genome.fa.s8419.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008419.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111199_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1038719

Tables:   1   2   3   4   5   

This is table  1  of  5  ( 485 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7927--7961	13	2.7	13	90	0	61	88	0	11	0	0.51
8282--8336	16	3.2	18	80	19	73	30	9	9	50	1.65
8291--8336	19	2.6	17	90	10	67	30	8	8	52	1.62
9120--9455	83	4.0	83	94	1	584	28	13	21	37	1.91
10276--10914	116	5.6	116	93	2	1032	37	13	20	28	1.90
11238--11308	3	23.7	3	91	0	115	32	2	1	63	1.18
11304--11344	11	3.8	10	87	9	55	56	2	0	41	1.13
12749--12788	12	3.1	13	82	10	55	40	0	0	60	0.97
15638--15754	35	3.3	35	96	0	216	29	21	28	21	1.98
25861--25899	18	2.2	18	100	0	78	28	10	15	46	1.78
27069--27147	31	2.5	31	85	0	104	40	15	11	32	1.83
28183--28309	31	4.1	31	93	0	209	31	24	20	23	1.98
28640--28701	31	2.0	31	100	0	124	48	19	3	29	1.64
29692--29720	10	2.9	10	100	0	58	68	0	31	0	0.89
30215--30286	31	2.4	31	85	2	92	36	13	9	40	1.78
30786--30816	10	3.1	10	95	0	53	9	3	0	87	0.66
37011--37063	20	2.5	21	82	14	65	37	18	16	26	1.93
45399--45438	15	2.6	16	84	8	55	45	2	0	52	1.14
46158--46211	17	3.2	16	78	2	54	37	0	3	59	1.15
47664--47711	21	2.3	21	88	0	69	25	41	12	20	1.87
47715--47829	21	5.5	21	83	8	153	18	33	25	22	1.96
47721--47829	42	2.6	42	92	0	182	18	33	24	23	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
48349--48455	34	3.2	33	85	2	133	56	4	1	37	1.31
48851--49583	128	5.7	128	94	0	1290	33	21	24	21	1.97
48851--49583	255	2.9	255	94	0	1304	33	21	24	21	1.97
49664--49704	8	5.2	8	82	5	57	36	29	0	34	1.58
53814--53914	44	2.4	42	80	9	125	45	0	1	51	1.19
63932--64026	33	2.8	33	85	1	127	34	18	14	31	1.92
66721--66779	30	2.0	30	90	6	93	30	32	16	20	1.95
66979--67146	86	1.9	87	86	3	241	22	25	13	39	1.90
70016--70209	103	1.9	104	86	1	282	28	22	21	27	1.99
70166--70330	55	3.0	55	80	0	204	29	23	19	27	1.98
70172--70355	55	3.3	55	79	3	199	29	25	18	26	1.98
70164--70400	110	2.2	110	79	1	260	29	22	18	28	1.98
72662--72876	106	2.0	106	99	0	421	35	20	15	27	1.93
73135--73181	23	2.0	24	84	8	62	51	12	14	21	1.76
89601--89645	22	2.0	22	91	0	72	24	13	35	26	1.92
94314--94368	22	2.6	21	77	8	67	23	7	9	60	1.52
94643--94682	20	2.0	20	85	4	55	20	12	7	60	1.56
94864--94890	12	2.2	12	100	0	54	37	7	0	55	1.28
99904--100107	84	2.4	84	95	0	363	35	23	19	21	1.96
102121--102324	84	2.4	84	94	0	354	34	24	20	21	1.97
104342--104545	84	2.4	84	95	0	372	34	25	20	20	1.96
106157--106503	136	2.9	113	72	18	306	31	24	19	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
106563--106768	84	2.5	84	91	0	340	34	24	19	21	1.96
106563--106799	84	2.8	84	87	3	327	33	24	19	22	1.97
107886--107940	21	2.6	21	75	13	60	23	9	9	58	1.58
111150--111227	28	2.8	28	86	1	95	25	0	30	43	1.55
111143--111234	14	6.6	14	69	16	57	25	0	31	43	1.55
112617--112682	23	2.9	23	97	0	123	31	16	24	27	1.96
112674--112774	23	4.4	23	98	0	193	23	13	20	41	1.89
112651--112751	46	2.2	46	85	3	132	25	14	21	37	1.92
112628--112775	69	2.1	70	80	6	167	25	15	22	36	1.93
118937--118971	13	2.5	14	86	13	54	40	0	0	60	0.97
118941--118971	13	2.3	14	94	5	55	38	0	0	61	0.96
119088--119141	20	2.6	20	75	16	56	42	0	0	57	0.98
120055--120083	14	2.1	14	100	0	58	65	0	0	34	0.93
120191--120296	33	3.2	33	93	0	167	40	5	15	38	1.70
120387--120430	21	2.1	21	91	0	70	38	11	0	50	1.39
120988--121570	118	5.1	115	68	14	330	37	13	17	31	1.88
121035--121675	108	5.7	107	70	11	408	38	13	16	31	1.87
120941--121645	226	3.1	226	91	1	1092	38	13	16	30	1.88
121583--122129	272	2.0	271	83	2	695	32	12	15	40	1.84
123963--124569	304	2.0	305	83	2	763	28	12	15	42	1.85
125299--125364	30	2.2	30	91	5	107	46	9	7	36	1.64
125295--125375	30	2.4	34	73	23	82	49	8	8	33	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
125345--125389	18	2.5	18	77	0	54	55	2	6	35	1.38
126122--126172	12	4.2	12	82	0	57	9	29	1	58	1.41
127831--127869	19	2.1	19	90	0	60	33	25	0	41	1.56
137089--137167	24	3.5	24	74	13	94	34	17	13	34	1.90
137089--137186	44	2.2	44	92	0	160	32	18	16	32	1.93
138262--138517	124	2.1	123	83	2	316	31	14	12	41	1.82
145468--145502	16	2.1	17	94	5	63	42	22	0	34	1.54
147267--147319	23	2.3	23	80	0	61	49	3	32	15	1.62
147352--147439	3	29.7	3	97	2	169	65	0	0	34	0.93
147693--148241	129	4.3	130	84	2	714	25	18	31	24	1.97
147928--148539	298	2.1	298	89	1	940	26	18	30	24	1.97
148217--148766	129	4.3	129	85	1	753	25	18	30	25	1.98
147830--148628	258	3.1	255	80	7	678	26	17	31	24	1.97
148060--148410	169	2.1	169	89	1	542	26	17	31	23	1.97
148441--148668	40	5.4	43	68	15	118	23	17	32	25	1.97
147790--148668	427	2.1	427	88	0	1292	25	17	31	24	1.97
148877--148987	34	3.3	33	69	14	93	24	9	26	39	1.86
148832--148990	66	2.4	66	91	2	257	23	11	25	39	1.89
148842--148952	32	3.4	32	67	17	93	22	9	28	38	1.86
149023--149168	64	2.3	64	83	3	168	32	10	19	36	1.86
150910--150966	21	2.6	22	76	15	55	5	10	8	75	1.18
154352--154378	9	3.0	9	100	0	54	66	22	0	11	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
154402--154466	29	2.2	28	79	12	69	61	10	10	16	1.56
154713--155002	146	2.0	146	84	2	377	20	24	18	36	1.95
155157--155210	23	2.3	23	87	6	74	46	3	33	16	1.65
155934--155958	4	6.2	4	100	0	50	76	0	0	24	0.80
168603--168679	38	2.0	38	97	0	145	35	29	7	27	1.85
171021--171068	25	1.9	25	82	0	60	29	10	2	58	1.43
178441--178518	15	5.2	15	90	6	131	32	32	21	14	1.93
178441--178518	30	2.6	30	97	0	147	32	32	21	14	1.93
178610--178680	29	2.4	29	100	0	142	16	22	15	45	1.85
178692--178737	12	3.8	12	91	0	56	39	26	6	28	1.81
178692--178738	24	2.0	24	87	8	69	38	25	6	29	1.81
178705--178738	12	2.8	12	95	0	59	41	26	2	29	1.70
183178--183255	15	5.2	15	93	0	138	30	33	21	14	1.93
183178--183255	30	2.6	30	100	0	156	30	33	21	14	1.93
183347--183417	29	2.4	29	100	0	142	16	22	15	45	1.85
183429--183474	12	3.8	12	91	0	56	39	26	6	28	1.81
183429--183475	24	2.0	24	87	8	69	38	25	6	29	1.81
183442--183475	12	2.8	12	95	0	59	41	26	2	29	1.70
184465--184505	15	2.7	15	96	0	73	53	0	46	0	1.00
193179--193240	24	2.6	24	86	0	88	12	11	22	53	1.71
194763--194845	16	5.3	16	88	2	116	10	9	18	61	1.55
196171--196300	59	2.2	60	84	5	165	34	19	3	42	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
208254--208304	3	17.0	3	88	8	77	64	0	1	33	1.05
208492--208825	134	2.5	134	87	2	472	24	17	32	25	1.97
208944--209099	82	1.9	81	82	10	192	39	14	19	27	1.90
209429--209566	64	2.2	63	85	3	179	41	13	13	31	1.83
209433--209566	63	2.1	64	84	4	173	40	14	13	32	1.84
209525--209605	39	2.1	39	83	6	101	37	8	14	39	1.77
209527--209614	39	2.3	38	74	3	88	40	10	14	34	1.80
209487--209678	103	1.9	102	85	3	269	43	11	13	31	1.80
209661--209730	35	2.0	35	88	5	106	37	8	11	42	1.72
209859--209990	36	3.7	36	77	5	142	37	14	15	32	1.88

Tables:   1   2   3   4   5