genome.fa.s8296.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008296.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110963_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1205179

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
777081--777280	2	102.0	2	66	20	84	45	3	3	48	1.33
777129--777164	15	2.4	15	95	0	63	41	2	5	50	1.40
777192--777275	36	2.3	38	85	8	120	45	0	3	51	1.18
782886--782919	12	2.8	12	95	0	59	26	17	20	35	1.95
783961--783993	5	6.6	5	86	13	50	33	3	0	63	1.10
791065--791139	31	2.4	31	81	0	96	18	12	16	53	1.73
796979--797046	31	2.2	31	94	0	118	51	11	13	23	1.73
807930--808027	31	3.2	30	78	8	92	62	8	13	16	1.53
809228--809314	3	29.7	3	80	11	92	60	2	1	35	1.17
809509--809853	131	2.6	131	84	3	444	28	17	28	25	1.98
818338--818387	13	3.6	13	77	15	55	36	0	4	60	1.16
818340--818393	28	1.9	28	88	7	83	35	0	3	61	1.14
818337--818400	28	2.3	27	79	12	76	31	1	3	64	1.19
820889--820937	22	2.3	21	82	6	62	36	4	0	59	1.17
823443--823811	184	2.0	184	100	0	738	22	18	22	35	1.96
826634--826716	23	3.6	23	90	0	121	21	25	13	39	1.90
826731--826786	25	2.3	25	84	3	69	23	26	10	39	1.87
827134--827178	3	15.0	3	100	0	90	33	0	0	66	0.92
827445--827478	15	2.3	15	90	10	52	61	0	8	29	1.26
830417--830576	65	2.5	65	79	7	184	28	18	22	30	1.97
830423--830624	65	3.1	64	74	14	182	27	18	22	31	1.97
839045--839203	65	2.5	65	82	7	191	27	21	22	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
845652--845692	21	2.0	21	100	0	82	17	19	19	43	1.88
845655--845700	21	2.3	20	88	7	67	21	19	19	39	1.93
847534--847644	57	1.9	57	92	0	186	40	26	20	12	1.88
851493--851547	3	18.7	3	78	10	60	34	0	0	65	0.93
851956--852012	24	2.4	25	82	5	64	75	14	10	0	1.05
853767--853824	30	2.0	28	86	6	80	32	3	0	63	1.11
853775--853820	20	2.2	21	88	3	67	30	2	0	67	1.03
853775--853843	21	3.3	20	82	10	68	28	2	1	66	1.14
853785--853833	20	2.4	20	86	10	64	32	2	2	63	1.17
864816--864864	19	2.8	17	84	9	64	36	8	6	48	1.58
865157--865493	114	3.0	114	95	0	593	34	15	19	30	1.93
866459--866862	114	3.5	110	83	9	436	39	13	19	26	1.89
866675--866967	124	2.4	124	85	5	377	42	16	18	22	1.89
867109--867155	3	15.7	3	82	8	60	38	0	0	61	0.96
867109--867155	12	3.9	12	88	0	67	38	0	0	61	0.96
867567--867604	19	2.0	20	94	5	69	76	15	7	0	1.01
868696--868753	25	2.2	28	78	12	68	43	0	1	55	1.10
871479--871552	32	2.3	32	83	0	94	24	20	25	29	1.99
877458--877502	16	2.8	16	86	0	63	24	22	11	42	1.86
877458--877508	16	3.2	15	81	10	57	23	23	13	39	1.91
877780--877829	23	2.1	24	92	3	84	50	0	4	46	1.20
877996--878047	7	7.4	7	82	8	52	17	1	25	55	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
877996--878047	14	3.7	14	84	0	59	17	1	25	55	1.52
877990--878047	21	2.8	21	78	0	62	17	3	25	53	1.59
878509--878561	14	3.8	13	76	11	52	24	0	26	49	1.51
878513--878566	21	2.6	21	84	0	72	22	0	27	50	1.50
878707--878757	7	7.4	7	86	4	77	17	0	39	43	1.49
879910--879943	7	4.9	7	88	0	50	26	0	32	41	1.56
880113--880183	4	17.8	4	100	0	142	25	50	23	0	1.49
880192--880239	4	12.0	4	100	0	96	50	25	0	25	1.50
880398--880473	19	3.9	20	81	6	93	26	26	0	47	1.52
880768--880982	20	10.8	20	80	6	156	39	21	16	22	1.92
880711--880881	60	2.8	59	83	8	220	38	23	16	22	1.93
880970--881080	19	5.7	19	81	6	116	36	20	9	32	1.86
881054--881100	18	2.5	19	82	6	60	29	23	14	31	1.95
881241--881274	16	2.1	16	88	0	50	23	5	5	64	1.38
884676--884828	40	3.9	39	73	13	136	24	20	19	34	1.96
884729--884788	20	3.0	20	87	0	84	20	18	20	41	1.90
884932--884985	28	1.9	28	84	0	72	48	20	0	31	1.50
884882--885038	66	2.2	70	83	14	189	50	18	0	30	1.52
884949--884985	14	2.6	14	100	0	74	48	21	0	29	1.50
886449--886496	21	2.3	21	79	13	62	29	14	35	20	1.93
888670--888696	14	1.9	14	100	0	54	48	22	22	7	1.75
889101--889148	22	2.2	22	92	0	78	18	16	43	20	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
889283--889327	20	2.2	20	92	0	72	22	20	22	35	1.96
889285--889370	20	4.2	20	70	2	64	30	18	20	30	1.97
889568--889631	13	5.1	13	74	12	53	42	1	1	54	1.19
889547--889622	32	2.4	32	82	10	95	43	2	2	51	1.29
889536--889628	32	3.2	30	72	21	83	43	3	2	51	1.29
890130--890180	22	2.3	22	93	0	84	21	15	41	21	1.90
890294--890447	20	7.7	20	79	5	159	19	14	25	40	1.89
890296--890447	60	2.5	60	84	2	207	19	13	25	41	1.88
890533--890580	13	3.5	13	75	10	51	43	4	6	45	1.48
890606--890652	17	2.8	17	78	12	60	46	2	0	51	1.13
892086--892129	15	2.7	16	79	13	54	45	0	0	54	0.99
896065--896106	7	6.0	7	97	0	75	14	40	0	45	1.45
898786--898822	18	2.1	18	89	0	56	32	5	10	51	1.60
898778--898830	24	2.2	24	86	0	70	35	3	13	47	1.61
900206--900283	23	3.3	23	68	10	68	38	5	11	44	1.63
900197--900290	47	2.0	47	95	0	170	37	4	12	45	1.62
900658--900710	2	26.5	2	100	0	106	49	0	0	50	1.00
900868--900900	15	2.1	16	88	5	50	54	24	6	15	1.63
910565--910605	21	2.0	21	90	4	66	21	12	12	53	1.70
911549--911713	34	4.6	34	78	11	127	44	4	8	42	1.54
911547--911807	39	6.9	38	78	12	240	44	4	7	43	1.51
911786--911871	32	2.7	33	80	12	106	39	4	9	46	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
911798--911879	32	2.5	32	88	5	112	39	3	8	48	1.51
911951--912015	4	16.8	4	79	17	59	27	1	0	70	0.96
911957--912021	3	19.7	3	81	12	58	27	1	0	70	0.96
911953--912027	10	7.1	10	78	16	80	26	2	0	70	1.00
911953--912021	13	5.2	13	87	8	95	27	1	0	71	0.95
914205--914465	117	2.2	117	81	1	317	31	17	13	37	1.88
915598--915778	60	3.0	62	80	8	160	40	6	17	35	1.75
915693--915787	31	3.1	31	68	14	81	43	8	14	33	1.76
916046--916087	17	2.5	17	82	14	52	61	2	2	33	1.21
917658--917696	17	2.4	17	86	4	62	33	0	0	66	0.92
917669--917717	24	2.0	25	88	4	73	30	0	0	69	0.89
918730--918785	22	2.7	20	76	15	60	17	1	1	78	0.92
918803--918851	22	2.2	22	89	10	73	26	2	4	67	1.19
928759--928785	14	1.9	14	100	0	54	40	0	0	59	0.98
933068--933106	13	3.0	13	100	0	78	30	23	7	38	1.83
934977--935056	33	2.6	30	84	9	90	17	10	27	45	1.80
935032--935116	33	2.5	33	94	3	143	10	10	38	40	1.74
935686--935726	18	2.4	18	88	8	59	29	31	4	34	1.79
941980--942027	24	2.0	24	100	0	96	37	16	20	25	1.93
945694--945758	3	21.3	3	81	9	78	64	0	4	30	1.14
945698--945758	13	4.4	14	83	12	65	63	0	4	31	1.15
945692--945768	31	2.7	28	84	11	86	64	0	3	31	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
945962--946275	40	7.4	40	73	12	206	23	19	31	25	1.98
945962--946272	129	2.4	129	96	0	559	23	19	31	25	1.98
946122--946282	83	1.9	86	85	7	229	22	19	32	24	1.97
946301--946397	28	3.4	28	80	15	83	46	12	15	25	1.81
946321--946397	28	2.6	28	82	17	95	46	11	15	25	1.80
946399--946588	66	2.9	64	73	7	168	37	14	18	28	1.90
947380--947501	37	3.5	37	66	17	105	43	11	12	32	1.78
947361--947531	68	2.5	68	93	0	290	43	12	12	30	1.80
947485--947548	30	2.1	30	88	5	94	37	15	10	35	1.83
947461--947731	148	1.9	143	92	3	452	40	14	12	32	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7