genome.fa.s8308.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008308.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110998_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1044366

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
694254--694350	21	4.6	21	89	3	142	45	10	40	4	1.57
694903--695007	44	2.4	44	82	6	115	25	22	17	34	1.96
705741--705788	24	2.0	24	100	0	96	12	45	16	25	1.82
707630--707677	22	2.1	23	88	11	73	43	0	0	56	0.99
720415--720923	105	4.8	105	96	0	928	32	25	18	22	1.97
721302--721343	20	2.1	20	90	0	66	26	23	16	33	1.96
721555--721602	22	2.1	23	88	11	73	43	0	0	56	0.99
732345--732373	2	15.0	2	92	7	51	48	0	0	51	1.00
732345--732379	12	3.2	11	92	8	54	45	0	0	54	0.99
732935--733049	58	1.9	58	85	3	158	38	13	13	33	1.85
733171--733214	20	2.2	20	91	0	70	34	25	29	11	1.91
734731--734792	31	1.9	33	87	6	92	37	12	4	45	1.64
738193--738238	12	3.6	12	81	16	56	45	17	19	17	1.85
738199--738239	12	3.1	13	80	19	57	46	14	17	21	1.84
740465--740505	21	2.0	21	95	0	73	31	14	4	48	1.65
745277--745319	22	2.0	22	90	4	70	67	0	0	32	0.91
748318--748368	25	2.0	25	85	7	68	31	3	0	64	1.11
748678--748752	32	2.5	32	85	8	86	56	2	5	36	1.36
748678--748746	30	2.2	33	80	12	83	56	2	5	34	1.38
748694--748752	32	1.9	30	93	6	100	57	1	5	35	1.31
750919--750997	3	26.7	3	89	2	124	35	2	0	62	1.09
750993--751031	9	3.8	10	84	15	53	56	2	0	41	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
751117--751153	16	2.4	16	95	4	67	8	56	18	16	1.64
753008--753080	13	5.6	13	75	16	55	35	2	1	60	1.20
753026--753057	17	1.9	17	93	6	57	34	3	0	62	1.11
756378--756407	11	2.7	11	100	0	60	30	20	6	43	1.77
763740--763829	1	90.0	1	86	0	126	93	0	6	0	0.35
764963--765300	83	4.1	83	98	0	642	27	13	21	37	1.91
765213--765468	105	2.4	105	100	0	512	30	12	22	35	1.91
766185--766629	113	3.9	113	88	3	633	37	12	19	30	1.89
766957--767033	3	25.7	3	89	0	118	36	2	0	61	1.10
766948--767033	12	6.9	12	84	7	100	38	2	0	59	1.10
767029--767067	9	3.8	10	84	15	53	56	2	0	41	1.13
766964--767042	15	5.5	14	80	11	81	39	2	0	58	1.12
770691--770760	34	2.1	33	86	5	97	24	28	15	31	1.96
771105--771153	21	2.3	21	92	0	80	16	22	46	14	1.82
773306--773375	34	2.1	33	86	5	97	24	28	15	31	1.96
775951--775983	12	2.6	13	90	4	50	51	0	0	48	1.00
782131--782279	81	1.8	81	92	2	255	27	22	14	34	1.94
784308--784371	17	3.8	17	76	0	56	43	14	12	29	1.81
795103--795154	22	2.3	22	86	6	68	46	1	0	51	1.12
798418--798623	109	1.9	109	80	4	245	40	14	13	32	1.84
799089--799137	22	2.2	22	85	0	62	38	18	0	42	1.50
807871--807908	20	1.9	20	94	0	67	28	15	26	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
808413--808530	19	6.0	19	70	20	82	36	14	16	33	1.89
808436--808503	21	3.3	20	72	15	68	33	11	19	35	1.88
808425--808525	40	2.5	39	90	6	157	34	14	16	33	1.90
811857--811892	17	2.1	17	100	0	72	33	30	5	30	1.81
815422--815478	30	1.9	30	100	0	114	22	33	3	40	1.71
819542--819591	21	2.3	21	79	3	55	72	10	2	16	1.21
819530--819615	33	2.6	34	87	5	122	68	13	2	15	1.31
819636--819669	14	2.4	14	90	9	52	70	5	2	20	1.21
819925--819968	3	14.7	3	95	0	79	31	36	0	31	1.58
822223--822267	21	2.1	21	83	0	54	46	8	15	28	1.76
823983--824039	2	28.5	2	96	0	105	50	0	1	47	1.11
824106--824178	35	2.1	35	84	0	92	35	24	27	12	1.91
824256--824346	24	3.8	24	80	8	105	37	18	16	27	1.92
824256--824346	47	1.9	48	86	2	130	37	18	16	27	1.92
826845--826949	50	2.1	50	94	1	185	26	25	29	18	1.98
835944--835977	17	1.9	18	94	5	61	41	5	0	52	1.25
836488--836530	22	2.0	22	81	9	52	48	6	0	44	1.29
851270--851323	19	2.9	19	71	17	51	64	1	9	24	1.32
851644--851674	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
851720--851768	8	5.7	9	83	13	50	61	4	0	34	1.15
851713--851771	26	2.3	27	80	11	70	61	3	0	35	1.13
852162--852253	37	2.5	36	75	8	87	31	14	13	41	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
853013--854288	106	12.0	106	91	0	1917	22	18	24	34	1.96
855860--855922	18	3.5	18	81	10	67	3	11	3	82	0.90
859219--859246	4	7.0	4	100	0	56	75	0	0	25	0.81
860310--860381	27	2.7	27	78	12	76	62	1	2	33	1.18
860552--860580	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
860549--860599	10	5.4	9	79	11	50	58	0	1	39	1.09
861613--861641	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
864205--864513	85	3.6	85	87	2	408	30	19	16	33	1.94
864290--864425	40	3.3	40	65	13	103	30	19	16	33	1.94
864573--864662	2	46.5	2	82	6	114	56	0	0	43	0.99
870514--870560	15	3.1	15	87	0	67	8	17	14	59	1.59
876466--876625	65	2.5	65	84	7	193	28	15	23	32	1.95
876636--876673	20	1.9	20	94	0	67	18	15	34	31	1.92
885147--885262	56	2.1	55	82	7	137	25	18	21	34	1.96
885290--885327	20	1.9	20	94	0	67	13	15	34	36	1.87
891663--891695	13	2.5	13	90	9	50	72	3	15	9	1.21
891914--891950	20	1.9	19	89	10	58	45	10	24	18	1.81
899723--899751	11	2.7	11	94	5	51	10	34	0	55	1.34
900396--900447	20	2.6	20	96	0	95	28	17	28	25	1.97
901789--901867	36	2.2	36	95	0	140	16	39	12	31	1.86
904905--904974	19	3.6	19	81	7	70	38	28	7	25	1.82
904941--904996	19	2.9	19	86	5	78	30	23	10	35	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
904942--905004	19	3.4	19	86	4	76	30	23	11	34	1.90
906810--907036	116	1.9	117	95	0	411	30	14	9	46	1.75
913764--913813	17	2.9	17	87	0	73	38	14	6	42	1.70
920071--920120	17	2.9	17	87	0	73	38	14	6	42	1.70
926156--926193	20	1.9	20	94	0	67	31	31	15	21	1.94
926156--926364	65	3.2	63	75	9	165	33	22	16	28	1.95
928307--928346	21	1.9	21	85	10	55	52	0	10	37	1.35
934650--934715	18	3.6	17	80	10	69	33	27	13	25	1.94
934706--934827	64	1.9	64	86	8	176	31	19	18	30	1.96
934668--934827	65	2.5	65	81	5	182	31	21	17	29	1.96
943502--943561	23	2.6	23	81	0	75	41	6	16	35	1.75
943589--943648	23	2.6	23	83	0	66	40	6	18	35	1.77
943489--943723	87	2.7	87	91	0	362	42	8	14	34	1.77
943676--943723	23	2.1	23	84	0	60	39	10	14	35	1.80
943729--944403	197	3.4	199	86	4	900	31	15	13	39	1.86
944504--944597	30	3.2	30	79	11	81	50	1	1	47	1.15
944515--944601	14	6.2	14	69	9	52	47	1	1	50	1.16
944529--944597	28	2.5	28	74	6	70	49	1	1	47	1.19
944978--945135	21	7.8	20	72	7	86	38	25	17	18	1.92
945102--945351	20	12.5	20	86	1	259	37	24	18	19	1.94
946034--946080	24	2.0	24	87	8	69	25	14	21	38	1.92
946255--946279	12	2.1	12	100	0	50	72	0	28	0	0.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
948613--948710	19	5.4	19	83	13	134	14	22	16	46	1.82
948594--948710	53	2.2	53	96	1	218	13	23	17	45	1.84
948787--948841	14	3.6	14	73	21	56	45	20	23	10	1.82
948769--948860	33	2.8	33	98	1	175	44	18	23	13	1.85
948801--948917	52	2.2	52	95	0	207	44	17	21	16	1.87
948924--949023	19	5.5	19	84	12	147	15	23	17	45	1.85
948907--949023	53	2.2	53	95	1	209	14	24	17	43	1.86
949129--949165	14	2.6	14	91	0	65	45	21	0	32	1.52
951143--951199	14	3.7	14	77	20	60	45	22	21	10	1.82
951124--951216	33	2.8	33	95	0	168	47	21	20	10	1.80

Tables:   1   2   3   4   5