genome.fa.s8420.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008420.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111200_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1020524

Tables:   1   2   3   4   5   6   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
745805--745851	14	3.4	14	72	16	53	27	12	25	34	1.92
745805--745858	27	2.0	27	100	0	108	25	14	25	33	1.95
752101--752144	23	1.9	23	81	9	54	56	0	6	36	1.26
754038--754071	3	11.3	3	100	0	68	67	0	0	32	0.91
754117--754463	77	4.6	74	74	13	253	39	8	15	37	1.77
754188--754463	146	1.9	148	82	9	355	41	7	14	36	1.73
754480--754539	22	2.7	21	78	17	59	40	3	8	48	1.50
754520--754655	72	1.9	72	81	6	168	49	5	13	31	1.65
755082--755196	59	1.9	60	89	1	178	40	15	10	33	1.82
757137--757175	12	3.2	12	85	10	53	64	0	0	35	0.94
757160--757194	17	1.9	19	88	11	56	71	0	0	28	0.86
757831--757864	18	2.0	17	88	11	52	41	0	0	58	0.98
760139--760178	19	2.1	19	100	0	80	15	22	10	52	1.71
762608--762659	15	3.3	15	80	19	70	53	0	3	42	1.19
762593--762666	32	2.3	33	84	9	109	52	0	4	43	1.20
762592--762665	17	4.5	16	79	19	73	54	0	4	41	1.19
767706--767746	21	1.9	22	95	5	75	29	4	21	43	1.73
771102--771155	21	2.6	21	85	5	74	24	18	37	20	1.94
772923--772965	21	2.0	21	81	0	50	27	27	25	18	1.98
773936--774215	30	9.3	30	96	0	497	24	19	25	30	1.98
777477--777519	21	2.0	21	81	0	50	27	27	25	18	1.98
778050--778082	2	17.5	2	87	12	52	45	0	0	54	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
778050--778082	11	3.1	11	95	4	59	45	0	0	54	0.99
778411--778506	31	3.1	30	71	12	79	27	19	20	32	1.97
778489--778768	30	9.3	30	96	0	497	24	19	25	30	1.98
781896--781936	20	2.0	20	95	0	73	46	7	19	26	1.76
781903--781969	20	3.3	20	82	0	71	49	7	17	25	1.73
784049--784131	29	2.8	29	92	1	139	43	9	14	32	1.78
788791--788873	29	2.8	29	92	1	139	43	9	14	32	1.78
789004--789036	2	17.0	2	93	6	59	0	51	0	48	1.00
806938--807089	71	2.1	71	82	9	175	32	4	33	28	1.78
807143--807175	12	2.6	13	90	4	50	48	0	0	51	1.00
807270--807304	15	2.3	15	90	0	52	42	8	5	42	1.59
807991--808073	29	2.8	29	92	1	139	43	9	14	32	1.78
811354--811383	15	2.0	15	93	0	51	20	0	23	56	1.42
812672--812754	29	2.8	29	92	1	139	43	9	14	32	1.78
814702--814920	41	5.3	41	83	2	258	27	19	16	35	1.94
814682--814941	84	3.1	83	84	2	317	28	20	17	33	1.95
814664--814920	125	2.0	126	81	6	299	28	19	17	34	1.94
818775--818919	43	3.3	43	88	0	218	25	22	19	32	1.97
821926--821953	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
822496--822549	2	29.0	2	82	14	71	48	1	0	50	1.11
822569--822952	148	2.6	146	80	7	404	45	7	7	39	1.62
822991--823029	13	2.9	13	85	7	51	61	2	2	33	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
824614--825192	122	4.7	123	88	4	776	26	18	14	40	1.89
826250--826287	18	2.1	18	90	0	58	55	2	7	34	1.43
833607--833638	15	2.1	15	94	0	55	53	6	15	25	1.65
837086--837156	37	1.9	37	100	0	142	35	38	11	15	1.83
838292--838623	152	2.2	152	79	13	368	47	6	5	40	1.52
838646--838721	21	3.3	22	76	20	59	59	1	1	38	1.14
838662--838691	11	2.9	10	90	9	51	66	0	0	33	0.92
838970--839204	121	2.0	113	88	9	352	47	8	7	37	1.62
839122--839151	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
839181--839205	13	1.9	13	100	0	50	48	20	0	32	1.50
840095--840148	3	17.7	3	84	3	72	66	0	1	31	1.02
840098--840149	25	2.1	25	88	0	77	67	0	1	30	1.02
840094--840147	28	1.9	28	92	0	90	66	0	1	31	1.02
840956--841009	21	2.6	21	90	0	81	31	27	22	18	1.97
841024--841092	21	3.3	21	91	0	120	20	20	30	28	1.97
841018--841104	42	2.1	42	91	0	138	21	21	26	29	1.99
841024--841273	21	11.6	21	68	19	115	23	21	23	32	1.98
841149--841270	42	2.9	40	90	4	145	21	19	23	35	1.96
840970--841224	132	1.9	131	82	7	320	25	21	22	30	1.99
841372--841399	5	5.6	5	100	0	56	39	21	39	0	1.54
841881--841907	6	4.5	6	100	0	54	0	14	51	33	1.43
842081--842153	21	3.5	21	90	0	101	20	20	27	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
846422--846646	55	4.1	55	88	1	337	28	29	13	28	1.94
846422--846646	110	2.1	108	93	1	378	28	29	13	28	1.94
846605--847156	51	10.5	51	84	5	597	24	25	18	32	1.97
846620--847166	207	2.6	209	86	6	757	24	24	18	32	1.97
846696--847130	156	2.8	153	86	4	579	23	25	18	32	1.97
846646--847166	156	3.3	152	82	5	562	23	25	18	32	1.97
847538--847767	36	6.4	36	87	2	293	20	19	23	36	1.95
850420--850508	16	5.5	16	67	15	58	8	14	0	76	1.01
850425--850533	24	4.5	24	71	17	66	9	17	0	73	1.08
852818--852852	6	5.8	6	90	9	54	48	17	17	17	1.81
857866--857913	2	24.0	2	100	0	96	50	0	0	50	1.00
860821--860850	12	2.6	11	90	10	51	20	26	36	16	1.93
870043--870118	38	2.0	37	82	7	91	50	2	1	46	1.24
873382--873454	29	2.5	30	77	2	85	43	5	23	27	1.75
873382--873537	30	5.0	30	72	16	111	45	3	19	30	1.68
873392--873521	67	1.9	67	93	0	224	46	3	20	29	1.68
881962--881995	17	2.1	16	88	5	50	76	0	8	14	1.01
891498--891529	15	2.2	15	94	5	57	78	6	0	15	0.95
891908--891940	16	2.1	16	88	11	50	75	0	9	15	1.03
894060--894138	3	23.7	3	73	19	59	3	31	0	64	1.11
894060--894139	7	11.9	7	80	6	67	3	32	0	63	1.12
894060--894139	14	5.9	13	80	8	79	3	32	0	63	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
894127--894204	37	2.1	37	85	4	104	14	43	2	39	1.59
895557--896511	3	318.7	3	82	1	1038	58	0	38	2	1.16
902417--902501	31	2.7	31	100	0	170	34	24	18	22	1.96
904337--904385	14	3.4	14	75	5	53	57	4	4	34	1.37
909769--910791	106	9.6	106	93	0	1645	33	24	17	23	1.96
913465--913506	21	2.0	22	95	4	77	40	0	4	54	1.21
913472--913519	21	2.2	21	85	3	60	43	0	2	54	1.12
913442--913591	8	18.6	8	68	15	78	44	0	2	54	1.11
913434--913592	11	14.7	11	68	19	52	44	0	1	54	1.11
913540--913613	23	3.0	24	81	16	73	48	1	1	48	1.18
913691--913737	22	2.1	23	88	4	69	53	0	2	44	1.12
913699--913759	22	2.8	22	73	14	54	52	0	1	45	1.10
913754--913809	25	2.2	25	78	6	60	46	1	3	48	1.30
914458--914580	39	3.2	39	64	15	101	44	5	9	39	1.61
914405--914737	77	4.3	77	83	3	357	40	7	14	37	1.74
915045--915243	83	2.4	81	83	9	262	41	9	7	42	1.65
915396--916004	100	6.0	99	80	7	614	38	9	14	38	1.78
916339--916391	25	2.1	25	92	0	88	52	1	22	22	1.56
917300--917350	15	3.4	15	80	0	66	47	3	11	37	1.59
917295--917365	30	2.4	29	88	2	106	50	4	11	33	1.57
917571--917740	88	1.9	86	81	9	200	45	0	5	48	1.25
917709--917782	23	3.1	23	76	3	76	50	1	1	47	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
917756--917827	30	2.4	30	80	13	94	55	1	0	43	1.08
917748--917827	20	4.0	20	70	14	65	55	1	0	43	1.08
917853--917937	30	2.7	31	75	18	79	49	0	1	49	1.08
919650--919699	19	2.6	19	93	0	91	32	18	28	22	1.97
919688--919745	20	2.7	20	76	10	53	29	18	24	27	1.98
919681--919745	24	2.9	23	75	8	64	30	16	26	26	1.97
921260--921317	23	2.5	23	91	0	89	20	29	22	27	1.99
921801--921839	12	3.2	12	88	3	51	53	5	38	2	1.37
923259--923303	20	2.4	19	82	10	56	48	6	22	22	1.73
923453--923527	37	2.0	37	82	10	91	49	4	1	45	1.29

Tables:   1   2   3   4   5   6