genome.fa.s8240.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008240.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110888_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  893855

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
184464--184547	21	4.0	21	87	3	125	15	28	38	17	1.91
184464--184547	41	2.0	41	93	0	141	15	28	38	17	1.91
187937--188018	21	4.1	20	87	7	103	15	26	39	18	1.91
187953--188018	21	3.2	21	91	4	107	15	28	37	18	1.91
190419--190445	13	2.1	13	100	0	54	33	29	22	14	1.94
192037--192109	31	2.3	31	79	6	85	31	31	21	15	1.94
193056--193125	34	2.1	32	84	5	86	24	27	15	32	1.95
193511--193622	34	3.4	33	67	14	95	25	15	29	30	1.95
193491--193635	66	2.2	66	97	1	272	25	14	30	29	1.95
193611--193708	21	4.7	20	82	10	108	23	18	33	24	1.97
193777--193868	29	3.1	28	89	6	103	47	10	7	33	1.67
193789--193874	29	2.9	29	92	1	136	45	11	6	36	1.68
197582--197657	22	3.5	22	78	12	93	34	22	18	25	1.96
197852--197896	22	2.1	22	88	12	67	46	0	0	53	1.00
197852--197999	21	7.3	21	65	14	71	52	1	0	45	1.14
197859--198006	39	3.7	39	83	7	165	54	2	0	42	1.16
197893--197919	12	2.2	12	100	0	54	62	0	0	37	0.95
197849--198033	80	2.3	78	75	9	185	49	1	0	48	1.15
200189--200249	22	2.7	24	76	21	76	70	1	0	27	0.97
200184--200260	22	3.4	21	72	19	66	66	3	0	29	1.10
200184--200260	23	3.4	22	71	18	68	66	3	0	29	1.10
200206--200267	22	2.9	20	74	9	52	66	4	0	29	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
200599--200655	25	2.3	25	81	0	69	36	14	5	43	1.67
205877--205954	31	2.5	30	89	4	111	23	14	12	50	1.77
208562--208674	59	1.9	59	88	0	172	30	26	16	26	1.97
213323--213378	27	2.1	27	86	6	78	55	12	8	23	1.65
216070--216118	3	16.0	3	79	12	55	61	0	2	36	1.08
216275--216435	45	3.6	45	81	0	196	32	17	23	26	1.97
216266--216435	90	1.9	90	87	2	252	31	17	23	27	1.96
216443--216551	45	2.4	45	85	3	146	29	20	24	25	1.99
216333--216654	121	2.7	121	93	0	545	32	18	22	26	1.97
217691--217904	54	4.0	54	83	4	229	25	21	16	36	1.94
218762--218886	63	2.0	63	83	0	160	35	16	15	32	1.90
221658--221719	32	1.9	32	93	0	106	19	17	19	43	1.88
227147--227185	15	2.4	17	87	12	55	69	0	0	30	0.89
229623--229674	3	17.0	3	84	11	70	61	0	0	38	0.96
240960--240998	18	2.2	18	85	0	51	35	30	25	7	1.84
241422--241489	34	2.0	34	100	0	136	32	5	17	44	1.73
250481--250571	48	1.9	48	88	2	139	41	9	16	31	1.81
251437--251467	14	2.3	14	94	5	55	51	0	0	48	1.00
251424--251471	15	3.1	15	82	14	62	47	0	0	52	1.00
258010--258043	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
258305--258329	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
267696--267762	31	2.3	26	69	23	62	26	29	22	20	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
268063--268102	11	3.7	10	87	9	53	17	25	35	22	1.95
268063--268102	5	7.4	5	86	10	53	17	25	35	22	1.95
268063--268101	17	2.4	17	95	4	71	17	23	35	23	1.95
274915--274946	13	2.5	13	100	0	64	0	15	12	71	1.14
279212--279236	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
281251--281360	40	2.8	40	80	10	97	51	3	0	44	1.19
281277--281314	15	2.4	16	82	8	51	47	5	0	47	1.24
281293--281432	25	5.6	25	74	10	90	45	5	2	47	1.38
281270--281407	39	3.6	36	83	12	161	46	5	1	47	1.33
281270--281598	37	9.6	36	72	24	225	44	6	2	46	1.43
281435--281497	28	2.4	27	82	17	71	44	7	3	44	1.49
281435--281484	26	2.0	25	96	4	91	44	8	4	44	1.52
281520--281582	28	2.3	28	94	2	110	39	9	3	47	1.52
281333--281625	65	4.6	63	80	13	332	42	7	3	46	1.49
282087--282181	47	2.0	47	100	0	190	33	6	35	24	1.81
283391--283453	27	2.3	26	79	12	74	63	1	3	31	1.19
283411--283450	14	2.9	14	82	17	57	60	0	0	40	0.97
283409--283459	15	3.6	15	74	15	54	60	1	0	37	1.08
284644--284678	18	2.0	18	94	5	63	5	45	0	48	1.26
284934--284981	22	2.2	22	88	0	69	39	16	18	25	1.91
284940--285000	22	2.8	21	87	7	86	32	16	24	26	1.96
284988--285036	25	2.0	24	96	4	89	28	18	12	40	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
285664--285695	15	2.1	15	94	0	55	43	3	46	6	1.44
285831--285888	29	2.0	29	82	0	71	58	12	10	18	1.61
287472--287738	130	2.1	130	94	1	473	26	23	16	32	1.96
288101--288134	12	2.8	12	90	4	50	11	17	50	20	1.77
288288--288417	69	1.9	69	85	0	179	26	23	20	29	1.99
288516--288700	26	7.3	25	68	9	90	44	20	11	23	1.84
288517--289018	51	9.9	51	84	2	587	44	19	12	24	1.85
288528--288962	25	17.1	25	67	16	153	43	19	12	24	1.85
288772--288957	26	7.3	26	66	10	105	45	17	10	26	1.81
289449--289486	3	12.3	3	84	15	51	36	0	0	63	0.95
289444--289485	9	4.3	10	79	14	52	33	0	2	64	1.07
291008--291054	16	3.0	16	81	9	53	46	0	0	53	1.00
300579--300613	18	1.9	18	88	0	52	14	28	31	25	1.95
300597--300655	23	2.6	23	91	2	93	18	25	32	23	1.97
304467--304506	21	1.9	21	89	0	62	37	5	2	55	1.35
304469--304513	21	2.2	21	84	4	56	40	2	2	55	1.24
311297--311343	7	7.0	7	87	4	53	87	0	4	8	0.67
311312--311342	1	31.0	1	93	0	53	96	0	0	3	0.21
311725--311762	18	2.1	18	95	0	67	31	7	5	55	1.51
312954--313605	112	5.7	112	79	12	544	39	13	18	28	1.88
313311--313355	24	1.9	23	82	13	56	48	6	26	17	1.72
313168--313498	114	2.9	113	88	4	474	38	12	18	30	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
313940--313981	9	4.3	10	79	14	52	33	0	2	64	1.07
313945--313982	3	12.3	3	84	15	51	36	0	0	63	0.95
315309--315355	16	3.0	16	81	9	53	46	0	0	53	1.00
316730--316791	17	4.2	15	80	13	67	38	0	0	61	0.96
330760--331141	83	4.6	83	95	1	662	24	12	24	38	1.90
331477--331526	25	2.0	25	92	7	84	40	12	14	34	1.82
331885--332521	218	2.9	216	82	11	696	37	14	17	29	1.90
331885--332521	110	5.8	110	77	13	597	37	14	17	29	1.90
332757--332813	3	20.0	3	79	13	59	35	0	0	64	0.93
332758--332813	24	2.5	24	85	8	73	35	0	0	64	0.94
335122--335154	2	16.5	2	93	0	57	48	0	0	51	1.00
335182--335477	36	8.5	35	72	18	203	43	3	5	47	1.42
335182--335409	36	6.5	36	78	15	230	43	4	5	46	1.47
335226--335477	64	3.7	66	77	13	219	42	3	5	47	1.45
335187--335397	100	2.1	100	84	11	270	44	4	5	45	1.47
335182--335410	64	3.3	69	79	14	213	43	4	6	46	1.48
335347--335484	34	4.0	32	74	17	102	41	2	5	50	1.39
335488--335537	3	15.7	3	80	12	55	28	4	0	68	1.08
335447--335497	23	2.2	24	89	6	79	41	0	3	54	1.19
335488--335537	10	5.2	9	86	11	55	28	4	0	68	1.08
335490--335555	32	2.1	32	83	11	82	24	7	0	68	1.15
336608--336688	13	6.1	13	73	19	60	14	4	1	79	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
336665--336713	17	2.9	16	82	8	53	6	16	0	77	0.96
336622--336693	18	4.0	17	75	16	56	11	6	1	80	0.96
336680--336721	15	2.7	16	86	13	61	4	16	0	78	0.91
336611--336743	60	2.4	54	79	12	151	12	9	1	76	1.08
340431--340689	96	2.7	94	83	7	304	33	16	18	31	1.94
341809--342572	84	9.2	83	86	2	919	32	25	19	23	1.98
343187--343421	37	6.5	36	83	12	279	43	4	6	45	1.49
343181--343421	73	3.3	73	84	11	286	43	4	6	44	1.50
343463--343510	25	1.9	25	87	8	71	41	0	6	52	1.27
343510--343539	13	2.4	13	94	5	53	16	6	0	76	0.99

Tables:   1   2   3   4   5