genome.fa.s8419.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008419.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111199_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1038719

Tables:   1   2   3   4   5   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
597108--597157	3	16.0	3	87	8	73	36	0	0	64	0.94
606357--606638	93	3.0	93	93	2	460	28	14	20	35	1.92
606541--606972	114	3.8	114	94	0	722	30	13	21	34	1.92
610034--610799	76	10.1	76	95	0	1379	22	20	21	35	1.96
610034--610799	229	3.4	228	95	1	1390	22	20	21	35	1.96
610034--610799	305	2.5	305	96	0	1415	22	20	21	35	1.96
610815--611559	113	6.5	113	85	7	966	39	14	19	27	1.90
611391--611447	19	2.9	20	70	15	55	45	10	22	21	1.82
610912--611645	349	2.1	348	87	4	1025	39	14	18	27	1.90
611260--611577	112	2.8	111	83	8	426	38	13	19	29	1.89
611805--611857	3	17.0	3	88	7	79	35	0	0	64	0.94
614722--614870	75	2.0	74	98	1	289	26	20	15	37	1.92
615325--615369	16	2.8	16	89	0	72	53	22	13	11	1.71
616424--616498	10	6.7	10	71	21	51	52	25	14	8	1.69
616407--616499	24	3.9	24	97	0	168	51	24	15	8	1.71
619615--619661	20	2.3	20	92	0	76	27	17	6	48	1.71
619624--619668	20	2.2	20	84	0	54	28	22	6	42	1.79
620234--620284	2	25.5	2	100	0	102	49	0	0	50	1.00
622832--622864	14	2.2	16	89	10	52	42	0	3	54	1.15
625553--625623	23	3.1	23	77	2	81	39	14	11	35	1.81
628309--628346	19	2.0	20	94	5	69	28	15	28	26	1.96
628865--629168	149	2.0	149	98	0	590	27	15	21	35	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
629146--629191	23	2.0	23	91	0	74	21	23	26	28	1.99
635293--635330	19	2.0	20	94	5	69	28	15	28	26	1.96
636130--636175	23	2.0	23	87	8	67	21	21	26	30	1.99
635849--636152	149	2.0	149	97	0	572	28	15	20	35	1.93
638454--638526	23	3.2	23	82	1	94	38	13	9	38	1.78
640716--640764	19	2.6	18	84	15	55	30	10	4	55	1.52
642565--642604	21	1.9	21	85	10	55	30	17	27	25	1.97
642649--642688	20	2.0	21	95	5	73	27	20	22	30	1.98
646567--646601	12	2.9	12	95	0	61	25	40	8	25	1.84
647491--647534	22	2.0	22	95	0	79	18	11	18	52	1.74
650659--650693	12	2.8	12	86	4	52	42	2	0	54	1.15
650641--650695	19	3.0	18	72	17	51	41	3	1	52	1.29
654553--654599	22	2.1	23	88	4	69	38	25	12	23	1.90
655741--655781	22	1.9	21	95	5	73	39	12	12	36	1.80
661436--661480	19	2.4	19	88	3	65	73	2	2	22	1.05
663400--663446	23	2.0	23	88	8	69	34	2	4	59	1.29
672984--673057	21	3.5	21	78	10	69	40	9	2	47	1.50
673219--673261	22	2.0	21	82	8	52	25	11	4	58	1.52
705183--705220	20	1.9	20	84	10	51	44	0	5	50	1.24
708053--708082	13	2.3	13	94	0	51	50	0	0	50	1.00
717646--717746	49	2.1	49	96	0	184	36	4	17	40	1.72
727561--727590	7	4.3	7	95	0	51	43	0	0	56	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
727735--727764	6	4.8	6	95	4	51	46	0	3	50	1.18
729647--730191	182	3.0	181	86	3	756	41	12	16	29	1.85
729350--730191	363	2.4	349	83	6	1066	41	12	16	28	1.85
732626--732692	33	2.0	33	91	0	107	28	0	46	25	1.53
732873--732911	18	2.2	18	100	0	78	56	0	43	0	0.99
733171--733209	18	2.2	18	100	0	78	56	0	38	5	1.22
732815--733408	298	2.0	295	96	1	1089	42	8	25	22	1.82
734759--734807	19	2.6	19	96	0	89	32	2	10	55	1.45
735161--736317	199	5.8	199	87	2	1543	37	14	15	32	1.87
739132--739184	24	2.2	24	82	0	61	33	3	15	47	1.63
740090--740452	170	2.1	176	88	5	542	40	12	15	30	1.85
740436--740494	21	2.8	21	97	0	109	25	13	15	45	1.82
740276--740694	221	1.9	212	85	6	563	39	12	15	32	1.85
740462--740888	200	2.1	199	87	2	613	38	13	15	32	1.86
745001--745499	198	2.6	195	82	7	592	39	13	15	31	1.86
745387--745593	112	1.8	113	84	4	283	42	14	12	30	1.82
745671--745729	23	2.6	23	91	0	91	32	16	8	42	1.79
775539--775578	21	2.0	21	90	5	64	20	0	10	70	1.16
776546--776578	17	1.9	17	93	0	57	36	12	0	51	1.39
777710--777759	9	4.9	11	74	18	54	44	0	10	46	1.37
777710--777759	20	2.5	20	86	0	73	44	0	10	46	1.37
796147--796301	64	2.4	64	90	4	242	27	21	17	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
801892--802154	133	2.0	133	98	0	508	36	6	20	36	1.79
802207--802287	21	3.7	21	75	14	65	34	22	18	24	1.96
802207--802305	45	2.2	44	84	8	121	32	22	19	26	1.97
803474--803527	27	2.0	27	85	0	72	12	40	16	29	1.86
812662--812721	21	2.9	21	87	5	77	36	28	18	16	1.93
819236--819283	18	2.7	17	80	6	51	43	0	2	54	1.12
844750--844785	9	3.6	10	88	11	56	77	0	2	19	0.88
844750--844785	5	7.2	5	87	12	56	77	0	2	19	0.88
844753--844784	14	2.2	15	94	5	57	78	0	3	18	0.89
847975--848065	45	2.0	45	87	4	130	27	15	25	31	1.95
850713--850794	23	3.6	23	71	14	80	28	21	24	25	1.99
850717--850813	44	2.2	44	85	7	126	28	19	23	27	1.98
859076--859173	45	2.2	45	83	10	130	30	18	23	27	1.98
859193--859230	20	1.9	20	94	0	67	18	15	34	31	1.92
865041--865391	54	6.6	54	86	6	459	31	17	19	31	1.95
865041--865378	160	2.1	157	87	6	486	31	18	19	31	1.95
865062--865391	107	3.1	107	89	3	474	32	17	18	31	1.95
869284--869370	26	3.6	23	74	25	81	57	0	28	13	1.37
869874--869910	17	2.2	17	95	0	65	45	29	2	21	1.65
875212--875246	18	1.9	18	94	0	61	34	14	25	25	1.94
875220--875255	18	2.0	18	88	0	54	36	11	22	30	1.89
878462--878496	18	1.9	18	94	0	61	34	14	25	25	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
878901--878935	18	1.9	18	94	0	61	34	14	25	25	1.94
878909--878944	18	2.0	18	88	0	54	36	11	22	30	1.89
880123--880293	85	2.0	84	95	3	308	20	19	25	34	1.96
883635--884035	197	2.0	199	95	1	727	26	19	19	34	1.96
897433--897476	19	2.3	19	84	0	52	61	2	2	34	1.21
897414--897474	18	3.4	17	72	18	52	60	1	3	34	1.23
929771--929861	44	2.0	45	87	6	132	20	5	28	45	1.74
949242--949567	136	2.4	136	88	0	499	33	15	19	31	1.93
952874--952914	21	1.9	22	90	5	66	29	17	2	51	1.58
958489--958531	9	4.7	9	83	13	52	69	2	9	18	1.26
960444--960468	9	2.8	9	100	0	50	24	12	24	40	1.88
967610--967661	2	26.0	2	100	0	104	50	0	0	50	1.00
970763--970800	20	1.9	20	100	0	76	31	0	13	55	1.38
972163--972203	2	20.5	2	100	0	82	48	0	0	51	1.00
976962--976991	2	15.5	2	93	6	53	53	0	0	46	1.00
980050--980157	30	3.6	30	80	9	105	61	26	10	1	1.39
980436--980481	22	2.1	22	100	0	92	30	17	4	47	1.67
980823--980851	2	15.0	2	92	7	51	51	0	0	48	1.00
981135--981170	19	1.9	19	88	5	56	66	0	0	33	0.92
982197--982239	2	21.5	2	100	0	86	51	0	0	48	1.00
989182--989259	22	3.7	21	76	6	77	47	29	1	21	1.59
989179--989223	23	2.0	23	82	8	56	51	28	0	20	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
989251--989299	14	3.5	13	78	13	53	40	32	0	26	1.56
989227--989352	21	6.1	21	75	5	87	42	27	0	30	1.56
989302--989352	14	3.7	14	76	2	50	41	25	0	33	1.56
989922--989960	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
992095--992134	21	1.9	21	89	0	62	32	12	5	50	1.62
996189--996227	2	19.5	2	94	0	60	56	0	43	0	0.99
997610--997647	18	2.1	18	90	0	58	47	7	23	21	1.77
999470--999520	19	2.6	19	82	14	59	37	1	23	37	1.66
1002431--1002579	64	2.3	61	84	8	174	34	20	16	28	1.94
1003225--1003296	29	2.4	30	86	2	92	19	20	30	29	1.97

Tables:   1   2   3   4   5