genome.fa.s8308.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008308.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110998_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1044366

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7851--7977	60	2.1	59	85	1	164	29	17	21	31	1.96
8042--8084	20	2.2	20	91	0	68	18	4	20	55	1.60
8081--8234	45	3.4	45	85	6	213	37	6	22	33	1.80
9973--10049	6	12.8	6	75	5	75	29	2	23	44	1.67
9973--10049	24	3.2	24	88	0	118	29	2	23	44	1.67
9984--10083	24	4.2	24	82	5	112	30	6	21	43	1.76
9984--10083	12	8.3	12	70	15	55	30	6	21	43	1.76
12660--12692	8	4.2	8	88	7	50	87	0	3	9	0.63
19238--19367	60	2.2	59	86	4	172	30	19	23	27	1.98
19429--19471	20	2.2	20	91	0	68	18	4	20	55	1.60
19468--19621	45	3.4	45	88	6	231	38	7	24	30	1.82
19903--19951	22	2.2	22	100	0	98	36	4	10	48	1.56
20013--20038	12	2.2	12	100	0	52	34	7	26	30	1.85
21497--21528	16	2.0	16	93	0	55	46	12	12	28	1.78
28370--28411	19	2.2	20	91	4	68	19	4	21	54	1.62
28408--28561	45	3.4	45	85	2	211	38	5	23	32	1.79
35810--35963	45	3.4	45	88	2	229	38	5	23	32	1.79
38607--39039	134	3.2	132	82	2	508	33	18	17	30	1.94
38799--39216	225	1.9	227	83	3	556	34	19	17	28	1.95
38927--39124	93	2.1	92	83	2	245	35	19	16	28	1.93
39847--39886	17	2.3	17	84	16	55	17	7	0	75	1.03
39850--39901	22	2.3	23	81	18	56	21	7	0	71	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39990--40092	42	2.5	42	78	7	120	33	19	19	27	1.96
47368--47407	20	2.0	20	100	0	80	45	10	15	30	1.78
49699--49729	2	16.0	2	93	6	55	48	0	0	51	1.00
53939--53964	12	2.2	12	100	0	52	34	11	7	46	1.69
55426--55488	21	3.0	21	80	0	72	30	11	7	50	1.66
57947--57978	10	3.2	10	100	0	64	9	9	9	71	1.30
60355--60415	24	2.6	24	86	2	79	27	21	22	27	1.99
60301--60431	23	5.6	24	81	6	144	23	20	24	31	1.98
61334--61367	15	2.3	15	90	5	52	41	2	2	52	1.31
66263--66367	54	2.0	54	82	1	131	48	6	10	34	1.64
66956--67031	15	5.3	15	75	9	77	55	1	1	42	1.16
66958--67027	19	3.5	19	66	21	52	54	1	1	42	1.18
66964--67030	21	3.2	21	64	16	57	58	1	1	38	1.17
66955--67046	42	2.2	42	96	1	168	52	3	2	42	1.30
67304--67367	31	2.0	32	93	3	112	25	20	21	32	1.97
73893--73940	21	2.3	21	100	0	96	50	8	20	20	1.74
78460--78791	131	2.5	130	80	5	362	28	31	15	24	1.96
78986--79025	3	13.7	3	85	15	57	32	0	0	67	0.91
78986--79032	12	4.1	11	83	8	58	31	0	0	68	0.90
80742--81358	302	2.0	301	92	3	1044	25	11	13	48	1.76
84764--85045	106	2.7	106	91	0	438	34	25	17	23	1.96
85794--85873	37	2.2	37	86	0	124	41	16	13	28	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86525--86830	106	3.0	101	81	11	365	21	18	25	34	1.96
87284--87338	22	2.5	22	96	0	101	25	10	27	36	1.89
87929--87975	23	2.2	20	85	11	58	2	10	8	78	1.04
87942--88001	16	3.9	14	83	16	59	1	11	6	80	0.98
87938--87985	19	2.3	20	86	10	62	2	10	6	81	0.95
87953--88001	19	2.6	19	83	3	55	0	12	6	81	0.86
92361--92403	19	2.2	20	80	12	54	69	2	6	20	1.23
92437--92491	20	2.8	20	76	17	62	69	1	7	21	1.23
92577--92648	23	3.2	23	78	17	64	69	0	4	26	1.06
92589--92668	23	3.4	22	79	10	70	66	0	5	28	1.13
92789--92814	13	2.0	13	100	0	52	69	0	7	23	1.14
92902--92957	4	13.8	4	78	10	51	66	3	0	30	1.09
97874--97935	30	2.1	29	82	8	72	19	19	24	37	1.94
102639--102672	17	1.9	18	88	5	52	35	2	0	61	1.11
102795--102821	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
113218--113259	8	5.5	8	97	2	70	80	7	11	0	0.88
113213--113259	16	3.2	15	91	8	71	80	6	12	0	0.88
113308--113358	17	2.9	17	88	8	68	86	0	13	0	0.58
113308--113360	19	2.8	18	83	16	72	84	0	15	0	0.61
113310--113358	12	3.9	12	86	7	71	85	0	14	0	0.59
114441--114808	110	3.4	110	83	3	415	34	23	17	24	1.96
116751--116784	17	1.9	18	88	5	52	32	5	0	61	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
116966--117047	41	2.0	41	86	9	114	14	3	6	75	1.13
117106--117132	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
123450--123500	20	2.5	20	84	6	59	33	17	21	27	1.96
123632--123695	27	2.4	27	100	0	128	54	7	10	26	1.62
124511--124823	155	2.0	156	96	1	583	32	14	21	31	1.93
125790--125820	15	2.1	15	93	0	53	29	41	3	25	1.71
133701--133748	22	2.2	22	88	0	69	20	37	22	18	1.94
133714--133759	22	2.1	22	88	4	67	21	30	28	19	1.98
133684--133772	22	4.1	21	75	5	61	25	29	24	20	1.99
135310--135349	18	2.2	18	86	8	55	52	25	22	0	1.47
135322--135362	18	2.3	18	91	0	64	46	21	29	2	1.64
136034--136066	11	2.8	12	90	4	50	42	15	3	39	1.62
138424--138508	26	3.6	25	72	19	74	21	21	12	44	1.85
138391--138509	46	2.6	46	87	1	168	22	21	10	45	1.82
138587--138755	34	4.7	34	75	18	144	29	24	10	35	1.88
138502--138755	112	2.3	113	88	2	386	29	23	10	36	1.88
138612--138799	79	2.4	78	93	1	313	28	26	11	34	1.90
138612--138826	79	2.8	77	84	8	215	28	25	12	34	1.91
143473--143686	2	107.0	2	83	0	248	45	5	4	44	1.45
145019--145056	18	2.1	18	95	0	67	50	5	7	36	1.54
146862--146894	12	2.6	13	90	4	50	45	6	12	36	1.66
146916--146956	19	2.2	19	86	0	55	65	7	0	26	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
150239--150289	24	2.1	24	100	0	102	29	7	19	43	1.79
153512--153549	18	2.1	18	95	0	67	50	5	7	36	1.54
153852--153971	46	2.6	46	93	0	195	20	21	10	46	1.81
153865--153942	20	3.6	20	67	18	57	21	21	10	46	1.81
153891--153968	26	3.2	25	67	20	67	20	20	10	48	1.78
153953--154366	79	5.3	79	93	0	659	27	23	11	37	1.90
154041--154341	34	7.9	34	69	22	145	27	23	11	37	1.89
154799--154849	19	2.7	19	90	0	75	15	31	19	33	1.93
156584--156652	16	4.4	16	72	1	50	17	10	21	50	1.75
156574--156661	32	2.8	32	78	1	88	19	9	19	52	1.72
167983--168025	21	2.1	20	83	12	52	51	13	6	27	1.67
189561--189599	20	2.0	20	89	0	60	35	10	20	33	1.86
195649--195680	15	2.0	17	88	11	50	9	31	0	59	1.29
197978--198020	19	2.3	19	100	0	86	44	4	16	34	1.68
207058--207118	25	2.4	25	88	2	86	57	3	32	6	1.41
210266--210343	25	3.0	25	84	5	93	53	3	34	7	1.48
218553--218595	22	2.0	22	82	17	54	23	4	39	32	1.75
221614--221660	13	3.6	13	81	13	53	76	6	0	17	0.98
224885--224915	14	2.3	14	94	5	55	9	0	0	90	0.46
225509--225549	19	2.4	17	81	18	50	29	0	9	60	1.28
226151--226191	21	2.0	21	85	0	55	17	4	9	68	1.35
228710--228749	21	1.9	21	94	0	71	32	30	15	22	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
228774--228812	19	2.1	19	95	0	69	20	33	15	30	1.94
228731--228854	64	1.9	64	83	6	162	33	21	15	29	1.94
228792--228902	45	2.5	44	78	11	136	28	24	15	31	1.95
228871--228919	19	2.6	19	84	9	57	24	30	18	26	1.98
237328--237367	21	1.9	21	89	0	62	32	30	12	25	1.92
237351--237473	64	1.9	64	85	5	167	31	21	16	30	1.95
239381--239423	19	2.2	19	84	16	52	23	2	13	60	1.45
239909--240003	37	2.5	38	82	3	129	43	24	16	15	1.87
239909--240016	37	2.9	38	77	9	123	41	24	18	15	1.89
240073--240318	74	3.3	74	76	2	244	35	20	21	22	1.96

Tables:   1   2   3   4   5