genome.fa.s8373.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008373.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111129_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1027749

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
684--755	36	2.0	36	94	0	126	29	25	22	23	1.99
5383--5409	14	1.9	14	100	0	54	25	7	14	51	1.68
13979--14015	6	6.2	6	100	0	74	35	0	64	0	0.94
16521--16561	20	2.0	20	86	9	57	46	0	2	51	1.14
18244--18282	2	20.0	2	89	5	62	48	0	0	51	1.00
20518--20560	16	2.6	16	88	3	59	48	4	0	46	1.22
21152--21191	21	2.0	20	85	5	53	70	0	2	27	1.01
24812--24843	16	2.0	16	100	0	64	56	25	12	6	1.59
24913--24973	16	3.8	16	91	0	104	57	22	11	8	1.60
26485--26540	24	2.3	24	87	0	76	57	19	8	14	1.63
28283--28348	33	2.1	31	86	8	89	36	24	15	24	1.93
39565--39668	30	3.2	30	64	19	73	14	15	21	49	1.80
40632--40698	25	2.7	25	77	9	82	43	4	17	34	1.70
51859--51938	20	4.0	20	83	3	106	21	32	28	17	1.96
51856--51938	41	2.0	41	88	2	123	20	33	27	18	1.96
52285--52357	35	2.2	33	82	5	83	34	15	26	24	1.94
53216--53263	19	2.5	20	82	3	62	52	6	12	29	1.63
55176--55205	2	15.0	2	92	0	51	50	3	0	46	1.18
55948--56017	12	5.8	12	72	12	54	54	17	12	15	1.71
55946--56017	24	3.0	25	75	8	85	54	16	12	16	1.72
55946--56037	48	1.9	48	86	4	132	52	16	13	18	1.75
68866--68909	22	2.0	22	95	0	79	38	27	15	18	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71498--71599	30	3.5	30	83	2	127	38	16	17	27	1.91
71555--71609	28	2.0	28	82	7	67	45	18	16	20	1.86
78624--78788	85	2.0	84	79	8	183	42	20	7	29	1.80
80677--80715	20	2.0	20	84	0	51	48	12	5	33	1.63
83835--83967	71	1.9	71	87	6	198	26	12	26	35	1.91
85347--85413	12	5.9	12	77	19	81	59	0	0	40	0.97
85346--85412	23	3.2	20	69	19	55	59	0	0	40	0.97
93278--93342	15	4.5	15	82	7	89	36	24	20	18	1.94
93292--93349	28	2.1	28	93	0	98	32	24	22	20	1.98
94268--94301	18	1.9	17	88	5	50	50	17	8	23	1.74
96513--96568	23	2.4	23	78	0	58	28	19	19	32	1.97
97873--98100	43	5.3	43	80	5	230	25	15	23	35	1.94
97851--98110	85	3.0	85	78	7	258	27	17	22	32	1.97
98609--98666	21	2.8	21	89	0	80	3	34	17	44	1.65
104343--104379	18	2.1	17	95	5	65	70	16	5	8	1.30
114734--114800	22	3.0	22	100	0	134	40	8	13	37	1.76
116917--116992	17	4.4	17	77	14	75	39	7	15	36	1.77
116917--116992	18	4.3	18	77	11	61	39	7	15	36	1.77
119185--119254	25	2.7	26	74	12	72	38	0	18	42	1.51
138517--138741	20	11.4	20	70	11	140	43	20	6	29	1.77
138570--138710	59	2.4	58	83	7	167	43	19	7	29	1.79
138576--138742	79	2.1	79	82	7	196	43	19	8	28	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
138550--138742	20	9.8	20	75	8	153	42	20	7	29	1.80
139455--139681	120	1.9	120	96	0	418	29	20	7	42	1.79
140966--140990	6	4.2	6	100	0	50	0	16	0	84	0.63
143276--143306	15	2.1	15	93	0	53	45	0	0	54	0.99
151086--151193	39	2.8	39	87	1	137	46	10	7	36	1.66
155044--155258	114	1.9	114	100	0	430	35	12	16	35	1.86
167787--167814	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
167818--167860	21	2.0	22	81	4	52	23	4	9	62	1.44
168841--168955	35	3.3	35	98	1	221	26	34	20	19	1.96
168926--168993	26	2.5	27	86	13	95	19	38	20	22	1.94
168942--168996	26	2.2	26	96	3	103	20	36	25	18	1.94
168981--169065	41	2.0	42	97	2	163	20	22	36	21	1.95
169077--169166	29	3.1	29	93	1	155	13	32	30	24	1.93
169182--169228	24	2.0	24	95	4	87	25	44	8	21	1.80
169413--169458	23	2.0	23	100	0	92	21	8	43	26	1.81
169522--169608	43	2.0	43	97	0	165	20	33	24	21	1.97
169592--169646	25	2.2	26	96	3	103	18	25	36	20	1.94
169633--169741	34	3.2	35	96	3	197	20	21	33	25	1.97
169845--170057	3	71.0	3	81	9	238	62	0	37	0	0.99
171822--171874	21	2.5	21	87	0	79	20	24	18	35	1.95
172077--172146	22	3.2	22	91	0	113	25	38	14	21	1.91
172513--172559	20	2.3	20	88	0	67	19	17	25	38	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
172513--172599	40	2.2	40	82	0	102	16	16	21	45	1.84
172527--172601	20	3.8	20	90	0	114	12	16	21	50	1.76
172532--172610	40	2.0	40	87	0	113	16	13	20	49	1.79
174486--174642	20	8.5	20	76	18	135	42	22	18	17	1.90
174529--174622	33	2.8	34	80	3	100	45	23	18	12	1.83
174509--174674	87	1.9	87	92	0	278	43	21	19	15	1.88
174689--174812	20	6.3	20	85	5	155	22	20	20	36	1.95
174751--174823	37	2.0	37	88	0	110	19	19	21	39	1.92
176771--176806	14	2.6	14	90	0	54	30	0	22	47	1.52
176932--176985	14	3.5	14	73	22	54	44	20	24	11	1.83
176912--177007	33	2.8	33	92	3	147	42	20	23	12	1.86
176945--177012	20	3.8	19	72	21	74	47	19	22	11	1.81
177028--177106	33	2.4	33	91	2	122	15	22	16	45	1.84
177090--177177	20	4.4	19	87	8	122	17	17	25	40	1.90
177089--177177	40	2.2	40	86	4	135	16	17	24	40	1.90
177165--177191	14	1.9	14	100	0	54	7	22	29	40	1.81
179564--179617	24	2.2	24	93	0	90	40	20	18	20	1.91
180459--180525	20	3.3	20	89	0	98	23	17	25	32	1.97
180512--180584	20	3.7	20	94	0	128	17	20	21	39	1.92
180497--180588	40	2.3	41	83	10	129	19	18	22	39	1.93
180581--180626	21	2.2	21	88	0	65	36	17	28	17	1.92
180960--181028	29	2.4	29	87	0	93	44	10	4	40	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
190939--190977	20	2.0	21	90	10	64	15	0	15	69	1.20
192297--192329	17	2.0	17	88	5	50	51	3	0	45	1.16
200834--200868	18	1.9	18	88	0	52	54	0	17	28	1.43
201983--202392	216	1.9	216	97	0	784	30	18	16	33	1.94
204309--204381	20	3.6	20	81	3	92	39	23	16	20	1.92
206694--206730	19	1.9	20	88	5	58	16	13	35	35	1.88
211226--211290	17	4.1	17	73	11	57	50	24	1	23	1.58
213163--213221	21	2.8	21	84	0	82	18	27	30	23	1.98
217026--217065	21	1.9	21	85	10	55	35	10	2	52	1.48
222582--222615	15	2.5	13	90	9	50	58	0	0	41	0.98
222584--222626	22	2.0	21	82	13	52	55	0	0	44	0.99
227512--227562	19	2.7	19	93	0	84	23	21	33	21	1.97
227550--227704	65	2.4	63	86	6	215	29	18	23	29	1.97
228303--228359	27	2.1	27	83	0	69	57	14	3	24	1.52
230371--230423	24	2.2	24	100	0	106	30	20	24	24	1.99
233956--233993	18	2.1	18	100	0	76	28	5	26	39	1.78
234244--234283	21	1.9	21	85	10	55	35	7	2	55	1.42
235756--235800	19	2.4	19	100	0	90	40	33	13	13	1.83
236243--236395	65	2.4	63	87	5	220	30	19	22	28	1.98
242829--242872	21	2.0	22	82	8	54	45	4	13	36	1.64
243141--243184	20	2.2	20	95	0	79	31	9	18	40	1.81
243265--243314	23	2.2	22	82	10	64	42	6	8	44	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
253783--254202	210	2.0	211	97	0	788	37	12	21	28	1.90
256211--256256	22	2.1	22	83	0	56	54	28	4	13	1.57
257475--257548	29	2.5	30	86	2	114	20	33	12	33	1.89
264716--264755	21	1.9	21	100	0	80	35	45	0	20	1.51
264718--264759	18	2.3	18	88	8	59	33	45	0	21	1.52
279576--279722	65	2.3	64	85	5	190	29	19	21	28	1.98
280244--280283	21	1.9	22	90	10	66	12	10	40	37	1.77
280311--280352	20	2.0	21	90	4	68	28	26	21	23	1.99
280388--280428	21	2.0	21	100	0	82	14	29	41	14	1.86
280464--280537	20	4.1	19	73	22	70	13	28	33	24	1.93

Tables:   1   2   3   4   5