genome.fa.s8372.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008372.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111128_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1214897

Tables:   1   2   3   4   5   6   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
214361--214423	6	9.5	6	89	6	63	58	0	0	41	0.98
214361--214431	12	5.5	13	82	17	78	60	0	0	39	0.97
214361--214431	18	4.2	18	77	21	64	60	0	0	39	0.97
214461--214604	76	1.9	76	88	0	216	40	20	9	29	1.83
214461--214634	76	2.3	76	84	2	215	40	20	8	30	1.82
215955--216018	23	2.9	22	79	6	76	25	23	25	26	2.00
215955--216017	21	2.9	22	80	4	74	23	23	25	26	2.00
231158--231240	32	2.7	30	76	9	94	40	6	24	28	1.78
234897--235057	70	2.3	70	82	2	198	26	26	16	31	1.96
235373--235614	76	3.2	75	82	4	281	40	21	10	28	1.86
235484--235665	25	7.2	25	73	9	118	40	23	7	29	1.81
235477--235741	126	2.1	126	86	2	361	40	22	7	29	1.82
235553--235665	50	2.2	50	88	1	163	41	21	7	30	1.79
235554--235773	76	2.9	76	86	2	246	41	20	7	30	1.79
235581--235741	25	6.4	25	71	8	112	42	21	6	30	1.77
235401--235774	202	1.9	202	86	2	545	39	21	8	29	1.83
235606--235773	76	2.2	76	91	0	264	42	20	6	30	1.78
236026--236066	22	1.9	21	90	5	64	70	7	0	21	1.11
241447--241488	17	2.5	16	78	21	50	59	0	2	38	1.10
241771--241815	21	2.2	21	84	4	56	62	4	4	28	1.34
244071--244124	2	27.0	2	96	0	99	50	1	0	48	1.11
244372--244459	18	4.9	18	88	0	131	26	31	22	19	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
245055--245092	20	1.9	20	100	0	76	23	23	21	31	1.98
245057--245112	20	2.6	20	86	11	67	26	25	17	30	1.97
246409--246502	20	4.3	20	71	21	55	19	26	11	42	1.85
246381--246482	47	2.2	47	87	0	141	19	24	13	42	1.88
246402--246682	67	4.2	66	76	15	272	21	23	11	44	1.84
246436--246705	86	3.0	86	81	8	310	22	20	11	45	1.82
246530--246574	20	2.2	21	92	4	74	15	26	13	44	1.83
246542--246588	20	2.3	20	88	0	67	19	25	8	46	1.77
246551--246696	47	3.1	46	87	4	204	22	21	9	46	1.80
246779--246805	2	13.5	2	100	0	54	51	48	0	0	1.00
247119--247175	22	2.7	21	82	12	71	24	22	19	33	1.97
247162--247341	95	1.9	95	85	4	247	25	27	17	29	1.97
247214--247288	20	3.7	21	78	16	70	22	32	17	28	1.96
247138--247361	95	2.4	95	77	6	238	26	25	17	30	1.97
255049--255078	15	2.0	15	93	0	51	36	13	43	6	1.70
272558--272628	18	3.9	18	88	0	115	25	32	22	19	1.98
272790--272829	2	20.5	2	94	5	73	50	0	0	50	1.00
274622--274700	25	3.2	26	81	12	78	75	6	3	13	1.13
274624--274676	23	2.2	25	86	6	74	77	5	5	11	1.11
274640--274737	19	4.8	19	75	16	74	75	7	2	15	1.11
274991--275040	15	3.4	14	79	17	57	58	2	2	38	1.21
276111--276157	2	24.5	2	79	16	55	48	0	4	46	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
278217--278255	14	2.8	13	81	11	51	0	20	2	76	0.90
278212--278264	22	2.5	20	77	11	61	3	15	1	79	0.96
278302--278338	16	2.2	17	90	4	58	0	16	0	83	0.64
288759--288824	29	2.1	30	78	13	71	75	3	6	15	1.11
288789--288832	17	2.4	19	88	11	65	75	4	2	18	1.09
288777--288848	24	3.1	24	79	13	80	76	5	1	16	1.05
288875--288924	12	4.2	12	76	16	50	76	6	0	18	0.99
288786--288924	17	8.3	17	66	25	64	74	6	2	17	1.13
291948--292031	35	2.4	35	97	0	159	45	15	22	16	1.85
292637--292674	18	2.1	19	90	5	60	23	10	36	28	1.88
298404--298464	21	3.2	21	65	29	64	31	4	21	42	1.74
298396--298514	35	3.3	37	88	8	174	31	5	19	43	1.72
298922--298954	16	2.1	16	94	0	57	33	6	27	33	1.81
302965--303084	35	3.3	35	88	6	170	31	5	19	44	1.72
303562--303599	18	2.1	18	90	0	58	21	10	36	31	1.87
309740--309783	18	2.6	17	83	13	56	34	40	9	15	1.79
312298--312329	16	2.0	16	93	0	55	34	25	9	31	1.87
311713--312649	357	2.6	356	92	1	1527	27	16	18	36	1.93
312751--313607	357	2.3	368	91	4	1414	26	16	19	37	1.93
313443--313491	23	2.1	23	100	0	98	30	24	12	32	1.92
313822--313919	48	2.0	49	94	4	171	54	2	33	10	1.46
314247--314292	13	3.8	12	81	16	51	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
315623--315693	37	1.9	37	97	0	133	36	7	9	46	1.64
319396--319433	20	2.0	20	84	5	51	5	28	13	52	1.61
330335--330374	21	1.9	22	90	10	66	12	10	40	37	1.77
330571--330620	21	2.4	21	96	0	91	20	18	42	20	1.90
330851--330890	21	1.9	21	85	10	55	50	7	10	32	1.64
332034--332079	23	2.0	24	83	12	60	41	8	6	43	1.61
333390--333485	21	4.5	21	75	8	79	22	17	35	23	1.95
333432--333485	21	2.6	21	93	0	90	20	14	42	22	1.88
336049--336138	23	4.0	23	80	11	114	20	18	26	34	1.96
336046--336134	44	2.0	44	86	8	126	20	20	26	32	1.97
335967--336131	21	7.7	21	73	5	125	23	17	24	34	1.96
338373--338427	20	2.7	21	77	5	58	40	16	23	20	1.91
338416--338529	20	5.7	20	81	6	122	31	24	18	25	1.97
338413--338529	61	1.9	61	87	0	171	33	23	17	24	1.97
339047--339113	19	3.5	19	85	2	89	47	25	16	10	1.78
339109--339274	20	9.1	19	70	16	109	13	22	21	42	1.88
339162--339249	33	2.6	33	90	1	131	12	25	23	38	1.90
342732--342767	14	2.6	14	95	0	63	30	0	25	44	1.54
342946--343096	19	8.7	19	64	21	80	16	21	19	41	1.90
342950--343076	33	3.8	33	87	8	195	16	22	18	42	1.89
342943--343075	66	2.0	66	95	0	239	18	21	18	41	1.90
345369--345393	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
345580--345626	24	2.0	24	91	0	76	34	17	19	29	1.94
345584--345635	24	2.2	24	82	0	59	36	19	17	26	1.94
346545--346602	20	2.9	20	89	0	89	41	20	20	17	1.90
346625--346698	19	4.5	16	83	16	66	13	20	18	47	1.82
346621--346688	19	3.8	19	87	12	101	13	22	17	47	1.82
346805--346841	14	2.6	14	86	0	56	48	21	0	29	1.50
348712--348778	19	3.5	19	83	4	89	37	23	23	14	1.93
348767--348824	14	3.9	14	79	16	71	48	25	17	8	1.75
348751--348829	32	2.4	33	95	2	142	46	24	18	10	1.80
348858--348915	14	3.9	14	79	16	71	10	17	24	48	1.78
348841--348931	32	2.8	33	93	3	157	12	17	21	48	1.80
348917--348959	20	2.2	20	87	4	61	18	23	20	37	1.94
348925--348970	20	2.3	20	88	0	65	15	21	26	36	1.93
349452--349496	18	2.5	18	88	0	72	13	15	44	26	1.83
350816--350853	20	1.9	20	88	0	58	50	21	15	13	1.78
351117--351160	22	2.0	22	90	0	70	18	13	45	22	1.84
351348--351441	20	4.7	20	80	2	89	23	18	24	34	1.96
351328--351442	20	5.7	20	78	5	88	23	17	23	35	1.95
351431--351523	20	4.5	21	78	4	100	17	24	18	39	1.91
351370--351504	41	3.3	41	82	4	139	19	21	20	38	1.94
351431--351523	41	2.3	41	100	0	186	17	24	18	39	1.91
354873--354904	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
355985--356048	3	21.3	3	96	0	119	31	0	1	67	1.00
363768--363818	19	2.6	19	81	3	57	33	29	13	23	1.93
363770--363818	20	2.6	19	80	6	55	32	28	14	24	1.94
363852--364042	60	3.2	59	81	10	219	39	23	17	19	1.92
363872--364120	60	4.2	60	78	11	233	38	23	14	22	1.92
364046--364137	19	4.7	19	84	8	105	35	21	9	32	1.86
363786--364138	20	17.7	20	73	14	178	37	23	14	24	1.92
364917--364950	12	2.8	12	90	0	50	55	29	0	14	1.40
365076--365129	24	2.2	24	86	0	72	24	16	18	40	1.90
369222--369293	21	3.4	21	79	7	83	20	22	37	19	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6