genome.fa.s8240.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008240.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110888_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  893855

Tables:   1   2   3   4   5   

This is table  5  of  5  ( 578 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
761232--761776	273	2.0	272	98	1	1065	24	17	28	29	1.97
769949--770023	27	2.8	28	74	17	77	72	0	16	12	1.13
769972--770011	8	5.0	8	87	9	55	80	0	7	12	0.91
771007--771226	55	4.0	55	89	3	329	29	15	26	27	1.96
771007--771226	108	2.0	110	89	3	338	29	15	26	27	1.96
771013--771261	55	4.6	54	86	5	310	29	15	24	29	1.96
771007--771272	108	2.4	108	83	9	328	29	15	25	28	1.96
771178--771366	52	3.6	52	79	12	165	30	19	24	25	1.98
772549--772599	22	2.3	23	83	10	61	64	13	17	3	1.42
781110--781134	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
783037--783062	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
783810--783847	19	2.0	20	89	5	60	7	13	2	76	1.11
785008--785041	16	2.0	18	88	11	54	14	11	8	64	1.49
785349--785417	31	2.2	31	97	0	129	36	17	10	36	1.84
785510--785565	25	2.2	25	93	6	96	30	17	35	16	1.92
785922--785981	18	3.6	18	80	15	74	78	3	15	3	1.01
785934--785996	34	1.9	33	90	6	101	80	3	14	1	0.90
785942--786002	17	3.5	17	82	10	79	81	4	11	1	0.90
785927--786016	32	2.8	33	83	6	105	78	5	13	2	1.01
785922--786032	32	3.5	29	77	14	87	77	6	13	2	1.07
787355--787586	64	3.6	64	92	0	392	35	23	12	28	1.91
787918--788241	55	5.5	55	66	20	181	34	26	16	22	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
787555--788431	121	7.2	122	87	3	992	35	25	15	23	1.95
787973--788307	66	5.4	66	64	21	211	36	25	14	23	1.93
789692--789787	47	2.1	46	90	2	147	43	13	23	18	1.86
789849--789949	37	2.8	36	84	6	123	38	14	15	30	1.88
790393--790474	11	7.3	11	75	15	60	34	3	2	59	1.28
790531--790557	10	2.7	10	100	0	54	18	0	7	74	1.05
790646--790679	16	2.1	16	88	0	50	32	5	0	61	1.20
790697--790730	9	3.9	9	88	7	52	41	0	0	58	0.98
791977--792052	39	2.0	38	84	2	98	32	9	35	22	1.86
794035--794104	8	8.5	8	74	12	52	80	5	11	2	1.00
794051--794106	20	2.7	21	77	8	60	75	7	14	3	1.16
794073--794101	13	2.1	14	93	6	51	79	6	6	6	1.06
794041--794104	20	3.2	19	78	10	58	79	6	10	3	1.02
795603--795713	36	3.0	37	88	5	161	26	23	12	37	1.90
795740--795810	37	1.9	37	88	0	106	23	21	12	42	1.87
795621--796013	102	3.9	102	93	0	653	29	20	12	37	1.89
795826--795912	37	2.4	37	84	5	106	26	21	12	39	1.89
795927--796013	36	2.4	36	82	3	95	27	20	12	39	1.89
795621--796080	204	2.2	204	88	1	670	29	21	12	36	1.90
795973--796113	67	2.1	67	88	5	205	33	22	9	34	1.87
796272--796345	37	2.0	37	81	0	85	27	21	12	39	1.89
796693--797328	109	6.0	108	83	6	608	33	25	19	21	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
797780--797852	36	2.0	37	92	7	123	42	16	13	27	1.86
798325--798408	11	7.3	11	71	19	55	34	3	2	59	1.28
798357--798399	15	2.7	15	78	7	50	37	2	0	60	1.10
798581--798614	16	2.1	16	88	0	50	32	5	0	61	1.20
798595--798644	21	2.4	22	80	10	59	28	4	2	66	1.21
799690--799714	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
800988--801021	18	1.9	17	88	5	50	35	2	0	61	1.11
801079--801124	24	2.0	24	87	8	69	41	0	0	58	0.98
801351--801398	2	24.0	2	100	0	96	50	0	0	50	1.00
806600--806728	60	2.2	60	91	0	213	42	10	15	31	1.80
808289--808448	20	7.9	20	79	0	176	43	21	14	20	1.87
808292--808448	60	2.6	60	87	1	215	43	21	14	21	1.87
808489--808661	20	8.9	20	77	12	182	21	11	23	43	1.85
808489--808635	74	2.0	74	82	2	179	21	12	23	42	1.86
808944--808979	18	2.0	18	94	0	63	16	2	25	55	1.55
812208--812277	20	3.5	20	70	24	58	38	12	17	31	1.87
812297--812355	20	3.0	20	78	9	66	38	10	25	25	1.87
813045--813082	19	2.0	19	89	0	58	39	2	2	55	1.28
814601--814633	16	2.1	15	94	5	57	69	3	6	21	1.24
814637--814700	15	3.9	17	71	17	55	60	0	0	39	0.97
814643--814723	32	2.5	32	84	11	96	58	0	0	41	0.98
814648--814724	33	2.4	33	82	6	95	59	0	0	40	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
814697--814741	24	1.9	23	81	4	54	60	2	0	37	1.09
815753--815781	11	2.6	11	100	0	58	62	0	6	31	1.22
815845--815887	18	2.5	17	85	7	61	67	2	4	25	1.22
816245--816347	37	2.8	38	85	4	129	28	15	13	42	1.85
816842--817459	105	6.0	105	88	4	864	21	17	26	34	1.96
816842--817489	310	2.1	310	86	5	898	21	17	26	34	1.96
817633--817893	105	2.6	100	88	5	366	36	12	19	31	1.89
819061--819597	183	2.9	182	95	1	941	30	21	20	27	1.98
823520--823554	18	1.9	18	88	0	52	54	0	2	42	1.15
827177--827250	36	2.1	36	100	0	148	24	17	33	24	1.96
842552--842614	24	2.5	25	82	14	76	41	3	0	55	1.16
842586--842624	20	2.0	19	85	14	53	41	0	0	58	0.98
847702--847813	35	3.2	35	87	0	143	36	0	21	41	1.60
851426--851705	83	3.4	83	87	0	409	33	17	20	28	1.95
852334--852432	18	4.9	18	75	21	90	29	28	20	22	1.98
852329--852432	42	2.5	41	90	3	165	29	26	19	24	1.98
855046--855097	26	2.0	27	88	3	79	57	21	1	19	1.50
855198--855228	6	5.2	6	92	0	53	48	32	0	19	1.49
856048--856075	3	9.3	3	100	0	56	0	64	0	35	0.94
858192--858221	12	2.5	12	94	0	51	66	6	3	23	1.30
858234--858278	16	2.9	15	80	6	54	68	0	2	28	1.01
858214--858269	24	2.3	24	78	6	60	67	1	1	28	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
867389--867490	53	1.9	53	91	0	168	36	18	16	28	1.93
868221--868271	21	2.5	22	84	12	72	29	25	11	33	1.91
876671--876712	22	1.9	22	85	0	57	40	19	19	21	1.92
877986--878035	25	2.0	24	88	3	73	42	12	4	42	1.60
878537--878690	32	4.9	32	81	7	156	37	18	15	28	1.92
878570--878690	64	1.9	64	86	3	172	38	19	15	26	1.91
881564--881716	63	2.4	63	82	5	195	33	20	17	28	1.96
881564--881717	32	4.9	31	84	5	195	33	21	17	27	1.96
887828--888036	35	5.9	35	88	5	296	20	26	18	34	1.95
892128--892268	69	2.0	69	86	2	194	42	21	11	24	1.86

Tables:   1   2   3   4   5

The End!