genome.fa.s8372.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008372.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111128_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1214897

Tables:   1   2   3   4   5   6   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
603--645	20	2.1	21	86	4	61	30	20	18	30	1.97
5161--5588	214	2.0	211	90	2	669	30	17	13	38	1.89
17503--17555	20	2.7	20	84	0	61	37	28	7	26	1.83
17574--17655	21	3.9	21	96	3	148	19	14	18	47	1.82
17680--17840	40	4.0	42	73	15	117	39	19	18	23	1.92
17705--17852	20	7.4	20	79	8	149	39	19	17	23	1.92
17676--17852	60	3.0	60	77	9	180	39	18	17	24	1.92
18349--18403	20	2.8	19	78	8	65	18	16	20	45	1.86
20480--20576	21	4.7	21	72	11	74	24	31	19	23	1.98
21941--22079	65	2.2	62	88	6	201	30	0	17	51	1.51
22380--22462	39	2.1	39	95	0	148	16	15	21	45	1.85
22770--22833	24	2.7	25	80	9	71	50	10	3	35	1.54
23598--23633	18	2.0	18	94	0	63	16	2	25	55	1.55
25902--25948	24	2.0	24	95	0	85	34	17	21	27	1.95
25906--25957	24	2.2	24	85	0	68	36	19	19	25	1.95
26820--27011	20	9.6	20	68	16	103	25	14	25	34	1.93
31357--31389	16	2.1	16	88	5	50	66	12	6	15	1.42
36036--36079	23	1.9	23	90	0	70	15	27	27	29	1.96
46723--46754	5	6.4	5	96	0	55	56	0	3	40	1.15
47658--47726	23	3.0	23	95	0	120	20	17	36	26	1.94
51458--51524	18	3.7	18	91	0	107	17	25	31	25	1.97
54781--54869	31	2.8	31	91	5	135	23	21	21	33	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54871--54907	18	2.1	18	89	0	56	18	18	29	32	1.96
56449--56518	20	3.5	20	86	0	86	21	28	20	30	1.98
60989--61092	36	2.9	36	98	0	199	28	41	10	19	1.84
63986--64058	20	3.7	20	90	0	119	17	28	23	30	1.97
64924--64968	23	2.0	23	81	0	54	60	0	2	37	1.09
65274--65325	26	2.0	26	100	0	104	42	15	15	26	1.87
65499--65707	83	2.5	82	81	6	251	30	16	16	36	1.91
67280--67822	271	2.0	271	95	0	989	27	6	27	38	1.82
73194--73264	20	3.3	20	80	17	81	35	25	14	25	1.93
73250--73303	20	2.7	20	80	5	65	35	22	11	31	1.89
73359--73399	20	2.0	20	90	0	64	29	17	14	39	1.89
73302--73464	77	2.1	77	91	0	263	28	14	19	37	1.91
76146--76188	21	2.0	21	86	0	59	30	27	25	16	1.97
76215--76252	20	1.9	20	88	0	58	23	34	31	10	1.89
80970--81012	21	2.0	21	81	0	50	30	25	25	18	1.98
81039--81076	20	1.9	20	88	0	58	23	34	31	10	1.89
87080--87122	21	2.0	21	86	0	59	30	27	25	16	1.97
92603--92654	2	26.0	2	100	0	104	50	0	0	50	1.00
93529--93561	13	2.5	13	90	9	50	36	18	3	42	1.66
93631--93677	17	2.8	17	77	9	51	44	2	0	53	1.12
96670--96733	30	2.1	30	85	0	83	34	28	18	18	1.95
97413--97568	64	2.5	64	89	1	224	28	19	19	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99803--99834	16	2.0	17	88	11	50	34	6	3	56	1.40
101149--101183	14	2.5	14	100	0	70	22	25	14	37	1.92
103727--103771	23	2.0	23	86	0	63	31	17	11	40	1.85
105151--105247	31	3.2	31	68	24	80	32	21	6	39	1.78
105092--105274	60	3.0	60	82	6	203	33	22	5	38	1.78
105468--105580	59	1.9	59	81	0	136	42	6	19	31	1.76
107652--107708	10	5.9	9	82	13	60	17	26	24	31	1.97
107673--107735	19	3.3	19	76	14	76	12	28	31	26	1.93
107673--107741	9	7.3	9	75	14	59	13	31	30	24	1.93
107653--107735	38	2.2	38	87	10	116	14	27	28	28	1.95
107736--107817	5	15.2	5	73	14	65	18	50	21	9	1.76
107736--107824	22	4.0	22	95	0	160	17	48	22	11	1.79
108707--108783	31	2.5	31	82	2	100	14	25	31	28	1.95
108707--108830	63	2.0	63	82	6	153	16	27	29	26	1.97
114216--114332	9	12.7	9	72	14	87	14	26	29	29	1.95
114223--114272	25	2.0	25	100	0	100	16	32	24	28	1.96
114216--114333	19	6.4	19	74	14	95	14	27	29	28	1.95
115128--115204	31	2.5	31	82	2	100	14	25	31	28	1.95
115128--115251	63	2.0	63	82	6	153	16	27	29	26	1.97
122442--122536	41	2.3	43	80	7	106	29	15	23	31	1.95
122552--122683	41	3.2	41	66	10	115	34	18	20	25	1.96
122501--122722	83	2.7	83	82	1	248	34	19	21	24	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
123441--123480	21	1.9	21	100	0	80	32	15	15	37	1.88
129662--129738	21	3.7	21	85	0	100	38	19	40	1	1.60
129670--129762	21	4.4	21	82	4	89	38	18	40	2	1.62
130186--130281	43	2.2	43	83	7	115	27	21	20	30	1.98
130347--130406	15	3.9	15	77	14	59	10	16	26	46	1.78
133322--133686	92	4.0	91	81	9	365	22	21	22	33	1.97
133322--133651	89	3.7	89	84	4	342	22	21	23	32	1.98
142127--142151	13	1.9	13	100	0	50	16	12	0	72	1.13
148358--148400	19	2.3	19	88	4	61	23	27	9	39	1.85
148759--148783	2	12.5	2	100	0	50	0	48	0	52	1.00
149234--149271	20	1.9	20	88	0	58	26	28	28	15	1.96
154405--154481	26	3.0	25	79	9	77	51	2	3	41	1.34
155496--155815	160	2.0	160	100	0	640	34	16	18	30	1.93
157621--157675	23	2.4	23	90	0	83	29	10	34	25	1.90
157634--157682	23	2.1	23	88	0	71	22	16	38	22	1.92
157642--157691	23	2.2	23	81	0	55	22	16	46	16	1.84
159078--159151	37	2.0	36	84	7	96	48	4	0	47	1.20
165778--165808	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
180777--180820	21	2.2	20	83	4	52	52	2	4	40	1.34
180796--181136	181	1.9	180	90	5	553	41	3	8	45	1.53
181142--181175	9	3.7	9	96	4	59	23	8	17	50	1.74
181889--181932	17	2.7	17	82	6	56	47	2	0	50	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
184392--184432	18	2.2	18	86	4	55	60	7	0	31	1.24
186235--186392	64	2.5	64	80	5	165	33	19	24	22	1.97
186380--186437	20	2.7	20	81	10	62	29	20	24	25	1.99
187598--187670	22	3.5	20	71	18	58	30	9	19	41	1.83
187980--188047	23	3.0	23	80	0	82	20	25	25	29	1.99
190248--190569	160	2.0	161	99	0	637	31	18	11	38	1.87
194168--194247	42	1.9	42	92	0	133	22	16	31	30	1.96
197576--197704	53	2.4	53	96	0	231	35	20	9	34	1.85
197598--197688	31	3.2	31	62	26	83	37	17	8	36	1.81
198002--198048	23	2.0	23	87	0	67	34	2	8	55	1.42
198061--198107	25	2.0	23	83	8	58	29	4	12	53	1.58
198342--198397	18	3.1	18	81	2	67	64	1	1	32	1.14
198761--198804	23	1.9	23	100	0	88	20	9	9	61	1.53
198763--198812	23	2.2	23	92	0	82	20	6	10	64	1.45
199581--199849	70	3.8	70	77	9	253	27	23	16	31	1.96
199584--199854	139	1.9	141	82	5	336	28	23	15	32	1.95
200151--200299	76	2.0	76	83	0	190	41	19	10	28	1.84
200186--200431	123	2.0	123	100	0	492	41	19	8	30	1.80
200838--200898	23	2.6	24	84	7	72	54	0	1	44	1.10
202272--202327	3	19.0	3	96	3	105	66	0	0	33	0.92
202596--203684	113	9.6	113	92	2	1571	28	18	14	38	1.90
202596--203684	569	1.9	561	88	3	1628	28	18	14	38	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
205607--205673	35	1.9	35	87	6	100	32	23	11	31	1.91
205984--206031	24	2.0	24	100	0	96	20	12	29	37	1.90
208433--208488	11	5.1	11	81	12	62	0	16	1	82	0.76
208442--208488	17	2.8	16	84	9	58	0	12	2	85	0.70
208461--208487	14	1.9	14	100	0	54	0	18	0	81	0.69
210778--210813	12	3.0	12	91	0	54	63	13	8	13	1.50
212849--212902	27	2.0	27	89	3	83	51	0	0	48	1.00
212866--213085	116	1.9	117	81	10	274	45	7	6	39	1.59
213121--213169	20	2.5	19	80	9	53	53	0	2	44	1.12
214366--214392	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6