genome.fa.s8290.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008290.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110954_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1890093

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   

This is table  4  of  9  ( 972 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
762181--762329	40	3.8	40	86	3	198	21	18	22	36	1.95
762253--762321	21	3.4	21	73	15	81	18	17	28	34	1.94
762253--762312	19	3.1	19	72	13	59	20	16	28	35	1.94
762270--762334	21	3.2	21	65	6	53	20	21	23	35	1.96
762724--762760	19	1.9	19	100	0	74	27	27	5	40	1.78
763712--763769	30	1.9	30	89	0	89	25	8	13	51	1.70
764921--764983	25	2.6	24	81	18	69	44	4	1	49	1.33
764910--765000	27	3.4	26	78	17	82	42	3	1	52	1.24
764941--765069	30	4.3	30	77	11	113	40	3	0	55	1.18
764941--765076	31	4.6	29	77	14	111	39	4	0	55	1.20
766856--766901	19	2.3	20	88	3	67	28	34	17	19	1.94
766911--766963	21	2.6	21	84	3	81	49	15	16	18	1.80
767332--767382	20	2.5	20	93	0	93	17	15	17	49	1.81
769856--769911	3	19.3	3	81	7	71	35	58	0	5	1.21
769858--769891	11	3.1	11	100	0	68	35	64	0	0	0.94
769858--769922	12	5.3	12	82	8	69	33	56	0	9	1.31
774207--774274	36	2.1	33	84	15	88	33	0	35	30	1.58
775163--775227	25	2.5	25	82	9	78	52	0	4	43	1.22
775180--775247	21	3.0	22	77	16	75	50	0	5	44	1.26
776114--776173	2	30.0	2	100	0	120	50	0	0	50	1.00
776160--776250	31	2.9	31	75	1	92	35	16	7	40	1.77
780283--780332	26	1.9	26	83	0	64	52	0	6	42	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
780543--780584	13	2.9	14	82	13	50	50	0	4	45	1.23
785939--786023	29	2.8	30	81	10	102	31	4	4	58	1.39
786299--786382	42	2.0	42	81	4	98	35	11	5	46	1.65
786707--786765	29	2.0	29	100	0	118	38	10	20	30	1.86
791484--791547	25	2.6	25	85	5	76	60	1	6	31	1.30
791555--791599	17	2.6	17	80	13	56	62	2	0	35	1.08
792406--792459	23	2.3	24	83	6	74	44	24	14	16	1.85
797603--797653	25	2.0	25	96	0	93	39	29	7	23	1.83
802060--802232	76	2.3	75	84	4	215	41	31	7	20	1.80
802085--802250	76	2.1	77	81	3	181	41	34	6	18	1.75
802119--802341	113	2.0	114	85	5	308	40	31	7	20	1.79
802231--802501	75	3.5	77	80	5	325	40	35	7	16	1.78
802231--802501	78	3.5	75	81	4	294	40	35	7	16	1.78
802057--802422	190	1.9	187	83	7	463	40	32	7	19	1.79
803010--803051	20	2.1	20	100	0	84	26	23	9	40	1.85
814352--814400	18	2.7	18	93	0	80	40	4	24	30	1.74
815011--815397	202	2.0	191	88	9	568	39	14	14	31	1.86
816806--816850	15	3.0	15	87	6	65	64	0	0	35	0.94
817960--818003	23	1.9	23	86	9	63	54	0	0	45	0.99
818059--818095	18	2.1	18	95	5	67	29	0	27	43	1.55
818439--818469	2	15.5	2	100	0	62	0	0	48	51	1.00
818519--818546	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
818743--818781	19	2.1	19	95	0	69	41	20	5	33	1.74
818722--818890	75	2.3	74	83	8	216	44	9	5	40	1.60
822367--822429	20	2.9	21	79	9	65	15	25	34	23	1.95
826235--826274	21	1.9	21	85	10	55	35	10	2	52	1.48
830541--830594	27	2.1	25	82	6	63	40	5	1	51	1.36
832026--832150	31	4.0	31	93	2	198	37	22	19	20	1.94
837605--837634	7	4.3	7	100	0	60	86	0	0	13	0.57
854073--854148	38	2.0	38	100	0	152	23	10	13	52	1.71
857241--857386	73	2.0	73	86	2	204	44	7	6	41	1.59
857782--857846	31	2.1	31	82	5	78	29	10	6	53	1.59
857917--857986	32	2.2	32	84	2	88	40	17	10	32	1.82
863126--863188	33	1.9	33	87	6	92	34	7	1	55	1.39
863270--863315	16	3.1	14	82	17	58	58	2	0	39	1.10
871859--871897	19	2.2	19	86	9	55	46	10	0	43	1.37
872193--872394	75	2.7	75	85	1	262	26	20	12	40	1.88
874812--874879	18	3.8	18	98	0	127	25	33	23	17	1.96
878091--878150	31	2.0	30	87	9	86	36	1	25	36	1.66
878389--878441	23	2.3	23	86	0	70	16	24	22	35	1.95
885032--885091	31	2.0	31	90	9	97	36	1	23	38	1.65
885314--885374	23	2.7	23	86	0	95	19	27	26	26	1.99
890711--890741	15	2.1	15	93	0	53	48	16	0	35	1.46
893881--893916	18	1.9	19	88	5	56	19	5	16	58	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
895124--895174	20	2.5	20	87	0	75	43	21	13	21	1.87
895185--895209	12	2.1	12	100	0	50	36	16	16	32	1.90
895523--895573	20	2.5	20	93	0	84	45	21	13	19	1.85
894976--895775	399	2.0	401	94	0	1406	32	17	16	33	1.92
897901--897939	20	2.0	20	94	0	69	56	5	0	38	1.22
898352--898378	14	1.9	14	100	0	54	40	7	14	37	1.74
898768--898812	20	2.3	20	96	3	83	37	20	17	24	1.93
904242--904277	15	2.4	15	90	9	56	0	19	2	77	0.88
904690--904719	3	10.3	3	92	7	53	30	0	0	70	0.88
904741--904824	3	28.0	3	90	0	123	60	0	0	39	0.97
905146--905707	116	4.9	116	89	2	705	30	19	14	35	1.92
906548--906939	83	4.7	83	97	0	694	38	22	12	26	1.90
908079--908134	10	5.9	10	76	19	66	0	17	0	82	0.68
908089--908133	7	6.3	7	82	12	56	0	15	0	84	0.62
908078--908120	17	2.5	17	96	3	77	0	18	0	81	0.69
908078--908132	17	3.0	18	86	10	76	0	18	0	81	0.68
920847--920888	3	14.3	3	95	5	77	30	0	0	69	0.89
920910--920983	3	25.0	3	88	2	96	59	0	0	40	0.97
929777--929853	40	1.9	40	83	0	100	23	35	23	18	1.96
933840--933879	21	1.9	21	90	10	64	12	12	40	35	1.81
934170--934232	30	2.1	29	82	11	74	49	11	6	33	1.64
934181--934239	30	2.0	29	90	3	91	44	11	6	37	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
935477--935522	19	2.4	19	85	7	58	30	13	6	50	1.66
936778--936887	8	15.1	7	67	24	52	24	17	30	28	1.97
936778--936888	20	5.8	20	76	12	92	24	17	29	28	1.97
937007--937065	30	2.0	30	90	3	93	44	11	6	37	1.68
937948--937998	26	1.9	26	88	4	75	39	3	1	54	1.30
940717--941155	221	2.0	217	92	3	729	28	12	19	38	1.88
942025--942097	36	2.0	36	84	7	94	49	2	4	43	1.36
942243--942280	20	1.9	20	88	0	58	21	26	10	42	1.85
942933--943019	45	1.9	45	83	4	113	51	9	8	31	1.62
945288--945325	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
951048--951072	2	12.5	2	100	0	50	0	52	0	48	1.00
952480--952518	3	13.0	3	83	0	51	2	58	0	38	1.12
957425--957458	5	6.8	5	96	0	59	23	0	76	0	0.79
963784--963844	21	2.9	21	97	0	113	13	26	32	27	1.93
966536--966595	23	2.7	23	86	2	86	25	23	33	18	1.97
969903--969938	9	3.6	10	85	14	56	11	8	0	80	0.90
969897--969938	11	3.9	11	81	15	52	11	9	0	78	0.96
974731--974786	22	2.5	22	88	0	85	16	21	32	30	1.95
981488--981567	22	3.7	22	88	1	99	17	21	30	31	1.96
981549--981583	18	2.0	18	94	5	63	20	11	34	34	1.88
986450--986488	20	1.9	21	84	5	53	28	17	5	48	1.68
996822--996881	22	2.7	21	77	10	57	50	3	3	43	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
996863--996896	16	2.1	16	88	0	50	50	0	2	47	1.16
996938--996971	16	2.0	18	88	11	54	26	2	5	64	1.30
997432--997679	130	1.9	130	92	0	415	35	12	14	37	1.84
998076--998151	35	2.2	35	87	0	107	38	1	21	39	1.62
1009122--1009148	6	4.5	6	100	0	54	33	0	48	18	1.49
1015853--1015910	27	2.1	27	96	0	107	13	8	32	44	1.75
1015876--1015962	38	2.3	38	94	2	149	10	10	41	37	1.73
1016497--1016547	18	2.9	17	82	8	66	29	29	7	33	1.85
1020605--1020644	18	2.2	19	86	4	55	47	0	20	32	1.50
1022258--1022308	22	2.3	22	83	10	59	31	9	5	52	1.58

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9