genome.fa.s8292.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008292.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110956_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1591938

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
736232--736288	12	4.7	12	80	10	62	61	0	36	1	1.07
736234--736270	14	2.6	14	91	0	56	62	0	37	0	0.96
757635--757686	16	3.2	17	72	22	58	42	0	19	38	1.51
757853--757877	7	3.6	7	100	0	50	76	0	0	24	0.80
763728--763756	10	2.9	10	100	0	58	79	0	0	20	0.74
763728--763768	20	2.1	19	86	9	55	75	0	4	19	0.98
763730--763776	19	2.6	18	77	12	51	74	0	6	19	1.03
763587--764012	145	2.9	144	94	3	730	60	4	7	27	1.44
763873--763901	10	2.9	10	100	0	58	79	0	0	20	0.74
763873--763913	20	2.1	19	86	9	55	75	0	4	19	0.98
763875--763921	19	2.6	18	77	12	51	74	0	6	19	1.03
764009--764092	2	44.0	2	82	9	86	57	1	1	40	1.14
764024--764135	50	2.2	50	83	10	131	60	0	4	33	1.23
765758--766424	105	6.3	105	95	0	1129	23	18	23	33	1.97
767166--767214	8	5.8	8	81	11	53	0	16	2	81	0.78
767166--767215	18	2.8	18	87	9	75	0	16	2	82	0.77
767166--767215	10	5.4	9	77	18	50	0	16	2	82	0.77
767166--767217	17	2.8	19	80	16	65	0	17	1	80	0.80
777968--778007	10	4.0	10	83	9	55	75	0	5	20	0.99
777966--778012	19	2.5	18	80	16	51	72	0	6	21	1.07
778102--778130	10	2.9	10	100	0	58	79	0	0	20	0.74
778102--778142	20	2.1	19	86	9	55	75	0	4	19	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
778104--778150	19	2.6	18	77	12	51	74	0	6	19	1.03
777832--778241	143	2.9	141	91	6	683	59	4	8	27	1.47
778238--778280	2	22.0	2	95	4	79	51	0	0	48	1.00
778261--778361	41	2.4	40	80	12	105	62	0	4	31	1.23
779770--779805	16	2.2	16	90	0	54	41	8	27	22	1.82
780328--780477	33	4.5	32	81	6	174	42	34	8	14	1.77
780333--780477	67	2.2	65	85	4	184	42	33	8	14	1.77
785622--785657	2	18.0	2	100	0	72	0	50	0	50	1.00
790795--790825	15	2.1	14	94	5	53	41	16	0	41	1.48
792026--792081	22	2.5	22	83	8	78	23	44	14	17	1.85
792438--792540	20	5.2	20	79	2	109	19	17	23	39	1.92
792438--792540	39	2.6	39	79	3	107	19	17	23	39	1.92
794436--794481	20	2.3	20	85	10	60	45	28	13	13	1.80
794574--794612	19	2.0	20	85	5	53	12	12	20	53	1.71
794652--794694	19	2.2	20	91	4	70	13	13	23	48	1.79
794829--794854	13	2.0	13	100	0	52	30	23	15	30	1.95
795187--795275	21	4.2	20	74	8	63	20	37	16	25	1.93
795187--795305	42	2.8	42	80	7	125	22	35	17	24	1.95
796696--796758	14	4.4	14	80	6	72	38	0	15	46	1.47
796699--796753	29	1.9	29	85	3	76	34	0	18	47	1.49
796857--796910	20	2.7	20	85	5	74	42	27	18	11	1.84
796920--797089	34	4.8	34	80	9	128	23	18	22	35	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
796953--797117	20	8.9	20	73	15	138	26	18	21	33	1.97
797088--797370	140	2.0	140	95	0	512	42	14	13	28	1.85
797428--797462	18	1.9	18	94	0	61	17	2	25	54	1.57
799736--799782	24	2.0	24	95	0	85	34	17	21	27	1.95
811649--811696	2	24.0	2	95	0	87	50	2	0	47	1.12
815587--815634	24	2.0	24	88	8	71	12	43	0	43	1.42
815598--815651	12	4.5	12	80	0	63	12	42	0	44	1.43
815598--815649	24	2.2	24	89	0	77	13	42	0	44	1.44
816372--816411	14	2.7	14	85	11	53	42	15	0	42	1.46
817583--817647	27	2.4	27	100	0	130	20	4	6	69	1.28
819752--819803	18	2.9	18	88	2	79	17	42	23	17	1.89
819816--819913	29	3.4	28	78	5	97	26	6	21	45	1.75
827172--827206	17	2.0	18	88	5	54	17	45	22	14	1.84
827214--827294	29	2.8	29	86	3	110	24	8	22	44	1.81
838922--839072	20	7.6	20	69	12	96	33	23	14	27	1.94
839811--839844	12	2.8	12	90	0	50	55	29	0	14	1.40
842604--842653	20	2.5	20	90	0	73	46	18	20	16	1.85
842662--842721	20	3.0	20	87	0	93	41	25	16	16	1.89
842780--842821	20	2.1	20	90	0	66	19	23	16	40	1.91
842862--842910	25	2.0	25	91	0	80	28	8	18	44	1.78
843628--843716	39	2.3	39	94	0	160	47	19	14	19	1.83
843995--844134	66	2.2	60	86	7	181	51	17	0	30	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
845493--845610	21	5.7	21	71	8	80	22	19	34	23	1.96
848075--848128	22	2.5	22	87	0	72	24	12	35	27	1.92
848253--848301	20	2.5	20	89	0	80	18	18	20	42	1.89
851338--851401	32	2.0	32	100	0	128	37	28	18	15	1.92
856769--856820	15	3.4	15	86	7	61	26	0	0	73	0.84
857006--857064	13	4.1	14	75	16	57	35	0	0	64	0.94
856700--857047	114	3.1	110	69	15	314	42	2	2	52	1.29
857006--857086	38	2.0	41	84	11	107	35	0	0	64	0.94
857006--857086	44	1.9	42	87	12	121	35	0	0	64	0.94
857007--857102	41	2.3	40	76	15	106	37	0	2	60	1.09
857051--857149	48	2.1	47	84	5	128	39	1	4	55	1.25
866467--866531	28	2.3	28	91	0	103	38	18	10	32	1.85
869910--869963	20	2.7	20	77	11	74	27	29	14	27	1.95
872625--872723	42	2.4	42	78	10	112	24	34	18	23	1.96
872626--872723	21	4.7	21	73	7	83	24	34	18	22	1.96
874327--874410	39	2.2	39	95	0	150	20	14	19	46	1.84
874723--874759	18	2.1	18	89	0	56	51	10	5	32	1.60
875146--875195	25	2.0	25	100	0	100	44	20	8	28	1.79
875247--875325	28	2.6	29	86	13	106	37	21	21	18	1.94
875271--875327	28	2.0	28	100	0	114	35	21	24	19	1.96
875348--875407	20	3.0	20	90	0	102	16	20	25	38	1.93
878185--878219	12	2.9	12	91	0	52	14	0	31	54	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
878964--879014	19	2.6	20	84	3	59	21	11	25	41	1.87
879038--879093	20	2.8	21	78	10	73	28	14	26	30	1.95
879719--879753	12	2.8	12	86	4	52	42	0	2	54	1.15
881211--881296	33	2.6	33	72	15	81	23	4	2	69	1.18
881480--881506	12	2.2	12	100	0	54	37	7	0	55	1.28
885529--885615	31	2.8	32	81	11	90	29	14	25	29	1.95
885795--885961	64	2.6	64	88	0	226	35	19	14	30	1.91
885964--886555	121	4.9	121	93	0	968	35	26	15	22	1.94
886101--886984	66	14.4	64	65	20	363	35	26	14	22	1.93
886167--886369	55	3.5	55	70	19	178	34	28	15	21	1.94
886222--886863	308	2.1	307	91	0	1050	36	26	14	22	1.93
886343--886742	187	2.1	187	92	0	676	36	26	15	22	1.93
886596--886797	55	3.5	55	67	20	142	35	27	15	22	1.94
886530--886991	121	3.8	121	90	1	712	35	26	14	23	1.94
886530--886991	241	1.9	242	91	1	757	35	26	14	23	1.94
887089--887533	84	5.3	83	79	5	323	35	21	15	26	1.94
887978--888034	27	2.1	27	96	0	105	50	22	3	22	1.64
889030--889078	24	2.0	24	84	7	64	28	2	12	57	1.46
894598--894647	24	2.1	24	88	7	75	26	2	14	58	1.47
895909--895943	17	2.1	16	89	5	52	14	8	0	77	0.99
897497--897589	40	2.3	40	85	7	125	35	27	10	25	1.89
897497--897664	20	8.4	20	72	9	99	32	23	11	32	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
897497--897613	61	1.9	60	82	5	146	33	26	12	27	1.93
898590--898636	24	2.0	24	95	0	85	27	21	17	34	1.95
901189--901237	20	2.5	20	93	0	80	46	20	20	12	1.82
901247--901290	20	2.2	20	87	0	61	20	13	22	43	1.87
901510--902110	207	2.9	207	92	2	987	42	23	7	25	1.81
903106--903224	21	5.7	21	81	3	123	21	16	36	25	1.94
903106--903228	42	2.9	41	85	2	156	21	17	36	24	1.94
903632--903681	21	2.4	21	86	0	73	36	30	14	20	1.91
903796--903894	42	2.4	42	85	0	135	18	18	35	28	1.94
905224--905326	20	5.2	20	91	1	163	50	22	16	10	1.75

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8