genome.fa.s8425.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008425.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00111208_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2340112

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   

This is table  11  of  12  ( 1340 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2024846--2024931	37	2.4	37	86	7	131	12	11	40	34	1.80
2025512--2025557	18	2.7	18	83	6	60	28	26	6	39	1.81
2029603--2029680	41	1.9	41	91	0	129	38	25	17	17	1.92
2029608--2029700	20	4.6	20	81	7	89	34	26	19	19	1.96
2029603--2029720	20	5.7	22	76	10	72	37	24	17	20	1.94
2030315--2030369	25	2.2	24	78	15	58	20	9	18	52	1.71
2031499--2031545	18	2.6	18	89	0	76	27	44	10	17	1.81
2043258--2043314	21	2.8	21	83	2	62	35	24	17	22	1.95
2043258--2043323	21	3.2	21	75	14	57	37	24	18	19	1.93
2044947--2045013	28	2.4	28	80	9	66	19	25	11	43	1.85
2047867--2047908	21	1.9	23	85	9	61	42	16	7	33	1.75
2048315--2048361	19	2.4	20	75	13	53	36	29	2	31	1.70
2048775--2048892	32	3.8	30	82	11	132	35	17	20	26	1.95
2048775--2048892	62	1.9	62	86	8	168	35	17	20	26	1.95
2053301--2053350	19	2.7	19	71	17	52	36	30	2	32	1.69
2053781--2053883	32	3.3	30	82	9	118	36	19	17	26	1.94
2054176--2054206	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
2055087--2055156	37	1.9	36	88	8	106	21	24	22	31	1.98
2056410--2056781	36	10.3	36	83	3	399	29	16	7	45	1.75
2056444--2056781	145	2.3	144	86	2	446	29	16	7	46	1.74
2057283--2057560	77	3.6	77	75	10	228	39	15	15	29	1.89
2058305--2058335	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2062097--2062197	47	2.1	47	94	0	175	47	3	6	41	1.49
2071315--2071381	17	4.0	17	74	14	59	79	0	5	14	0.92
2071332--2071370	12	3.3	12	83	16	55	79	0	5	15	0.90
2071322--2071389	25	2.8	23	82	8	73	79	0	4	16	0.89
2071315--2071396	29	2.8	29	81	3	94	76	0	6	17	0.97
2071315--2071394	19	4.1	20	74	19	62	77	0	6	16	0.96
2071401--2071433	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
2071498--2071555	29	2.0	29	86	0	80	74	8	0	17	1.06
2071699--2071731	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
2072284--2072385	37	2.8	37	86	0	123	30	13	13	42	1.83
2073119--2074584	106	13.9	106	90	1	2203	23	18	24	33	1.97
2075329--2075405	22	3.5	22	89	0	118	22	14	27	36	1.92
2076022--2076067	13	3.4	13	81	6	56	0	13	4	82	0.81
2076010--2076075	23	2.7	25	75	17	68	1	10	7	80	0.97
2076009--2076068	28	2.1	29	85	14	81	1	11	5	81	0.91
2076022--2076071	14	3.6	14	82	17	68	0	12	6	82	0.85
2080764--2080805	2	21.0	2	90	0	66	54	0	0	45	0.99
2080829--2080875	21	2.1	24	84	11	64	55	0	6	38	1.26
2080828--2080875	23	2.0	24	84	11	64	56	0	6	37	1.25
2083108--2083153	2	23.0	2	100	0	92	50	0	0	50	1.00
2083774--2083817	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
2084946--2084978	12	2.6	13	85	9	50	27	3	12	57	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2085131--2085184	8	6.4	9	83	14	55	50	0	0	50	1.00
2085136--2085183	2	25.0	2	87	8	73	52	0	0	47	1.00
2086417--2086456	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
2095631--2095683	22	2.3	23	84	15	67	71	1	11	15	1.22
2095631--2095683	21	2.4	21	84	12	63	71	1	11	15	1.22
2096075--2096117	18	2.5	17	85	7	61	67	2	4	25	1.22
2096003--2096118	60	2.0	57	82	12	141	62	1	3	31	1.21
2096002--2096133	60	2.4	56	80	14	132	62	3	3	31	1.25
2097120--2097855	105	7.0	105	91	2	1115	21	17	26	33	1.96
2098062--2098131	36	1.9	36	88	0	104	40	12	20	27	1.88
2098030--2098347	104	3.1	104	89	2	464	36	10	20	31	1.87
2098482--2098586	36	2.9	36	72	10	99	43	10	15	30	1.80
2098418--2098586	72	2.3	75	82	8	195	41	12	17	28	1.86
2099705--2100241	183	2.9	183	96	0	977	30	21	21	27	1.98
2104234--2104275	23	2.0	22	86	13	61	71	4	14	9	1.28
2104665--2104700	18	2.1	18	89	5	56	66	2	5	25	1.27
2104590--2104705	58	2.1	53	79	18	139	62	0	3	32	1.17
2105061--2105167	37	2.9	37	80	2	117	33	10	11	44	1.74
2111927--2111978	11	4.5	11	79	11	50	0	28	3	67	1.08
2111934--2111976	13	3.5	12	84	12	52	0	30	4	65	1.13
2113670--2113710	16	2.5	17	80	11	50	48	0	2	48	1.14
2117373--2117563	49	3.9	49	93	4	325	31	17	19	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2117373--2117563	96	2.0	97	93	4	332	31	17	19	30	1.95
2121351--2121408	20	2.9	20	89	0	89	17	27	36	18	1.94
2123707--2123762	22	2.5	23	79	5	60	55	1	1	41	1.21
2124697--2124739	21	2.2	20	84	16	54	48	4	0	46	1.22
2125977--2126013	18	2.1	18	90	10	58	27	2	0	70	1.01
2125976--2126043	27	2.5	26	71	19	68	32	2	0	64	1.08
2125979--2126020	19	2.3	18	84	12	50	28	2	0	69	1.01
2127399--2127436	19	2.1	19	85	5	51	31	0	7	60	1.25
2128411--2128463	26	2.3	21	72	27	61	43	3	24	28	1.71
2129477--2129523	18	2.6	18	83	6	51	38	25	29	6	1.81
2129765--2129849	35	2.5	33	78	14	91	27	8	10	54	1.63
2133184--2133214	16	1.9	16	93	0	53	64	3	0	32	1.09
2133635--2133695	29	2.1	29	84	3	77	29	14	26	29	1.95
2135237--2135307	33	2.2	33	94	0	124	38	18	33	9	1.84
2136444--2136506	31	2.0	31	96	0	117	23	15	17	42	1.88
2144457--2144490	15	2.3	15	95	5	61	41	0	2	55	1.15
2145903--2145950	4	12.0	4	89	10	64	22	0	2	75	0.91
2147584--2147693	32	3.4	32	82	0	121	30	18	14	36	1.91
2147616--2147703	32	2.8	32	83	0	113	36	19	11	32	1.87
2151807--2151866	23	2.6	22	76	10	57	51	13	11	23	1.73
2154139--2154193	26	2.1	26	93	0	92	50	7	25	16	1.70
2167432--2167566	66	2.0	66	97	0	252	26	21	19	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2171707--2171776	30	2.4	29	85	7	88	35	14	25	24	1.93
2172813--2172866	22	2.6	21	82	8	74	22	31	12	33	1.92
2186541--2186821	138	2.0	137	85	4	379	41	15	11	30	1.83
2199766--2199812	24	2.0	24	95	0	85	10	10	19	59	1.59
2205371--2205439	31	2.2	31	84	0	93	37	11	27	23	1.89
2205519--2205553	3	12.0	3	93	6	63	34	0	0	65	0.93
2206181--2206235	23	2.3	24	81	12	69	41	7	0	50	1.30
2206337--2206410	24	3.2	22	80	14	71	72	5	1	20	1.11
2206494--2206591	31	3.2	31	91	0	142	23	30	11	34	1.90
2206957--2206999	16	2.6	17	77	3	52	58	0	0	41	0.98
2215584--2215621	17	2.3	17	81	4	51	18	0	26	55	1.43
2215598--2215644	24	2.0	24	83	8	60	19	0	27	53	1.45
2219453--2219502	23	2.3	21	80	16	57	74	0	8	18	1.06
2219454--2219500	22	2.1	22	84	11	60	76	0	6	17	0.98
2220725--2220753	3	9.7	3	100	0	58	65	0	0	34	0.93
2226724--2226838	57	2.0	57	96	0	212	32	14	17	35	1.90
2228159--2228192	17	2.1	17	94	5	61	44	0	5	50	1.26
2229162--2229213	20	2.6	20	84	0	77	25	23	15	36	1.93
2229936--2230003	32	2.1	33	97	2	129	67	2	8	20	1.31
2247778--2247826	11	4.5	11	82	5	55	20	2	16	61	1.44
2247778--2247826	21	2.3	22	85	3	64	20	2	16	61	1.44
2250443--2250472	12	2.5	12	94	0	51	83	10	6	0	0.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2256064--2256104	20	2.0	20	100	0	82	29	19	14	36	1.92
2256755--2256788	13	2.6	13	90	0	50	58	17	20	2	1.51
2265857--2265899	13	3.2	13	90	3	68	44	13	2	39	1.57
2267029--2267391	8	45.6	8	94	1	523	45	24	4	25	1.72
2267876--2267959	34	2.4	35	86	6	107	35	20	9	34	1.85
2268006--2268088	33	2.6	30	83	7	85	30	13	14	42	1.84
2268672--2268739	31	2.2	31	81	7	75	30	14	16	38	1.89
2268680--2268740	31	1.9	31	87	9	88	31	14	13	40	1.84
2268857--2268992	74	1.9	70	85	8	184	33	15	12	38	1.85
2268923--2268992	32	2.2	33	86	2	97	37	15	11	35	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12