genome.fa.s8372.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008372.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111128_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1214897

Tables:   1   2   3   4   5   6   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
602832--602874	6	7.2	6	100	0	86	16	0	16	67	1.24
603090--603131	3	14.0	3	100	0	84	33	0	0	66	0.92
607352--607388	12	3.0	13	84	11	51	29	0	0	70	0.88
607351--607390	19	2.2	17	86	8	53	27	0	0	72	0.85
607739--607796	26	2.2	26	87	6	82	46	0	0	53	1.00
609132--609179	24	2.0	24	91	0	78	33	6	18	41	1.76
613869--613977	40	2.7	40	75	10	123	22	22	17	37	1.94
614151--614184	12	2.8	12	90	0	59	32	20	26	20	1.97
615282--615327	21	2.2	20	88	3	65	36	17	6	39	1.76
617050--617132	3	27.7	3	72	13	64	57	1	3	37	1.24
617049--617135	19	4.9	18	77	19	87	56	1	4	37	1.28
617597--617663	3	22.7	3	71	14	50	56	1	4	37	1.29
617600--617666	25	2.8	23	76	24	68	55	1	4	38	1.29
619219--619332	60	1.9	60	82	7	142	41	11	13	34	1.80
626656--626688	17	1.9	17	100	0	66	0	57	0	42	0.98
627493--627624	23	5.7	23	89	0	183	39	12	16	31	1.87
636739--638670	4	488.8	4	90	2	2929	20	0	29	49	1.51
645333--645391	19	3.3	19	70	29	65	18	28	33	18	1.95
645342--645405	20	3.5	20	70	27	68	15	34	26	23	1.95
645336--645404	35	2.0	35	97	0	129	18	31	27	21	1.97
651422--651489	35	1.9	36	90	3	111	22	33	23	20	1.97
661364--661395	2	16.0	2	100	0	64	50	0	50	0	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
661764--661816	25	2.1	26	82	10	65	67	1	5	24	1.22
663012--663076	32	2.1	32	82	2	78	36	15	16	30	1.90
663024--663094	32	2.3	31	82	4	90	35	14	16	33	1.89
667873--667906	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
674471--674507	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
680354--680384	15	2.1	15	100	0	62	32	12	12	41	1.81
688093--688172	40	2.0	40	100	0	160	22	30	10	37	1.87
691250--691378	66	2.0	65	96	1	240	33	24	4	37	1.76
691249--691352	29	3.3	29	65	23	75	33	23	3	39	1.73
691235--691402	66	2.7	60	82	15	207	33	22	5	38	1.77
691531--691622	29	3.1	29	72	20	82	36	5	25	32	1.79
691531--691684	60	2.6	60	88	2	220	38	4	24	32	1.75
696381--696764	195	2.0	195	87	0	552	28	20	25	25	1.99
697606--697713	55	2.0	55	86	0	153	33	22	17	26	1.96
697963--698001	17	2.3	17	86	8	53	43	5	12	38	1.65
698813--698853	21	2.0	22	90	9	68	53	0	19	26	1.45
704295--704344	21	2.3	21	82	3	55	32	8	4	56	1.47
706606--706797	29	6.6	29	86	3	235	31	9	9	48	1.69
706551--706797	58	4.3	58	83	6	252	31	8	9	49	1.66
712004--712497	2	247.5	2	99	0	963	0	0	49	50	1.03
712495--713759	4	316.2	4	100	0	2530	24	0	24	50	1.50
722261--722308	7	6.4	7	81	9	51	27	2	4	66	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
722414--722444	14	2.2	14	94	0	53	32	0	6	61	1.21
724398--724489	33	2.8	34	78	15	88	40	8	39	11	1.73
725298--725361	32	2.0	32	100	0	128	18	6	18	56	1.62
726322--726750	83	5.2	82	84	2	491	29	19	17	33	1.94
726322--726750	165	2.6	165	83	3	529	29	19	17	33	1.94
727627--727988	189	1.9	189	91	1	591	32	15	20	31	1.94
730023--730173	71	2.1	71	92	0	257	43	24	0	31	1.59
734081--734130	25	2.0	24	85	11	66	34	4	0	62	1.14
738481--738513	15	2.2	15	94	0	57	45	15	9	30	1.77
743181--743447	4	68.2	4	79	7	208	43	0	56	0	1.04
743181--743447	6	45.5	6	78	7	208	43	0	56	0	1.04
743181--743447	10	27.3	10	77	7	208	43	0	56	0	1.04
746546--746598	18	2.9	18	81	13	63	33	1	7	56	1.38
752297--752343	18	2.6	18	90	6	60	40	4	29	25	1.75
752313--752377	17	3.8	17	93	2	103	33	9	30	26	1.88
752784--753293	232	2.2	231	86	7	687	41	19	10	28	1.85
753186--753265	36	2.2	36	82	8	92	37	37	12	12	1.81
760149--760233	31	2.7	32	78	7	84	42	0	37	20	1.52
765493--765533	18	2.2	19	83	12	50	41	0	14	43	1.45
766435--766478	2	22.5	2	95	4	81	52	0	0	47	1.00
772676--772715	18	2.2	18	90	0	62	25	22	30	22	1.99
774716--774750	18	1.9	18	88	0	52	22	42	5	28	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
780008--780047	21	1.9	21	94	0	71	22	25	25	27	2.00
788188--788215	12	2.3	12	100	0	56	57	0	0	42	0.99
788905--788956	20	2.6	20	96	0	95	38	26	13	21	1.90
788946--789044	21	4.8	20	72	6	72	36	23	19	21	1.95
789011--789204	20	9.6	20	81	5	221	35	25	19	19	1.95
789011--789204	60	3.2	60	83	0	253	35	25	19	19	1.95
789586--789656	33	2.2	33	92	0	115	11	22	18	47	1.80
789777--789831	14	3.6	14	73	21	56	40	23	27	9	1.85
789777--789847	33	2.2	33	92	0	115	42	25	23	8	1.82
789843--789940	19	5.7	19	70	22	81	10	24	22	42	1.84
789865--789954	14	5.7	14	74	23	81	8	25	23	42	1.83
789848--789962	33	3.5	33	95	0	212	9	24	20	45	1.81
791657--792034	184	2.0	186	97	1	726	22	12	18	46	1.83
791657--792034	93	4.1	93	97	1	726	22	12	18	46	1.83
792078--792206	19	7.3	19	75	17	125	45	28	17	8	1.77
792114--792206	33	2.8	32	91	4	150	46	27	18	7	1.76
792078--792206	52	2.5	52	74	14	140	45	28	17	8	1.77
792202--792336	19	7.6	19	75	16	128	11	19	23	45	1.82
792224--792280	14	3.7	14	77	20	60	10	21	22	45	1.82
792207--792299	33	2.8	33	95	0	168	10	20	21	47	1.80
794149--794221	38	1.9	38	97	0	137	28	1	16	53	1.51
794144--794208	19	3.4	19	64	8	51	24	1	15	58	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
794203--794238	14	2.6	14	95	0	63	33	0	22	44	1.53
794345--794446	19	5.6	19	84	13	151	44	17	23	14	1.86
794475--794781	19	17.4	19	78	16	349	14	20	17	47	1.83
794475--794714	71	3.4	71	82	11	346	15	20	17	47	1.83
794451--794781	142	2.4	136	89	6	495	15	20	17	46	1.83
794475--794753	52	5.2	52	89	6	345	15	20	16	47	1.83
797275--797321	24	2.0	24	87	8	69	38	21	14	25	1.92
798013--798362	20	17.5	20	87	4	456	20	19	26	34	1.96
801927--801952	13	2.0	13	100	0	52	46	15	7	30	1.74
803087--803162	29	2.6	29	91	0	125	21	27	32	18	1.96
806173--806216	19	2.2	19	84	12	52	13	11	22	52	1.72
807666--807717	14	3.6	14	82	5	59	42	5	17	34	1.73
807668--807726	29	2.0	29	90	0	91	44	6	16	32	1.74
807678--807725	14	3.4	14	82	5	60	47	4	16	31	1.65
807948--807974	13	2.1	13	100	0	54	40	0	0	59	0.98
809686--809733	22	2.1	23	88	7	71	37	12	4	45	1.61
811862--811895	16	2.1	17	88	5	52	61	0	0	38	0.96
813403--813460	29	2.0	29	96	0	107	46	12	17	24	1.81
815327--815631	79	3.9	78	80	0	340	30	23	10	35	1.89
815327--815631	158	1.9	158	90	1	486	30	23	10	35	1.89
817206--817368	65	2.5	65	86	3	222	26	14	26	31	1.94
817208--817417	65	3.2	64	83	7	212	26	15	26	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
817585--817624	20	2.0	21	85	14	57	45	7	5	42	1.54
824720--824897	64	2.8	63	82	6	205	26	16	26	29	1.97
824735--824897	65	2.5	65	87	3	231	27	15	26	30	1.96
824737--824946	65	3.2	64	84	7	221	27	16	25	30	1.97
825114--825153	20	2.0	21	85	14	57	45	7	5	42	1.54
846631--847391	120	6.4	120	79	3	775	23	24	16	35	1.95
847899--847981	21	4.0	21	73	6	78	32	22	18	26	1.97
847969--848197	20	11.6	20	83	8	281	34	27	19	18	1.95
847969--848197	76	2.9	78	82	7	259	34	27	19	18	1.95
848574--848630	14	3.7	14	70	20	51	8	24	21	45	1.80

Tables:   1   2   3   4   5   6