genome.fa.s8296.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008296.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110963_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1205179

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
179265--180163	400	2.3	399	92	1	1480	30	15	14	39	1.88
183045--183846	200	4.0	200	93	0	1315	30	16	14	37	1.90
182902--183846	398	2.4	399	91	3	1499	31	16	14	37	1.89
184077--184125	19	2.6	19	86	0	71	55	8	2	34	1.41
185680--185719	21	1.9	21	89	0	62	5	40	0	55	1.22
185905--185970	33	2.0	33	90	0	105	22	45	0	31	1.53
186004--186068	21	3.1	21	84	0	85	18	29	9	43	1.81
186860--186896	20	1.9	19	89	10	58	24	32	24	18	1.97
192592--192651	23	2.9	20	87	9	77	21	33	26	18	1.96
192634--192673	21	1.9	21	89	0	62	25	40	25	10	1.86
197217--197631	182	2.3	182	91	0	652	29	15	13	40	1.86
199156--199203	3	15.7	3	91	4	51	25	0	8	66	1.19
200515--200688	60	2.9	59	79	6	190	16	13	13	56	1.67
200526--200697	30	5.8	30	76	8	111	15	13	13	56	1.67
200974--201054	11	7.8	10	77	10	65	18	1	6	74	1.10
200974--201054	5	15.6	5	77	12	65	18	1	6	74	1.10
201793--201841	25	2.0	25	84	8	64	51	10	2	36	1.48
204020--204052	17	1.9	17	93	0	57	24	0	0	75	0.80
207819--207851	15	2.1	16	88	5	50	9	24	15	51	1.72
208601--208635	16	2.1	17	94	5	63	34	25	8	31	1.86
211938--212018	29	2.8	29	92	1	126	41	9	14	33	1.79
215252--215281	15	2.0	15	93	0	51	13	0	30	56	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
216574--216651	29	2.7	29	91	0	129	41	11	15	32	1.83
217850--217905	20	2.8	20	97	0	103	10	23	21	44	1.83
217897--217968	22	3.4	22	70	18	80	18	16	25	40	1.91
217877--217990	41	2.8	41	89	4	176	17	18	22	41	1.90
217918--217987	19	3.5	19	70	11	59	18	17	21	42	1.89
219006--219059	2	27.0	2	100	0	108	50	0	0	50	1.00
220766--220855	45	2.0	45	84	0	117	20	20	25	34	1.96
226120--226209	45	2.0	45	84	0	117	20	20	25	34	1.96
230435--230517	29	2.8	29	90	1	130	42	10	14	32	1.80
233558--233609	20	2.6	20	100	0	104	9	25	23	42	1.84
233601--233691	19	4.5	20	73	10	78	23	18	20	37	1.94
233581--233693	41	2.8	40	85	5	147	20	19	21	38	1.93
234432--234488	21	2.7	21	91	0	96	29	26	15	28	1.96
235134--235163	15	2.0	15	93	0	51	13	0	30	56	1.37
236439--236550	29	3.8	29	93	1	188	41	11	14	32	1.81
239790--239900	48	2.3	48	88	0	177	51	0	2	45	1.21
240897--240949	21	2.5	21	81	6	72	20	24	18	35	1.95
240989--241051	20	3.0	21	79	4	74	22	20	17	39	1.92
241041--241134	20	4.7	20	85	2	134	39	19	21	20	1.93
241033--241134	41	2.5	39	80	7	114	39	18	19	22	1.93
240896--241112	102	2.1	101	79	7	242	30	20	18	30	1.96
241678--241762	19	4.7	19	76	15	81	45	21	22	10	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
241758--241870	19	6.1	19	79	13	128	11	23	19	45	1.83
244163--244210	18	2.7	18	93	0	87	14	12	45	27	1.81
245529--245566	20	1.9	20	94	0	67	52	21	15	10	1.72
245850--245893	22	2.0	22	95	0	79	18	15	45	20	1.85
246080--246152	20	3.7	20	86	0	101	26	16	27	30	1.97
246204--246256	21	2.5	22	81	6	74	33	18	26	20	1.96
247956--247987	3	10.7	3	93	0	55	3	28	0	68	1.04
248262--248287	6	4.3	6	100	0	52	69	0	15	15	1.20
248437--248483	18	2.7	17	81	18	53	76	2	0	21	0.89
248476--248515	3	13.3	3	89	0	62	62	0	5	32	1.17
248527--248562	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
264438--264477	20	2.0	21	90	5	64	55	12	0	32	1.38
270449--270482	18	1.9	18	88	5	52	26	29	26	17	1.98
271299--271328	12	2.5	12	100	0	60	16	33	26	23	1.96
276094--276151	29	2.0	30	86	3	82	36	0	6	56	1.26
276449--276817	20	18.5	20	84	4	431	34	25	18	20	1.96
277499--277545	24	2.0	24	87	8	69	25	14	21	38	1.92
277720--277744	12	2.1	12	100	0	50	72	0	28	0	0.86
280020--280159	52	2.7	52	88	5	167	47	18	20	12	1.81
280020--280113	34	2.8	33	88	6	136	46	20	20	12	1.82
280048--280159	52	2.1	53	96	1	208	48	16	22	13	1.80
280052--280158	19	6.2	17	77	20	91	47	16	22	13	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
280155--280187	11	3.2	11	83	16	52	69	0	12	18	1.18
281083--281139	14	3.7	14	77	20	60	45	22	21	10	1.82
281064--281156	33	2.8	33	93	0	159	47	21	19	11	1.81
281027--281161	19	7.6	19	76	16	119	45	23	18	11	1.82
281157--281285	19	7.3	19	75	17	125	8	17	28	45	1.77
281157--281248	33	2.8	33	93	3	150	7	18	28	45	1.76
281329--281890	92	6.1	93	97	2	1071	46	18	12	22	1.83
283589--283678	14	5.7	14	74	23	81	42	23	25	8	1.83
283581--283694	33	3.5	33	92	0	192	44	22	23	8	1.81
283690--283754	19	3.7	19	74	19	77	10	23	21	44	1.83
283712--283766	14	3.6	14	73	21	56	9	25	23	41	1.83
283695--283766	33	2.2	33	100	0	144	9	23	22	44	1.82
283704--283788	33	2.5	33	90	1	125	10	25	21	42	1.85
283719--283807	20	4.8	20	72	19	75	12	24	19	43	1.85
283887--283957	33	2.2	33	92	0	115	47	18	22	11	1.80
284139--284193	22	2.5	22	81	0	74	20	16	40	23	1.91
284337--284529	20	9.6	20	80	5	210	19	19	25	35	1.96
284337--284529	60	3.2	60	82	0	242	19	19	25	35	1.96
284585--284636	20	2.6	20	96	0	95	21	13	26	38	1.90
285337--285373	16	2.3	16	90	0	56	51	13	16	18	1.76
294789--294822	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
311779--311828	25	2.1	23	82	10	57	30	4	2	64	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
312841--312893	16	3.2	16	71	10	52	28	5	5	60	1.42
316040--316090	22	2.3	22	100	0	102	41	3	3	50	1.39
316954--317003	23	2.0	26	85	11	70	52	0	2	46	1.12
317053--317097	22	2.0	22	86	8	63	57	0	0	42	0.98
318682--318744	3	21.0	3	87	6	92	61	0	0	38	0.96
318881--319169	124	2.4	118	84	6	350	23	17	15	42	1.88
319094--320899	113	16.0	113	91	2	2756	29	18	14	36	1.91
321689--322175	93	5.2	92	92	1	758	33	21	16	28	1.95
323142--323195	7	7.4	7	77	22	58	1	16	0	81	0.78
323145--323192	20	2.5	20	86	3	62	2	14	0	83	0.74
323143--323195	15	3.6	14	85	12	63	1	15	0	83	0.74
334397--334446	23	2.0	26	85	11	70	52	0	2	46	1.12
334496--334540	22	2.0	22	86	8	63	57	0	0	42	0.98
336129--336190	3	20.7	3	83	6	81	59	0	0	40	0.97
336131--336193	12	5.3	12	92	7	103	60	0	0	39	0.97
341205--341252	21	2.3	21	85	0	69	27	14	12	45	1.81
341746--341816	2	35.5	2	100	0	142	49	0	0	50	1.00
343349--343401	3	17.7	3	100	0	106	67	0	0	32	0.91
349751--349833	34	2.4	34	86	4	123	39	16	20	22	1.92
350142--350477	56	6.0	56	90	3	516	36	18	20	25	1.95
353021--353052	16	2.0	16	100	0	64	31	0	31	37	1.58
355214--355255	20	2.3	18	81	18	52	30	14	28	26	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
355108--355343	93	2.5	93	81	8	261	35	15	23	25	1.94
355667--356126	56	8.2	56	89	0	652	36	17	20	25	1.94
356498--356685	83	2.3	81	83	2	216	32	12	25	29	1.92
361187--361231	24	2.0	22	83	16	56	40	15	6	37	1.74
362658--362731	20	3.7	20	85	5	87	24	13	16	45	1.83
366364--366400	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
368581--368645	21	3.2	21	61	12	55	13	26	26	33	1.94
368560--368647	39	2.3	39	100	0	176	13	28	23	34	1.93
382443--382480	19	1.9	19	89	5	58	31	2	7	57	1.41
384445--384554	46	2.4	46	83	10	136	48	7	8	36	1.61

Tables:   1   2   3   4   5   6   7