15	100	0	58	10	27	13	48	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
120903--121219	173	1.8	173	97	0	598	27	17	21	32	1.96
127651--127696	23	2.0	23	91	4	76	52	2	0	45	1.13
127654--127693	15	2.6	15	88	4	53	55	2	0	42	1.13
131507--131578	18	4.1	18	78	7	58	26	19	29	25	1.99
131546--131576	16	1.9	16	100	0	62	22	12	38	25	1.90
135643--135711	18	3.8	18	84	0	75	18	17	36	27	1.94
135679--135715	18	2.1	18	100	0	74	29	10	32	27	1.90
142650--142727	32	2.4	33	87	6	115	47	8	14	29	1.74
143384--143443	23	2.8	20	72	13	57	50	20	18	11	1.77
145925--145975	25	2.0	26	81	11	61	60	1	3	33	1.26
146008--146113	39	2.7	39	82	5	124	43	2	17	35	1.64
147139--147748	207	2.9	206	88	6	864	51	8	11	28	1.66
147797--147854	7	8.3	7	74	0	53	18	1	29	50	1.57
147797--147854	14	4.1	14	84	4	64	18	1	29	50	1.57
147929--147971	13	3.3	13	93	0	77	39	0	9	51	1.34
147952--148002	20	2.4	21	77	9	68	41	5	5	47	1.52
148344--148390	21	2.2	21	88	7	69	27	2	25	44	1.65
148361--148425	12	5.0	12	81	10	58	24	0	27	47	1.52
148351--148395	21	2.1	21	88	8	65	31	0	20	48	1.49
148355--148419	7	9.9	7	81	8	50	26	0	26	47	1.52
148384--148425	6	6.7	6	91	8	66	19	0	30	50	1.48
148498--148542	9	4.9	9	79	15	56	40	0	6	53	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
148512--148565	20	2.8	20	85	2	65	40	7	7	44	1.60
148753--148778	11	2.4	11	100	0	52	34	26	7	30	1.85
148928--148962	7	5.0	7	92	0	52	20	0	37	42	1.52
148993--149035	13	3.3	13	93	0	77	39	0	9	51	1.34
149016--149066	20	2.4	21	74	9	59	41	7	5	45	1.57
148475--150386	491	3.8	484	72	18	1485	37	8	11	42	1.71
149429--149467	13	2.9	14	84	7	53	23	0	28	48	1.51
149547--149591	13	3.3	13	87	6	63	40	0	8	51	1.33
149547--149596	15	3.4	15	81	13	68	40	2	8	50	1.43
149618--149644	13	2.1	13	100	0	54	55	0	0	44	0.99
149618--149660	13	3.1	14	86	6	52	55	0	2	41	1.12
150019--150078	2	30.0	2	88	6	86	46	1	3	48	1.28
150347--150524	76	2.3	76	90	3	286	34	17	10	37	1.84
150652--150694	13	3.3	13	93	0	77	39	0	9	51	1.34
150675--150725	20	2.4	21	74	9	59	41	7	5	45	1.57
151096--151140	14	3.2	14	78	12	56	31	0	15	53	1.43
151925--151998	32	2.3	32	88	0	112	22	22	20	33	1.97
155080--155144	31	2.1	32	91	2	105	23	24	12	40	1.89
155754--155809	28	2.0	28	82	0	67	57	0	3	39	1.16
156059--156100	22	1.9	22	95	0	75	19	23	26	30	1.98
161792--161835	21	2.1	21	86	0	61	52	0	9	38	1.33
169990--170107	30	3.9	30	82	6	132	33	21	19	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
170651--170787	63	2.2	63	84	6	170	29	17	17	35	1.93
174732--174788	18	3.0	18	75	22	62	29	10	8	50	1.67
174748--174788	21	2.0	21	90	0	64	29	9	9	51	1.67
174999--175035	19	1.9	19	94	0	65	27	32	18	21	1.97
176979--177069	31	3.0	31	96	3	168	32	6	17	42	1.75
177134--177200	19	3.5	19	91	0	98	40	10	13	35	1.79
177306--177347	21	2.0	21	95	0	75	23	21	28	26	1.99
177376--177415	20	1.9	21	85	10	55	37	37	10	15	1.80
177630--177699	34	2.1	32	86	5	95	31	15	30	22	1.95
180795--180834	21	1.9	21	90	10	64	42	27	2	27	1.68

Tables:   1   2   3   4   5