genome.fa.s8269.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008269.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110926_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  799769

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
195106--195165	18	3.4	18	80	11	70	46	5	1	46	1.34
195218--195255	14	2.6	15	83	8	51	50	0	2	47	1.15
195579--195671	2	47.5	2	71	16	61	50	2	3	44	1.30
195576--195637	31	2.0	31	81	6	72	54	4	1	38	1.31
196094--196293	101	2.0	101	90	0	319	53	23	1	22	1.55
196248--196301	21	2.6	21	85	8	83	53	29	0	16	1.43
196387--196479	20	4.7	19	71	10	71	44	8	4	43	1.54
196354--196491	57	2.4	57	81	9	174	42	8	7	42	1.63
196398--196438	15	2.6	16	88	7	57	46	9	2	41	1.50
196387--196461	35	2.0	39	82	10	95	44	9	4	42	1.55
196418--196476	22	2.7	22	78	17	68	42	8	5	44	1.57
196485--196576	21	4.3	20	69	16	60	39	5	6	48	1.52
196501--196603	22	4.8	21	75	11	75	37	4	7	49	1.53
196639--196699	14	4.3	14	74	12	52	44	6	3	45	1.46
196550--196738	65	2.9	65	78	12	188	42	5	4	48	1.45
196593--196685	34	2.9	30	72	17	80	43	5	3	48	1.42
196615--196727	43	2.8	40	81	14	128	44	6	3	46	1.45
196646--196707	14	4.4	14	74	11	54	46	8	1	43	1.42
196725--196824	6	17.3	6	73	18	63	47	2	2	49	1.24
196687--196796	58	1.9	58	83	7	143	43	4	2	49	1.37
196767--196869	15	7.0	15	78	15	76	47	0	0	51	1.07
196762--196869	22	5.0	22	73	17	84	47	0	0	51	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
196787--196872	28	3.1	28	86	1	120	47	0	0	52	1.00
196789--196870	43	1.9	43	87	9	123	46	0	0	53	1.00
196892--197093	101	2.0	101	88	0	296	28	24	7	39	1.83
199680--199725	23	2.0	23	95	0	83	54	4	0	41	1.20
199765--199791	13	2.1	13	100	0	54	44	0	0	55	0.99
199981--200098	16	7.4	16	88	0	157	43	13	22	20	1.87
200998--201047	24	2.1	24	100	0	100	58	12	8	22	1.59
202665--202705	18	2.3	18	91	4	66	41	4	21	31	1.74
202672--202728	18	3.2	18	85	2	71	36	7	24	31	1.82
203087--203871	270	3.0	258	86	10	1094	40	19	11	28	1.87
213489--213559	31	2.4	29	85	4	97	35	15	11	38	1.83
220684--220710	6	4.5	6	100	0	54	55	0	0	44	0.99
220765--220804	13	3.2	13	82	13	57	67	0	2	30	1.04
220780--220805	11	2.4	11	100	0	52	65	0	0	34	0.93
222573--222603	2	15.0	2	93	6	53	48	3	0	48	1.17
222587--222819	36	6.5	35	76	12	170	45	6	3	44	1.45
222802--222843	2	21.5	2	95	4	77	50	0	0	50	1.00
232476--232509	10	3.2	10	88	12	50	67	5	17	8	1.37
233116--233553	42	10.5	42	90	0	592	26	18	22	32	1.97
233257--233492	22	11.2	22	63	10	98	28	17	20	33	1.96
233974--234098	53	2.4	53	97	0	232	28	20	29	21	1.98
234073--234122	24	2.1	24	96	0	91	26	14	30	30	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
234021--234175	77	2.0	77	92	0	256	30	18	28	22	1.97
234098--234202	53	2.0	53	94	0	183	32	21	25	20	1.97
235886--235950	3	21.7	3	93	6	114	32	0	0	67	0.91
242682--242723	18	2.3	18	100	0	84	42	23	0	33	1.55
245887--245941	23	2.4	23	96	0	101	25	18	18	38	1.93
246186--246247	15	4.3	15	71	19	51	62	0	3	33	1.11
247275--247319	2	24.0	2	82	13	60	48	0	0	51	1.00
250025--250148	62	2.0	62	98	0	239	50	7	8	33	1.59
253731--253845	56	2.0	57	98	1	223	27	8	33	30	1.87
259021--259102	23	3.7	23	79	4	71	24	31	24	19	1.98
259765--259805	21	2.0	20	85	4	55	24	43	0	31	1.54
262664--262700	20	1.9	19	89	10	58	45	10	24	18	1.81
263810--263839	14	2.1	14	93	0	51	40	0	3	56	1.16
265079--265153	30	2.5	30	77	12	84	45	1	5	48	1.33
266002--266159	60	2.6	60	81	5	158	41	4	17	36	1.70
271891--271932	14	3.0	14	100	0	84	57	0	14	28	1.38
272406--272432	14	1.9	14	100	0	54	59	7	22	11	1.56
272405--272435	14	2.2	14	88	0	53	61	6	22	9	1.50
273920--274742	45	18.6	45	77	10	675	25	15	19	40	1.90
274265--274337	36	2.0	36	86	5	103	24	13	23	38	1.91
275143--275323	38	4.8	37	72	9	132	30	20	11	37	1.88
275134--275323	76	2.5	76	90	0	281	30	19	11	38	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
277893--277943	24	2.2	23	82	10	59	60	15	11	11	1.58
281772--281811	21	1.9	21	89	0	62	37	22	7	32	1.82
285961--286018	2	29.0	2	100	0	116	50	0	0	50	1.00
286152--286431	30	9.4	30	79	9	279	56	12	13	18	1.68
286159--286415	90	2.9	89	86	5	326	56	12	12	17	1.66
286965--286998	14	2.4	14	100	0	68	44	0	50	5	1.26
290660--290688	14	2.1	14	100	0	58	44	0	13	41	1.44
292478--292507	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
292666--292702	18	2.0	19	89	5	58	64	13	10	10	1.49
301907--301938	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
302563--302719	41	3.8	42	70	18	132	30	15	22	30	1.95
302543--302699	83	1.9	82	84	5	210	33	15	21	29	1.95
302569--302921	83	4.3	81	78	7	295	31	15	23	29	1.95
309231--309423	44	4.4	43	85	7	221	28	24	17	29	1.97
309231--309431	88	2.3	88	85	2	271	30	23	16	28	1.97
309513--309565	26	2.0	26	85	7	72	37	26	9	26	1.87
320854--320897	21	2.1	21	83	8	54	9	38	15	36	1.80
322023--322131	57	1.9	57	87	5	159	28	22	20	29	1.98
326656--326682	13	2.1	13	100	0	54	37	14	25	22	1.93
327034--327090	21	2.8	21	86	7	73	33	14	1	50	1.52
330034--330086	21	2.5	21	84	0	70	20	26	18	33	1.96
330076--330169	20	4.7	20	88	2	143	39	18	21	21	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
330076--330169	41	2.3	40	89	3	143	39	18	21	21	1.93
330076--330189	61	1.9	59	87	8	167	37	19	20	22	1.94
330719--330811	33	2.8	33	86	1	123	43	23	21	11	1.86
330815--330889	33	2.2	34	85	2	98	12	22	20	45	1.83
330857--330914	20	2.9	21	84	7	75	12	24	18	44	1.84
332077--332149	21	3.7	20	72	15	62	31	41	12	15	1.84
332512--332789	94	3.1	93	87	7	410	21	12	18	47	1.81
332884--332940	20	2.9	20	84	2	71	47	24	19	8	1.77
332884--332949	19	3.4	19	79	8	71	45	24	18	12	1.83
332946--333020	19	3.8	19	82	5	78	10	18	24	46	1.80
333473--333533	21	2.9	21	72	0	68	22	36	19	21	1.95
334881--334916	14	2.6	14	95	0	63	33	0	22	44	1.53
335023--335096	33	2.2	33	92	0	121	45	22	20	10	1.82
335023--335083	19	3.5	19	74	21	69	44	21	22	11	1.84
335072--335111	14	2.9	14	88	0	62	55	27	10	7	1.60
335122--335271	19	8.7	18	64	23	74	12	23	20	44	1.85
335126--335251	33	3.8	33	92	1	200	12	23	19	45	1.84
335126--335251	65	1.9	66	91	1	209	12	23	19	45	1.84
335224--335317	20	4.7	20	72	13	68	21	20	23	35	1.96
338682--338869	20	9.4	20	85	6	220	36	15	21	26	1.93
338688--338869	41	4.6	40	83	4	217	37	15	20	26	1.93
338688--338850	61	2.7	61	93	2	267	38	14	20	26	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
338857--338948	20	4.5	21	83	6	91	21	20	16	41	1.90
338945--338990	21	2.2	21	88	0	65	41	17	23	17	1.90
341969--342119	64	2.3	63	84	8	180	34	19	17	29	1.94
342598--342636	19	2.0	21	90	10	64	46	5	10	38	1.60
342792--342855	30	2.1	30	85	0	83	18	18	28	34	1.95
346125--346272	64	2.3	63	79	6	172	34	18	17	29	1.94
346756--346798	19	2.4	17	84	7	50	46	2	11	39	1.53
346948--347011	30	2.1	30	85	0	83	18	18	28	34	1.95
350281--350428	64	2.3	63	79	6	172	34	18	17	29	1.94
350912--350949	17	2.1	19	90	9	62	47	5	10	36	1.61

Tables:   1   2   3   4   5