genome.fa.s8421.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008421.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111201_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1159951

Tables:   1   2   3   4   5   6   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
832504--832701	95	2.1	95	98	0	378	32	14	14	38	1.87
833117--833421	83	3.7	83	95	0	556	40	23	11	24	1.88
833028--833421	166	2.3	171	89	4	602	39	23	12	25	1.89
834426--834463	16	2.4	17	82	13	53	60	5	2	31	1.33
834783--834817	17	2.0	18	94	5	63	0	14	0	85	0.59
834785--834833	9	5.2	9	82	7	53	0	18	0	81	0.69
842127--842158	15	2.1	15	94	0	55	46	9	18	25	1.79
844915--844939	9	2.8	9	100	0	50	52	0	0	48	1.00
846467--846510	19	2.2	19	84	8	52	56	4	0	38	1.20
847515--847594	3	26.0	3	92	5	133	65	0	0	35	0.93
847638--847701	29	2.2	29	94	0	119	40	15	12	31	1.85
852388--852470	29	2.8	29	90	1	139	39	13	15	31	1.86
857903--858072	29	5.9	29	76	9	143	54	0	7	38	1.32
859321--859364	17	2.6	17	92	0	70	13	20	9	56	1.64
861935--862112	26	7.5	26	70	21	158	19	22	10	47	1.79
861902--862132	46	5.0	46	94	1	374	20	22	9	47	1.78
862124--862188	34	1.9	34	90	0	103	29	26	9	35	1.87
862120--862375	79	3.3	79	89	1	415	26	25	11	36	1.90
862281--862345	34	1.9	34	93	0	112	26	26	10	36	1.89
862466--862604	2	69.5	2	94	0	233	48	48	2	1	1.22
865813--865990	26	7.5	26	72	21	158	20	20	11	47	1.81
865780--866010	46	5.0	46	94	0	381	21	21	9	47	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
866002--866298	34	7.8	34	72	22	225	27	25	11	35	1.91
865998--866333	79	4.3	79	92	1	575	27	25	11	35	1.91
866036--866333	45	7.4	42	71	23	221	27	24	12	35	1.91
868336--868394	22	2.7	21	80	15	66	61	0	0	38	0.96
868421--868464	16	2.8	16	86	10	63	59	0	0	40	0.98
868641--868683	15	2.8	16	82	10	54	46	6	0	46	1.30
869475--869545	33	2.1	33	84	2	88	59	1	16	22	1.45
870912--871056	40	3.7	38	79	12	159	42	6	4	46	1.49
870941--871015	24	3.5	23	68	30	58	42	5	4	48	1.44
870957--870996	16	2.4	16	87	4	62	42	5	5	47	1.47
870891--871051	78	2.0	81	85	7	222	42	6	4	45	1.52
871027--871082	24	2.3	24	96	0	103	44	7	3	44	1.48
871069--871097	15	1.9	15	100	0	58	48	17	0	34	1.47
870976--871125	62	2.4	61	80	9	151	42	6	4	46	1.48
872045--872091	22	2.1	22	96	0	85	14	14	14	55	1.70
872084--872129	24	1.9	24	82	8	58	15	17	19	47	1.82
879539--879604	24	2.8	24	83	0	78	28	13	19	37	1.90
883207--883231	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
884555--884608	28	1.9	28	88	0	81	55	5	0	38	1.23
884576--884627	21	2.5	20	75	12	50	48	7	1	42	1.43
884621--884820	39	5.1	38	77	11	199	40	10	5	43	1.62
884788--884835	15	3.2	15	91	5	71	41	12	4	41	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
885272--885409	6	23.0	6	96	0	240	31	31	1	34	1.67
885518--885735	108	2.0	108	100	0	436	39	21	14	24	1.90
887382--887426	20	2.2	20	96	0	81	44	22	8	24	1.81
887578--887645	22	3.1	22	91	0	100	19	42	19	19	1.89
888064--888124	19	3.1	19	79	13	61	18	13	19	49	1.79
889779--889824	21	2.2	21	92	0	74	19	13	34	32	1.90
890046--890088	4	10.8	4	79	0	50	25	2	4	67	1.22
890234--890350	21	5.6	21	78	8	121	21	34	18	25	1.96
890232--890350	42	2.8	42	88	2	168	21	34	18	26	1.96
891855--891893	20	2.0	20	94	0	69	28	23	20	28	1.99
891921--892425	137	3.7	137	94	1	881	44	18	9	27	1.80
892461--892496	18	2.0	18	94	0	63	16	2	25	55	1.55
894545--894570	12	2.2	12	100	0	52	0	26	0	73	0.84
894744--894797	24	2.2	24	93	0	90	44	20	14	20	1.86
894760--894811	24	2.2	24	85	0	68	38	21	17	23	1.93
894922--894955	12	2.8	12	90	0	50	14	0	29	55	1.40
895538--895589	27	2.0	26	81	11	61	59	1	7	30	1.36
895742--895909	40	4.2	40	70	8	110	36	11	23	28	1.90
895722--895909	20	9.5	20	74	10	82	36	11	23	28	1.90
895741--895909	60	2.8	60	73	8	166	36	11	23	28	1.90
895862--895931	20	3.5	20	92	0	104	32	14	24	28	1.94
895875--896032	20	7.9	20	72	18	98	28	14	29	27	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
904733--904929	64	3.1	64	88	5	308	29	3	17	49	1.62
906634--906896	54	4.9	54	90	0	382	31	15	19	33	1.93
908296--908385	31	2.9	31	98	0	171	42	6	7	43	1.60
909701--909856	57	2.8	57	94	1	271	44	21	5	28	1.75
909701--909868	27	5.9	28	79	14	177	43	21	5	29	1.75
910934--911037	22	4.8	22	92	1	174	53	22	4	19	1.63
911011--911077	32	2.1	32	86	5	91	56	19	1	22	1.50
911061--911099	18	2.3	17	86	8	53	53	10	0	35	1.35
911391--911449	30	2.0	30	86	6	84	28	16	42	11	1.84
911428--911462	18	1.9	18	94	0	61	34	17	42	5	1.73
911606--911645	10	4.0	10	93	0	71	30	22	20	27	1.98
912645--912773	65	2.0	65	89	3	197	27	4	17	50	1.66
913022--913081	30	2.0	29	93	3	102	48	10	10	31	1.70
913293--913435	62	2.3	62	81	7	168	55	5	5	33	1.47
915196--915252	15	3.7	15	71	2	51	28	1	10	59	1.40
916676--916723	13	3.7	13	91	0	78	33	20	12	33	1.90
924462--924524	26	2.4	27	76	12	69	73	4	7	14	1.23
924503--924542	18	2.3	18	86	4	55	80	2	2	15	0.93
924586--924632	18	2.8	17	81	9	60	72	0	12	14	1.13
924739--924836	52	1.9	51	83	10	128	68	1	5	25	1.16
924881--924947	23	3.0	22	72	18	66	71	0	5	22	1.07
926324--926533	110	1.9	110	86	0	294	22	19	22	35	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
927249--927431	65	2.8	65	82	4	206	38	7	21	32	1.82
927380--927603	36	6.4	36	76	11	189	41	12	18	27	1.86
927515--927603	35	2.5	36	85	5	119	42	10	20	26	1.83
929353--929416	13	5.0	13	80	16	71	1	15	4	78	1.00
929352--929403	27	2.0	27	92	7	90	3	15	3	76	1.07
929340--929411	24	3.0	24	77	20	78	4	16	2	76	1.06
929353--929418	11	5.6	11	75	22	55	1	16	4	77	1.01
929357--929416	26	2.3	26	86	8	86	1	16	5	76	1.04
932465--932529	26	2.6	25	73	11	69	75	6	4	13	1.15
932593--932637	18	2.6	17	80	13	56	75	2	11	11	1.13
932898--932947	8	6.2	8	95	0	55	48	6	0	46	1.27
932905--932964	2	30.0	2	88	6	86	50	1	3	45	1.28
932910--932983	14	5.1	15	85	6	82	55	0	2	41	1.14
932951--933033	20	4.2	20	74	19	59	68	0	4	26	1.09
932905--932987	16	5.5	15	83	8	89	55	1	2	40	1.21
932956--933023	23	3.0	23	78	16	63	69	0	4	26	1.07
932964--933029	22	2.9	23	76	17	75	71	0	4	24	1.05
932964--933030	23	2.9	23	75	18	68	71	0	4	23	1.04
940196--940222	14	1.9	14	100	0	54	66	3	22	7	1.33
944479--944523	23	2.0	23	82	8	56	33	4	8	53	1.52
944583--944657	32	2.3	33	76	2	80	42	1	13	42	1.52
944270--944743	200	2.4	195	82	4	542	39	4	8	48	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
946279--946313	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
949374--949731	188	1.9	191	84	5	485	38	11	12	37	1.79
950517--950616	18	5.4	18	71	15	87	58	2	12	28	1.45
950561--950616	9	6.4	8	75	24	51	60	0	8	30	1.27
950977--951013	20	1.9	19	89	10	58	45	10	24	18	1.81
951816--951899	22	3.8	22	77	3	96	42	3	1	52	1.26
951804--951892	45	2.0	45	100	0	178	40	6	0	52	1.28
953658--953685	14	2.0	14	100	0	56	42	0	7	50	1.30
956594--956638	25	2.0	24	83	16	60	37	8	4	48	1.55
957335--957385	3	17.0	3	76	8	50	58	3	1	35	1.28

Tables:   1   2   3   4   5   6