genome.fa.s8373.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008373.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111129_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1027749

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
720901--720946	15	3.1	15	100	0	92	39	6	26	28	1.81
725550--725580	14	2.2	14	94	0	53	83	0	0	16	0.64
725700--725795	5	19.6	5	73	16	85	77	2	4	16	1.03
725696--725784	13	7.2	13	76	17	59	77	1	5	15	1.01
725700--725789	17	5.4	17	78	11	89	77	1	4	16	0.98
725684--725795	40	2.9	38	86	6	152	75	2	5	16	1.09
726090--726159	11	6.2	10	77	21	52	74	1	4	20	1.07
726089--726157	4	17.0	4	77	16	63	72	1	4	21	1.10
726089--726160	15	4.8	15	75	20	62	72	1	4	22	1.10
731649--731695	3	15.7	3	100	0	94	65	0	0	34	0.93
731679--731751	29	2.6	28	81	10	87	47	2	6	42	1.44
738616--738693	3	26.0	3	100	0	156	66	0	0	33	0.92
738708--738755	25	1.9	25	100	0	96	52	6	16	25	1.67
739055--739093	14	2.8	14	100	0	78	53	5	30	10	1.56
740365--740521	65	2.4	63	85	7	192	30	21	17	29	1.97
747945--747974	12	2.5	12	100	0	60	53	0	0	46	1.00
751116--751176	31	2.0	31	90	3	97	34	19	0	45	1.51
751391--751490	44	2.4	40	83	6	119	23	41	16	20	1.90
753312--753365	28	2.0	27	85	3	72	35	3	0	61	1.14
753335--753389	23	2.3	23	81	9	58	30	3	1	63	1.22
761988--762874	112	7.8	111	86	5	1093	37	14	19	27	1.91
761974--762874	336	2.6	337	87	4	1224	37	15	19	27	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
762684--762747	20	3.2	20	65	12	60	40	12	20	26	1.88
762665--763052	122	3.1	120	74	17	340	40	16	16	26	1.90
763265--763365	44	2.4	40	81	6	112	22	41	15	19	1.90
768210--768248	20	2.0	20	100	0	78	30	20	12	35	1.90
768688--768921	43	5.4	43	82	4	233	26	18	26	28	1.98
768688--768934	129	1.9	129	79	3	273	26	19	26	27	1.99
768840--768996	43	3.7	42	77	2	127	21	21	25	31	1.98
768901--768996	42	2.2	44	80	7	117	25	22	23	28	2.00
769360--769399	21	1.9	21	100	0	80	0	37	22	40	1.54
769407--769462	21	2.7	21	88	0	94	0	42	19	37	1.52
771660--771750	46	2.0	46	97	0	173	49	15	24	10	1.76
772579--772809	41	5.6	41	75	11	125	31	21	18	29	1.97
772660--772769	41	2.7	42	86	10	158	31	23	20	23	1.98
772675--772818	41	3.4	41	84	2	135	36	20	15	27	1.94
773031--773332	57	5.3	57	97	0	568	50	13	6	29	1.65
776605--776708	49	2.1	49	98	0	199	42	4	20	32	1.73
776766--776840	38	2.0	37	82	10	91	49	4	1	45	1.29
777400--777626	76	3.0	77	83	4	264	40	7	14	36	1.76
778309--778348	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
779062--779113	9	5.4	9	76	13	50	15	19	32	32	1.93
779080--779127	19	2.5	19	86	0	51	20	20	33	25	1.97
779135--779189	13	4.3	13	93	2	94	18	43	23	14	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
779129--779189	26	2.3	26	94	5	106	18	42	22	16	1.89
779191--779340	29	5.2	29	80	8	155	30	3	20	46	1.67
779277--779340	30	2.2	29	82	2	74	34	1	18	45	1.59
781789--781831	20	2.1	21	86	4	61	41	2	6	48	1.43
783206--783255	22	2.3	22	83	16	61	66	2	4	28	1.21
784205--784324	35	3.4	35	82	2	159	23	20	19	36	1.95
784205--784348	71	2.0	71	86	0	198	22	22	15	38	1.92
784330--784377	24	2.0	25	91	4	80	12	35	0	52	1.40
790572--790641	35	2.0	35	94	0	122	20	8	27	44	1.80
803230--803288	21	2.8	21	82	10	75	49	5	10	35	1.59
805628--805684	23	2.5	23	91	0	96	29	19	21	29	1.97
807520--807567	21	2.2	22	85	3	62	27	22	27	22	1.99
808551--808594	23	1.9	23	90	0	70	18	29	25	27	1.98
825490--825561	36	2.0	36	88	0	108	25	16	13	44	1.85
830427--830464	20	2.0	20	90	10	62	50	5	21	23	1.69
833476--833525	3	16.7	3	83	8	57	36	2	2	60	1.20
834487--834576	45	2.0	45	100	0	180	26	8	31	33	1.87
837582--837620	2	19.5	2	83	0	51	43	2	5	48	1.38
837819--837876	15	3.9	14	79	16	64	79	3	13	3	0.99
837819--837880	30	2.1	30	85	11	83	79	3	12	4	1.02
838938--839020	32	2.6	32	81	7	105	28	14	24	32	1.94
839663--839941	125	2.2	125	92	0	461	36	25	13	24	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
840958--841013	3	18.7	3	81	7	69	30	1	5	62	1.28
840963--841010	25	1.9	25	86	0	69	29	2	6	62	1.31
844341--844389	19	2.7	17	84	9	53	26	20	28	24	1.99
844361--844520	65	2.5	65	87	5	227	27	20	22	30	1.98
853007--853158	66	2.3	65	87	6	211	28	18	23	30	1.97
857450--857478	12	2.3	13	94	5	51	48	3	0	48	1.18
861076--861102	13	2.1	13	100	0	54	29	33	7	29	1.85
864984--865049	34	1.9	34	96	0	123	13	34	3	48	1.58
875488--875520	17	1.9	17	93	0	57	27	39	18	15	1.90
880242--880391	63	2.4	62	82	9	162	31	23	20	24	1.98
886250--886438	94	2.0	94	96	0	351	19	37	21	22	1.95
892251--892297	23	2.0	24	91	4	78	44	0	21	34	1.52
892513--892668	31	5.0	31	89	1	233	20	19	23	36	1.95
893706--893742	2	19.0	2	94	5	67	48	0	0	51	1.00
893727--893850	36	3.5	35	81	13	121	42	4	8	44	1.54
893836--893997	2	82.5	2	88	8	226	49	1	1	48	1.17
893984--894204	41	5.8	38	79	11	213	47	4	4	43	1.45
893982--894198	79	2.8	71	78	15	186	47	5	4	42	1.46
894221--894276	30	2.0	29	82	10	71	32	1	0	66	1.03
895451--895501	24	2.1	24	85	0	66	23	15	0	60	1.35
895511--895576	27	2.5	26	76	9	71	22	6	0	71	1.08
895561--895650	46	2.0	46	82	10	114	22	7	1	68	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
895700--895724	13	1.9	13	100	0	50	44	0	0	56	0.99
896819--896869	23	2.2	23	82	0	57	45	1	1	50	1.24
896857--896937	19	4.3	19	72	20	64	48	1	1	49	1.17
897042--897080	17	2.3	17	90	0	60	51	0	2	46	1.14
897162--897360	67	3.0	67	89	0	281	31	18	22	27	1.97
905163--905204	19	2.3	19	84	12	52	54	0	2	42	1.13
908334--908445	55	2.0	56	84	3	145	40	21	7	31	1.80
908328--908488	53	3.0	53	78	8	164	38	18	8	34	1.82
908874--908900	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
909210--909284	32	2.3	34	82	13	86	48	0	0	52	1.00
912620--912668	20	2.5	20	89	0	80	46	0	16	36	1.47
915974--916127	31	5.0	31	95	1	265	38	22	19	20	1.94
916802--916845	21	2.1	21	87	4	63	15	25	29	29	1.96
920631--920784	31	5.0	31	95	1	265	38	22	18	19	1.93
921459--921503	21	2.1	21	87	0	63	15	24	28	31	1.96
928479--928729	63	3.9	64	93	3	391	21	21	24	33	1.97
928479--928729	21	11.8	21	78	9	276	21	21	24	33	1.97
928816--928850	6	6.0	6	96	3	63	31	51	17	0	1.45
928851--928886	5	7.4	5	93	6	65	38	22	38	0	1.54
929626--929737	21	5.4	21	71	17	92	37	21	19	21	1.94
929647--929773	21	6.1	21	75	10	136	33	24	20	21	1.97
929619--929758	42	3.4	41	92	3	228	35	22	20	22	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
935604--935648	21	2.1	21	100	0	90	28	11	37	22	1.88
935901--936140	128	1.9	128	84	6	324	33	20	10	36	1.86
936828--936875	13	3.3	15	75	19	57	50	0	0	50	1.00
937844--937897	19	2.8	20	75	13	58	72	5	0	22	1.05
937879--937933	23	2.2	24	81	12	67	52	1	0	45	1.11
939521--939599	2	39.5	2	97	0	149	51	0	0	48	1.00
939786--939868	24	3.5	24	93	0	139	39	19	15	25	1.91
941678--941749	24	3.0	24	87	0	99	38	19	18	23	1.93
943558--943629	24	3.0	24	83	0	90	37	20	18	23	1.94
945437--945508	24	3.0	24	83	0	81	38	18	16	26	1.91

Tables:   1   2   3   4   5