genome.fa.s8420.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008420.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111200_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1020524

Tables:   1   2   3   4   5   6   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15221--15396	50	3.5	49	85	4	228	23	13	15	47	1.80
17363--17403	22	2.0	22	85	9	59	43	17	19	19	1.88
29490--29519	16	1.9	16	93	6	53	63	0	6	30	1.20
32784--32857	25	3.0	25	81	0	94	44	16	6	32	1.73
33088--33144	25	2.3	24	77	11	62	42	3	1	52	1.28
33551--33604	26	2.1	26	100	0	108	31	7	14	46	1.73
41209--41294	45	1.9	45	81	6	104	24	9	6	59	1.53
42351--42489	44	3.2	43	79	5	156	28	13	5	53	1.61
42511--42625	42	2.7	42	77	11	117	26	18	8	46	1.77
45107--45190	37	2.3	38	87	6	120	33	4	19	42	1.72
49696--49779	37	2.3	38	85	6	111	34	4	17	42	1.71
62228--62270	18	2.4	18	96	0	77	11	16	23	48	1.78
71845--71884	21	1.9	21	89	0	62	30	7	7	55	1.56
75668--75709	12	3.7	12	78	9	52	16	16	21	45	1.86
75666--75725	22	2.7	22	84	7	68	20	13	18	48	1.81
77526--77830	37	8.6	36	71	13	157	45	3	8	42	1.52
77571--77734	74	2.2	72	82	3	184	45	3	8	42	1.50
77525--77859	36	9.4	36	74	11	244	44	3	8	42	1.54
77623--77855	72	3.2	71	81	11	269	44	3	9	42	1.53
79073--79196	26	4.9	26	64	16	64	26	6	3	63	1.34
79211--79263	15	3.3	16	84	7	63	20	11	0	67	1.21
80126--80199	21	3.6	21	75	3	87	20	18	27	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80125--80410	41	7.1	43	81	12	263	19	19	23	37	1.95
80151--80219	20	3.4	20	74	4	75	15	18	27	37	1.92
80212--80282	22	3.4	22	71	11	76	19	18	25	36	1.94
80183--80419	116	2.0	116	96	0	438	21	19	22	36	1.95
80327--80398	22	3.4	21	75	11	76	20	19	22	37	1.94
80233--80375	75	1.9	74	92	4	243	19	20	22	37	1.95
80509--80556	6	8.5	6	95	2	66	29	54	14	2	1.52
80519--80559	5	7.6	5	97	2	55	26	53	19	0	1.45
81063--81094	12	2.8	12	95	4	57	6	15	46	31	1.71
81195--81244	22	2.3	22	85	0	73	38	30	14	18	1.89
81232--81368	21	6.7	21	71	5	111	36	24	18	19	1.95
81232--81372	41	3.5	41	93	2	232	36	24	19	19	1.95
81278--81347	20	3.5	20	76	3	86	38	24	22	14	1.91
81970--82051	38	2.2	38	78	10	87	43	1	4	50	1.31
82197--82240	20	2.3	19	81	11	54	22	25	6	45	1.77
84671--84695	13	1.9	13	100	0	50	24	8	20	48	1.76
88239--88267	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
88271--88313	18	2.5	17	85	7	61	67	2	4	25	1.22
89603--90134	106	5.0	106	91	1	836	21	18	24	35	1.96
90749--90863	37	3.1	36	77	7	97	42	14	20	22	1.88
90876--90945	36	1.9	36	94	0	122	35	12	22	28	1.91
92745--92799	14	4.0	14	78	4	67	34	0	1	63	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92752--92815	27	2.5	26	85	7	87	29	0	1	68	0.99
92909--92964	9	6.2	9	72	15	53	14	7	3	75	1.16
103368--103397	15	1.9	16	93	6	53	80	3	16	0	0.85
103368--103406	20	1.9	21	89	5	62	79	5	15	0	0.90
103987--104013	14	1.9	14	100	0	54	40	22	14	22	1.90
104382--104686	100	2.9	106	78	6	336	35	24	18	21	1.95
106441--106484	20	2.1	21	83	4	54	22	11	2	63	1.38
106510--106565	9	6.2	9	72	15	53	14	7	3	75	1.16
108008--108064	18	3.1	19	75	10	73	0	14	7	78	0.94
107986--108063	36	2.2	35	80	11	86	1	16	8	73	1.15
108008--108070	16	3.8	16	78	17	74	0	14	7	77	0.97
108020--108057	11	3.7	10	83	16	51	0	13	7	78	0.94
112593--112669	40	2.0	40	85	10	106	57	7	5	29	1.49
112982--113019	19	1.9	19	85	15	51	60	2	2	34	1.24
113157--113199	18	2.5	17	85	7	61	67	2	4	25	1.22
114881--114955	37	2.0	37	82	10	91	49	4	1	45	1.29
116170--116224	23	2.4	23	84	0	74	36	5	5	52	1.48
117216--117261	23	2.0	23	95	0	83	26	6	0	67	1.15
122753--122798	13	3.5	13	81	3	56	30	2	2	65	1.16
123179--123214	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
123222--123265	20	2.3	19	80	4	52	36	2	0	61	1.09
132283--132386	22	4.7	22	96	0	181	32	16	12	38	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
133044--133341	45	6.6	45	96	0	544	23	24	19	32	1.97
134761--134806	21	2.2	21	88	0	65	41	4	0	54	1.20
134772--134809	14	2.6	15	83	8	51	44	0	0	55	0.99
134883--134930	22	2.2	22	92	0	78	22	8	0	68	1.16
134890--134937	22	2.2	22	84	0	60	27	6	2	64	1.28
135482--135547	13	5.3	13	72	22	61	31	3	3	62	1.26
138317--138371	19	2.9	19	73	23	53	67	1	5	25	1.22
139778--139833	3	18.3	3	89	10	87	67	0	0	32	0.91
140249--140870	113	5.5	113	94	1	998	27	19	14	37	1.91
140879--141060	75	2.4	77	91	1	287	32	19	20	26	1.97
144375--144819	114	3.9	114	92	0	710	31	19	15	33	1.93
148868--148933	14	4.9	14	74	10	66	56	9	10	24	1.62
148964--149005	7	6.0	7	78	10	50	54	14	16	14	1.71
151353--151391	3	13.0	3	88	0	60	61	2	2	33	1.23
152723--152789	3	23.0	3	85	14	88	68	0	0	31	0.90
155354--155427	27	2.6	28	85	10	89	37	5	22	33	1.77
155435--155469	18	1.9	18	94	0	61	51	0	2	45	1.16
156084--156113	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
162720--162803	34	2.5	34	100	0	168	19	5	25	50	1.70
168457--168507	25	2.0	25	100	0	102	23	23	11	41	1.87
169005--169043	16	2.4	16	86	4	51	76	2	5	15	1.06
169357--169579	30	7.5	30	77	5	148	57	7	14	20	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
171205--171253	3	16.7	3	80	19	59	65	0	0	34	0.93
171205--171253	18	2.8	18	90	9	75	65	0	0	34	0.93
171435--171801	134	2.7	131	86	5	477	25	17	29	27	1.97
171688--171780	40	2.2	40	81	9	98	29	17	30	23	1.97
171902--172005	28	3.6	28	75	15	104	42	11	15	30	1.82
177481--177519	16	2.4	16	86	4	51	76	2	2	17	1.01
177828--177914	30	2.9	30	82	1	84	65	9	10	14	1.46
177849--178040	30	6.5	30	76	5	140	56	6	16	20	1.61
177845--178046	60	3.4	59	76	4	174	56	6	15	20	1.62
179652--179709	3	19.7	3	81	16	68	67	0	0	32	0.91
180642--180683	18	2.3	18	80	12	50	59	0	4	35	1.19
182262--182292	15	2.1	15	100	0	62	25	0	25	48	1.52
183576--183616	18	2.3	19	80	20	52	34	24	12	29	1.91
183610--183635	10	2.6	10	100	0	52	42	23	0	34	1.54
185465--185642	15	11.9	15	68	3	90	21	33	6	38	1.79
185473--185838	30	12.2	30	84	3	267	24	34	5	35	1.79
185473--185827	90	4.0	89	82	4	374	23	34	5	35	1.80
185770--185821	15	3.4	16	70	20	56	25	36	3	34	1.74
185473--185838	60	6.1	60	77	9	352	24	34	5	35	1.79
187548--187638	45	2.0	45	97	0	173	17	14	8	59	1.60
200195--200312	12	9.3	13	74	18	74	72	0	18	7	1.13
200194--200252	14	4.5	13	89	10	86	72	0	16	10	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
200194--200312	27	4.7	24	75	17	91	72	0	19	7	1.14
200283--200320	8	4.9	8	81	18	53	76	0	15	7	1.01
200291--200333	16	2.8	16	92	3	70	74	0	18	6	1.04
201460--201706	51	4.8	51	99	0	476	29	15	27	27	1.96
201687--201726	20	2.0	20	100	0	80	35	15	25	25	1.94
201636--201777	71	2.0	71	100	0	284	30	15	28	25	1.96
201707--201879	51	3.4	51	99	0	337	30	15	28	25	1.96
201585--201828	122	2.0	122	100	0	488	30	15	28	25	1.96
201534--202013	173	2.8	173	94	1	816	30	15	28	26	1.96
201758--202001	122	2.0	123	90	3	391	29	15	26	27	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6