genome.fa.s8421.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008421.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111201_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1159951

Tables:   1   2   3   4   5   6   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
387--421	17	2.1	17	88	0	52	31	5	0	62	1.18
968--1146	89	2.0	91	83	6	231	42	15	11	30	1.82
7635--7672	19	2.1	19	90	5	60	60	0	10	28	1.30
10178--10220	20	2.1	21	87	12	63	60	2	9	27	1.40
10120--17838	962	8.0	973	97	2	14511	48	11	11	28	1.75
22298--22370	3	24.3	3	94	0	128	35	1	0	63	1.04
22289--22379	12	8.2	11	76	19	57	37	1	1	60	1.11
23744--23778	16	2.1	16	89	5	52	22	0	0	77	0.78
23804--23843	12	3.1	13	82	10	55	40	0	0	60	0.97
24538--24575	15	2.8	13	88	11	51	23	5	2	68	1.23
35188--35236	8	6.5	8	83	6	59	87	0	12	0	0.54
35185--35236	14	3.5	15	82	17	65	86	0	13	0	0.57
35185--35237	15	3.6	14	87	5	70	84	0	15	0	0.61
36355--36707	83	4.3	83	95	2	629	26	13	24	35	1.93
37509--37908	114	3.5	114	89	4	567	37	12	20	30	1.89
38245--38314	3	23.3	3	94	0	113	37	1	0	61	1.05
38248--38323	18	4.2	18	88	3	100	39	1	0	59	1.06
42409--42448	12	3.4	11	86	13	53	82	0	15	2	0.77
42409--42445	13	3.0	13	84	11	51	83	0	13	2	0.74
52445--52653	49	4.3	49	81	4	260	33	14	23	28	1.94
52449--52640	98	2.0	97	88	4	287	34	15	22	27	1.94
53250--53313	24	2.7	24	95	2	112	29	12	32	25	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56676--56827	64	2.4	64	82	7	175	33	19	23	23	1.97
56815--56892	20	3.7	20	93	6	120	30	20	23	25	1.98
60892--61048	64	2.5	63	79	7	172	33	16	23	26	1.96
61036--61093	20	2.6	22	89	10	84	31	20	22	25	1.98
62860--62920	19	3.3	19	84	6	81	31	14	37	16	1.89
75518--75587	25	2.8	25	97	0	131	51	2	7	38	1.44
75562--75652	43	2.0	46	83	6	116	46	3	9	40	1.54
75606--75688	30	2.6	33	86	7	109	42	7	8	42	1.63
75839--75882	5	8.6	5	85	5	61	22	2	0	75	0.92
76759--76802	14	3.2	13	84	9	52	75	0	18	6	1.02
78546--78583	2	19.5	2	94	5	69	50	0	0	50	1.00
78526--78799	90	3.1	88	73	14	242	45	4	8	41	1.53
78573--78735	30	5.3	31	73	12	140	45	4	8	41	1.56
80616--80813	109	1.8	109	84	2	272	22	16	17	43	1.88
82992--83030	20	2.0	20	84	0	51	30	12	25	30	1.93
87932--87974	20	2.2	20	86	0	59	30	13	20	34	1.92
98437--98614	59	3.1	59	76	8	186	26	16	23	33	1.96
104959--105049	44	2.0	45	85	6	121	30	17	20	30	1.96
108868--108939	23	3.2	23	82	2	83	36	26	20	16	1.94
114872--114919	24	2.0	24	87	0	69	37	22	20	18	1.94
114910--114979	23	3.1	23	83	2	88	34	25	20	20	1.96
118071--118156	32	2.6	34	76	9	88	68	0	22	9	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
118139--118176	13	2.8	13	81	18	51	78	0	13	7	0.94
119478--119983	130	3.9	130	77	3	473	32	20	17	29	1.96
120026--120057	3	10.3	3	93	6	55	34	0	0	65	0.93
122652--122693	18	2.3	19	83	8	59	47	0	0	52	1.00
125637--125681	19	2.4	19	85	3	56	22	8	15	53	1.69
125671--125726	18	3.1	18	79	5	51	25	7	19	48	1.74
127867--127917	16	3.1	16	71	23	52	11	5	3	78	1.06
127933--127980	23	2.2	21	75	13	51	14	12	8	64	1.49
128339--128375	14	2.5	15	87	12	51	16	0	10	72	1.10
129294--129355	9	6.8	9	75	14	56	75	1	4	17	1.05
129293--129346	26	2.1	26	89	6	83	75	1	5	16	1.07
129300--129355	13	4.2	14	82	15	57	76	1	3	17	1.01
129312--129355	17	2.6	16	85	10	52	77	0	2	20	0.88
131779--132033	106	2.4	106	88	1	368	23	17	24	34	1.96
133170--133212	8	5.5	8	89	10	63	0	18	2	79	0.85
133170--133215	17	2.9	15	81	15	56	0	19	2	78	0.86
143748--143800	20	2.6	19	80	13	54	75	1	5	16	1.08
143747--143800	27	2.1	26	86	6	74	75	1	5	16	1.07
143941--143967	2	13.5	2	100	0	54	51	0	48	0	1.00
144054--144080	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
145330--145385	30	2.0	27	89	10	85	50	0	5	44	1.25
154823--154878	2	28.0	2	100	0	112	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
163213--163365	79	1.9	79	90	1	245	30	16	18	33	1.94
164333--164361	14	2.0	15	93	6	51	13	6	0	79	0.93
165243--165267	13	1.9	13	100	0	50	16	12	8	64	1.49
176458--176552	24	4.0	24	87	5	122	31	24	24	20	1.98
182758--182828	24	3.0	24	81	2	90	30	25	23	19	1.98
191564--191682	42	2.8	40	76	8	103	34	19	17	28	1.95
191841--191954	42	2.7	41	82	6	149	29	22	21	25	1.99
191553--192365	283	2.9	280	88	3	1184	33	19	16	30	1.94
192124--192237	42	2.7	41	78	6	131	29	20	22	27	1.98
192249--192462	100	2.2	95	85	5	268	37	17	11	33	1.86
192411--192514	54	1.9	54	90	3	165	47	17	10	25	1.79
192709--192750	22	1.9	22	85	9	59	40	9	19	30	1.83
194426--194501	7	10.0	7	82	14	80	0	18	2	78	0.86
194444--194536	39	2.4	39	83	8	109	2	20	2	75	1.01
198379--198666	36	8.0	36	79	12	315	37	13	22	26	1.92
198536--198576	21	2.0	21	95	0	73	43	14	17	24	1.86
198500--198662	57	3.0	57	75	11	196	38	14	22	25	1.92
198598--198666	35	1.9	36	94	2	122	33	13	26	27	1.93
198496--198690	107	1.8	108	87	1	293	38	13	21	26	1.90
198857--198963	36	3.0	36	75	2	99	35	13	17	33	1.89
200371--200401	2	15.5	2	93	0	53	45	0	3	51	1.17
203634--203676	22	2.0	21	81	4	50	51	11	6	30	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
204930--204985	17	3.5	17	76	18	75	30	8	21	39	1.84
204947--204998	13	3.7	13	76	18	59	32	11	15	40	1.83
204929--204998	30	2.3	30	100	0	140	31	11	18	38	1.86
204980--205022	17	2.5	17	84	0	59	34	16	6	41	1.75
204929--205012	30	2.8	30	90	0	87	32	14	16	36	1.89
206251--206298	20	2.4	20	76	13	53	77	6	10	6	1.13
215265--215363	36	2.8	36	84	0	144	36	13	22	28	1.91
215357--215454	36	2.7	36	88	0	142	32	15	25	26	1.95
215270--215541	87	3.1	87	89	1	402	35	13	23	26	1.93
215372--215434	21	3.3	20	66	25	55	33	12	25	28	1.92
215393--215505	51	2.2	51	90	3	183	34	15	25	24	1.94
215438--215469	15	2.1	15	94	0	55	31	21	28	18	1.97
215444--215698	36	7.4	36	69	18	175	38	12	21	27	1.90
215265--215547	123	2.3	118	83	9	320	35	13	23	27	1.92
215459--215523	21	3.4	21	65	30	63	36	10	26	26	1.89
215512--215695	67	2.8	66	82	6	212	39	12	20	28	1.89
215723--215832	36	3.0	36	75	5	105	34	12	17	35	1.88
216169--216202	3	11.0	3	93	6	59	67	0	0	32	0.91
220401--220460	24	2.5	24	83	0	75	13	11	16	58	1.63
220630--220688	10	5.5	10	73	15	55	13	11	15	59	1.62
220626--220687	24	2.9	21	79	13	72	14	12	14	58	1.64
221190--221282	28	3.2	27	70	14	78	26	5	7	60	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
221170--221260	31	3.0	31	72	15	100	28	7	8	54	1.58
221170--221282	59	1.9	59	94	0	199	28	6	7	57	1.51
221180--221275	31	3.2	31	70	19	94	30	5	7	57	1.48
227839--227948	45	2.4	45	83	0	130	40	11	20	27	1.87
230016--230060	6	6.6	7	85	12	51	66	2	0	31	1.04
230004--230048	22	2.1	22	88	12	67	66	4	0	28	1.11
231512--231572	3	19.7	3	76	6	50	60	0	0	39	0.97
231756--231859	45	2.3	45	81	3	120	31	17	23	27	1.97
231690--232274	121	4.8	121	91	0	931	32	19	23	24	1.98
231877--231980	45	2.3	45	84	0	136	31	17	24	26	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6