genome.fa.s8420.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008420.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111200_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1020524

Tables:   1   2   3   4   5   6   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
201860--201899	20	2.0	20	100	0	80	35	15	25	25	1.94
201809--201950	71	2.0	71	94	0	248	31	16	26	25	1.96
201880--202013	51	2.5	52	83	4	162	29	15	27	27	1.96
201880--202120	55	4.4	56	82	5	223	29	14	24	30	1.95
202583--202673	45	2.0	45	97	0	173	17	14	8	59	1.60
211872--212152	141	2.0	139	95	4	512	28	14	23	32	1.95
215163--215213	2	25.5	2	100	0	102	49	0	0	50	1.00
218867--218916	25	2.0	25	88	0	73	48	0	2	50	1.12
218877--218921	13	3.5	13	81	6	56	55	0	2	42	1.12
219213--219380	92	1.8	92	97	0	318	43	8	11	36	1.71
219872--219927	28	2.0	28	100	0	112	53	10	10	25	1.67
222129--222173	22	2.0	23	82	4	56	33	11	2	53	1.49
225473--225510	14	2.7	14	84	11	51	21	10	28	39	1.86
229457--229505	20	2.5	20	100	0	98	26	24	18	30	1.98
232581--232634	26	2.1	26	96	0	99	37	9	25	27	1.87
233676--233750	23	3.2	23	75	1	78	21	17	22	38	1.93
237051--237138	4	24.5	4	90	9	90	27	0	0	72	0.85
237083--237127	3	14.3	3	95	4	72	31	0	0	68	0.89
239400--239446	2	23.5	2	100	0	94	48	0	0	51	1.00
247068--247231	44	3.7	43	90	2	247	68	6	3	21	1.28
247251--247344	47	2.0	47	95	0	170	18	14	31	35	1.91
251466--251517	21	2.5	21	81	3	61	38	19	25	17	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
251548--251600	20	2.7	20	87	0	79	24	26	20	28	1.99
252176--252260	19	4.4	19	92	2	143	10	20	22	47	1.80
252176--252354	38	4.6	38	74	19	143	11	22	21	44	1.85
252297--252354	20	2.9	20	80	10	64	13	24	18	43	1.87
253611--253683	21	3.7	20	72	15	62	31	41	12	15	1.84
254348--254439	42	2.2	41	82	1	112	21	38	16	23	1.93
255618--255653	14	2.6	14	95	0	63	30	0	25	44	1.54
255760--255813	20	2.8	19	86	5	81	44	20	22	12	1.85
255818--255968	19	8.7	19	64	21	80	15	22	20	41	1.89
255822--255948	33	3.9	32	87	8	193	14	22	19	42	1.88
255815--255947	66	2.0	66	97	0	248	16	22	19	41	1.90
258236--258260	12	2.1	12	100	0	50	0	28	0	72	0.86
258435--258488	24	2.2	24	90	0	81	38	20	16	24	1.92
259488--259555	19	3.8	19	87	12	101	13	20	17	48	1.80
259673--259709	14	2.6	14	86	0	56	48	21	0	29	1.50
261557--261673	20	6.4	19	74	13	75	43	24	17	13	1.86
261576--261642	19	3.5	20	81	4	75	40	23	20	14	1.90
261631--261688	14	3.9	14	79	16	71	48	25	17	8	1.75
261615--261693	32	2.4	33	95	2	142	46	24	18	10	1.80
261749--261791	20	2.2	20	87	4	61	18	23	20	37	1.94
261757--261802	20	2.3	20	88	0	65	15	21	26	36	1.93
262284--262328	18	2.5	18	88	0	72	13	15	44	26	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
263646--263698	20	2.7	20	79	2	63	49	20	16	13	1.79
263913--263956	22	2.0	22	95	0	79	22	15	40	20	1.90
264145--264238	20	4.7	20	80	2	89	23	18	24	34	1.96
264125--264239	20	5.7	20	78	5	88	23	17	23	35	1.95
264228--264320	20	4.5	21	75	4	91	17	23	18	40	1.90
264167--264301	41	3.3	41	81	4	130	19	20	20	39	1.93
264228--264320	41	2.3	41	96	0	177	17	23	18	40	1.90
265219--265326	43	2.5	43	83	5	121	31	18	25	24	1.97
265267--265375	43	2.5	43	82	7	123	34	22	22	20	1.96
265986--266017	13	2.4	14	94	5	57	37	15	21	25	1.93
266026--266087	23	2.7	23	82	0	61	32	17	29	20	1.96
269599--269701	43	2.4	42	80	7	109	25	27	15	32	1.96
271472--271498	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
272750--272803	14	4.0	14	83	7	76	44	5	5	44	1.50
272733--272912	95	1.9	92	86	5	254	43	6	3	46	1.46
272814--272884	23	3.0	23	82	15	90	40	7	4	47	1.50
272940--273035	38	2.4	38	82	8	102	44	8	3	43	1.50
272977--273059	38	2.3	35	87	8	114	43	10	2	43	1.52
272866--273053	35	5.1	37	74	16	140	44	8	3	43	1.50
273415--273782	200	1.8	199	80	1	441	28	17	17	35	1.93
273415--273832	200	2.1	200	79	2	437	29	17	18	34	1.94
276239--276456	103	2.1	103	100	0	436	26	13	23	36	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
276472--276532	23	2.7	23	89	0	95	19	26	27	26	1.99
280259--280289	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
281309--281526	103	2.1	103	98	0	418	26	13	23	36	1.92
281542--281602	23	2.7	23	89	0	95	19	26	27	26	1.99
284920--285252	167	2.0	167	96	0	621	39	12	9	38	1.77
288911--288938	14	2.0	14	100	0	56	21	21	35	21	1.96
289287--289335	3	16.0	3	95	4	89	67	0	0	32	0.91
290474--290566	3	30.7	3	84	8	109	64	2	1	32	1.12
290620--290939	35	8.9	36	70	21	208	42	9	3	44	1.53
290702--290765	26	2.6	26	90	7	98	42	9	4	43	1.57
290668--290798	61	2.1	62	86	8	187	42	7	3	45	1.50
290620--290879	135	1.9	137	80	11	300	42	9	3	45	1.53
291290--291321	13	2.6	12	90	9	55	34	6	0	59	1.23
296853--296914	29	2.1	29	82	5	72	30	12	0	56	1.37
298747--298798	21	2.5	21	81	3	61	38	19	25	17	1.93
298787--298900	20	5.7	20	84	6	122	31	25	19	23	1.98
298784--298900	61	1.9	61	87	0	171	33	24	18	23	1.97
299487--299647	20	8.8	19	72	16	126	11	21	22	44	1.84
299487--299563	39	2.0	39	87	5	111	9	19	25	45	1.80
299535--299622	33	2.6	33	90	1	131	11	23	25	39	1.88
301572--301650	40	2.0	40	84	0	104	22	37	17	21	1.94
301623--301689	21	3.2	21	66	6	55	23	35	20	19	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
302904--302939	14	2.6	14	95	0	63	30	0	25	44	1.54
303115--303245	33	4.1	31	81	9	163	16	20	19	43	1.88
303116--303179	19	3.6	19	66	20	57	12	23	20	43	1.85
303113--303244	65	2.0	65	89	4	203	18	20	18	42	1.89
303229--303267	20	2.0	20	90	5	62	23	17	23	35	1.95
303218--303267	19	2.6	19	83	3	64	20	18	24	38	1.93
306685--306740	20	2.8	20	97	0	103	35	25	23	16	1.94
306752--306805	14	3.5	14	77	22	63	11	20	20	48	1.80
306749--306824	33	2.3	33	90	0	116	13	22	22	42	1.88
308684--308750	19	3.5	19	79	4	80	38	22	22	16	1.92
308684--308801	32	3.4	35	84	8	120	43	23	20	12	1.86
308739--308796	14	3.9	14	79	16	71	48	25	17	8	1.75
308723--308801	32	2.4	33	95	2	142	46	24	18	10	1.80
308830--308887	14	3.9	14	77	16	62	8	15	29	46	1.75
308813--308903	32	2.8	33	89	3	148	10	17	25	46	1.81
309423--309467	18	2.5	18	88	0	72	13	15	44	26	1.83
310787--310829	20	2.2	20	95	0	77	53	18	18	9	1.70
311339--311432	20	4.7	20	80	2	89	23	18	24	34	1.96
311319--311433	20	5.7	20	78	5	88	23	17	23	35	1.95
311422--311514	20	4.5	21	78	4	100	17	24	18	39	1.91
311361--311495	41	3.3	41	82	4	139	19	21	20	38	1.94
311422--311514	41	2.3	41	100	0	186	17	24	18	39	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
311805--311853	11	4.3	11	81	5	53	34	0	2	63	1.06
323609--323640	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
323963--324005	18	2.5	17	85	7	61	67	2	4	25	1.22
324362--324466	37	2.8	38	85	4	142	28	15	14	41	1.86
325009--325640	105	6.0	105	89	3	873	22	17	26	34	1.96
325840--325915	36	2.1	36	87	0	107	40	14	21	23	1.90
325927--326003	39	2.0	39	86	0	109	40	11	20	27	1.87
326036--326110	39	1.9	39	83	5	98	37	12	22	28	1.90
325815--326133	105	3.1	104	92	2	518	36	11	20	31	1.88
327477--327998	183	2.9	183	95	0	929	30	21	20	27	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6